More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_4064 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_4064  inner-membrane translocator  100 
 
 		 345 aa  665    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0030  inner-membrane translocator  88.12 
 
 		 345 aa  580  1e-164  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2358  inner-membrane translocator  79.13 
 
 		 348 aa  526  1e-148  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.165636  normal  0.556674 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0403  inner-membrane translocator  77.1 
 
 		 346 aa  524  1e-147  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3840  inner-membrane translocator  74.79 
 
 		 349 aa  508  1e-143  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0125888  normal  0.96964 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2284  inner-membrane translocator  45.64 
 
 		 349 aa  261  1e-68  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.98813  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2426  inner-membrane translocator  43.71 
 
 		 352 aa  261  2e-68  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0543  inner-membrane translocator  42.94 
 
 		 352 aa  258  1e-67  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1595  inner-membrane translocator  47.63 
 
 		 355 aa  254  1.0000000000000001e-66  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0625  inner-membrane translocator  42.37 
 
 		 352 aa  251  1e-65  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.580095  normal  0.15639 
 
 
-
 
NC_002936  DET0944  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  43.14 
 
 		 350 aa  248  9e-65  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.223424  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_815  ABC-type branched-chain amino acid transport system, permease component  42.57 
 
 		 350 aa  247  3e-64  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.488573  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0828  inner-membrane translocator  42.86 
 
 		 350 aa  245  9.999999999999999e-64  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1834  inner-membrane translocator  43.93 
 
 		 357 aa  243  3.9999999999999997e-63  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.519151  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3414  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  41.5 
 
 		 357 aa  236  3e-61  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3507  inner-membrane translocator  40.71 
 
 		 373 aa  236  4e-61  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2608  inner-membrane translocator  41.04 
 
 		 357 aa  233  4.0000000000000004e-60  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3134  inner-membrane translocator  41.62 
 
 		 357 aa  231  1e-59  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.628981  normal  0.885727 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2306  inner-membrane translocator  41.09 
 
 		 357 aa  231  2e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.88354  normal  0.0196621 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0299  inner-membrane translocator  41.38 
 
 		 357 aa  231  2e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.658484  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5717  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  39.66 
 
 		 357 aa  230  2e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0890739  normal  0.936934 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0217  inner-membrane translocator  41.69 
 
 		 358 aa  229  7e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1863  inner-membrane translocator  41.04 
 
 		 356 aa  226  3e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0263  inner-membrane translocator  40.39 
 
 		 358 aa  227  3e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000401  branched-chain amino acid transport system permease protein livM  39.24 
 
 		 355 aa  222  6e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.241122  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0252  inner-membrane translocator  39.61 
 
 		 358 aa  222  8e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.231195  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2722  inner-membrane translocator  40.44 
 
 		 358 aa  222  8e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.285208  normal  0.425385 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2374  inner-membrane translocator  42.65 
 
 		 356 aa  222  9e-57  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4178  inner-membrane translocator  38.22 
 
 		 357 aa  217  2e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.983484  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4096  inner-membrane translocator  39.82 
 
 		 358 aa  214  1.9999999999999998e-54  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.949458  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2440  inner-membrane translocator  41.47 
 
 		 356 aa  213  2.9999999999999995e-54  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1567  inner-membrane translocator  40.8 
 
 		 357 aa  211  1e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.394848  normal  0.43203 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1156  inner-membrane translocator  38.53 
 
 		 354 aa  211  2e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.412429  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4574  inner-membrane translocator  41.09 
 
 		 357 aa  209  7e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3500  inner-membrane translocator  39.53 
 
 		 358 aa  208  9e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.674248  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0601  inner-membrane translocator  39.5 
 
 		 358 aa  208  1e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.828078  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0138  inner-membrane translocator  38.06 
 
 		 358 aa  205  9e-52  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3362  inner-membrane translocator  38.98 
 
 		 358 aa  204  2e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.324406  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1557  inner-membrane translocator  40.8 
 
 		 357 aa  203  4e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.505429  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3610  inner-membrane translocator  38.27 
 
 		 358 aa  202  5e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.963885  normal  0.413755 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5009  inner-membrane translocator  39.43 
 
 		 354 aa  202  6e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3011  inner-membrane translocator  36.93 
 
 		 370 aa  198  1.0000000000000001e-49  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000152809  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43520  amino acid ABC transporter-like protein  40.9 
 
 		 355 aa  198  1.0000000000000001e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00847282  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0467  inner-membrane translocator  38.24 
 
 		 358 aa  197  2.0000000000000003e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.193008  normal  0.0775893 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3539  inner-membrane translocator  40.11 
 
 		 358 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.17747  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0458  inner-membrane translocator  38.24 
 
 		 358 aa  197  2.0000000000000003e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.441083  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0551  inner-membrane translocator  39.26 
 
 		 355 aa  194  3e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.340472  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2276  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  37.88 
 
 		 358 aa  193  5e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.158559  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0951  inner-membrane translocator  37.88 
 
 		 358 aa  193  5e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1545  inner-membrane translocator  42.62 
 
 		 358 aa  190  2.9999999999999997e-47  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.137578  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2220  inner-membrane translocator  39.17 
 
 		 358 aa  189  5.999999999999999e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.120044  normal  0.964416 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0379  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein livM  38.89 
 
 		 358 aa  186  5e-46  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.192974  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4939  inner-membrane translocator  39.53 
 
 		 358 aa  184  2.0000000000000003e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.408733  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2988  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  39.33 
 
 		 355 aa  184  3e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.475714  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0118  inner-membrane translocator  36.31 
 
 		 358 aa  179  9e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.301625  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1424  inner-membrane translocator  36.39 
 
 		 381 aa  178  9e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.132982  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3437  inner-membrane translocator  38.86 
 
 		 354 aa  177  2e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00193702 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0784  inner-membrane translocator  38.2 
 
 		 354 aa  177  2e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2754  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  36.42 
 
 		 325 aa  177  3e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.129032  normal  0.265528 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5036  inner-membrane translocator  37.74 
 
 		 362 aa  175  8e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5148  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  39.39 
 
 		 351 aa  175  9.999999999999999e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3003  inner-membrane translocator  41.51 
 
 		 354 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2750  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  41.19 
 
 		 354 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0595138  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5289  inner-membrane translocator  38.97 
 
 		 357 aa  174  1.9999999999999998e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.975087  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3393  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.68 
 
 		 307 aa  173  2.9999999999999996e-42  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4005  inner-membrane translocator  36.9 
 
 		 384 aa  172  6.999999999999999e-42  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3820  inner-membrane translocator  37.01 
 
 		 328 aa  172  6.999999999999999e-42  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0270491  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0051  inner-membrane translocator  35.21 
 
 		 368 aa  171  2e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.702732 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1944  inner-membrane translocator  35.76 
 
 		 297 aa  168  1e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2738  inner-membrane translocator  38.77 
 
 		 360 aa  164  1.0000000000000001e-39  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3772  inner-membrane translocator  35.62 
 
 		 372 aa  164  2.0000000000000002e-39  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00496124  hitchhiker  0.00284039 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2271  inner-membrane translocator  37.19 
 
 		 297 aa  162  1e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.900398 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2111  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  37.19 
 
 		 298 aa  162  1e-38  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0997  inner-membrane translocator  33.96 
 
 		 321 aa  160  2e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.915307  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2128  inner-membrane translocator  36.39 
 
 		 337 aa  159  6e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1129  inner-membrane translocator  35.67 
 
 		 299 aa  159  7e-38  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1722  inner-membrane translocator  33.67 
 
 		 300 aa  156  4e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0174624  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4296  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  38.99 
 
 		 351 aa  155  7e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.258747  decreased coverage  0.00201809 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43760  LivM family inner-membrane translocator  40.41 
 
 		 352 aa  155  1e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.205767  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0261  inner-membrane translocator  35.58 
 
 		 324 aa  155  1e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2365  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.74 
 
 		 339 aa  154  2.9999999999999998e-36  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.554509  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3801  inner-membrane translocator  36.81 
 
 		 347 aa  153  4e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.444925  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1652  inner-membrane translocator  37.68 
 
 		 336 aa  152  5.9999999999999996e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2985  inner-membrane translocator  38.98 
 
 		 355 aa  152  7e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.538372  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1482  inner-membrane translocator  34.24 
 
 		 360 aa  152  7e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0835  inner-membrane translocator  33.45 
 
 		 335 aa  152  1e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0400978  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3875  inner-membrane translocator  36.16 
 
 		 347 aa  151  1e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.165994 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3103  inner-membrane translocator  36.97 
 
 		 354 aa  151  1e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1673  inner-membrane translocator  35.97 
 
 		 319 aa  152  1e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3493  inner-membrane translocator  36.81 
 
 		 347 aa  151  2e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1850  inner-membrane translocator  37.82 
 
 		 340 aa  150  3e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.2267  normal  0.119632 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0527  inner-membrane translocator  31.73 
 
 		 562 aa  150  3e-35  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.142697  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1741  inner-membrane translocator  33.87 
 
 		 336 aa  150  4e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0493356  normal  0.156459 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2363  inner-membrane translocator  37.26 
 
 		 325 aa  149  6e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0322104  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3519  ABC transporter related  33.09 
 
 		 643 aa  149  7e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.971696  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2238  inner-membrane translocator  35.56 
 
 		 326 aa  149  9e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3055  inner-membrane translocator  31.56 
 
 		 324 aa  148  1.0000000000000001e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3558  inner-membrane translocator  34.29 
 
 		 336 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.288511  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0384  ABC transporter related  34.36 
 
 		 614 aa  148  2.0000000000000003e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7158  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  37.75 
 
 		 350 aa  147  3e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.258104  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>