More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg2_0061 on replicon NC_011369
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012850  Rleg_0078  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  92.93 
 
 
397 aa  761    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.191051  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0474  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  80.05 
 
 
404 aa  671    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.987794  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0061  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  79.09 
 
 
426 aa  660    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.250429  normal  0.531249 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0061  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  100 
 
 
397 aa  810    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.03403 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0389  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  71.87 
 
 
395 aa  602  1.0000000000000001e-171  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.45697  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1031  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  72.24 
 
 
395 aa  588  1e-167  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0972  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  72.24 
 
 
395 aa  588  1e-167  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1350  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  71.36 
 
 
395 aa  585  1e-166  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.80626  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1601  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  61.77 
 
 
387 aa  485  1e-136  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0549352 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1633  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  61.86 
 
 
403 aa  477  1e-133  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.73321  normal  0.191724 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1915  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  61.6 
 
 
388 aa  473  1e-132  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.121037 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1338  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  58.72 
 
 
390 aa  469  1.0000000000000001e-131  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0628  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  58.99 
 
 
387 aa  452  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0809  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  58.84 
 
 
392 aa  452  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.486671 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7333  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  57.54 
 
 
384 aa  451  1e-125  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0676  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  57.93 
 
 
389 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3149  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  58.49 
 
 
392 aa  441  1e-123  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.53519 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0077  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  56.12 
 
 
388 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0144823 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4745  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  60.31 
 
 
410 aa  437  1e-121  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.745533  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3697  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  55.53 
 
 
411 aa  436  1e-121  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.891893  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3068  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  55.44 
 
 
389 aa  428  1e-118  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.76584  normal  0.634993 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3336  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  56.81 
 
 
383 aa  422  1e-117  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0627884 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4235  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  58.67 
 
 
396 aa  413  1e-114  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00395056 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3480  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  53.52 
 
 
404 aa  392  1e-108  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2093  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  53.99 
 
 
363 aa  382  1e-105  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.872712  normal  0.304299 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1021  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  55.21 
 
 
388 aa  380  1e-104  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000463021 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0350  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  53.75 
 
 
385 aa  373  1e-102  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.306111  normal  0.0744523 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0266  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  53.73 
 
 
395 aa  373  1e-102  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4562  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  52.28 
 
 
388 aa  363  3e-99  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0449  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  52.66 
 
 
390 aa  357  1.9999999999999998e-97  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.408478 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2842  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  49.62 
 
 
382 aa  348  1e-94  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0046  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  47.09 
 
 
387 aa  342  7e-93  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00905403  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0094  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  47.06 
 
 
389 aa  342  8e-93  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0354  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  49.23 
 
 
388 aa  337  1.9999999999999998e-91  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2996  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  47.47 
 
 
381 aa  336  5e-91  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.343819 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0012  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  49.11 
 
 
379 aa  332  6e-90  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0048  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  49.49 
 
 
380 aa  332  6e-90  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2789  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  48.61 
 
 
380 aa  330  3e-89  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.345284  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1128  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  48.21 
 
 
380 aa  329  6e-89  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0144  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.76 
 
 
381 aa  325  1e-87  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.131428  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1291  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.21 
 
 
378 aa  323  3e-87  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0581  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  50 
 
 
375 aa  320  3e-86  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.680439  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3620  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  51.15 
 
 
377 aa  319  5e-86  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.459688 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1868  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.45 
 
 
375 aa  312  4.999999999999999e-84  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1531  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  50.26 
 
 
371 aa  308  8e-83  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2554  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.04 
 
 
376 aa  305  8.000000000000001e-82  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.115237  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0788  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.98 
 
 
398 aa  301  1e-80  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.770498  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1869  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.82 
 
 
375 aa  299  6e-80  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0561  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.78 
 
 
407 aa  296  3e-79  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1266  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.88 
 
 
380 aa  296  3e-79  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0549  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.86 
 
 
407 aa  296  4e-79  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.306298 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1804  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.67 
 
 
386 aa  296  4e-79  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0689482  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1150  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.67 
 
 
376 aa  293  3e-78  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2126  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.69 
 
 
376 aa  291  1e-77  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.521922  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1852  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.88 
 
 
378 aa  291  1e-77  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.751172  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03183  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.64 
 
 
378 aa  291  1e-77  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1471  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.92 
 
 
378 aa  290  2e-77  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2246  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.71 
 
 
383 aa  290  2e-77  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2976  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  39.49 
 
 
375 aa  289  7e-77  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0234315  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2196  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.82 
 
 
385 aa  288  8e-77  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0557  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.72 
 
 
386 aa  288  1e-76  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1496  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.49 
 
 
382 aa  286  4e-76  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1819  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.49 
 
 
382 aa  286  4e-76  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.578155  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2443  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.04 
 
 
377 aa  286  5e-76  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.461656  normal  0.0916444 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2607  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.36 
 
 
382 aa  284  2.0000000000000002e-75  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0642  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.73 
 
 
402 aa  282  8.000000000000001e-75  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.39661  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2518  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.74 
 
 
382 aa  281  1e-74  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00740773 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0676  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  39.36 
 
 
374 aa  281  1e-74  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.438306  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2019  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  46.53 
 
 
377 aa  281  1e-74  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00489333 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2192  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.49 
 
 
376 aa  281  1e-74  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0781  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  39.36 
 
 
374 aa  281  2e-74  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.946099  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2188  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.48 
 
 
376 aa  280  3e-74  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0116098 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1271  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.67 
 
 
392 aa  278  1e-73  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2375  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.84 
 
 
377 aa  278  1e-73  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49380  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.56 
 
 
383 aa  278  1e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.545113  normal  0.68412 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4217  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.3 
 
 
383 aa  277  2e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3066  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.04 
 
 
380 aa  277  2e-73  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.107032  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2482  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.98 
 
 
389 aa  277  2e-73  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.434422 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02544  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.56 
 
 
378 aa  276  3e-73  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0279642  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1390  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.86 
 
 
386 aa  276  4e-73  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1420  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.35 
 
 
383 aa  276  4e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000737808  normal  0.0270135 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1255  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  39.74 
 
 
375 aa  276  4e-73  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3501  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  39.85 
 
 
375 aa  276  5e-73  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1647  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.37 
 
 
382 aa  275  7e-73  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.841755 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1895  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.21 
 
 
383 aa  275  1.0000000000000001e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.387687  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2967  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  39.03 
 
 
375 aa  275  1.0000000000000001e-72  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.546622 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2843  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.05 
 
 
375 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3141  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  39.49 
 
 
375 aa  275  1.0000000000000001e-72  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1372  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  39.49 
 
 
375 aa  275  1.0000000000000001e-72  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02363  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.05 
 
 
375 aa  274  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1198  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.05 
 
 
375 aa  274  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02325  hypothetical protein  40.05 
 
 
375 aa  274  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2751  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.05 
 
 
375 aa  274  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1169  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  39.74 
 
 
375 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0085644  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2618  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.05 
 
 
375 aa  274  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1814  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.6 
 
 
376 aa  274  2.0000000000000002e-72  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.93447  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1205  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.05 
 
 
375 aa  274  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.270871  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2602  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.05 
 
 
375 aa  274  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3614  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.53 
 
 
386 aa  273  3e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.718454  normal  0.0448181 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3693  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.05 
 
 
375 aa  273  3e-72  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>