41 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg2_3300 on replicon NC_011369
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009504  BOV_A0073  homospermidine synthase  71.64 
 
 
476 aa  741    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.124838  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3300  Homospermidine synthase  100 
 
 
483 aa  1006    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0933  Homospermidine synthase  76.47 
 
 
476 aa  771    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2003  Homospermidine synthase  71.88 
 
 
482 aa  723    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.205758  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1078  homospermidine synthase  68.48 
 
 
476 aa  671    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.417526 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1154  Homospermidine synthase  65.14 
 
 
476 aa  649    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00185878 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2317  Homospermidine synthase  71.67 
 
 
482 aa  721    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.102013  normal  0.442581 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0451  homospermidine synthase  69.31 
 
 
476 aa  708    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.045579 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5045  homospermidine synthase  71.28 
 
 
481 aa  718    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.501527  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2042  homospermidine synthase  71.88 
 
 
482 aa  721    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.418846  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2947  homospermidine synthase  66.81 
 
 
472 aa  654    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0190455 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2138  homospermidine synthase  71.25 
 
 
476 aa  712    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5462  Homospermidine synthase  71.64 
 
 
478 aa  727    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.52008 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4263  homospermidine synthase  74.53 
 
 
481 aa  773    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.393392  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1646  homospermidine synthase  70.08 
 
 
476 aa  701    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.322403  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2688  homospermidine synthase  87.16 
 
 
483 aa  890    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.621214 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4834  homospermidine synthase  73.17 
 
 
478 aa  734    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.109645  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0078  homospermidine synthase  72.67 
 
 
481 aa  755    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3602  Homospermidine synthase  97.31 
 
 
483 aa  984    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0921  homospermidine synthase  72.46 
 
 
478 aa  749    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.126033  normal  0.788055 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4552  homospermidine synthase  75.26 
 
 
477 aa  754    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.900238  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0956  homospermidine synthase  67.57 
 
 
473 aa  659    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0850  homospermidine synthase  75.31 
 
 
475 aa  759    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.369039 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3423  homospermidine synthase  72.88 
 
 
477 aa  751    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.532331  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2727  homospermidine synthase  78.26 
 
 
481 aa  815    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3707  homospermidine synthase  87.78 
 
 
480 aa  891    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.134775  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1345  homospermidine synthase  74.79 
 
 
474 aa  754    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.284447 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3337  homospermidine synthase  53.14 
 
 
471 aa  497  1e-139  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1354  homospermidine synthase  51.14 
 
 
475 aa  493  9.999999999999999e-139  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.249376 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2012  Homospermidine synthase  52.07 
 
 
474 aa  477  1e-133  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.50019  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1700  homospermidine synthase  49.79 
 
 
486 aa  469  1.0000000000000001e-131  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.914151  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2562  hypothetical protein  44.64 
 
 
472 aa  416  9.999999999999999e-116  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1868  homospermidine synthase  45.86 
 
 
470 aa  412  1e-114  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2416  hypothetical protein  44.85 
 
 
472 aa  414  1e-114  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3061  homospermidine synthase  44.75 
 
 
469 aa  409  1e-113  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35790  putative homospermidine synthase  44.75 
 
 
469 aa  409  1e-113  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000430191  decreased coverage  6.17783e-20 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0878  Homospermidine synthase  37.5 
 
 
485 aa  320  3.9999999999999996e-86  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0694  homospermidine synthase  38.14 
 
 
486 aa  320  5e-86  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1047  homospermidine synthase  35.64 
 
 
480 aa  311  2e-83  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.129007 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2685  homospermidine synthase  36.51 
 
 
482 aa  283  5.000000000000001e-75  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0137056  normal  0.192597 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2622  homospermidine synthase  34.36 
 
 
481 aa  271  2e-71  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.969992  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>