More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_4005 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007298  Daro_1108  hypothetical protein  57.69 
 
 		 593 aa  697    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.290007  normal  0.36043 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4005  hypothetical protein  100 
 
 		 610 aa  1263    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.467683  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3682  NERD domain-containing protein  66.23 
 
 		 601 aa  842    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.023391  normal  0.021571 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4619  hypothetical protein  64.77 
 
 		 615 aa  819    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.502486 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3974  hypothetical protein  66.78 
 
 		 607 aa  795    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335001 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1772  DNA helicase II  50.97 
 
 		 619 aa  620  1e-176  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02993  hypothetical protein  49.43 
 
 		 612 aa  588  1e-166  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000145899  normal  0.116581 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0076  DNA helicase II  48.23 
 
 		 632 aa  549  1e-155  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5380  DNA helicase II  47.1 
 
 		 619 aa  534  1e-150  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0807  hypothetical protein  42.44 
 
 		 616 aa  489  1e-137  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2959  NERD domain-containing protein  42.78 
 
 		 625 aa  469  1.0000000000000001e-131  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4939  DNA helicase II  39.55 
 
 		 613 aa  445  1e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.891198  normal  0.619317 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4891  hypothetical protein  37.28 
 
 		 616 aa  437  1e-121  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.412698  normal  0.98473 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39740  DNA helicase  37.06 
 
 		 615 aa  351  2e-95  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0820371  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4277  DNA helicase II  44.29 
 
 		 314 aa  236  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.260274  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2302  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  27 
 
 		 607 aa  191  5e-47  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1299  NERD domain protein  24.6 
 
 		 593 aa  152  1e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1094  hypothetical protein  24.84 
 
 		 588 aa  138  4e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0809  LexA repressor  26.28 
 
 		 815 aa  96.3  1e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.642499  hitchhiker  0.0000861607 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35190  DNA/RNA helicase, superfamily I  28.17 
 
 		 737 aa  94.7  4e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1680  NERD domain-containing protein  21.09 
 
 		 568 aa  92.8  2e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2326  putative DNA helicase  29.55 
 
 		 711 aa  92.8  2e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0359  hypothetical protein  20.85 
 
 		 827 aa  91.7  4e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.000526889  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3757  UvrD/REP helicase  30.19 
 
 		 695 aa  90.5  8e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000385426  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2139  hypothetical protein  26.24 
 
 		 617 aa  89  2e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3988  hypothetical protein  71.93 
 
 		 57 aa  88.6  3e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.00319492  normal  0.306977 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2259  UvrD/REP helicase  29.64 
 
 		 710 aa  87.8  6e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0960519  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0022  LexA repressor  28.52 
 
 		 819 aa  85.9  0.000000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000018035  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0355  UvrD/REP helicase  28.17 
 
 		 714 aa  85.1  0.000000000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4063  UvrD/REP helicase  30.16 
 
 		 697 aa  84.3  0.000000000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.21557  normal  0.035765 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0064  putative DNA helicase  27.78 
 
 		 696 aa  81.6  0.00000000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3368  NERD domain protein  23.14 
 
 		 734 aa  81.6  0.00000000000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000355781 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3085  UvrD/Rep helicase  27.6 
 
 		 717 aa  81.3  0.00000000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.173371  hitchhiker  0.00106438 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1406  UvrD/REP helicase  26.67 
 
 		 708 aa  80.5  0.00000000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.450912  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0239  NERD domain-containing protein  23.71 
 
 		 579 aa  80.1  0.0000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0422  hypothetical protein  25.28 
 
 		 554 aa  79.3  0.0000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3740  UvrD/REP helicase  30.31 
 
 		 752 aa  78.6  0.0000000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1419  UvrD/REP helicase  28.24 
 
 		 706 aa  78.6  0.0000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001515  hypothetical protein  29.76 
 
 		 634 aa  78.2  0.0000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.431863  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0738  hypothetical protein  25.13 
 
 		 631 aa  77.8  0.0000000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2728  UvrD/REP helicase  27.84 
 
 		 699 aa  74.7  0.000000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.121618  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0055  UvrD/REP helicase  23.78 
 
 		 671 aa  74.3  0.000000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0545819  normal  0.378623 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4174  UvrD/REP helicase  25.56 
 
 		 716 aa  72.4  0.00000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0743  plasmid stabilization system  27.65 
 
 		 712 aa  72  0.00000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4504  UvrD/REP helicase  28.35 
 
 		 809 aa  72.4  0.00000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0589  UvrD/REP helicase  28.03 
 
 		 663 aa  72  0.00000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5351  UvrD/REP helicase  26.32 
 
 		 695 aa  70.5  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.149775 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2325  hypothetical protein  29.1 
 
 		 759 aa  68.6  0.0000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0788129  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0729  hypothetical protein  27.03 
 
 		 574 aa  68.2  0.0000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3882  UvrD/REP helicase  25.56 
 
 		 704 aa  67.4  0.0000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.229228  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5811  ATP-dependent DNA helicase, UvrD/REP family  25.56 
 
 		 704 aa  67.4  0.0000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.859027 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4831  ATP-dependent DNA helicase UvrD  25.56 
 
 		 704 aa  67.4  0.0000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.366653  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1080  AAA ATPase  24.27 
 
 		 1136 aa  66.6  0.000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0342  NERD domain protein  24.64 
 
 		 550 aa  65.9  0.000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1939  NERD domain-containing protein  27.07 
 
 		 700 aa  65.9  0.000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00843241 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0351  hypothetical protein  22.31 
 
 		 388 aa  65.9  0.000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0328547  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2859  UvrD/REP helicase  25.5 
 
 		 690 aa  65.1  0.000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1246  UvrD/REP helicase  25.95 
 
 		 662 aa  63.9  0.000000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.176029  normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3349  hypothetical protein  23.22 
 
 		 673 aa  63.5  0.00000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.038988  normal  0.770189 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0110  putative DNA helicase  27.99 
 
 		 659 aa  62.8  0.00000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.609607 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4897  UvrD/REP helicase  25.54 
 
 		 705 aa  62.8  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0732  UvrD/REP helicase  26.09 
 
 		 929 aa  62  0.00000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2943  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  27.45 
 
 		 696 aa  61.6  0.00000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1352  UvrD/REP helicase  23.72 
 
 		 712 aa  61.6  0.00000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.541991 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1320  superfamily I DNA/RNA helicase  27.6 
 
 		 683 aa  61.2  0.00000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.875169  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5264  hypothetical protein  26.54 
 
 		 617 aa  60.8  0.00000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1990  UvrD/REP helicase  22.92 
 
 		 780 aa  60.8  0.00000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.486278  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5423  UvrD/REP helicase  25.77 
 
 		 821 aa  60.5  0.00000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0106532  normal  0.207547 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1771  UvrD/REP helicase  27.42 
 
 		 508 aa  60.5  0.00000008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.734897  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_6025  UvrD/REP helicase  27.24 
 
 		 737 aa  60.5  0.00000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0467  UvrD/REP helicase  25.9 
 
 		 603 aa  60.1  0.0000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.82885  normal  0.469599 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1438  superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  28.4 
 
 		 767 aa  59.3  0.0000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0481652  normal  0.535977 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0810  UvrD/REP helicase  25.1 
 
 		 703 aa  59.3  0.0000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1359  hypothetical protein  24.65 
 
 		 554 aa  59.3  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0826  UvrD/REP helicase  25.1 
 
 		 703 aa  59.3  0.0000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1020  hypothetical protein  24.65 
 
 		 554 aa  58.5  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.44837  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2536  hypothetical protein  24.65 
 
 		 554 aa  58.5  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4061  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  24.59 
 
 		 1107 aa  58.5  0.0000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0275  hypothetical protein  24.65 
 
 		 554 aa  58.5  0.0000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0985894  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0546  hypothetical protein  24.65 
 
 		 554 aa  58.5  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.946495  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1296  hypothetical protein  24.09 
 
 		 669 aa  58.5  0.0000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0263973  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5176  hypothetical protein  23.7 
 
 		 551 aa  58.2  0.0000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.798305 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0827  hypothetical protein  23.41 
 
 		 563 aa  58.2  0.0000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3351  NERD domain-containing protein  25.91 
 
 		 557 aa  58.2  0.0000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.164276  hitchhiker  0.000169391 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0844  hypothetical protein  23.41 
 
 		 563 aa  58.2  0.0000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1017  UvrD/REP helicase  25.13 
 
 		 733 aa  58.2  0.0000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1715  UvrD/REP helicase  25.73 
 
 		 462 aa  58.2  0.0000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00000356586  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0515  hypothetical protein  21.91 
 
 		 558 aa  57.4  0.0000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0189041  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2733  UvrD/REP helicase  27.2 
 
 		 705 aa  57.4  0.0000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.627467 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1706  NERD domain protein  26.19 
 
 		 541 aa  57  0.0000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.516506  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3423  superfamily I DNA helicase  26.56 
 
 		 760 aa  56.6  0.000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000327842  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1058  hypothetical protein  23.83 
 
 		 396 aa  55.8  0.000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.0139648 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1463  hypothetical protein  22.64 
 
 		 626 aa  56.2  0.000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2424  NERD domain protein  22.99 
 
 		 559 aa  55.8  0.000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  decreased coverage  0.0000000438453  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1281  hypothetical protein  24.37 
 
 		 554 aa  56.2  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0983409  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0285  NERD domain protein  24.73 
 
 		 540 aa  55.8  0.000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2861  uvrD/Rep helicase family protein  25.9 
 
 		 689 aa  55.1  0.000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000106246  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2623  uvrD/Rep helicase family protein  26.48 
 
 		 689 aa  55.1  0.000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000508135  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2572  UvrD/Rep helicase family protein  26.48 
 
 		 689 aa  54.7  0.000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000433537  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2539  UvrD/Rep helicase family protein  26.48 
 
 		 689 aa  55.1  0.000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.0000078955  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>