More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg2_3811 on replicon NC_011369
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304



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Organism name

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Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012850  Rleg_4140  major facilitator superfamily MFS_1  94.34 
 
 
512 aa  951    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.347022  normal  0.239769 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3811  major facilitator superfamily MFS_1  100 
 
 
512 aa  1012    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1177  MFS permease  68.39 
 
 
520 aa  657    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05770  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  38.42 
 
 
528 aa  319  6e-86  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.148276  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5185  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  38.27 
 
 
525 aa  309  1.0000000000000001e-82  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.804488  normal  0.490544 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3709  EmrB/QacA family drug resistance transporter  38.55 
 
 
522 aa  307  3e-82  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.486595  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2318  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  37.89 
 
 
678 aa  303  7.000000000000001e-81  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1314  EmrB/QacA subfamily drug resistance transporter  37.22 
 
 
535 aa  301  1e-80  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  decreased coverage  0.00952843  normal  0.308238 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0210  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  38.54 
 
 
592 aa  302  1e-80  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.852197 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3291  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  40.16 
 
 
666 aa  301  2e-80  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.47407  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4056  EmrB/QacA family drug resistance transporter  39.87 
 
 
509 aa  299  9e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.010273  normal  0.647251 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1465  EmrB/QacA family drug resistance transporter  41.18 
 
 
504 aa  297  3e-79  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0275  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  37.95 
 
 
539 aa  296  6e-79  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.269312  normal  0.0148555 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1157  EmrB/QacA family drug resistance transporter  39.57 
 
 
504 aa  296  6e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.153598  normal  0.545064 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4512  EmrB/QacA family drug resistance transporter  39.66 
 
 
504 aa  296  6e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2756  EmrB/QacA family drug resistance transporter  36.73 
 
 
682 aa  294  2e-78  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2786  EmrB/QacA family drug resistance transporter  36.73 
 
 
682 aa  294  2e-78  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2800  EmrB/QacA family drug resistance transporter  36.73 
 
 
682 aa  294  2e-78  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.375758  normal  0.713659 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5634  EmrB/QacA family drug resistance transporter  38.71 
 
 
504 aa  293  4e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.327669 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3042  EmrB/QacA family drug resistance transporter  35.92 
 
 
685 aa  292  9e-78  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.141693  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4163  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  38.46 
 
 
676 aa  292  1e-77  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8279  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  36.92 
 
 
680 aa  291  2e-77  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.270413  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3702  EmrB/QacA family drug resistance transporter  38.71 
 
 
509 aa  291  2e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4024  EmrB/QacA family drug resistance transporter  38.97 
 
 
509 aa  291  2e-77  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.179138  normal  0.623334 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3321  EmrB/QacA family drug resistance transporter  37.23 
 
 
650 aa  291  2e-77  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.157992  normal  0.0742968 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4666  EmrB/QacA family drug resistance transporter  38.71 
 
 
509 aa  291  2e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.481677  normal  0.435005 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1299  EmrB/QacA family drug resistance transporter  40.5 
 
 
504 aa  290  3e-77  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.144452  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0279  EmrB/QacA family drug resistance transporter  40.5 
 
 
504 aa  290  3e-77  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.2584  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1016  EmrB/QacA family drug resistance transporter  40.5 
 
 
504 aa  290  5.0000000000000004e-77  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.80336  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1890  EmrB/QacA family drug resistance transporter  39.25 
 
 
569 aa  290  5.0000000000000004e-77  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0550  EmrB/QacA family drug resistance transporter  40.5 
 
 
504 aa  290  5.0000000000000004e-77  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.976745  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2533  EmrB/QacA family drug resistance transporter  40.5 
 
 
519 aa  289  8e-77  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4864  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  38.38 
 
 
685 aa  287  4e-76  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1356  EmrB/QacA family drug resistance transporter  40.27 
 
 
504 aa  286  5.999999999999999e-76  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.991135  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1278  EmrB/QacA family drug resistance transporter  40.27 
 
 
504 aa  286  8e-76  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0043  EmrB/QacA family drug resistance transporter  38.35 
 
 
504 aa  284  2.0000000000000002e-75  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.258133  normal  0.869121 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3945  EmrB/QacA family drug resistance transporter  36.42 
 
 
528 aa  284  3.0000000000000004e-75  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00181565  hitchhiker  0.00620132 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2480  EmrB/QacA family drug resistance transporter  37.42 
 
 
504 aa  283  5.000000000000001e-75  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4890  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  39.96 
 
 
513 aa  283  5.000000000000001e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0326454  normal  0.212856 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0391  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  35.77 
 
 
530 aa  280  3e-74  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.979828  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0717  EmrB/QacA family drug resistance transporter  38.83 
 
 
558 aa  278  1e-73  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.770491 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1779  major facilitator superfamily multidrug efflux transporter  38.96 
 
 
520 aa  278  2e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.38448  unclonable  0.00000000116602 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23860  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  35.71 
 
 
572 aa  277  3e-73  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0809765  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4090  EmrB/QacA family drug resistance transporter  38.04 
 
 
523 aa  275  1.0000000000000001e-72  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.588022  normal  0.0353646 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2050  EmrB/QacA family drug resistance transporter  35.69 
 
 
516 aa  275  2.0000000000000002e-72  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.851205  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6232  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  40.37 
 
 
535 aa  274  3e-72  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2560  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  34.25 
 
 
557 aa  273  6e-72  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.577395  normal  0.137403 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3357  EmrB/QacA family drug resistance transporter  38.34 
 
 
505 aa  270  7e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000299723 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2169  EmrB/QacA family drug resistance transporter  36.13 
 
 
554 aa  268  1e-70  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1250  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  36.35 
 
 
567 aa  268  2e-70  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000544425 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2988  EmrB/QacA family drug resistance transporter  37.27 
 
 
514 aa  268  2e-70  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3285  EmrB/QacA family drug resistance transporter  38.33 
 
 
501 aa  266  5e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.791434 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3817  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  38.35 
 
 
697 aa  265  1e-69  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00137036  normal  0.060926 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0237  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  35.27 
 
 
621 aa  265  1e-69  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2111  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  36.69 
 
 
528 aa  264  3e-69  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.534364  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1036  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  36.63 
 
 
672 aa  264  3e-69  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8653  Arabinose efflux permease-like protein  36.11 
 
 
666 aa  264  4e-69  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0662  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  37.72 
 
 
525 aa  261  2e-68  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03040  putative MFS transporter  36.18 
 
 
501 aa  258  1e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.479989  hitchhiker  0.0000743098 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1179  EmrB/QacA family drug resistance transporter  35.71 
 
 
538 aa  258  1e-67  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00903391  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0241  EmrB/QacA family drug resistance transporter  32.56 
 
 
523 aa  258  2e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.232516  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6564  EmrB/QacA family drug resistance transporter  32.73 
 
 
526 aa  256  6e-67  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.569718  normal  0.0165949 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2535  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  35.96 
 
 
575 aa  256  7e-67  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4795  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  37.71 
 
 
534 aa  253  5.000000000000001e-66  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.29039  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5139  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  34.93 
 
 
519 aa  249  8e-65  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.306727  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0466  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  33.93 
 
 
575 aa  249  9e-65  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.614591  normal  0.0769795 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4672  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  37.15 
 
 
593 aa  249  1e-64  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.349364  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0295  EmrB/QacA family drug resistance transporter  37.5 
 
 
565 aa  248  2e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_14720  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  34.55 
 
 
524 aa  246  8e-64  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.584953  normal  0.369508 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0339  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  36.6 
 
 
554 aa  246  9.999999999999999e-64  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2612  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  33.42 
 
 
565 aa  246  9.999999999999999e-64  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  unclonable  0.000000000331464  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5055  EmrB/QacA family drug resistance transporter  32.94 
 
 
522 aa  245  1.9999999999999999e-63  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.663135  normal  0.937687 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5486  major facilitator superfamily MFS_1  32.68 
 
 
584 aa  244  3e-63  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0573143  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23370  arabinose efflux permease family protein  33.27 
 
 
535 aa  243  7.999999999999999e-63  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.517259  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0550  tRNA-guanine transglycosylase, various specificities  36.07 
 
 
1062 aa  243  9e-63  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4024  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  35.16 
 
 
562 aa  242  1e-62  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.736768  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0331  MFS family transporter  35.89 
 
 
515 aa  242  1e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5285  major facilitator superfamily MFS_1  35.86 
 
 
491 aa  240  4e-62  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1147  EmrB/QacA family drug resistance transporter  38.24 
 
 
702 aa  240  4e-62  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.624322  normal  0.188028 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0763  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  34.66 
 
 
641 aa  240  5e-62  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11905  integral membrane protein  34.01 
 
 
687 aa  240  5e-62  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0306  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  36.66 
 
 
555 aa  237  3e-61  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.509937  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0296  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  36.57 
 
 
531 aa  236  6e-61  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0388  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  35.25 
 
 
532 aa  235  1.0000000000000001e-60  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4300  drug resistance transporter, EmrB/QacA family  36.17 
 
 
504 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2369  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  35.96 
 
 
555 aa  235  1.0000000000000001e-60  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.528601  normal  0.618021 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2523  major facilitator superfamily MFS_1  33.33 
 
 
551 aa  236  1.0000000000000001e-60  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.76417  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4396  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  33.66 
 
 
526 aa  235  2.0000000000000002e-60  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4004  EmrB/QacA family drug resistance transporter  33.67 
 
 
498 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.074494 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1011  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  33.19 
 
 
522 aa  234  4.0000000000000004e-60  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0614  EmrB/QacA family drug resistance transporter  30.58 
 
 
607 aa  234  4.0000000000000004e-60  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.222069  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1939  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  32.89 
 
 
537 aa  231  2e-59  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.926976  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1015  EmrB/QacA family drug resistance transporter  34 
 
 
561 aa  232  2e-59  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0731  EmrB/QacA family drug resistance transporter  30.64 
 
 
537 aa  231  3e-59  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0773  major facilitator transporter  37.65 
 
 
518 aa  230  4e-59  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4459  multidrug resistance protein B  31.2 
 
 
478 aa  228  1e-58  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0324211  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4643  putative multidrug resistance protein  30.26 
 
 
537 aa  229  1e-58  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00119486  unclonable  1.5256899999999999e-25 
 
 
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NC_007760  Adeh_3710  EmrB/QacA family drug resistance transporter  37.23 
 
 
489 aa  229  1e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_011725  BCB4264_A0695  putative multidrug resistance protein  32.54 
 
 
537 aa  228  2e-58  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0299481  n/a   
 
 
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NC_011658  BCAH187_A0792  putative multidrug resistance protein  30.62 
 
 
537 aa  228  2e-58  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000149033  n/a   
 
 
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