More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg2_4612 on replicon NC_011368
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011368  Rleg2_4612  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 298 aa  611  9.999999999999999e-175  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.524159 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0586  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 308 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4485  LysR family transcriptional regulator  37.64 
 
 		 308 aa  196  3e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5010  LysR family transcriptional regulator  37.64 
 
 		 306 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3569  LysR family transcriptional regulator  37.64 
 
 		 310 aa  195  1e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.898807  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5073  LysR family transcriptional regulator  37.64 
 
 		 301 aa  194  1e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3295  LysR family transcriptional regulator  37.64 
 
 		 308 aa  194  1e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.923456  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5212  LysR family transcriptional regulator  37.64 
 
 		 301 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0483  LysR family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 299 aa  186  4e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0994  LysR family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 299 aa  186  4e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367666  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1967  LysR family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 299 aa  186  4e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.166127  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0698  LysR family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 343 aa  186  4e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.18558  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2120  LysR family regulatory protein  39.71 
 
 		 339 aa  186  5e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.246446  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0840  LysR family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 301 aa  185  6e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1856  LysR family transcriptional regulator  37.64 
 
 		 299 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.144419  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0752  LysR family transcriptional regulator  39.03 
 
 		 292 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3291  LysR family transcriptional regulator  34.32 
 
 		 308 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5074  transcriptional regulator, LysR family  36 
 
 		 304 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00820352 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1574  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 304 aa  167  2e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3325  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 298 aa  166  5e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.642488  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.92 
 
 		 303 aa  162  6e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.92 
 
 		 303 aa  162  6e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.92 
 
 		 303 aa  162  6e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.57 
 
 		 303 aa  160  2e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.57 
 
 		 303 aa  160  2e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.1 
 
 		 303 aa  160  2e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.57 
 
 		 303 aa  160  2e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.57 
 
 		 303 aa  160  2e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.57 
 
 		 303 aa  160  2e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.74 
 
 		 303 aa  160  3e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.22 
 
 		 303 aa  160  3e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.87 
 
 		 303 aa  159  5e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.03 
 
 		 303 aa  159  8e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.22 
 
 		 303 aa  157  2e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.1 
 
 		 303 aa  156  3e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0030  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.06 
 
 		 316 aa  155  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7696  LysR family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 341 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.349394 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0027  LysR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 316 aa  155  7e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.302128  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00400  LysR family transcriptional regulator  35.77 
 
 		 304 aa  154  1e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.119408 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.1 
 
 		 302 aa  155  1e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.9 
 
 		 306 aa  153  2.9999999999999998e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.82 
 
 		 303 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0033  putative transcriptional regulator  35.71 
 
 		 299 aa  152  5e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.195958  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.87 
 
 		 303 aa  152  5e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  31.88 
 
 		 305 aa  152  7e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  31.88 
 
 		 305 aa  152  7e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.88 
 
 		 305 aa  152  7e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.88 
 
 		 305 aa  152  7e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.88 
 
 		 305 aa  152  7e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  31.88 
 
 		 305 aa  152  7e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.88 
 
 		 305 aa  152  7e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.88 
 
 		 305 aa  152  7e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.88 
 
 		 305 aa  152  7e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.52 
 
 		 304 aa  152  8.999999999999999e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0079  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 299 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000353876 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.25 
 
 		 305 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.25 
 
 		 305 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.25 
 
 		 305 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.25 
 
 		 305 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.25 
 
 		 305 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0094  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 299 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.686241  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0097  LysR family transcriptional regulator  34.7 
 
 		 299 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.603539  hitchhiker  0.0000731437 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.96 
 
 		 306 aa  149  5e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.61 
 
 		 305 aa  148  1.0000000000000001e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0164  transcriptional regulator, LysR family  34.69 
 
 		 316 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.61 
 
 		 305 aa  148  1.0000000000000001e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.61 
 
 		 305 aa  148  1.0000000000000001e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1699  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 311 aa  147  2.0000000000000003e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00239277  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0094  LysR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 299 aa  146  3e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000160709 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  30.6 
 
 		 306 aa  146  4.0000000000000006e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.88 
 
 		 305 aa  145  6e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1259  LysR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 288 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.52 
 
 		 307 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.82 
 
 		 310 aa  144  2e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.16 
 
 		 307 aa  143  4e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1725  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 326 aa  141  9.999999999999999e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2352  LysR family transcriptional regulator  32.6 
 
 		 303 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1256  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 310 aa  141  9.999999999999999e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.196796  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.8 
 
 		 308 aa  140  3e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.43 
 
 		 308 aa  140  3e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.21 
 
 		 300 aa  139  6e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02566  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.43 
 
 		 300 aa  139  6e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169781  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3743  LysR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 303 aa  139  7e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00613556 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4620  LysR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 303 aa  139  7e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2377  LysR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 298 aa  138  1e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.120288  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2267  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 302 aa  138  1e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000460407  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2914  transcriptional regulator, LysR family  32.97 
 
 		 296 aa  138  1e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0105427  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4553  hypothetical protein  33.21 
 
 		 302 aa  138  1e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3780  LysR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 303 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.116323  decreased coverage  0.000992163 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4992  LysR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 303 aa  137  2e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0669  transcriptional regulator, LysR family  35.37 
 
 		 309 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2215  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 317 aa  135  9e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6858  LysR family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 307 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.1149  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0891  LysR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 299 aa  133  3e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.867323  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3787  transcriptional regulator, LysR family  36.26 
 
 		 300 aa  132  5e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3030  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 305 aa  132  6e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0262827 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3108  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 312 aa  132  6e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.12734  normal  0.186906 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2834  LysR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 312 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4116  transcriptional regulator, LysR family  36.16 
 
 		 300 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001290  transcriptional regulator LysR family protein  28.57 
 
 		 308 aa  131  1.0000000000000001e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.913137  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>