More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_4067 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_0027  AMP-dependent synthetase and ligase  77.47 
 
 		 611 aa  974    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2355  AMP-dependent synthetase and ligase  70.57 
 
 		 610 aa  871    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.115359  normal  0.295722 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4067  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 603 aa  1233    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.675218  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3837  AMP-dependent synthetase and ligase  68.97 
 
 		 601 aa  829    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.427679  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0406  AMP-dependent synthetase and ligase  72.07 
 
 		 609 aa  887    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3006  AMP-dependent synthetase and ligase  38.32 
 
 		 607 aa  452  1.0000000000000001e-126  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000854556  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2424  AMP-dependent synthetase and ligase  40.07 
 
 		 649 aa  449  1e-125  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0623  AMP-dependent synthetase and ligase  39.9 
 
 		 647 aa  444  1e-123  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.431706  normal  0.0874065 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0545  AMP-dependent synthetase and ligase  39.74 
 
 		 649 aa  441  9.999999999999999e-123  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3503  AMP-dependent synthetase and ligase  37.87 
 
 		 618 aa  427  1e-118  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.129901  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2282  AMP-dependent synthetase and ligase  37.36 
 
 		 631 aa  418  9.999999999999999e-116  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1543  AMP-dependent synthetase and ligase  37.87 
 
 		 651 aa  413  1e-114  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00460036  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1597  AMP-dependent synthetase and ligase  37.81 
 
 		 633 aa  414  1e-114  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4936  AMP-dependent synthetase and ligase  37.5 
 
 		 626 aa  409  1e-113  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.457065  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4099  AMP-dependent synthetase and ligase  36.56 
 
 		 623 aa  406  1.0000000000000001e-112  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.16111  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0136  AMP-dependent synthetase and ligase  36.51 
 
 		 646 aa  400  9.999999999999999e-111  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0946  AMP-binding protein  34.83 
 
 		 630 aa  374  1e-102  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.418296  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0830  AMP-dependent synthetase and ligase  34.72 
 
 		 630 aa  374  1e-102  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2308  AMP-dependent synthetase and ligase  35.95 
 
 		 657 aa  370  1e-101  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0111013 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_817  AMP-binding protein, long-chain fatty-acid-CoA ligase  34.33 
 
 		 630 aa  370  1e-101  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5715  putative long-chain-fatty-acid-CoA ligase  34.94 
 
 		 642 aa  366  1e-100  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.159052  normal  0.670212 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0297  AMP-dependent synthetase and ligase  35.61 
 
 		 643 aa  368  1e-100  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179639  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4572  AMP-dependent synthetase and ligase  34.72 
 
 		 643 aa  360  5e-98  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1569  AMP-dependent synthetase and ligase  34.39 
 
 		 642 aa  358  1.9999999999999998e-97  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.325884 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1861  AMP-dependent synthetase and ligase  33.93 
 
 		 650 aa  355  1e-96  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0661736  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0048  AMP-dependent synthetase and ligase  34.98 
 
 		 658 aa  352  8e-96  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.760787 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4176  AMP-dependent synthetase and ligase  34.64 
 
 		 642 aa  352  2e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4679  AMP-dependent synthetase and ligase  36.43 
 
 		 596 aa  350  5e-95  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.155196  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0373  acyl-CoA synthetase  34.55 
 
 		 656 aa  348  1e-94  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1560  AMP-dependent synthetase and ligase  33.28 
 
 		 643 aa  347  4e-94  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.610668  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2725  AMP-dependent synthetase and ligase  34.53 
 
 		 654 aa  345  8.999999999999999e-94  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.171087 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2217  AMP-dependent synthetase and ligase  34.15 
 
 		 653 aa  345  2e-93  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0260  AMP-dependent synthetase and ligase  34.36 
 
 		 652 aa  343  5e-93  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3509  AMP-dependent synthetase and ligase  33.83 
 
 		 655 aa  343  5e-93  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0954  AMP-dependent synthetase and ligase  32.64 
 
 		 653 aa  342  1e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3365  AMP-dependent synthetase and ligase  32.18 
 
 		 661 aa  341  2.9999999999999998e-92  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.865924  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0249  AMP-dependent synthetase and ligase  33.28 
 
 		 655 aa  340  5e-92  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.463318  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2279  long chain acyl-CoA synthetase  32.64 
 
 		 653 aa  340  5.9999999999999996e-92  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4012  AMP-dependent synthetase and ligase  34.31 
 
 		 657 aa  337  2.9999999999999997e-91  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2441  AMP-dependent synthetase and ligase  34.23 
 
 		 636 aa  337  5e-91  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000403  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.96 
 
 		 650 aa  334  2e-90  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.702328  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0470  AMP-dependent synthetase and ligase  33.5 
 
 		 682 aa  333  4e-90  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.282335  normal  0.146944 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0461  AMP-dependent synthetase and ligase  33.5 
 
 		 644 aa  333  5e-90  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.185625  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5006  AMP-dependent synthetase and ligase  33.44 
 
 		 651 aa  330  4e-89  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.604122  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1159  AMP-dependent synthetase and ligase  32.89 
 
 		 645 aa  330  6e-89  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5287  AMP-dependent synthetase and ligase  32.89 
 
 		 648 aa  330  6e-89  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0604  AMP-dependent synthetase and ligase  32.29 
 
 		 648 aa  329  8e-89  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0571131  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3542  AMP-dependent synthetase and ligase  31.14 
 
 		 648 aa  328  2.0000000000000001e-88  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0787  AMP-dependent synthetase and ligase  34.27 
 
 		 648 aa  325  1e-87  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.418663  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0214  AMP-dependent synthetase and ligase  33.44 
 
 		 654 aa  325  2e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1590  AMP-dependent synthetase and ligase  31.86 
 
 		 603 aa  324  3e-87  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000942642  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3416  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding  31.61 
 
 		 656 aa  322  9.999999999999999e-87  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0113  AMP-dependent synthetase and ligase  33.17 
 
 		 661 aa  320  5e-86  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3607  AMP-dependent synthetase and ligase  31.75 
 
 		 648 aa  320  7e-86  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.385801 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2125  AMP-dependent synthetase and ligase  31.68 
 
 		 603 aa  317  4e-85  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00466238  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2259  AMP-dependent synthetase and ligase  33.33 
 
 		 616 aa  316  6e-85  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000000572274  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1953  AMP-dependent synthetase and ligase  33.92 
 
 		 613 aa  317  6e-85  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.163962 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2093  AMP-dependent synthetase and ligase  31.81 
 
 		 603 aa  315  9.999999999999999e-85  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000290316 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5039  AMP-dependent synthetase and ligase  32.89 
 
 		 659 aa  314  2.9999999999999996e-84  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.578261  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3434  AMP-dependent synthetase and ligase  31.68 
 
 		 648 aa  311  2e-83  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00276334 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2610  AMP-dependent synthetase and ligase  32.28 
 
 		 655 aa  311  2e-83  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0314  AMP-dependent synthetase and ligase  30.82 
 
 		 597 aa  311  2e-83  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000490287  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1832  AMP-dependent synthetase and ligase  30 
 
 		 655 aa  310  2.9999999999999997e-83  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.551344  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2375  AMP-dependent synthetase and ligase  33.17 
 
 		 634 aa  308  1.0000000000000001e-82  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3136  AMP-dependent synthetase and ligase  31.42 
 
 		 654 aa  308  2.0000000000000002e-82  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.601879 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1529  AMP-dependent synthetase and ligase  34.26 
 
 		 605 aa  307  3e-82  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.275012  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2886  AMP-dependent synthetase and ligase  31.49 
 
 		 633 aa  306  9.000000000000001e-82  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3729  AMP-dependent synthetase and ligase  30 
 
 		 594 aa  303  9e-81  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5953  AMP-dependent synthetase and ligase  32.78 
 
 		 612 aa  302  1e-80  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.664785  normal  0.0418717 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0626  AMP-dependent synthetase and ligase  30.3 
 
 		 633 aa  302  1e-80  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2060  AMP-dependent synthetase and ligase  32.78 
 
 		 592 aa  296  9e-79  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1383  AMP-dependent synthetase and ligase  31.4 
 
 		 602 aa  294  2e-78  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.321435  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1388  AMP-dependent synthetase and ligase  32 
 
 		 602 aa  294  3e-78  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1619  AMP-dependent synthetase and ligase  33.39 
 
 		 604 aa  294  3e-78  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0702243  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1524  AMP-dependent synthetase and ligase  33.39 
 
 		 604 aa  294  3e-78  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2345  AMP-dependent synthetase and ligase  32.89 
 
 		 604 aa  293  9e-78  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1523  AMP-dependent synthetase and ligase  31.43 
 
 		 599 aa  292  1e-77  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2060  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.36 
 
 		 601 aa  292  1e-77  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1374  AMP-dependent synthetase and ligase  31.28 
 
 		 590 aa  291  2e-77  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3508  AMP-dependent synthetase and ligase  32.19 
 
 		 607 aa  291  3e-77  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0185945  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3617  AMP-dependent synthetase and ligase  32.59 
 
 		 608 aa  290  7e-77  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0692269  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1391  AMP-dependent synthetase and ligase  29.16 
 
 		 610 aa  289  1e-76  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4574  AMP-dependent synthetase and ligase  30.41 
 
 		 649 aa  288  2e-76  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3973  AMP-dependent synthetase and ligase  30.39 
 
 		 597 aa  287  2.9999999999999996e-76  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28860  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  31.61 
 
 		 612 aa  286  5e-76  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.549892 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3051  AMP-dependent synthetase and ligase  31.8 
 
 		 605 aa  286  9e-76  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00585755  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4728  AMP-dependent synthetase and ligase  31.86 
 
 		 592 aa  285  1.0000000000000001e-75  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.710201  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1519  AMP-dependent synthetase and ligase  28.64 
 
 		 610 aa  286  1.0000000000000001e-75  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.924461  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0972  long-chain fatty-acid-CoA ligase  29.69 
 
 		 610 aa  285  2.0000000000000002e-75  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24920  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  32.37 
 
 		 599 aa  284  4.0000000000000003e-75  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.485954 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3330  AMP-dependent synthetase and ligase  31.17 
 
 		 616 aa  283  7.000000000000001e-75  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001650  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.46 
 
 		 602 aa  283  8.000000000000001e-75  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1594  AMP-dependent synthetase and ligase  31.14 
 
 		 617 aa  282  1e-74  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.129447  normal  0.216287 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1114  AMP-dependent synthetase and ligase  30.37 
 
 		 596 aa  281  2e-74  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.164574 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1021  AMP-dependent synthetase and ligase  28.86 
 
 		 607 aa  281  2e-74  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.336741 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0072  AMP-dependent synthetase and ligase  31.46 
 
 		 597 aa  281  2e-74  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1487  AMP-dependent synthetase and ligase  28.85 
 
 		 610 aa  281  2e-74  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2937  AMP-dependent synthetase and ligase  32.63 
 
 		 610 aa  281  2e-74  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1925  long-chain acyl-CoA synthetase  29.42 
 
 		 618 aa  281  3e-74  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0984  AMP-dependent synthetase and ligase  31.08 
 
 		 606 aa  281  3e-74  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.423354  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>