More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_R0023 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_R0023  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0696683  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0053  tRNA-Val  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.460889  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0070  tRNA-Val  97.18 
 
 		 76 bp  125  2e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.817758 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0025  tRNA-Val  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000570702  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0038  tRNA-Val  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000120227  normal  0.246953 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0020  tRNA-Val  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000221319  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0026  tRNA-Val  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00233079  normal  0.0590774 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0028  tRNA-Val  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0840048 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0026  tRNA-Val  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.000000263702  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0040  tRNA-Val  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000028212  normal  0.502069 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0023  tRNA-Val  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000109055  hitchhiker  0.00000350688 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0026  tRNA-Val  93.06 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0028  tRNA-Val  93.06 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R25  tRNA-Val  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00112378  normal  0.0215792 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R27  tRNA-Val  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000323391  normal  0.0212721 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R36  tRNA-Val  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0043  tRNA-Val  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  unclonable  0.0000000280883  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0015  tRNA-Val  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0394069 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0036  tRNA-Val  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0000000000106131  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0031  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.0000744729  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1167  tRNA-Val  93.33 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0027  tRNA-Val  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00584836  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0037  tRNA-Val  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.104744  normal  0.385221 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0020  tRNA-Val  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00000915512  hitchhiker  0.000000256884 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0915  tRNA-Val  90 
 
 		 78 bp  83.8  0.000000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.118093  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0054  tRNA-Val  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.18853  normal  0.800854 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0079  tRNA-Val  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000000280112  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0050  tRNA-Val  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000000717049  hitchhiker  0.0000186152 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2039  tRNA-Val  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0033  tRNA-Val  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.166955 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0011  tRNA-Val  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1859  tRNA-Val  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00131515  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0078  tRNA-Val  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000000294531  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0044  tRNA-Val  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0017  tRNA-Val  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Val-2  tRNA-Val  90 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0090  tRNA-Val  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000163432  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0072  tRNA-Val  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0117931  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0089  tRNA-Val  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000177778  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1639  tRNA-Val  87.67 
 
 		 78 bp  73.8  0.000000000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  2.42917e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0506  tRNA-Val  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000210489  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21800  tRNA-Val  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000344548  normal  0.0953285 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24110  tRNA-Val  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000000487057  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0036  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0049  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0020  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0102813 
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Val-2  tRNA-Val  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0037  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000198123  normal  0.111595 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0084  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.150766  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0069  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0543632  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0004  tRNA-Gly  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.31684 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4337  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0086  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.211919  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0024  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0723361  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0035  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.309036  normal  0.218111 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0020  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.0000000495031  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0063  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000680631  normal  0.0845615 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0061  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000000599859  normal  0.0850662 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0061  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.03181 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0018  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0179494 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0038  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0053  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.291 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0032  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0382858 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0023  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0032  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.632823 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0077  tRNA-Val  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000000297609  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0062  tRNA-Val  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000000673345  normal  0.0836086 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t26  tRNA-Val  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.200779 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t28  tRNA-Val  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.199855 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t43  tRNA-Val  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0556993  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60430  tRNA-Val  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0022  tRNA-Val  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0055  tRNA-Val  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0368844  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Val-1  tRNA-Val  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000143563  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Val-3  tRNA-Val  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0062  tRNA-Val  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t48  tRNA-Val  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t50  tRNA-Val  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.220633  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA26  tRNA-Val  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.241705  normal  0.163758 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA28  tRNA-Val  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000265839  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0009  tRNA-Val  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000461705  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0016  tRNA-Val  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0267125  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0013  tRNA-Val  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.557667  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0062  tRNA-Val  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.269417  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0076  tRNA-Val  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0036  tRNA-Val  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0009  tRNA-Val  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.0000000748453  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0076  tRNA-Val  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna41  tRNA-Val  86.84 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0037  tRNA-Val  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.599971  normal  0.116724 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0048  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0048  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0033  tRNA-Val  92.86 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000215711  hitchhiker  0.00721353 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0058  tRNA-Val  92.86 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.703111  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0062  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0066  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.894934  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0050  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.721622 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0051  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.472837  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0043  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.408373 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0004  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.000000388109  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>