60 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg2_3926 on replicon NC_011369
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012850  Rleg_4252  DNA polymerase III subunit delta  93.64 
 
 
346 aa  662    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.400931 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3926  DNA polymerase III subunit delta  100 
 
 
346 aa  701    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.455818 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4384  DNA polymerase III subunit delta  61.74 
 
 
347 aa  447  1.0000000000000001e-124  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3200  DNA polymerase III subunit delta  60.17 
 
 
343 aa  419  1e-116  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1977  DNA polymerase III subunit delta  40 
 
 
388 aa  276  5e-73  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.286095  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2057  DNA polymerase III subunit delta  39.71 
 
 
347 aa  275  8e-73  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0863  DNA polymerase III subunit delta  39.71 
 
 
347 aa  274  1.0000000000000001e-72  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3317  DNA polymerase III subunit delta  38.78 
 
 
345 aa  253  4.0000000000000004e-66  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0050  DNA polymerase III subunit delta  38.08 
 
 
347 aa  251  1e-65  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1024  DNA polymerase III subunit delta  37.54 
 
 
342 aa  199  7e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1448  DNA polymerase III subunit delta  36.02 
 
 
342 aa  188  1e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0100  DNA polymerase III subunit delta  34.59 
 
 
342 aa  185  1.0000000000000001e-45  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.427702  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1406  DNA polymerase III subunit delta  36.49 
 
 
342 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.242045 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0286  DNA polymerase III subunit delta  34.2 
 
 
342 aa  183  4.0000000000000006e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0093  DNA polymerase III subunit delta  34.3 
 
 
342 aa  182  8.000000000000001e-45  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.194892 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0169  DNA polymerase III subunit delta  34.3 
 
 
342 aa  179  5.999999999999999e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1652  DNA polymerase III subunit delta  35.34 
 
 
343 aa  177  2e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.884155 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0339  DNA polymerase III, delta subunit  34.32 
 
 
338 aa  177  2e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00729017 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1866  DNA polymerase III subunit delta  35.14 
 
 
343 aa  177  3e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0971828 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1587  DNA polymerase III subunit delta  35.14 
 
 
343 aa  176  6e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0083136 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0387  DNA polymerase III subunit delta  35.65 
 
 
342 aa  176  6e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.252909  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0434  DNA polymerase III subunit delta  35.94 
 
 
342 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4096  DNA polymerase III subunit delta  37.42 
 
 
345 aa  170  4e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.327315  normal  0.0146653 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0292  DNA polymerase III subunit delta  34.97 
 
 
343 aa  168  1e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.259297  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0222  DNA polymerase III, delta subunit  32.55 
 
 
340 aa  167  2.9999999999999998e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.730888  normal  0.129327 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3629  DNA polymerase III subunit delta  31.23 
 
 
342 aa  150  3e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.628858  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1278  DNA polymerase III subunit delta  31.94 
 
 
347 aa  114  2.0000000000000002e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0639  DNA polymerase III subunit delta  31.42 
 
 
337 aa  114  4.0000000000000004e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.858672 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2048  DNA polymerase III subunit delta  29.11 
 
 
334 aa  112  7.000000000000001e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.296688  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2959  DNA polymerase III, delta subunit  33.08 
 
 
350 aa  107  2e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5028  DNA polymerase III subunit delta  32.47 
 
 
350 aa  92.4  1e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.726212 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3217  DNA polymerase III, delta subunit  25 
 
 
340 aa  86.7  6e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2850  DNA polymerase III, delta subunit  27.5 
 
 
340 aa  81.3  0.00000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.160345  normal  0.104898 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1404  DNA polymerase III, delta subunit  27.05 
 
 
389 aa  65.5  0.000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.162572  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0077  DNA polymerase III, delta subunit  24.61 
 
 
334 aa  62.4  0.00000001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2767  DNA polymerase III, delta subunit  26.49 
 
 
342 aa  60.8  0.00000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0126  hypothetical protein  26.46 
 
 
334 aa  60.5  0.00000004  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0999  DNA polymerase III, delta subunit  24.89 
 
 
343 aa  58.5  0.0000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000304897  normal  0.119076 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3379  DNA polymerase III, delta subunit  25.34 
 
 
346 aa  57.4  0.0000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.126679  normal  0.707778 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0043  DNA polymerase III, delta subunit  26.74 
 
 
342 aa  57  0.0000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.302173 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1564  DNA polymerase III, delta subunit  22.26 
 
 
340 aa  57  0.0000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1060  DNA polymerase III, delta subunit  24.05 
 
 
343 aa  55.8  0.000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0315108  hitchhiker  0.00717458 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1172  DNA polymerase III, delta subunit  23.31 
 
 
343 aa  54.7  0.000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0995  DNA polymerase III, delta subunit  24.05 
 
 
343 aa  54.7  0.000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0109002  normal  0.117484 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0838  DNA polymerase III, delta subunit  26.54 
 
 
330 aa  52.4  0.00001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2496  DNA polymerase III, delta  26.23 
 
 
330 aa  51.6  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.776259 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3271  DNA polymerase III, delta subunit  23.41 
 
 
343 aa  51.2  0.00002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00947649  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3313  DNA polymerase III, delta subunit  23.41 
 
 
343 aa  51.6  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000619829  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1096  DNA polymerase III, delta subunit  23.41 
 
 
343 aa  51.2  0.00003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00712318  hitchhiker  0.000000000697762 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0055  DNA polymerase III, delta subunit  26.23 
 
 
341 aa  48.1  0.0002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000100325 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3018  DNA polymerase III, delta subunit  28.09 
 
 
343 aa  47.4  0.0004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3449  DNA polymerase III, delta subunit  23.08 
 
 
343 aa  47.4  0.0004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0222652  hitchhiker  0.000721711 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2277  DNA-directed DNA polymerase  28.69 
 
 
344 aa  46.2  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0203  DNA polymerase III, delta subunit  25.88 
 
 
334 aa  45.1  0.002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3132  DNA polymerase III, delta subunit  26.45 
 
 
331 aa  44.7  0.003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000219361  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0044  DNA polymerase III, delta subunit  26.17 
 
 
342 aa  43.9  0.004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000438472  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3137  DNA polymerase III, delta  27.56 
 
 
330 aa  43.9  0.004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.226338  hitchhiker  0.0000037205 
 
 
-
 
NC_002936  DET0047  DNA polymerase III delta subunit-related protein  25.33 
 
 
399 aa  43.5  0.006  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00913059  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0409  DNA polymerase III, delta subunit  30.92 
 
 
343 aa  42.7  0.009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_47  DNA polymerase III, delta subunit  24.67 
 
 
419 aa  42.7  0.009  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  0.000000000202582  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>