60 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_R0048 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_R0048  tRNA-Tyr  100 
 
 		 86 bp  170  3e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.012398  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0002  tRNA-Tyr  96.51 
 
 		 86 bp  147  5e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0054  tRNA-Tyr  100 
 
 		 88 bp  81.8  0.00000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000280744  decreased coverage  0.00224891 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0024  tRNA-Tyr  87.65 
 
 		 86 bp  81.8  0.00000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.640159  normal  0.173611 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0009  tRNA-Tyr  97.62 
 
 		 86 bp  75.8  0.000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.193083  normal  0.394655 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0028  tRNA-Tyr  87.84 
 
 		 86 bp  75.8  0.000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000000249872  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0023  tRNA-Tyr  87.84 
 
 		 86 bp  75.8  0.000000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0238179  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0022  tRNA-Tyr  97.62 
 
 		 86 bp  75.8  0.000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.537051  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS05585  tRNA-Tyr  84.88 
 
 		 86 bp  67.9  0.0000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000486194  normal  0.206056 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0058  tRNA-Tyr  84.88 
 
 		 86 bp  67.9  0.0000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0117646  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0059  tRNA-Tyr  84.88 
 
 		 86 bp  67.9  0.0000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0053  tRNA-Tyr  84.88 
 
 		 86 bp  67.9  0.0000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.798877 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0050  tRNA-Tyr  84.88 
 
 		 86 bp  67.9  0.0000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.160697  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0022  tRNA-Tyr  94.87 
 
 		 84 bp  61.9  0.00000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  1.4432900000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0014  tRNA-Tyr  84.88 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000000194257  hitchhiker  0.00490505 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0056  tRNA-Tyr  94.74 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00000675719  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0035  tRNA-Tyr  86.36 
 
 		 83 bp  60  0.00000009  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.641797  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0037  tRNA-Tyr  83.72 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.499961 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0009  tRNA-Tyr  92.68 
 
 		 83 bp  58  0.0000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_871  tRNA-Tyr  91.11 
 
 		 84 bp  58  0.0000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000164739  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Tyr-1  tRNA-Tyr  91.11 
 
 		 84 bp  58  0.0000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.0000000899058  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0029  tRNA-Tyr  91.11 
 
 		 84 bp  58  0.0000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.000000000326134  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0058  tRNA-Tyr  83.95 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.90337 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0405  tRNA-Tyr  92.5 
 
 		 83 bp  56  0.000001  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  hitchhiker  0.00881766  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0033  tRNA-Tyr  94.44 
 
 		 84 bp  56  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000103069  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0048  tRNA-Tyr  94.44 
 
 		 84 bp  56  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000106937  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1846  tRNA-Tyr  86.44 
 
 		 83 bp  54  0.000005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0021  tRNA-Tyr  86.44 
 
 		 86 bp  54  0.000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000000000055523  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0021  tRNA-Tyr  85.96 
 
 		 83 bp  50.1  0.00009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0035  tRNA-Tyr  88.89 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000283862  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0015  tRNA-Tyr  88.89 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000216156  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0029  tRNA-Tyr  85.96 
 
 		 83 bp  50.1  0.00009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.572111  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0022  tRNA-Tyr  85.96 
 
 		 83 bp  50.1  0.00009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.322461  normal  0.0145309 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0029  tRNA-Tyr  85.96 
 
 		 83 bp  50.1  0.00009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0031  tRNA-Tyr  86.67 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.219663 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0003  tRNA-Tyr  93.55 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0010  tRNA-Tyr  91.43 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000639751  normal  0.164042 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA69  tRNA-Tyr  86.21 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00000487503  normal  0.622642 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3797  tRNA-Tyr  81.4 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.0000000000392981  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Tyr-3  tRNA-Tyr  81.4 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.000509746  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3087  tRNA-Tyr  81.4 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000100368  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0012  tRNA-Tyr  81.4 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000828702  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0263  tRNA-Tyr  89.47 
 
 		 83 bp  44.1  0.005  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000617224  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t05  tRNA-Tyr  86.21 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.347448  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0059  tRNA-Tyr  81.4 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000000111463  hitchhiker  0.000000693164 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0072  tRNA-Tyr  81.4 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00000172192  normal  0.224883 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0012  tRNA-Tyr  81.4 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000498022  normal  0.583386 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0058  tRNA-Tyr  81.4 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0012  tRNA-Tyr  81.4 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000122749  normal  0.1453 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0009  tRNA-Tyr  81.4 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000816684  normal  0.0119926 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0079  tRNA-Tyr  81.4 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000287408  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0061  tRNA-Tyr  81.4 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.0000000782814  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3458  tRNA-Tyr  81.4 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.000255407  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3827  tRNA-Tyr  81.4 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.400436  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3765  tRNA-Tyr  81.4 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000000000159613  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1903  tRNA-Tyr  81.4 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00000431131  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0068  tRNA-Tyr  81.4 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.544581  normal  0.0861147 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3189  tRNA-Tyr  81.4 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000533959  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0043  tRNA-Tyr  86.96 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0206397  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0011  tRNA-Tyr  81.4 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.000000561505  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>