263 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_4096 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_4096  hydrogenase accessory protein HypB  100 
 
 		 312 aa  639    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1536  hydrogenase accessory protein HypB  64.29 
 
 		 326 aa  405  1.0000000000000001e-112  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0107781  normal  0.0565242 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3978  hydrogenase accessory protein HypB  56.37 
 
 		 352 aa  377  1e-103  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2886  hydrogenase accessory protein HypB  61.59 
 
 		 267 aa  348  5e-95  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.896709  normal  0.39572 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3288  hydrogenase accessory protein HypB  61.59 
 
 		 266 aa  348  7e-95  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2018  hydrogenase accessory protein HypB  58.04 
 
 		 315 aa  340  2e-92  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.709474  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7255  hydrogenase accessory protein HypB  59.17 
 
 		 292 aa  338  8e-92  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.634166  normal  0.351792 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3922  hydrogenase accessory protein HypB  57.38 
 
 		 322 aa  334  1e-90  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.320935  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50480  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  57.28 
 
 		 303 aa  328  8e-89  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0494141  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0506  NI2+-binding GTPase protein HypB  61.43 
 
 		 289 aa  320  1.9999999999999998e-86  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2157  hydrogenase accessory protein HypB  59.5 
 
 		 289 aa  316  4e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.126874  normal  0.122693 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2744  hydrogenase accessory protein HypB  57.59 
 
 		 293 aa  312  4.999999999999999e-84  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2977  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  56.1 
 
 		 290 aa  305  6e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3060  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  56.1 
 
 		 290 aa  305  6e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0585288 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3044  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  56.1 
 
 		 290 aa  305  6e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00655441 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3008  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  55.56 
 
 		 290 aa  305  8.000000000000001e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0101113 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02577  GTP hydrolase involved in nickel liganding into hydrogenases  55.02 
 
 		 290 aa  304  2.0000000000000002e-81  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0962  hydrogenase accessory protein HypB  55.02 
 
 		 290 aa  304  2.0000000000000002e-81  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0985  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  55.02 
 
 		 290 aa  304  2.0000000000000002e-81  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.225312 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02542  hypothetical protein  55.02 
 
 		 290 aa  304  2.0000000000000002e-81  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2864  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  55.02 
 
 		 290 aa  304  2.0000000000000002e-81  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2852  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  55.02 
 
 		 290 aa  304  2.0000000000000002e-81  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.484483 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3150  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  55.02 
 
 		 290 aa  304  2.0000000000000002e-81  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3015  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  54.33 
 
 		 290 aa  302  5.000000000000001e-81  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3165  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  55.75 
 
 		 290 aa  301  9e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.591749 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3979  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  54.67 
 
 		 290 aa  300  2e-80  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3108  hydrogenase accessory protein HypB  53.25 
 
 		 306 aa  300  2e-80  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4559  hydrogenase accessory protein HypB  66.82 
 
 		 301 aa  298  1e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3365  hydrogenase expression/synthesis, HypA  63.36 
 
 		 263 aa  294  1e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.186715 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1963  hydrogenase accessory protein HypB  56.27 
 
 		 328 aa  293  2e-78  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2815  hydrogenase-3 accessory protein, assembly of metallocenter  53.99 
 
 		 345 aa  292  5e-78  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3761  hydrogenase accessory protein HypB  65 
 
 		 307 aa  291  8e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2436  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  57.14 
 
 		 264 aa  291  1e-77  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0330  hydrogenase accessory protein HypB  60.32 
 
 		 294 aa  290  3e-77  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0164285  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2445  hydrogenase accessory protein HypB  49.55 
 
 		 323 aa  289  5.0000000000000004e-77  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.120884 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0171  hydrogenase accessory protein HypB  50.66 
 
 		 303 aa  287  2e-76  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.452603  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1160  hydrogenase accessory protein HypB  59.38 
 
 		 313 aa  286  2.9999999999999996e-76  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.262261  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3200  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  53.82 
 
 		 287 aa  285  5e-76  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.747467  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1166  hydrogenase accessory protein HypB  67.73 
 
 		 318 aa  284  1.0000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.153393  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1212  GTP hydrolase, accessory liganding Ni into hydrogenases, HypB  51.71 
 
 		 264 aa  284  1.0000000000000001e-75  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.113745 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4493  hydrogenase accessory protein HypB  52.6 
 
 		 300 aa  283  2.0000000000000002e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.166702 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1285  hydrogenase accessory protein HypB  48.86 
 
 		 345 aa  283  2.0000000000000002e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.497783 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0534  hydrogenase accessory protein HypB  52.58 
 
 		 300 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1169  hydrogenase accessory protein HypB  63.33 
 
 		 268 aa  281  8.000000000000001e-75  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0580173  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1417  hydrogenase accessory protein HypB  63.52 
 
 		 394 aa  280  2e-74  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2527  hydrogenase accessory protein HypB  64.81 
 
 		 407 aa  280  3e-74  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.455957  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3881  hydrogenase accessory protein HypB  49.48 
 
 		 267 aa  277  2e-73  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.675088  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0427  hydrogenase accessory protein HypB  50.17 
 
 		 284 aa  276  4e-73  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0438  hydrogenase accessory protein HypB  49.83 
 
 		 284 aa  275  9e-73  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.408549 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2781  hydrogenase accessory protein HypB  61.82 
 
 		 276 aa  273  3e-72  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0802  hydrogenase accessory protein HypB  48.3 
 
 		 279 aa  272  4.0000000000000004e-72  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.287566  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0475  hydrogenase accessory protein HypB  52.35 
 
 		 288 aa  272  6e-72  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.600099 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3748  hydrogenase accessory protein HypB  47.94 
 
 		 319 aa  271  9e-72  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0305  hydrogenase accessory protein HypB  61.68 
 
 		 254 aa  271  1e-71  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1174  hydrogenase accessory protein HypB  69.09 
 
 		 312 aa  271  1e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.150463  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2007  hydrogenase nickel incorporation  56.72 
 
 		 321 aa  270  2e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.300196  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1129  hydrogenase accessory protein HypB  63.01 
 
 		 273 aa  270  2e-71  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3066  hydrogenase accessory protein HypB  61.3 
 
 		 286 aa  268  7e-71  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.13732  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3133  hydrogenase accessory protein HypB  62.27 
 
 		 282 aa  268  1e-70  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0120  hydrogenase accessory protein HypB  62.68 
 
 		 244 aa  266  2.9999999999999995e-70  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000574081  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1949  hydrogenase accessory protein HypB  62.68 
 
 		 253 aa  266  2.9999999999999995e-70  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1810  hydrogenase accessory protein HypB  47.3 
 
 		 292 aa  262  6e-69  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4608  hydrogenase accessory protein HypB  47.99 
 
 		 281 aa  260  2e-68  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2540  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  48.21 
 
 		 252 aa  259  6e-68  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2395  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  48.21 
 
 		 252 aa  258  8e-68  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0866  hydrogenase accessory protein HypB  45.19 
 
 		 305 aa  256  4e-67  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2417  hydrogenase accessory protein HypB  60.29 
 
 		 267 aa  255  7e-67  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0580161  normal  0.128777 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2132  hydrogenase accessory protein HypB  59.42 
 
 		 263 aa  254  2.0000000000000002e-66  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00364389 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2145  hydrogenase accessory protein HypB  58.94 
 
 		 261 aa  254  2.0000000000000002e-66  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2191  hydrogenase accessory protein HypB  58.94 
 
 		 261 aa  254  2.0000000000000002e-66  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.23017 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3978  hydrogenase accessory protein HypB  57.21 
 
 		 283 aa  250  2e-65  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.83518  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2183  hydrogenase accessory protein HypB  58.37 
 
 		 313 aa  250  3e-65  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.177735  normal  0.20266 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3904  hydrogenase accessory protein HypB  54.67 
 
 		 284 aa  249  3e-65  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2052  hydrogenase accessory protein HypB  51.4 
 
 		 269 aa  249  6e-65  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.858375  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1644  hydrogenase accessory protein HypB  49.48 
 
 		 270 aa  245  6e-64  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08010  hydrogenase accessory protein HypB  55.5 
 
 		 273 aa  244  9.999999999999999e-64  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0534  hydrogenase accessory protein HypB  59.33 
 
 		 275 aa  244  9.999999999999999e-64  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0718  hydrogenase accessory protein HypB  50.41 
 
 		 257 aa  244  9.999999999999999e-64  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3214  hydrogenase accessory protein HypB  58.53 
 
 		 303 aa  243  3.9999999999999997e-63  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1458  hydrogenase accessory protein HypB  48.57 
 
 		 268 aa  239  2.9999999999999997e-62  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1786  hydrogenase accessory protein HypB  56.46 
 
 		 269 aa  237  2e-61  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000796055  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0871  hydrogenase accessory protein HypB  44.41 
 
 		 283 aa  237  2e-61  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1765  hydrogenase accessory protein HypB  46.62 
 
 		 264 aa  236  4e-61  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.997182 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2482  hydrogenase accessory protein HypB  55.24 
 
 		 239 aa  234  2.0000000000000002e-60  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1938  hydrogenase accessory protein HypB  51.72 
 
 		 283 aa  233  3e-60  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.1209  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0756  hydrogenase accessory protein HypB  54.33 
 
 		 218 aa  233  3e-60  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.901261  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1096  hydrogenase accessory protein HypB  43.11 
 
 		 270 aa  232  8.000000000000001e-60  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.445318  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0933  hydrogenase accessory protein HypB  43.57 
 
 		 262 aa  231  9e-60  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0721  hydrogenase accessory protein HypB  52.78 
 
 		 270 aa  231  1e-59  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2357  hydrogenase accessory protein HypB  51.02 
 
 		 254 aa  225  9e-58  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0142835 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0044  hydrogenase accessory protein HypB  49.76 
 
 		 250 aa  224  1e-57  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1079  hydrogenase accessory protein HypB  46.97 
 
 		 297 aa  224  1e-57  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0788642  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0448  hydrogenase accessory protein HypB  53.85 
 
 		 220 aa  224  2e-57  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1893  hydrogenase accessory protein HypB  42.01 
 
 		 295 aa  222  6e-57  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1098  hydrogenase accessory protein HypB  45.55 
 
 		 278 aa  221  9.999999999999999e-57  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0929  hydrogenase accessory protein HypB  50.24 
 
 		 224 aa  218  1e-55  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.367308 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1239  hydrogenase accessory protein HypB  49.3 
 
 		 217 aa  217  2e-55  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4012  hydrogenase accessory protein HypB  50 
 
 		 225 aa  216  5e-55  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.411512 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1274  hydrogenase accessory protein HypB  51.52 
 
 		 277 aa  215  8e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.388022  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1431  hydrogenase accessory protein HypB  50 
 
 		 217 aa  214  1.9999999999999998e-54  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>