115 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_4079 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_4079  hypothetical protein  100 
 
 
885 aa  1799  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.299167  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1713  hypothetical protein  43.6 
 
 
945 aa  660  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.436521  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4080  hypothetical protein  38.11 
 
 
936 aa  484  1e-135  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.000183317  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3371  hypothetical protein  33.68 
 
 
895 aa  438  1e-121  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.94917  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0875  hypothetical protein  33.5 
 
 
893 aa  426  1e-118  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0421546 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2292  hypothetical protein  35.6 
 
 
782 aa  420  1e-116  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2299  hypothetical protein  52.74 
 
 
809 aa  396  1e-108  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4083  hypothetical protein  30.4 
 
 
826 aa  240  1e-61  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0344261  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0910  hypothetical protein  25.66 
 
 
731 aa  153  1e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.688824 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3200  hypothetical protein  26.69 
 
 
820 aa  152  3e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1211  decaheme cytochrome c MtrF  24.8 
 
 
639 aa  145  2e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2603  hypothetical protein  26.76 
 
 
742 aa  142  2e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.430741  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1658  hypothetical protein  29.97 
 
 
898 aa  135  2e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.131846  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1244  hypothetical protein  25.94 
 
 
742 aa  135  3e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0505071  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2216  hypothetical protein  30.35 
 
 
898 aa  135  4e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.352223  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1731  multiheme cytochrome  29.72 
 
 
898 aa  134  6e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1345  multiheme cytochrome  25.9 
 
 
742 aa  134  1e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2694  decaheme cytochrome c MtrF  23.6 
 
 
640 aa  128  5e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0963  hypothetical protein  23.76 
 
 
816 aa  121  5e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.830117  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1780  decaheme cytochrome c MtrF  28.9 
 
 
639 aa  120  8e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2674  decaheme cytochrome c MtrF  27.8 
 
 
639 aa  118  4e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0899912  normal  0.105553 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1580  decaheme cytochrome c MtrF  26.54 
 
 
639 aa  118  5e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0766819  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2576  decaheme cytochrome c MtrF  27.1 
 
 
639 aa  118  6e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.134423  decreased coverage  0.00876105 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2763  decaheme cytochrome c MtrF  26.75 
 
 
639 aa  117  8e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0120659  hitchhiker  4.44921e-05 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1614  decaheme cytochrome c MtrF  26.54 
 
 
639 aa  117  1e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0474266  normal  0.168927 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1591  decaheme cytochrome c MtrF  26.32 
 
 
639 aa  115  3e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  1.58979e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2508  decaheme cytochrome c MtrF  27.05 
 
 
639 aa  115  4e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00292179  decreased coverage  0.000509076 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3466  hypothetical protein  23.34 
 
 
785 aa  114  9e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.724503 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1380  decaheme cytochrome c  24.36 
 
 
765 aa  113  1e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0998  decaheme cytochrome c  23.9 
 
 
766 aa  112  3e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0918  decaheme cytochrome c  23.26 
 
 
764 aa  111  5e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.613412  normal  0.552776 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2680  decaheme cytochrome c  24.74 
 
 
762 aa  110  9e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.463028  unclonable  6.43351e-05 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1257  hypothetical protein  25.48 
 
 
762 aa  110  1e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3588  decaheme cytochrome c  22.93 
 
 
745 aa  110  1e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2613  decaheme cytochrome c  24.67 
 
 
762 aa  110  1e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000355284  hitchhiker  7.40819e-06 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2787  decaheme cytochrome c  25.52 
 
 
762 aa  109  2e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0256712 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1589  decaheme cytochrome c  26.7 
 
 
650 aa  106  1e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  2.35795e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1612  decaheme cytochrome c  27.17 
 
 
650 aa  106  2e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0130523  normal  0.2896 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1578  decaheme cytochrome c  26.46 
 
 
650 aa  106  2e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  2.05402e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2765  decaheme cytochrome c  26.23 
 
 
650 aa  103  1e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00105295  hitchhiker  7.31399e-07 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4254  decaheme cytochrome c  22.13 
 
 
729 aa  101  6e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.353597  unclonable  2.80036e-08 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1659  decaheme cytochrome c  23.42 
 
 
758 aa  101  6e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0913  decaheme cytochrome c  23.3 
 
 
770 aa  101  7e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.546873  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2676  decaheme cytochrome c  26.1 
 
 
650 aa  100  9e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000503474  normal  0.0214929 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6275  decaheme c-type cytochrome, OmcA/MtrC family  24.26 
 
 
741 aa  99.8  2e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.772817 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1528  decaheme cytochrome c MtrF  24.73 
 
 
646 aa  99  3e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2521  decaheme cytochrome c MtrF  25.41 
 
 
639 aa  99.4  3e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1473  decaheme cytochrome c  23.43 
 
 
761 aa  98.6  4e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000262006  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1478  decaheme cytochrome c  26.1 
 
 
663 aa  99  4e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  2.54716e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1478  decaheme cytochrome c  23.43 
 
 
761 aa  97.8  9e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.174618  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2578  decaheme cytochrome c  25.29 
 
 
650 aa  97.1  1e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00427395  decreased coverage  0.00803379 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2636  decaheme cytochrome c  25.91 
 
 
724 aa  94  1e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2524  decaheme cytochrome c  26.14 
 
 
725 aa  93.2  2e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000418395  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1208  decaheme cytochrome c  27.38 
 
 
656 aa  92  4e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.474569  normal  0.550051 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3108  hypothetical protein  25.23 
 
 
788 aa  91.7  6e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1187  hypothetical protein  24.58 
 
 
778 aa  90.9  9e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2696  hypothetical protein  24.82 
 
 
822 aa  88.2  6e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1526  decaheme cytochrome c  25.78 
 
 
738 aa  87  1e-15  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.324001  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2695  decaheme cytochrome c  25.4 
 
 
719 aa  86.3  2e-15  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.734788  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1209  decaheme cytochrome c  22.27 
 
 
729 aa  85.9  3e-15  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00658895  normal  0.327868 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3573  decaheme cytochrome c  23.69 
 
 
716 aa  85.1  5e-15  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3251  hypothetical protein  25.34 
 
 
788 aa  83.6  2e-14  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1268  hypothetical protein  24.71 
 
 
789 aa  82.8  3e-14  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.487663  hitchhiker  0.00130496 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3098  hypothetical protein  24.09 
 
 
789 aa  82  5e-14  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2228  decaheme cytochrome c  25.28 
 
 
755 aa  82  5e-14  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.236086  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3286  hypothetical protein  24.09 
 
 
714 aa  81.3  8e-14  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.909593  hitchhiker  4.68411e-07 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3124  decaheme cytochrome c  24.36 
 
 
741 aa  80.5  1e-13  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00184772  hitchhiker  4.2193e-05 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2379  hypothetical protein  24.82 
 
 
1111 aa  80.1  1e-13  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.49944  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1210  decaheme cytochrome c  22.52 
 
 
727 aa  78.6  4e-13  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.260087  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2874  decaheme cytochrome c  23.3 
 
 
764 aa  78.6  4e-13  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0594793  hitchhiker  8.91097e-06 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1509  decaheme cytochrome c  23.3 
 
 
764 aa  78.6  5e-13  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.130709  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2697  decaheme cytochrome c  24.76 
 
 
745 aa  77.8  8e-13  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0633196  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1479  hypothetical protein  25 
 
 
833 aa  77.4  1e-12  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0424195  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2522  decaheme cytochrome c  22.93 
 
 
720 aa  76.6  2e-12  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1527  decaheme cytochrome c  23.84 
 
 
722 aa  73.9  1e-11  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2764  hypothetical protein  24.54 
 
 
843 aa  74.3  1e-11  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.185672  hitchhiker  8.08171e-07 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1590  decaheme cytochrome c  24.82 
 
 
730 aa  72.8  3e-11  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  4.52412e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1779  decaheme cytochrome c  24.69 
 
 
735 aa  70.9  1e-10  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1579  decaheme cytochrome c  24.57 
 
 
730 aa  70.5  1e-10  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00874065  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2509  decaheme cytochrome c  26.15 
 
 
731 aa  70.1  2e-10  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  1.84393e-06  hitchhiker  0.000632353 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2675  decaheme cytochrome c  26.52 
 
 
724 aa  70.1  2e-10  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  7.33685e-05  normal  0.0455406 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2577  decaheme cytochrome c  26.03 
 
 
731 aa  69.3  3e-10  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00883016  decreased coverage  0.00925289 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3125  decaheme cytochrome c  23.08 
 
 
667 aa  68.6  4e-10  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  1.045e-05  hitchhiker  6.06277e-06 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1613  decaheme cytochrome c  24.33 
 
 
730 aa  68.6  5e-10  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  1.96014e-05  normal  0.166254 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4048  hypothetical protein  23.38 
 
 
764 aa  67.4  1e-09  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0437  hypothetical protein  23.66 
 
 
791 aa  66.6  2e-09  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2698  decaheme cytochrome c  27.54 
 
 
671 aa  63.2  2e-08  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0681671  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2637  decaheme cytochrome c  24.71 
 
 
653 aa  63.2  2e-08  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1525  decaheme cytochrome c  24.25 
 
 
660 aa  62.4  3e-08  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.100516  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2507  hypothetical protein  28.74 
 
 
700 aa  61.6  7e-08  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.116766  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1421  hypothetical protein  25.61 
 
 
657 aa  60.1  2e-07  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.515821 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0447  hypothetical protein  26.77 
 
 
612 aa  58.5  6e-07  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.476837 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2990  hypothetical protein  26.21 
 
 
680 aa  58.2  7e-07  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2525  decaheme cytochrome c  23.61 
 
 
656 aa  57.8  9e-07  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  8.37992e-05  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3353  hypothetical protein  23.56 
 
 
856 aa  57  2e-06  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003776  decaheme cytochrome c MtrF  22.79 
 
 
754 aa  57  2e-06  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2843  hypothetical protein  26.64 
 
 
701 aa  54.7  7e-06  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2991  hypothetical protein  26.64 
 
 
701 aa  54.7  8e-06  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1515  hypothetical protein  26.64 
 
 
701 aa  54.7  8e-06  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1778  decaheme cytochrome c  20.9 
 
 
671 aa  54.3  9e-06  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>