More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_4028 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_4028  diguanylate cyclase  100 
 
 		 447 aa  921    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1066  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  45.92 
 
 		 609 aa  181  2.9999999999999997e-44  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.94417  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0148  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  49.73 
 
 		 560 aa  177  3e-43  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.189493 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0651  diguanylate cyclase  32.44 
 
 		 574 aa  147  3e-34  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000777615  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1225  diguanylate cyclase with beta propeller sensor  41.76 
 
 		 985 aa  146  9e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.90661  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  40.21 
 
 		 457 aa  144  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.28 
 
 		 772 aa  143  5e-33  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1154  sensory box protein  32.05 
 
 		 340 aa  139  7.999999999999999e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  39.69 
 
 		 457 aa  139  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  33.76 
 
 		 638 aa  137  3.0000000000000003e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.47 
 
 		 314 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  30.46 
 
 		 569 aa  137  5e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.29 
 
 		 901 aa  136  8e-31  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6137  diguanylate cyclase  40.1 
 
 		 551 aa  134  3e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.11555  normal  0.0857113 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02325  GGDEF domain protein  40.85 
 
 		 949 aa  134  3e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.86 
 
 		 610 aa  133  6.999999999999999e-30  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0221  response regulator PleD  29.26 
 
 		 460 aa  132  1.0000000000000001e-29  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  41.71 
 
 		 457 aa  132  1.0000000000000001e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0785  diguanylate cyclase  40.59 
 
 		 502 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6549  diguanylate cyclase  40.45 
 
 		 546 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.530699 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2693  diguanylate cyclase  39.2 
 
 		 570 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1889  diguanylate cyclase  37.17 
 
 		 714 aa  131  2.0000000000000002e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.838759  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.29 
 
 		 505 aa  131  3e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0785  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.68 
 
 		 367 aa  130  3e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1986  diguanylate cyclase  36.02 
 
 		 307 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  43.03 
 
 		 457 aa  130  5.0000000000000004e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  38.22 
 
 		 308 aa  130  6e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2021  diguanylate cyclase  40 
 
 		 381 aa  130  6e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  41.82 
 
 		 457 aa  130  6e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  37.17 
 
 		 565 aa  130  7.000000000000001e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  38.18 
 
 		 307 aa  130  7.000000000000001e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6813  diguanylate cyclase  38.54 
 
 		 285 aa  129  7.000000000000001e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.823191  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  41.11 
 
 		 457 aa  129  7.000000000000001e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2880  GGDEF  36.87 
 
 		 410 aa  129  8.000000000000001e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.16195  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3750  PAS:GGDEF  39.47 
 
 		 721 aa  129  8.000000000000001e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  38.22 
 
 		 457 aa  129  1.0000000000000001e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0076  diguanylate cyclase  33.02 
 
 		 444 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1528  diguanylate cyclase  30.29 
 
 		 321 aa  129  1.0000000000000001e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1513  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.93 
 
 		 301 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0153071 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  38.71 
 
 		 316 aa  129  1.0000000000000001e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2488  diguanylate cyclase  39.01 
 
 		 429 aa  129  1.0000000000000001e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.792877 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  42.42 
 
 		 457 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0686  GGDEF/HAMP domain-containing protein  32.51 
 
 		 427 aa  129  2.0000000000000002e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  32.95 
 
 		 722 aa  128  2.0000000000000002e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4124  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.14 
 
 		 334 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.113929  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  38.54 
 
 		 455 aa  129  2.0000000000000002e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0100  diguanylate cyclase  36.25 
 
 		 446 aa  128  2.0000000000000002e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.246337  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1099  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.14 
 
 		 334 aa  127  3e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0655  diguanylate cyclase  42.35 
 
 		 172 aa  127  3e-28  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000725118  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3308  response regulator PleD  42.42 
 
 		 457 aa  128  3e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.268667  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.65 
 
 		 359 aa  127  4.0000000000000003e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3745  diguanylate cyclase  32.13 
 
 		 681 aa  127  4.0000000000000003e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2999  diguanylate cyclase  29.1 
 
 		 548 aa  127  5e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  30.88 
 
 		 487 aa  126  7e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1315  diguanylate cyclase  43.03 
 
 		 608 aa  126  7e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.243862  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3967  putative response regulator of a two-component system  34.72 
 
 		 335 aa  126  7e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000645274  normal  0.0110626 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0204  diguanylate cyclase  33.74 
 
 		 453 aa  126  7e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.209858  normal  0.343798 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  38.12 
 
 		 466 aa  126  8.000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.02 
 
 		 550 aa  126  8.000000000000001e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1528  diguanylate cyclase  41.36 
 
 		 1339 aa  125  1e-27  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.646539  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0885  membrane associated GGDEF protein  38.2 
 
 		 712 aa  125  1e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.136885  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1614  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.08 
 
 		 531 aa  125  1e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.423577 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1880  diguanylate cyclase  38.95 
 
 		 477 aa  125  1e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0268707  normal  0.0491745 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3350  sensor histidine kinase/GGDEF domain-containing protein  40.29 
 
 		 565 aa  125  2e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.42 
 
 		 457 aa  125  2e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0470  GGDEF  42.39 
 
 		 412 aa  125  2e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.606028 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3141  diguanylate cyclase  31.27 
 
 		 542 aa  125  2e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.673343  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2297  sensor histidine kinase/GGDEF domain-containing protein  36.95 
 
 		 422 aa  125  2e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  42.68 
 
 		 517 aa  125  2e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2820  response regulator  37.78 
 
 		 462 aa  124  2e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.229785  normal  0.330149 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2442  response regulator PleD  41.82 
 
 		 457 aa  125  2e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.696702  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1382  response regulator receiver protein  35.78 
 
 		 302 aa  124  2e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0266  diguanylate cyclase  38.64 
 
 		 942 aa  124  3e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.955306  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0758  diguanylate cyclase  34.21 
 
 		 340 aa  124  3e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0773  response regulator PleD  34.97 
 
 		 458 aa  124  3e-27  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2544  diguanylate cyclase  35.98 
 
 		 398 aa  124  3e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.871243  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  42.17 
 
 		 555 aa  124  3e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0845  diguanylate cyclase  40.38 
 
 		 578 aa  124  3e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2636  diguanylate cyclase  40.48 
 
 		 220 aa  124  4e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128146  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1554  GGDEF domain-containing protein  32.96 
 
 		 729 aa  124  4e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00526113  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  36.92 
 
 		 775 aa  124  4e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  40.83 
 
 		 764 aa  124  4e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1844  diguanylate cyclase  35.71 
 
 		 456 aa  124  4e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.674113  normal  0.785076 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 764 aa  123  5e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0817  diguanylate cyclase  38.02 
 
 		 1826 aa  123  5e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 764 aa  123  5e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  39.11 
 
 		 343 aa  123  6e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1494  response regulator/GGDEF domain-containing protein  37.21 
 
 		 335 aa  122  9e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.799611 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.79 
 
 		 334 aa  122  9e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  29.61 
 
 		 794 aa  122  9e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12380  diguanylate cyclase  38.27 
 
 		 499 aa  122  9e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00534046  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2709  GGDEF domain-containing protein  41.4 
 
 		 411 aa  122  9e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.887365  normal  0.569285 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4748  diguanylate cyclase  37.69 
 
 		 377 aa  122  9e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.62 
 
 		 317 aa  122  9.999999999999999e-27  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1525  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.93 
 
 		 316 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.15223e-23 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2495  diguanylate cyclase  39.9 
 
 		 422 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2048  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.57 
 
 		 704 aa  121  1.9999999999999998e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1477  diguanylate cyclase  39.75 
 
 		 411 aa  121  1.9999999999999998e-26  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124607  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0304  response regulator PleD  35.19 
 
 		 458 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0864091  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2715  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.5 
 
 		 314 aa  121  1.9999999999999998e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>