More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_R0025 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_R0025  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0018  tRNA-Pro  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.021826  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0035  tRNA-Pro  95.89 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.4244  normal  0.758764 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0016  tRNA-Pro  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0504484  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0052  tRNA-Pro  95.89 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.375643  normal  0.0809617 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0047  tRNA-Pro  95.89 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0039  tRNA-Pro  95.89 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0435386 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1454  tRNA-Pro  95.77 
 
 		 79 bp  117  3.9999999999999997e-25  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.00328023  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1418  tRNA-Pro  95.77 
 
 		 79 bp  117  3.9999999999999997e-25  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0046  tRNA-Pro  94.87 
 
 		 78 bp  115  2.0000000000000002e-24  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0037  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.217744 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2135  tRNA-Pro  93.59 
 
 		 78 bp  107  4e-22  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00369966  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2210  tRNA-Pro  93.59 
 
 		 78 bp  107  4e-22  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.225115  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS03760  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0394187 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1308  tRNA-Pro  93.15 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.585322  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1501  tRNA-Pro  93.15 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.287153  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  93.15 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.592302  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0032  tRNA-Pro  93.15 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.832737  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0590  tRNA-Pro  93.15 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.532151  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1702  tRNA-Pro  93.15 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.535582  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0039  tRNA-Pro  93.15 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0562  tRNA-Pro  93.15 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.60431  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0059  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.867475 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2759  tRNA-Pro  93.15 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0341238  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0051  tRNA-Pro  93.15 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.293622  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0017  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1531  tRNA-Pro  93.15 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.47488  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0034  tRNA-Pro  93.15 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.450402 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0035  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0637572  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0024  tRNA-Pro  93.15 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0039  tRNA-Pro  93.15 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.266264  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0004  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0133436 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0039  tRNA-Pro  93.15 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00372537  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0041  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.210764 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0037  tRNA-Pro  93.15 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.448716  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0057  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.125773  normal  0.0397591 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0062  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0036  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.37965 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0049  tRNA-Pro  92 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0047  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.290911  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0066  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.060249  normal  0.806885 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0017  tRNA-Pro  91.78 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0130  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0141  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.122826  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t107  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0064  tRNA-Pro  90.41 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0016  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0017  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0038  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000899293  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0123  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0167093  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0027  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000324929  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t098  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000000663033  normal  0.0932756 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0046  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000453767  hitchhiker  0.0000828502 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0142  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00432211  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0143  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00160739  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0027  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00246876  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0002  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.815773  normal  0.273413 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0122  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00712397  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0142  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.130336  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0103  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000727228  decreased coverage  0.000000214334 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0144  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000613621  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0028  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00514358  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0056  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000198324  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0048  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000100606  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t001  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00489  tRNA-Pro  94.64 
 
 		 74 bp  87.7  3e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0007  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000164382  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0026  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.00524532  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0047  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000442161  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0008  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.00816895  normal  0.604163 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00487  tRNA-Pro  94.64 
 
 		 74 bp  87.7  3e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01261  tRNA-Pro  94.64 
 
 		 74 bp  87.7  3e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3101t  tRNA-Pro  94.64 
 
 		 74 bp  87.7  3e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000115103  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3099t  tRNA-Pro  94.64 
 
 		 74 bp  87.7  3e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000107843  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3155t  tRNA-Pro  94.64 
 
 		 74 bp  87.7  3e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00070  tRNA-Pro  90.14 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000213346  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0104  tRNA-Pro  90.14 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000101126  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4129  tRNA-Pro  90.14 
 
 		 79 bp  85.7  0.000000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.17442  normal  0.148505 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4295  tRNA-Pro  90.14 
 
 		 79 bp  85.7  0.000000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4214  tRNA-Pro  90.14 
 
 		 79 bp  85.7  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000749562  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4160  tRNA-Pro  90.14 
 
 		 79 bp  85.7  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000011069  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0002  tRNA-Pro  90.14 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0110992  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0121  tRNA-Pro  90.14 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00000547539  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4164  tRNA-Pro  90.14 
 
 		 79 bp  85.7  0.000000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000000231631  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0002  tRNA-Pro  90.14 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_R0063  tRNA-Pro  96.08 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0094  tRNA-Pro  90.14 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000259411  normal  0.139544 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4202  tRNA-Pro  90.14 
 
 		 79 bp  85.7  0.000000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.22322e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4145  tRNA-Pro  90.14 
 
 		 79 bp  85.7  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000000725201  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4160  tRNA-Pro  90.14 
 
 		 79 bp  85.7  0.000000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000214401  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4713  tRNA-Pro  90.14 
 
 		 79 bp  85.7  0.000000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.43285e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5090  tRNA-Pro  90.14 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000428942  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4263  tRNA-Pro  90.14 
 
 		 79 bp  85.7  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000112218  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0045  tRNA-Pro  90.14 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0152131  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4322  tRNA-Pro  90.14 
 
 		 79 bp  85.7  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000374213  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0006  tRNA-Pro  90.14 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000337222  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0097  tRNA-Pro  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.158212 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0098  tRNA-Pro  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.266439  normal  0.536301 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0118  tRNA-Pro  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0573912  normal  0.387892 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>