More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_4237 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_4237  KpsF/GutQ family protein  100 
 
 
333 aa  662    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4898  KpsF/GutQ family protein  76.4 
 
 
335 aa  478  1e-134  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.340772  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4108  KpsF/GutQ family protein  74.22 
 
 
330 aa  466  9.999999999999999e-131  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.525065  normal  0.0965302 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0154  KpsF/GutQ family protein  73.21 
 
 
333 aa  457  1e-127  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5294  KpsF/GutQ family protein  75.78 
 
 
332 aa  453  1.0000000000000001e-126  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0182  KpsF/GutQ family protein  70.95 
 
 
330 aa  442  1e-123  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4785  KpsF/GutQ family protein  73.91 
 
 
339 aa  437  9.999999999999999e-123  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4132  KpsF/GutQ family protein  71.47 
 
 
333 aa  435  1e-121  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6051  KpsF/GutQ family protein  70.85 
 
 
333 aa  434  1e-120  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3490  KpsF/GutQ family protein  71.47 
 
 
333 aa  433  1e-120  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3809  arabinose-5-phosphate isomerase  72.53 
 
 
340 aa  427  1e-118  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.127508 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0413  hypothetical protein  65.94 
 
 
333 aa  402  1e-111  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0763573 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0268  KpsF/GutQ family protein  65 
 
 
327 aa  400  9.999999999999999e-111  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0295  KpsF/GutQ family protein  64.69 
 
 
327 aa  395  1e-109  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2121  KpsF/GutQ family protein  61.25 
 
 
339 aa  380  1e-104  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0601  KpsF/GutQ family protein  63.35 
 
 
327 aa  369  1e-101  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0442241 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0331  KpsF/GutQ family protein  63.04 
 
 
346 aa  370  1e-101  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2797  KpsF/GutQ family protein  65.94 
 
 
327 aa  371  1e-101  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.154837 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0491  carbohydrate isomerase KpsF/GutQ family protein  65.62 
 
 
327 aa  369  1e-101  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.566737  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2172  KpsF/GutQ family protein  65.94 
 
 
327 aa  370  1e-101  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2786  KpsF/GutQ family protein  65.94 
 
 
327 aa  370  1e-101  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.258492  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3102  carbohydrate isomerase KpsF/GutQ family protein  65 
 
 
327 aa  367  1e-100  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0770  carbohydrate isomerase KpsF/GutQ family protein  65 
 
 
327 aa  367  1e-100  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0529  KpsF/GutQ family protein  65 
 
 
327 aa  367  1e-100  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.64598  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0586  KpsF/GutQ family sugar isomerase  65 
 
 
327 aa  367  1e-100  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0071  carbohydrate isomerase KpsF/GutQ family protein  65 
 
 
327 aa  367  1e-100  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2947  carbohydrate isomerase KpsF/GutQ family protein  65 
 
 
327 aa  367  1e-100  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1519  carbohydrate isomerase KpsF/GutQ family protein  65 
 
 
327 aa  367  1e-100  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0602  KpsF/GutQ family sugar isomerase  65 
 
 
327 aa  367  1e-100  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02232  arabinose 5-phosphate isomerase  60.97 
 
 
333 aa  363  2e-99  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0359  KpsF/GutQ  62.62 
 
 
327 aa  363  2e-99  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6116  KpsF/GutQ family sugar isomerase  64.69 
 
 
327 aa  363  3e-99  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0879  KpsF/GutQ family protein  63.64 
 
 
329 aa  362  5.0000000000000005e-99  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00879092  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3418  KpsF/GutQ  65.31 
 
 
332 aa  362  6e-99  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000032508  normal  0.585789 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4117  KpsF/GutQ  62.42 
 
 
327 aa  362  6e-99  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2704  KpsF/GutQ family protein  64.69 
 
 
327 aa  360  3e-98  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0680644 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2846  KpsF/GutQ family protein  64.69 
 
 
327 aa  359  4e-98  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1907  KpsF/GutQ family protein  57.72 
 
 
330 aa  358  7e-98  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0307  KpsF/GutQ family protein  61.99 
 
 
327 aa  355  3.9999999999999996e-97  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0137  KpsF/GutQ family protein  61.2 
 
 
335 aa  353  2e-96  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0959  KpsF/GutQ family protein  59.11 
 
 
333 aa  353  2.9999999999999997e-96  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.444411 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0538  capsule expression protein KpsF/GutQ  60.55 
 
 
328 aa  350  2e-95  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2104  hypothetical protein  56.17 
 
 
326 aa  348  1e-94  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0675  KpsF/GutQ family protein  57.01 
 
 
345 aa  347  2e-94  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0761  arabinose-5-phosphate isomerase  57.01 
 
 
345 aa  347  2e-94  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03660  hypothetical protein  56.05 
 
 
323 aa  343  2e-93  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3174  arabinose-5-phosphate isomerase  54.26 
 
 
323 aa  341  8e-93  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3685  D-arabinose 5-phosphate isomerase  56.55 
 
 
328 aa  340  1e-92  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03062  D-arabinose 5-phosphate isomerase  56.55 
 
 
328 aa  340  1e-92  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00212199  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0510  KpsF/GutQ family protein  56.55 
 
 
328 aa  340  1e-92  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3390  D-arabinose 5-phosphate isomerase  56.55 
 
 
328 aa  340  1e-92  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.997652  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0503  D-arabinose 5-phosphate isomerase  56.55 
 
 
328 aa  340  1e-92  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.183909 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0731  Arabinose-5-phosphate isomerase  57.59 
 
 
325 aa  340  1e-92  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3573  D-arabinose 5-phosphate isomerase  56.55 
 
 
328 aa  340  1e-92  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3493  D-arabinose 5-phosphate isomerase  56.55 
 
 
328 aa  340  1e-92  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03013  hypothetical protein  56.55 
 
 
328 aa  340  1e-92  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00296594  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1612  KpsF/GutQ family protein  55.86 
 
 
330 aa  340  2e-92  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4519  D-arabinose 5-phosphate isomerase  56.55 
 
 
328 aa  340  2e-92  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.498324  normal  0.41247 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0365  KpsF/GutQ family protein  56.35 
 
 
325 aa  340  2e-92  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.623237  normal  0.274757 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002407  arabinose 5-phosphate isomerase  56.05 
 
 
323 aa  338  7e-92  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.585942  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3507  D-arabinose 5-phosphate isomerase  56.55 
 
 
328 aa  338  9.999999999999999e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3612  D-arabinose 5-phosphate isomerase  56.55 
 
 
328 aa  337  9.999999999999999e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.164557 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3674  D-arabinose 5-phosphate isomerase  56.55 
 
 
328 aa  337  9.999999999999999e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.835894  normal  0.0549633 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3576  D-arabinose 5-phosphate isomerase  56.55 
 
 
328 aa  337  9.999999999999999e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3505  D-arabinose 5-phosphate isomerase  56.55 
 
 
328 aa  337  1.9999999999999998e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2710  KpsF/GutQ family protein  54.41 
 
 
329 aa  337  1.9999999999999998e-91  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2788  sugar phosphate isomerase  56.25 
 
 
330 aa  336  2.9999999999999997e-91  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000495576  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0746  sugar isomerase, KpsF/GutQ  56.7 
 
 
330 aa  336  3.9999999999999995e-91  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.269497  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0756  KpsF/GutQ family protein  56.01 
 
 
323 aa  334  1e-90  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57890  hypothetical protein  53.45 
 
 
326 aa  333  2e-90  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5030  hypothetical protein  55.73 
 
 
324 aa  332  6e-90  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.698137  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3611  KpsF/GutQ family protein  53.42 
 
 
325 aa  332  7.000000000000001e-90  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2221  KpsF/GutQ family protein  55.41 
 
 
326 aa  331  8e-90  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4538  KpsF/GutQ family protein  52.22 
 
 
321 aa  331  1e-89  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2225  KpsF/GutQ family protein  56.5 
 
 
341 aa  331  1e-89  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.574714  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4448  sugar isomerase, KpsF/GutQ  54.04 
 
 
324 aa  329  3e-89  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4362  D-arabinose 5-phosphate isomerase  54.95 
 
 
328 aa  329  3e-89  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.315495  normal  0.179965 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0875  KpsF/GutQ family protein  55.73 
 
 
324 aa  330  3e-89  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0969  KpsF/GutQ family protein  54.29 
 
 
321 aa  330  3e-89  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0045257  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3633  D-arabinose 5-phosphate isomerase  53.8 
 
 
328 aa  328  6e-89  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.143875 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3083  arabinose-5-phosphate isomerase  54.57 
 
 
325 aa  328  7e-89  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.353966 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0678  KpsF/GutQ family protein  53.7 
 
 
325 aa  328  9e-89  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.732488  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12840  Arabinose 5-phosphate isomerase protein  51.96 
 
 
344 aa  327  1.0000000000000001e-88  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3956  carbohydrate isomerase KpsF/GutQ family protein  53.38 
 
 
325 aa  327  1.0000000000000001e-88  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0503  arabinose 5-phosphate isomerase  53.16 
 
 
324 aa  327  2.0000000000000001e-88  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.576158  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0964  KpsF/GutQ family protein  54.35 
 
 
324 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0677  KpsF/GutQ family protein  53.7 
 
 
325 aa  327  2.0000000000000001e-88  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.953587  normal  0.0677039 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0957  KpsF/GutQ family protein  54.35 
 
 
324 aa  326  3e-88  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3344  KpsF/GutQ family protein  53.38 
 
 
325 aa  325  5e-88  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.275941 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0510  D-arabinose 5-phosphate isomerase  54.63 
 
 
357 aa  325  9e-88  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0446  D-arabinose 5-phosphate isomerase  54.63 
 
 
328 aa  324  1e-87  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0731  arabinose-5-phosphate isomerase  52.8 
 
 
325 aa  324  1e-87  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.338058 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03188  arabinose 5-phosphate isomerase  52.87 
 
 
326 aa  324  1e-87  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.655458  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1148  D-arabinose 5-phosphate isomerase  54.63 
 
 
342 aa  324  1e-87  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0996  KpsF/GutQ family protein  54.04 
 
 
324 aa  324  1e-87  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4142  KpsF/GutQ  53.42 
 
 
324 aa  323  2e-87  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4258  KpsF/GutQ family protein  54.04 
 
 
324 aa  323  2e-87  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0862  KpsF/GutQ  53.42 
 
 
324 aa  322  4e-87  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1893  carbohydrate isomerase KpsF/GutQ family protein  54.43 
 
 
321 aa  322  5e-87  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.573226  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3372  KpsF/GutQ family protein  52.05 
 
 
325 aa  322  6e-87  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.600625  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>