96 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg2_R0009 on replicon NC_011369
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011369  Rleg2_R0009  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0408974  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0009  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0009  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.31634  normal  0.278604 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4592  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0001  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0207392  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0066  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.645419 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0049  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.241293 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0037  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.201404  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0063  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.305975  normal  0.0658798 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0064  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.713183  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0067  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.750062  normal  0.274534 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0003  tRNA-Pro  94 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.308325  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0188  tRNA-Pro  94 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.320411  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0041  tRNA-Pro  94 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0012  tRNA-Pro  94 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0142147 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0011  tRNA-Pro  94 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.162478  normal  0.385967 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t02  tRNA-Pro  94 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.143246  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0028  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0102349  hitchhiker  0.000264147 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4569  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0425443  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0027  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.417259 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0009  tRNA-Pro  92 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0026  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.00524532  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1637  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.590858  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0002  tRNA-Pro  90 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00636416  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0042  tRNA-Pro  87.93 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0032  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0038  tRNA-Pro  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.00000000141075  hitchhiker  0.00442876 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0026  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0035  tRNA-Pro  85.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000578249  normal  0.604017 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0032  tRNA-Pro  85.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.994624  normal  0.886645 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0711  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0050  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0840957  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1454  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 79 bp  50.1  0.00008  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.00328023  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1418  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 79 bp  50.1  0.00008  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0031  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0023  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.247258  normal  0.475897 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0016  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0768  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.28458  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t08  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.657243  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt48  tRNA-Pro  93.94 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0069  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.648758  hitchhiker  0.00241462 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0047  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0527952 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAProVIMSS1309349  tRNA-Pro  88.64 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.521011 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0035  tRNA-Pro  83.82 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00000571794  hitchhiker  0.0000531069 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0047  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0054  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000175558  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0016  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0033  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.00710383  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60200  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0015  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0316324  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2512  tRNA-Pro  100 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.899251  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAProVIMSS1309152  tRNA-Pro  88.64 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28740  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000230263  hitchhiker  0.00000000587474 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAProVIMSS1309076  tRNA-Pro  88.64 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t57  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAProVIMSS1309142  tRNA-Pro  88.64 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.165714  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0012  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.762181  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAProVIMSS1309195  tRNA-Pro  88.64 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.0101473 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA40  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.82087  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0050  tRNA-Pro  88.64 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0029  tRNA-Pro  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.115718 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0033  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00669824  normal  0.324624 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0052  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.208712 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0020  tRNA-Pro  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t33  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.152613  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R40  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.681358  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0017  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0059  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.867475 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0016  tRNA-Ala  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0062  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0056  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000198324  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0010  tRNA-Ala  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.319712  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0064  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0296327  normal  0.0688204 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0057  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.125773  normal  0.0397591 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0018  tRNA-Ala  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0023  tRNA-Pro  86 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.587068  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0017  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0061005  normal  0.238616 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4313  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt25  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt25  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0022  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000445739  unclonable  9.38504e-19 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0004  tRNA-Pro  86 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000393504  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0033  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000399427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0018  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.452658 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0063  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000000171942  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0062  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000001951  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna13  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0109171  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0047  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0047  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0066  tRNA-Pro  86.96 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.060249  normal  0.806885 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0020  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0219771  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0056  tRNA-Pro  86 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0044  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.261582 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0012  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0290089 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0085  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000032412  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0089  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000619101  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>