More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg2_3019 on replicon NC_011369
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011369  Rleg2_3019  periplasmic binding protein  100 
 
 
309 aa  608  1e-173  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.184479  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3270  periplasmic binding protein  92.23 
 
 
309 aa  541  1e-153  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0101899 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2339  periplasmic binding protein  61.59 
 
 
316 aa  363  2e-99  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1442  periplasmic binding protein  57.82 
 
 
321 aa  300  2e-80  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.181866  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0345  periplasmic binding protein  56.64 
 
 
282 aa  290  2e-77  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3620  periplasmic binding protein  54.05 
 
 
297 aa  271  1e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4203  periplasmic binding protein  53.87 
 
 
291 aa  270  2.9999999999999997e-71  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.564967  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0573  hemin-binding periplasmic protein hmuT  53.67 
 
 
278 aa  264  2e-69  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.472949  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2134  periplasmic binding protein  49.17 
 
 
296 aa  256  3e-67  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.342061  normal  0.620791 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0457  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  48.08 
 
 
303 aa  240  2e-62  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.251804  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2734  ABC transporter substrate binding protein (hemin)  45.64 
 
 
312 aa  235  6e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.702992  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2350  periplasmic binding protein  41.58 
 
 
323 aa  223  3e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.048634  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0166  periplasmic binding protein  40.33 
 
 
323 aa  218  8.999999999999998e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1969  periplasmic binding protein  45.56 
 
 
329 aa  212  7e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2411  periplasmic binding protein  40.28 
 
 
323 aa  205  8e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2324  periplasmic binding protein  49.54 
 
 
288 aa  203  3e-51  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0524222  normal  0.815768 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3080  periplasmic binding protein  41.25 
 
 
302 aa  200  3e-50  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.551347  normal  0.329322 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1931  periplasmic binding protein  46.27 
 
 
302 aa  191  1e-47  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2195  periplasmic binding protein  42.25 
 
 
294 aa  186  5e-46  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0123698  normal  0.456206 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4192  periplasmic binding protein  43.85 
 
 
320 aa  180  2.9999999999999997e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0568253  normal  0.138797 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4588  periplasmic binding protein  45.49 
 
 
292 aa  176  3e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.310759  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0182  periplasmic binding protein  42.56 
 
 
296 aa  172  5e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.0861033 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3803  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  38.91 
 
 
279 aa  172  7.999999999999999e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.656087  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3891  periplasmic binding protein  38.91 
 
 
279 aa  172  7.999999999999999e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.815625  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0648  hemin-binding periplasmic protein  38.91 
 
 
279 aa  172  7.999999999999999e-42  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.466649 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2167  periplasmic binding protein  39.13 
 
 
276 aa  164  1.0000000000000001e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.579619  normal  0.13229 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1739  periplasmic binding protein  38.65 
 
 
273 aa  162  5.0000000000000005e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.102964  normal  0.190946 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1605  periplasmic binding protein  40 
 
 
279 aa  162  5.0000000000000005e-39  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  unclonable  0.000000278278 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4774  periplasmic binding protein  39.92 
 
 
302 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.206831  normal  0.996632 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3307  periplasmic binding protein  39.53 
 
 
357 aa  162  7e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.182474  hitchhiker  0.00128182 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3336  periplasmic binding protein  39.92 
 
 
304 aa  160  2e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.383489  hitchhiker  0.00144742 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5376  hemin-binding periplasmic protein HmuT  38.89 
 
 
283 aa  160  3e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00368111  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4372  periplasmic binding protein  39.54 
 
 
362 aa  159  4e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.670262  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5317  periplasmic binding protein  38.71 
 
 
290 aa  159  6e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001352  periplasmic hemin-binding protein  39.46 
 
 
289 aa  158  9e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00152627  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0219  ABC cobalamin/Fe3+-siderophore transporter, periplasmic ligand binding protein  38.91 
 
 
305 aa  157  2e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4836  periplasmic binding protein  39.11 
 
 
305 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3535  periplasmic binding protein  37.25 
 
 
276 aa  155  6e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.862472 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5429  periplasmic binding protein  38.52 
 
 
305 aa  155  7e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5433  periplasmic binding protein  38.52 
 
 
305 aa  155  7e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0579041  normal  0.78876 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2141  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  36.47 
 
 
308 aa  154  1e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0324  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein HutB  35.38 
 
 
277 aa  153  2.9999999999999998e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000295814  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0853  periplasmic binding protein  39.36 
 
 
280 aa  152  5e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2762  periplasmic binding protein  37.14 
 
 
272 aa  150  3e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.599111  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0345  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  37.97 
 
 
308 aa  149  4e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2460  periplasmic binding protein  37.24 
 
 
272 aa  150  4e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3565  periplasmic binding protein  37.6 
 
 
360 aa  149  4e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0438  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  37.97 
 
 
308 aa  149  4e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7224  periplasmic binding protein  37.8 
 
 
276 aa  149  6e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3331  periplasmic binding protein  37.6 
 
 
312 aa  149  7e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1118  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  37.59 
 
 
308 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.403801  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1828  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  37.59 
 
 
308 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1778  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  37.97 
 
 
308 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2092  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  37.59 
 
 
308 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0826  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  37.59 
 
 
308 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.456896  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1210  periplasmic binding protein  36.15 
 
 
270 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05241  ABC-type hemin transport system periplasmic component  36.4 
 
 
289 aa  146  3e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1017  periplasmic binding protein  35.12 
 
 
331 aa  143  4e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.951283  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1754  heme transporter protein HuvB, putative periplasmic binding protein  36.43 
 
 
290 aa  143  4e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0122472  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2834  periplasmic binding protein  37.8 
 
 
271 aa  142  5e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0962  periplasmic binding protein  36.99 
 
 
348 aa  142  8e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1050  periplasmic binding protein  36.26 
 
 
343 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0948  periplasmic binding protein  37.05 
 
 
308 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.971026  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3342  periplasmic binding protein  35.88 
 
 
343 aa  140  3e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0029736  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1393  periplasmic binding protein  35.61 
 
 
317 aa  139  7.999999999999999e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.310826  normal  0.0475326 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2169  periplasmic binding protein  35 
 
 
303 aa  138  1e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000287241  normal  0.208584 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3673  hemin ABC transporter, periplasmic hemin-binding protein  34.91 
 
 
317 aa  137  2e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3239  periplasmic binding protein  35.5 
 
 
306 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.720856  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2386  binding-protein-dependent transport lipoprotein  35.46 
 
 
355 aa  135  9e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1566  periplasmic binding protein  33.59 
 
 
289 aa  134  9.999999999999999e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.447578  normal  0.39643 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4008  periplasmic binding protein  35.04 
 
 
304 aa  133  3e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.756364 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1488  periplasmic binding protein  30.95 
 
 
310 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.80443  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3804  periplasmic-binding protein  31.79 
 
 
304 aa  128  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.118967 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2443  periplasmic binding protein  32.68 
 
 
304 aa  127  2.0000000000000002e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000000910512  normal  0.674129 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4861  periplasmic-binding protein  32.31 
 
 
284 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.478364 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4553  periplasmic binding protein  33.2 
 
 
294 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.697431  hitchhiker  0.000000125812 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0745  periplasmic binding protein  33.85 
 
 
294 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.124358  hitchhiker  0.00000000011582 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2752  periplasmic binding protein  32.95 
 
 
275 aa  124  2e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62300  hypothetical protein  32.58 
 
 
297 aa  124  3e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0763709  normal  0.706127 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4689  periplasmic binding protein  32.82 
 
 
294 aa  123  4e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000220473 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4687  periplasmic binding protein  32.82 
 
 
294 aa  122  6e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0140247  hitchhiker  0.000000000756756 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3879  periplasmic binding protein  32.22 
 
 
379 aa  122  6e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.051517 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0993  periplasmic binding protein  32.96 
 
 
299 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00265339  hitchhiker  0.0000000000789145 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0371  periplasmic binding protein  31.95 
 
 
380 aa  119  6e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5424  hypothetical protein  32.95 
 
 
297 aa  119  7e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.233376  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0786  periplasmic binding protein  34 
 
 
327 aa  115  6.9999999999999995e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.683071  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2873  periplasmic binding protein  34.94 
 
 
364 aa  115  7.999999999999999e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09830  ABC-type hemin transport system, periplasmic component  31.45 
 
 
394 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.423992  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4800  periplasmic binding protein  30.62 
 
 
290 aa  113  3e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000643232  hitchhiker  0.00663707 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0075  periplasmic binding protein  33.46 
 
 
335 aa  114  3e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01536  ABC-type hemin transport system, periplasmic component  29.66 
 
 
318 aa  113  4.0000000000000004e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2759  periplasmic binding protein  30.22 
 
 
380 aa  111  2.0000000000000002e-23  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.199201  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0124  periplasmic binding protein  30.56 
 
 
295 aa  97.8  2e-19  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  decreased coverage  0.00000158909  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2124  periplasmic binding protein  29.85 
 
 
346 aa  84.3  0.000000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.355272  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0029  periplasmic binding protein  30.39 
 
 
287 aa  82.8  0.000000000000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0260  periplasmic binding protein  29.11 
 
 
321 aa  82  0.00000000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.495398  normal  0.417174 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2060  periplasmic binding protein  31.37 
 
 
309 aa  82.4  0.00000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.182535  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1754  periplasmic binding protein  26.36 
 
 
318 aa  79  0.00000000000009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000128267  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0983  periplasmic binding protein  31.78 
 
 
351 aa  77.8  0.0000000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.750238  normal  0.171605 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1508  periplasmic binding protein  27.56 
 
 
268 aa  75.9  0.0000000000008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>