More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_4160 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_4160  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
247 aa  508  1e-143  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.757716  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1040  extracellular solute-binding protein  79.76 
 
 
249 aa  400  9.999999999999999e-111  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0410821 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0161  extracellular solute-binding protein family 3  73.47 
 
 
246 aa  376  1e-103  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.377397  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1594  extracellular solute-binding protein  70.8 
 
 
252 aa  364  1e-100  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.854968  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4410  extracellular solute-binding protein family 3  64.68 
 
 
251 aa  335  3.9999999999999995e-91  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2391  extracellular solute-binding protein family 3  70.91 
 
 
254 aa  333  2e-90  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2798  extracellular solute-binding protein family 3  70.45 
 
 
254 aa  330  1e-89  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2050  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  63.49 
 
 
251 aa  325  4.0000000000000003e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0241787  normal  0.446872 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3016  extracellular solute-binding protein  60.82 
 
 
246 aa  310  2e-83  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.032906  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1487  glutamine ABC transporter periplasmic protein  37.19 
 
 
250 aa  165  5e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3158  glutamine ABC transporter periplasmic protein  37.19 
 
 
250 aa  165  5e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0137955  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3272  glutamine ABC transporter periplasmic protein  37.19 
 
 
250 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1961  glutamine ABC transporter periplasmic protein  38.68 
 
 
250 aa  164  8e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.40948  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1051  extracellular solute-binding protein family 3  37.5 
 
 
257 aa  164  1.0000000000000001e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.310082  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1495  glutamine ABC transporter periplasmic protein  40.08 
 
 
247 aa  163  2.0000000000000002e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000566563  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0925  glutamine ABC transporter periplasmic protein  38.84 
 
 
248 aa  163  3e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0376492  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0957  glutamine ABC transporter periplasmic protein  38.84 
 
 
248 aa  163  3e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0849319  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2098  glutamine ABC transporter periplasmic protein  36.78 
 
 
250 aa  163  3e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.230871  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0866  glutamine ABC transporter periplasmic protein  38.84 
 
 
248 aa  163  3e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.717155  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0894  glutamine ABC transporter periplasmic protein  38.84 
 
 
248 aa  163  3e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.379869  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0978  glutamine ABC transporter periplasmic protein  38.84 
 
 
248 aa  163  3e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0375425  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1126  glutamine ABC transporter periplasmic protein  36.78 
 
 
250 aa  163  3e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1406  glutamine ABC transporter periplasmic protein  36.78 
 
 
250 aa  163  3e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.584446  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2391  glutamine ABC transporter periplasmic protein  36.78 
 
 
250 aa  163  3e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1773  glutamine ABC transporter periplasmic protein  41.18 
 
 
247 aa  162  4.0000000000000004e-39  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000148695  normal  0.114873 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1600  glutamine ABC transporter periplasmic protein  41.18 
 
 
247 aa  162  4.0000000000000004e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00778  glutamine ABC transporter periplasmic protein  38.84 
 
 
248 aa  162  6e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2831  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  38.84 
 
 
248 aa  162  6e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0546212  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0960  glutamine ABC transporter periplasmic protein  38.84 
 
 
248 aa  162  6e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.000163371  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0835  glutamine ABC transporter periplasmic protein  38.84 
 
 
248 aa  162  6e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000431676  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0867  glutamine ABC transporter periplasmic protein  38.84 
 
 
248 aa  162  6e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00000000156347  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00795  hypothetical protein  38.84 
 
 
248 aa  162  6e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0880  glutamine ABC transporter periplasmic protein  38.84 
 
 
248 aa  162  6e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000245333  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2832  glutamine ABC transporter periplasmic protein  38.84 
 
 
248 aa  162  6e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.220182  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2537  glutamine ABC transporter periplasmic protein  38.43 
 
 
248 aa  161  7e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000279663  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2357  glutamine ABC transporter periplasmic protein  36.99 
 
 
253 aa  161  8.000000000000001e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4284  glutamine ABC transporter periplasmic protein  39.17 
 
 
250 aa  160  1e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4082  glutamine ABC transporter periplasmic protein  39.17 
 
 
250 aa  160  1e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.314608  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1298  glutamine ABC transporter periplasmic protein  38.1 
 
 
247 aa  160  2e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.219686  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2878  glutamine ABC transporter periplasmic protein  37.19 
 
 
248 aa  157  1e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0116852  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2391  glutamine ABC transporter periplasmic protein  36.51 
 
 
248 aa  157  1e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.333457  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1479  glutamine ABC transporter periplasmic protein  36.59 
 
 
247 aa  157  1e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1584  glutamine ABC transporter periplasmic protein  36.78 
 
 
248 aa  157  1e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.118123  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3441  glutamine ABC transporter periplasmic protein  38.71 
 
 
250 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1156  glutamine ABC transporter periplasmic protein  38.39 
 
 
248 aa  154  1e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.752491  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1231  extracellular solute-binding protein  37.87 
 
 
260 aa  150  2e-35  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.62778 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2488  glutamine ABC transporter periplasmic protein  36.49 
 
 
248 aa  150  3e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.405859  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3699  glutamine ABC transporter periplasmic protein  36.75 
 
 
248 aa  149  4e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0756284  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2009  cystine transporter subunit  35.38 
 
 
265 aa  149  4e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163072  decreased coverage  0.0074335 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1070  glutamine ABC transporter, glutamine-binding protein  36.52 
 
 
263 aa  149  4e-35  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.623597  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1706  glutamine ABC transporter periplasmic protein  38.01 
 
 
252 aa  149  4e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.114527  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0324  extracellular solute-binding protein  38.81 
 
 
246 aa  144  2e-33  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0724  extracellular solute-binding protein  37.87 
 
 
260 aa  143  2e-33  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.531273  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2053  extracellular solute-binding protein family 3  36.78 
 
 
271 aa  143  2e-33  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0342  extracellular solute-binding protein  38.36 
 
 
246 aa  142  5e-33  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1868  extracellular solute-binding protein family 3  34.3 
 
 
247 aa  142  5e-33  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  5.265180000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0771  extracellular solute-binding protein  35.54 
 
 
264 aa  140  1.9999999999999998e-32  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000484393  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1475  extracellular solute-binding protein  37.45 
 
 
260 aa  139  3.9999999999999997e-32  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0984243  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1848  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.5 
 
 
513 aa  138  7e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0468  extracellular solute-binding protein  37.2 
 
 
260 aa  136  3.0000000000000003e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000361301  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1918  extracellular solute-binding protein family 3  37.16 
 
 
248 aa  136  4e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2367  extracellular solute-binding protein family 3  37.05 
 
 
246 aa  135  9e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0727  extracellular solute-binding protein  37.45 
 
 
264 aa  134  9.999999999999999e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00114827  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2507  cystine transporter subunit  35.32 
 
 
266 aa  134  1.9999999999999998e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.292922  normal  0.810962 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0592  amino acid ABC transporter, permease/substrate-binding lipoprotein  34.16 
 
 
252 aa  134  1.9999999999999998e-30  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000143889  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2855  extracellular solute-binding protein  38.07 
 
 
249 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5180  cystine ABC transporter, periplasmic cystine binding protein  33.33 
 
 
268 aa  132  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1289  cystine transporter subunit  36.24 
 
 
266 aa  132  6e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000238805 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2169  cystine transporter subunit  36.24 
 
 
266 aa  132  6e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000488454 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2116  cystine transporter subunit  36.24 
 
 
266 aa  132  6e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000583389 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2141  extracellular solute-binding protein  32.88 
 
 
247 aa  132  6e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0343212 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0358  cystine transporter subunit  32.94 
 
 
265 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.95727 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1942  extracellular solute-binding protein family 3  34.13 
 
 
266 aa  132  6.999999999999999e-30  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000237139  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0717  extracellular solute-binding protein family 3  34.04 
 
 
247 aa  130  1.0000000000000001e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.303541  normal  0.0145592 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1126  extracellular solute-binding protein  36.11 
 
 
284 aa  131  1.0000000000000001e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2782  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  32.24 
 
 
243 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0257892  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0888  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  32.65 
 
 
243 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.214233  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2110  cystine transporter subunit  35.78 
 
 
266 aa  130  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.587115  normal  0.0126347 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0244  cystine transporter subunit  34.39 
 
 
266 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.136857  normal  0.712908 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1166  cystine transporter subunit  35.78 
 
 
266 aa  130  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.379234  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00865  arginine transporter subunit  32.24 
 
 
243 aa  129  3e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1726  extracellular solute-binding protein family 3  35.78 
 
 
285 aa  130  3e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0106098  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1048  cystine transporter subunit  35.78 
 
 
266 aa  129  3e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.202301  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1044  extracellular solute-binding protein family 3  34.67 
 
 
247 aa  130  3e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1019  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  31.84 
 
 
243 aa  129  3e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.211484 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0932  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  32.24 
 
 
243 aa  129  3e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  35.94 
 
 
250 aa  129  3e-29  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2694  cystine transporter subunit  35.78 
 
 
266 aa  129  3e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.520163  normal  0.0574677 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0964  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  32.24 
 
 
243 aa  129  3e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00871  hypothetical protein  32.24 
 
 
243 aa  129  3e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1719  cystine transporter subunit  35.78 
 
 
285 aa  130  3e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.470206 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2736  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  32.24 
 
 
243 aa  129  3e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0318086  normal  0.950747 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1262  cystine transporter subunit  33.46 
 
 
266 aa  129  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0848905  normal  0.0261829 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0168  extracellular solute-binding protein  34.87 
 
 
247 aa  129  4.0000000000000003e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1655  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  33.92 
 
 
243 aa  129  5.0000000000000004e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.568539 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0529  hypothetical protein  33.49 
 
 
244 aa  129  5.0000000000000004e-29  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2019  cystine transporter subunit  35.32 
 
 
266 aa  129  6e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.579561  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11360  periplasmic component of amino acid ABC-type transporter/signal transduction system  36.65 
 
 
290 aa  129  6e-29  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.144563  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2154  cystine transporter subunit  35.32 
 
 
266 aa  129  6e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0349557  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2376  cystine transporter subunit  33.07 
 
 
266 aa  128  8.000000000000001e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>