More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg2_6243 on replicon NC_011370
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011370  Rleg2_6243  transcriptional regulator, GntR family  100 
 
 
234 aa  472  1e-132  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.794552 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5061  transcriptional regulator GntR family  86.7 
 
 
234 aa  413  1e-114  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6285  transcriptional regulator, GntR family  54.26 
 
 
234 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5712  transcriptional regulator, GntR family  54.09 
 
 
231 aa  221  8e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.222073  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1047  transcriptional regulator, GntR family  50.91 
 
 
230 aa  217  1e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1127  GntR family transcriptional regulator  50.91 
 
 
265 aa  217  1e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.345812 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4032  GntR family transcriptional regulator  53.18 
 
 
234 aa  214  9.999999999999999e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0535  GntR family transcriptional regulator  48.18 
 
 
237 aa  209  2e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.150614  normal  0.571261 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1700  GntR family transcriptional regulator  48.88 
 
 
238 aa  200  1.9999999999999998e-50  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00690032  normal 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4469  GntR family transcriptional regulator  43.9 
 
 
228 aa  182  4.0000000000000006e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5406  transcriptional regulator, GntR family  39.81 
 
 
239 aa  144  9e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.723673  hitchhiker  0.00193724 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5350  transcriptional regulator, GntR family  39.35 
 
 
239 aa  143  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.588797 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6102  transcriptional regulator GntR family  34.33 
 
 
229 aa  140  9.999999999999999e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4468  GntR family transcriptional regulator  38.42 
 
 
229 aa  136  2e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.885152  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0813  GntR family transcriptional regulator  35.1 
 
 
257 aa  134  9e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0763  GntR family transcriptional regulator  35.58 
 
 
261 aa  134  9.999999999999999e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.661871  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1768  GntR family transcriptional regulator  32.14 
 
 
227 aa  131  1.0000000000000001e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000893003  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0978  transcriptional regulator, GntR family  34.27 
 
 
234 aa  127  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.134109  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6001  transcriptional regulator, GntR family  34.23 
 
 
240 aa  127  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5741  GntR family transcriptional regulator  33.64 
 
 
228 aa  126  3e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0911809  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3275  transcriptional regulator, GntR family  34.36 
 
 
242 aa  125  6e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.906073 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1001  transcriptional regulator, GntR family  35.24 
 
 
241 aa  123  2e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0721326 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1711  GntR family transcriptional regulator  32.06 
 
 
255 aa  123  2e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.950871  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3891  transcriptional regulator GntR family  36.49 
 
 
231 aa  122  4e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.556155  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6491  transcriptional regulator, GntR family  34.23 
 
 
239 aa  121  9e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5239  GntR family transcriptional regulator  34.26 
 
 
227 aa  119  4.9999999999999996e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.624054 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2127  transcriptional regulator, GntR family  34.27 
 
 
257 aa  119  6e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3764  GntR family transcriptional regulator  30.92 
 
 
232 aa  117  9.999999999999999e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.227003  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1861  GntR family transcriptional regulator  30.95 
 
 
264 aa  117  9.999999999999999e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2122  GntR family transcriptional regulator  34.29 
 
 
241 aa  115  3.9999999999999997e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.154991  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2973  GntR family transcriptional regulator  34.45 
 
 
248 aa  115  6e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.010833  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2752  GntR family transcriptional regulator  33.78 
 
 
240 aa  114  1.0000000000000001e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.868488 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2702  transcriptional regulator, GntR family  27.63 
 
 
232 aa  113  2.0000000000000002e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2413  GntR family transcriptional regulator  35.71 
 
 
238 aa  113  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.224265  normal  0.351453 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3213  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
284 aa  113  3e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0489  GntR family transcriptional regulator  35.71 
 
 
238 aa  112  4.0000000000000004e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2140  GntR family transcriptional regulator  35.71 
 
 
238 aa  112  4.0000000000000004e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0432435  normal  0.768948 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4499  GntR family transcriptional regulator  29.55 
 
 
239 aa  112  5e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.928158  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4090  GntR family transcriptional regulator  34.29 
 
 
224 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02430  transcriptional regulator, GntR family  31.1 
 
 
237 aa  110  2.0000000000000002e-23  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0732513  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5836  GntR family transcriptional regulator  35.98 
 
 
230 aa  110  2.0000000000000002e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4057  transcriptional regulator, GntR family  28.91 
 
 
227 aa  108  8.000000000000001e-23  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0479  transcriptional regulator, GntR family  29.95 
 
 
265 aa  107  2e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1076  GntR family transcriptional regulator  29.27 
 
 
222 aa  107  2e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.928588  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5067  GntR family transcriptional regulator  31.19 
 
 
226 aa  107  2e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.722709 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3193  transcriptional regulator, GntR family  26.7 
 
 
225 aa  106  3e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.367816  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1040  transcriptional regulator, GntR family  28.18 
 
 
228 aa  104  1e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4056  transcriptional regulator, GntR family  27.23 
 
 
231 aa  103  2e-21  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0806  transcriptional regulator, GntR family  28.18 
 
 
228 aa  103  2e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.459024  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1747  GntR family transcriptional regulator  27.49 
 
 
226 aa  100  2e-20  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0442594  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5061  transcriptional regulator, GntR family  41.29 
 
 
236 aa  99.4  4e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000035042  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1938  GntR family transcriptional regulator  26.7 
 
 
228 aa  99.4  5e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4702  GntR family transcriptional regulator  27.73 
 
 
230 aa  99.4  5e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2639  transcriptional regulator, GntR family  28.05 
 
 
228 aa  98.2  1e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.995505  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1266  transcriptional regulator, GntR family  26.91 
 
 
228 aa  97.4  2e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2107  GntR family transcriptional regulator  26.92 
 
 
244 aa  97.1  2e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0604546  normal  0.665186 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4726  transcriptional regulator, GntR family  27.85 
 
 
277 aa  97.4  2e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0963465  normal  0.842406 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5841  GntR family transcriptional regulator  26.61 
 
 
225 aa  97.1  2e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1625  GntR family transcriptional regulator  25.45 
 
 
228 aa  96.3  3e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000899292  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01499  predicted DNA-binding transcriptional regulator  25.45 
 
 
228 aa  96.3  4e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000422433  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2105  transcriptional regulator, GntR family  25.45 
 
 
228 aa  96.3  4e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  1.45704e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1630  GntR family transcriptional regulator  25.45 
 
 
228 aa  96.3  4e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  3.79226e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1749  GntR family transcriptional regulator  25.45 
 
 
228 aa  96.3  4e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000222448  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01510  hypothetical protein  25.45 
 
 
228 aa  96.3  4e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000749692  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2156  transcriptional regulator, GntR family  25.45 
 
 
228 aa  96.3  4e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000156729  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2118  GntR family transcriptional regulator  25.45 
 
 
228 aa  96.3  4e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000151748  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0058  transcriptional regulator, GntR family  30.09 
 
 
234 aa  94.7  1e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2295  GntR family transcriptional regulator  27.23 
 
 
241 aa  94  2e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000972767  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1700  transcriptional regulator, GntR family  25 
 
 
228 aa  94  2e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.00000000855657  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0509  GntR family transcriptional regulator  29.2 
 
 
255 aa  92.8  4e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.223436  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2000  GntR family transcriptional regulator  29.2 
 
 
241 aa  92.8  4e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0216224  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2095  GntR family transcriptional regulator  29.2 
 
 
241 aa  92.8  4e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1647  GntR family transcriptional regulator  29.2 
 
 
241 aa  92.4  5e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0582  GntR family transcriptional regulator  29.2 
 
 
241 aa  92.4  5e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.414159  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0693  GntR family transcriptional regulator  29.2 
 
 
241 aa  92.4  5e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.162672  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0767  GntR family transcriptional regulator  29.2 
 
 
255 aa  92.4  6e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.933117  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3567  GntR family transcriptional regulator  27.85 
 
 
228 aa  92.4  6e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1615  transcriptional regulator, GntR family  25.24 
 
 
230 aa  92  7e-18  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000356607  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2043  transcriptional regulator, GntR family  26.92 
 
 
235 aa  90.1  3e-17  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000225663  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2899  GntR family transcriptional regulator  32.85 
 
 
226 aa  89.4  4e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.0000458154  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5133  GntR family transcriptional regulator  29.02 
 
 
243 aa  88.6  8e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4600  GntR family transcriptional regulator  28.89 
 
 
245 aa  88.6  8e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0583861  normal  0.697255 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1827  GntR family transcriptional regulator  26.98 
 
 
228 aa  85.9  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000849458  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1661  transcriptional regulator, GntR family  26.98 
 
 
228 aa  85.5  6e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.022131  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1613  transcriptional regulator, GntR family  26.98 
 
 
228 aa  85.5  6e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.419265  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0655  GntR family transcriptional regulator  29.29 
 
 
257 aa  85.9  6e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00110649  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1681  GntR family transcriptional regulator  26.98 
 
 
228 aa  85.5  6e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0855  transcriptional regulator, GntR family  28.27 
 
 
238 aa  83.6  0.000000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.894475  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1622  GntR family transcriptional regulator  26.51 
 
 
228 aa  83.2  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.62397  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5598  GntR family transcriptional regulator  29.95 
 
 
253 aa  83.2  0.000000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5875  GntR family transcriptional regulator  27.8 
 
 
229 aa  82  0.000000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2125  GntR family transcriptional regulator  32.46 
 
 
230 aa  82  0.000000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0483  transcriptional regulator, GntR family  29.35 
 
 
227 aa  80.9  0.00000000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  30.23 
 
 
233 aa  80.9  0.00000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1010  transcriptional regulator, GntR family  28.12 
 
 
227 aa  80.1  0.00000000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.691368  normal  0.535113 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2536  GntR family transcriptional regulator  28.17 
 
 
242 aa  79.7  0.00000000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00251581  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2552  GntR family transcriptional regulator  30.73 
 
 
245 aa  80.1  0.00000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000205206  normal  0.288206 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4024  GntR family transcriptional regulator  32.5 
 
 
239 aa  79.3  0.00000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.466546  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2464  GntR family transcriptional regulator  28.12 
 
 
219 aa  79.3  0.00000000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5037  GntR family transcriptional regulator  32.66 
 
 
216 aa  79  0.00000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.641243  hitchhiker  0.00313463 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>