More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg2_4417 on replicon NC_011368
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011368  Rleg2_4417  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  100 
 
 
323 aa  652    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.936913  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3081  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  84.38 
 
 
320 aa  571  1.0000000000000001e-162  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0664641 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0097  threonine dehydratase  43.45 
 
 
405 aa  255  7e-67  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09310  threonine dehydratase  41.21 
 
 
403 aa  245  6e-64  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000321864  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1474  threonine dehydratase  41.99 
 
 
403 aa  241  2e-62  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3689  threonine dehydratase  47.27 
 
 
402 aa  236  3e-61  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.353069  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0480  threonine dehydratase  45.98 
 
 
406 aa  236  5.0000000000000005e-61  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1187  threonine dehydratase  40.39 
 
 
403 aa  234  2.0000000000000002e-60  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.296768  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3784  threonine dehydratase  46.62 
 
 
402 aa  233  3e-60  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1014  threonine dehydratase  40 
 
 
403 aa  233  4.0000000000000004e-60  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0845  threonine dehydratase  40.39 
 
 
403 aa  233  4.0000000000000004e-60  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2084  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  39.12 
 
 
332 aa  233  4.0000000000000004e-60  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.432383  normal  0.0544348 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0915  threonine dehydratase  40.39 
 
 
403 aa  232  6e-60  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0175  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  38.12 
 
 
320 aa  231  9e-60  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.165744  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0945  threonine dehydratase  43.27 
 
 
418 aa  231  1e-59  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0687  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein subunit beta  42.39 
 
 
304 aa  231  2e-59  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1494  threonine dehydratase  40.32 
 
 
404 aa  229  3e-59  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0349  threonine dehydratase  41.64 
 
 
403 aa  229  4e-59  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.626504  normal  0.139043 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0611  threonine dehydratase  44.01 
 
 
408 aa  229  4e-59  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0341122  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3072  threonine dehydratase  42.72 
 
 
402 aa  228  9e-59  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0067161  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2979  threonine dehydratase  38.98 
 
 
415 aa  224  2e-57  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1143  threonine dehydratase  40.69 
 
 
400 aa  224  2e-57  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1181  threonine dehydratase  38.34 
 
 
402 aa  222  8e-57  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000071198  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0743  threonine dehydratase  37.54 
 
 
403 aa  222  8e-57  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.00847234  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0944  threonine dehydratase  43.73 
 
 
395 aa  220  1.9999999999999999e-56  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.463198  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0405  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  42.68 
 
 
315 aa  221  1.9999999999999999e-56  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0956264  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3556  threonine dehydratase  39.62 
 
 
403 aa  219  7e-56  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.597428  normal  0.136455 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0103  threonine dehydratase  42.99 
 
 
401 aa  218  1e-55  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0145026  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4035  threonine dehydratase  43.41 
 
 
402 aa  218  1e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1498  threonine dehydratase  41.4 
 
 
346 aa  218  1e-55  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1527  threonine dehydratase  41.4 
 
 
346 aa  218  1e-55  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0934976  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1368  threonine dehydratase  39.09 
 
 
402 aa  218  1e-55  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0833542  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3597  threonine dehydratase  36.74 
 
 
403 aa  217  2.9999999999999998e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.35441  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0486  threonine dehydratase  44.55 
 
 
402 aa  214  9.999999999999999e-55  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.420831  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0066  threonine dehydratase  42.14 
 
 
358 aa  215  9.999999999999999e-55  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3034  threonine dehydratase  41.99 
 
 
403 aa  214  1.9999999999999998e-54  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0011  threonine dehydratase  42.63 
 
 
402 aa  214  1.9999999999999998e-54  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.059163  normal  0.133507 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0069  threonine dehydratase  45.57 
 
 
410 aa  213  2.9999999999999995e-54  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1331  threonine dehydratase  39.94 
 
 
401 aa  213  2.9999999999999995e-54  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0848  threonine dehydratase  40.63 
 
 
402 aa  213  3.9999999999999995e-54  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    decreased coverage  0.00000460563 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1852  threonine dehydratase  39.62 
 
 
402 aa  212  4.9999999999999996e-54  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000042395  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0965  threonine dehydratase  34.97 
 
 
403 aa  211  2e-53  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1062  threonine dehydratase  40.58 
 
 
402 aa  210  3e-53  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0280706  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2353  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  40.07 
 
 
304 aa  209  4e-53  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2441  threonine dehydratase  37.06 
 
 
406 aa  207  2e-52  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000148333  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3448  L-threonine ammonia-lyase  37.38 
 
 
403 aa  206  3e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2432  threonine dehydratase  41.53 
 
 
402 aa  206  4e-52  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0165  threonine dehydratase  40.32 
 
 
400 aa  204  1e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0149  threonine dehydratase  39.75 
 
 
409 aa  204  2e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.436735  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3529  threonine dehydratase  36.74 
 
 
403 aa  204  2e-51  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.10963  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0834  threonine dehydratase  40.06 
 
 
403 aa  203  4e-51  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0125  threonine dehydratase  35.62 
 
 
408 aa  202  4e-51  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5562  L-threonine ammonia-lyase  39.87 
 
 
329 aa  203  4e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.653465 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1722  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  38.41 
 
 
320 aa  202  6e-51  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2376  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  37.5 
 
 
317 aa  202  7e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.954414  normal  0.799861 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0344  threonine dehydratase  39.17 
 
 
399 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4359  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  38.17 
 
 
321 aa  201  9.999999999999999e-51  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8547  threonine dehydratase  37.46 
 
 
402 aa  200  1.9999999999999998e-50  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2749  serine/threonine dehydratase  35.56 
 
 
329 aa  200  3e-50  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.976068  normal  0.188122 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1447  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  38.31 
 
 
330 aa  200  3e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0170532  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0579  threonine dehydratase  42.67 
 
 
401 aa  199  3.9999999999999996e-50  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0564  threonine dehydratase  42.67 
 
 
401 aa  199  3.9999999999999996e-50  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0043  threonine dehydratase  41.64 
 
 
411 aa  199  3.9999999999999996e-50  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0688  L-threonine ammonia-lyase  39.68 
 
 
413 aa  199  5e-50  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0656  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  37.54 
 
 
325 aa  198  7.999999999999999e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.360995  normal  0.512739 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0870  threonine dehydratase, biosynthetic  38.78 
 
 
506 aa  198  9e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0722  threonine ammonia-lyase, biosynthetic  38.78 
 
 
506 aa  198  9e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.130399  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10990  threonine dehydratase  40.5 
 
 
330 aa  198  1.0000000000000001e-49  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3564  threonine dehydratase  41.82 
 
 
329 aa  197  2.0000000000000003e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0996  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  37.58 
 
 
338 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.100397  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2713  threonine dehydratase  41.64 
 
 
410 aa  197  2.0000000000000003e-49  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.420797 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0952  threonine dehydratase  40.62 
 
 
415 aa  197  2.0000000000000003e-49  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000323756  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3770  threonine dehydratase  40.84 
 
 
412 aa  196  4.0000000000000005e-49  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0248886 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4489  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  40.19 
 
 
331 aa  196  4.0000000000000005e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0227  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  41.69 
 
 
353 aa  196  6e-49  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_08511  threonine dehydratase  36.43 
 
 
514 aa  195  8.000000000000001e-49  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.306662  hitchhiker  0.00240564 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04320  threonine dehydratase  36.36 
 
 
504 aa  195  8.000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.478208  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0423  threonine dehydratase  36.36 
 
 
504 aa  195  1e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.146858  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4135  threonine dehydratase, biosynthetic  38.46 
 
 
501 aa  194  1e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0273942  hitchhiker  0.00000000359898 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1794  threonine dehydratase  35.81 
 
 
514 aa  195  1e-48  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.306428  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0111  threonine dehydratase  38.71 
 
 
400 aa  194  2e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.577091  normal  0.0541762 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1403  threonine dehydratase  40.07 
 
 
403 aa  193  4e-48  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0801  threonine dehydratase  41.01 
 
 
407 aa  192  5e-48  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.103174  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1057  threonine dehydratase  37.62 
 
 
402 aa  192  5e-48  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4110  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  37.58 
 
 
333 aa  192  6e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.579842  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3920  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  33.77 
 
 
315 aa  192  6e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.903955  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4935  threonine dehydratase  41.35 
 
 
403 aa  192  6e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1373  threonine dehydratase  38.97 
 
 
537 aa  191  1e-47  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3024  serine/threonine dehydratase  33.54 
 
 
327 aa  191  1e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.657455  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2154  serine/threonine dehydratase  33.54 
 
 
327 aa  191  2e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.160639  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6209  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  34.73 
 
 
319 aa  191  2e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0577806 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3108  serine/threonine dehydratase  33.54 
 
 
327 aa  191  2e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2589  serine/threonine dehydratase  33.54 
 
 
327 aa  191  2e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1068  threonine dehydratase  39.71 
 
 
509 aa  191  2e-47  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1563  threonine dehydratase, biosynthetic  38.49 
 
 
507 aa  191  2e-47  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1526  threonine dehydratase  40.97 
 
 
403 aa  191  2e-47  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.148383  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2024  serine/threonine dehydratase  33.54 
 
 
327 aa  191  2e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3309  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  32.79 
 
 
319 aa  191  2e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0279719  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0755  serine/threonine dehydratase  33.54 
 
 
327 aa  191  2e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.284278  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2761  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  41.01 
 
 
311 aa  191  2e-47  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0379414  normal  0.53534 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>