More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_4030 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_4030  diguanylate cyclase  100 
 
 		 498 aa  1014    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4748  diguanylate cyclase  39.54 
 
 		 377 aa  226  5.0000000000000005e-58  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2762  diguanylate cyclase with hemerythrin-like metal-binding domain  40.88 
 
 		 631 aa  223  4.9999999999999996e-57  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0275  diguanylate cyclase  38.85 
 
 		 630 aa  216  5.9999999999999996e-55  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0339591 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0347  diguanylate cyclase with hemerythrin-like metal-binding domain  33.66 
 
 		 531 aa  174  3.9999999999999995e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0709  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  49.71 
 
 		 322 aa  168  2e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.169559 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  45.91 
 
 		 638 aa  168  2e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  44.23 
 
 		 327 aa  167  4e-40  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.51 
 
 		 768 aa  166  5.9999999999999996e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3626  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.08 
 
 		 840 aa  163  7e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  50.58 
 
 		 460 aa  163  8.000000000000001e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2281  GGDEF  45.92 
 
 		 555 aa  161  2e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000303682  normal  0.0271008 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3750  PAS:GGDEF  47.52 
 
 		 721 aa  162  2e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0680  diguanylate cyclase  50 
 
 		 466 aa  161  2e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2544  diguanylate cyclase  40 
 
 		 398 aa  161  3e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.871243  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5084  diguanylate cyclase  49.11 
 
 		 503 aa  159  7e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.494089  normal  0.0445442 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1212  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 578 aa  159  1e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0204  diguanylate cyclase  40.95 
 
 		 453 aa  158  2e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.209858  normal  0.343798 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1622  response regulator receiver protein  40.67 
 
 		 641 aa  157  3e-37  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.923164  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0610  two component response regulator  49.09 
 
 		 649 aa  157  4e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5691  diguanylate cyclase  40.83 
 
 		 512 aa  157  5.0000000000000005e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2380  diguanylate cyclase  41.4 
 
 		 410 aa  157  5.0000000000000005e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1805  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  45.14 
 
 		 960 aa  156  6e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0411  PAS:GGDEF  45.71 
 
 		 317 aa  156  7e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.320308 
 
 
-
 
NC_003296  RS00826  putative transmembrane protein  50.29 
 
 		 488 aa  155  1e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.61367  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  48.62 
 
 		 510 aa  155  1e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1356  diguanylate cyclase  42.62 
 
 		 584 aa  155  1e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.786537  unclonable  0.00000000000388708 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2671  diguanylate cyclase  42.39 
 
 		 578 aa  155  1e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00272144  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1282  diguanylate cyclase  42.62 
 
 		 578 aa  155  1e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  48.62 
 
 		 510 aa  155  1e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  48.62 
 
 		 510 aa  155  1e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1211  diguanylate cyclase  42.62 
 
 		 578 aa  155  1e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3172  diguanylate cyclase  42.31 
 
 		 518 aa  155  2e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.211888 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3165  diguanylate cyclase  42.62 
 
 		 579 aa  155  2e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.624427  hitchhiker  0.00241131 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0028  diguanylate cyclase  46.11 
 
 		 527 aa  155  2e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.789293 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  47.75 
 
 		 339 aa  155  2e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3967  putative response regulator of a two-component system  45.45 
 
 		 335 aa  155  2e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000645274  normal  0.0110626 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3007  diguanylate cyclase  42.39 
 
 		 579 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4535  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.94 
 
 		 345 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0387275  normal  0.636684 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3770  PAS:GGDEF  46.37 
 
 		 328 aa  154  2.9999999999999998e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0223226 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2297  diguanylate cyclase  44.97 
 
 		 533 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.777078  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3096  diguanylate cyclase  43.65 
 
 		 452 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0200719  hitchhiker  0.00269086 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3022  diguanylate cyclase  42.62 
 
 		 579 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.238574  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1193  diguanylate cyclase  34.02 
 
 		 353 aa  154  2.9999999999999998e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0365  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.79 
 
 		 308 aa  154  2.9999999999999998e-36  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  46.27 
 
 		 347 aa  154  5e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3032  diguanylate cyclase  45.88 
 
 		 547 aa  154  5e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4666  diguanylate cyclase  47.09 
 
 		 501 aa  153  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0421428  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3819  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.85 
 
 		 660 aa  153  7e-36  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1058  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.11 
 
 		 333 aa  153  7e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0856452  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2495  diguanylate cyclase  43.4 
 
 		 422 aa  153  7e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3178  diguanylate cyclase  42.93 
 
 		 452 aa  153  8.999999999999999e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0366604  hitchhiker  0.0000463802 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1315  diguanylate cyclase  45.45 
 
 		 608 aa  153  8.999999999999999e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.243862  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2397  diguanylate cyclase  46.96 
 
 		 510 aa  152  1e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  48.24 
 
 		 320 aa  152  2e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3671  putative signaling protein  44.51 
 
 		 480 aa  151  2e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3160  diguanylate cyclase  42.93 
 
 		 452 aa  152  2e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.413104  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3770  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.3 
 
 		 660 aa  152  2e-35  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3843  diguanylate cyclase  43.01 
 
 		 472 aa  152  2e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2546  diguanylate cyclase  42.93 
 
 		 452 aa  152  2e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.192419  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2295  diguanylate cyclase  39.21 
 
 		 503 aa  151  3e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3973  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.41 
 
 		 362 aa  151  3e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.415221  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2062  diguanylate cyclase  42.03 
 
 		 620 aa  151  3e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.502085 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4395  diguanylate cyclase  49.11 
 
 		 498 aa  150  4e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1436  two-component response regulator  45.77 
 
 		 327 aa  150  4e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462819  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2591  GGDEF domain protein  42.64 
 
 		 528 aa  150  5e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.200767  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1419  diguanylate cyclase  39.67 
 
 		 581 aa  150  5e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.337287  normal  0.697858 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0868  GGDEF domain-containing protein  48.5 
 
 		 494 aa  150  5e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.796056  normal  0.69001 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  50.28 
 
 		 555 aa  150  5e-35  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0410  diguanylate cyclase  45.61 
 
 		 516 aa  150  6e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  33.43 
 
 		 571 aa  150  6e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5389  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.79 
 
 		 372 aa  150  6e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3212  diguanylate cyclase  43.09 
 
 		 452 aa  150  7e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0930  diguanylate cyclase  44.26 
 
 		 390 aa  149  8e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3903  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  35.96 
 
 		 628 aa  149  8e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1598  diguanylate cyclase  45.56 
 
 		 492 aa  149  8e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0273825  normal  0.888834 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4944  diguanylate cyclase  43.55 
 
 		 520 aa  149  9e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0582678 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.67 
 
 		 308 aa  149  9e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  35.17 
 
 		 625 aa  149  9e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0798  GGDEF domain-containing protein  51.23 
 
 		 496 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.412232  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3334  GGDEF family protein  41.05 
 
 		 574 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0423  diguanylate cyclase  35.96 
 
 		 621 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000679734 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0371  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.81 
 
 		 890 aa  149  1.0000000000000001e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0362  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.81 
 
 		 890 aa  149  1.0000000000000001e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.190279  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.99 
 
 		 352 aa  149  1.0000000000000001e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6515  diguanylate cyclase  42.54 
 
 		 452 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.683766  normal  0.600963 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3188  diguanylate cyclase  44.57 
 
 		 529 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.210299 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01741  Putative CHASE3/GGDEF domain-containing signal protein  48.24 
 
 		 563 aa  149  1.0000000000000001e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2089  diguanylate cyclase  45.78 
 
 		 306 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00828  putative transmembrane protein  51.52 
 
 		 512 aa  148  2.0000000000000003e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.33694  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0821  diguanylate cyclase  49.7 
 
 		 496 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.605291  normal  0.227561 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1840  putative transmembrane transcriptional sensor regulator  47.56 
 
 		 506 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0399375  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0832  diguanylate cyclase  49.7 
 
 		 496 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0984  GGDEF domain-containing protein  47.56 
 
 		 489 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.184695  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0315  GGDEF domain-containing protein  47.56 
 
 		 484 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.237701  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0250  GGDEF domain-containing protein  47.56 
 
 		 489 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.164767  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0411  diguanylate cyclase  35.52 
 
 		 628 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5496  diguanylate cyclase  43.55 
 
 		 520 aa  149  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.414779  hitchhiker  0.000876281 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5454  diguanylate cyclase  46.59 
 
 		 510 aa  149  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.488047  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2008  diguanylate cyclase  47.13 
 
 		 574 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>