More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3955 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_3360  DNA topoisomerase III  65.51 
 
 		 876 aa  1135    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.96718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0229  DNA topoisomerase III  66.25 
 
 		 876 aa  1181    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00108901 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0066  DNA topoisomerase III  64.69 
 
 		 877 aa  1111    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3146  DNA topoisomerase III  65.42 
 
 		 865 aa  1135    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.186369  normal  0.583492 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0139  DNA topoisomerase III  65.31 
 
 		 869 aa  1120    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.968276  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3683  DNA topoisomerase III  65.27 
 
 		 876 aa  1133    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0018  DNA topoisomerase III  59.63 
 
 		 839 aa  1017    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.143927 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3412  DNA topoisomerase III  64.56 
 
 		 896 aa  1120    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.210579  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0146  DNA topoisomerase III  65.31 
 
 		 869 aa  1119    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0343  DNA topoisomerase III  65.31 
 
 		 869 aa  1119    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2271  DNA topoisomerase III  65.31 
 
 		 869 aa  1120    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2998  DNA topoisomerase III  45.95 
 
 		 939 aa  709    Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.535221  normal  0.170765 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0155  DNA topoisomerase III  65.31 
 
 		 906 aa  1118    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6481  DNA topoisomerase III  65.42 
 
 		 865 aa  1137    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.987815 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2348  DNA topoisomerase III  65.31 
 
 		 869 aa  1120    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0265  DNA topoisomerase III  68.44 
 
 		 879 aa  1246    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.948213  normal  0.0296543 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0396  DNA topoisomerase III  56.76 
 
 		 846 aa  969    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0125  DNA topoisomerase III  65.42 
 
 		 891 aa  1120    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3955  DNA topoisomerase III  100 
 
 		 1002 aa  2060    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.236337  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4713  DNA topoisomerase III  78.87 
 
 		 992 aa  1589    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.000244341  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4419  DNA topoisomerase III  64.38 
 
 		 888 aa  1113    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0873603 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3127  DNA topoisomerase III  65.77 
 
 		 865 aa  1133    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.588519  normal  0.127052 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3569  DNA topoisomerase III  65.19 
 
 		 891 aa  1106    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2517  DNA topoisomerase III  65.42 
 
 		 865 aa  1135    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0884  DNA topoisomerase III  76.07 
 
 		 975 aa  1518    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.979089 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0099  DNA topoisomerase III  58.97 
 
 		 854 aa  1008    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0032  DNA topoisomerase III  65.19 
 
 		 908 aa  1131    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3185  DNA topoisomerase III  65.19 
 
 		 865 aa  1130    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2081  DNA topoisomerase III  61.39 
 
 		 876 aa  1076    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.795726  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3130  DNA topoisomerase III  65.42 
 
 		 865 aa  1135    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.81773  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1780  DNA topoisomerase III  60.71 
 
 		 920 aa  1075    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.778999 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5202  DNA topoisomerase III  74.75 
 
 		 980 aa  1509    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.221506  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3068  DNA topoisomerase III  65.19 
 
 		 865 aa  1130    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0306  DNA topoisomerase III  64.38 
 
 		 889 aa  1113    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4627  DNA topoisomerase III  75.97 
 
 		 982 aa  1520    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.957836  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0898  DNA topoisomerase III  42.64 
 
 		 869 aa  679    Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3963  DNA topoisomerase III  79.84 
 
 		 990 aa  1628    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.107223  normal  0.0620528 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3339  DNA topoisomerase III  76.49 
 
 		 981 aa  1541    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3990  DNA topoisomerase III  76.2 
 
 		 981 aa  1522    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.250381  normal  0.105693 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2810  DNA topoisomerase III  65.31 
 
 		 869 aa  1120    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3177  DNA topoisomerase III  75.44 
 
 		 920 aa  1415    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.272894  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0401  DNA topoisomerase  45.59 
 
 		 851 aa  629  1e-179  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0152197  decreased coverage  0.0000578583 
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0033  putative DNA topoisomerase III  39.09 
 
 		 815 aa  554  1e-156  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.448865  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1803  DNA topoisomerase III  41.17 
 
 		 754 aa  517  1.0000000000000001e-145  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0974  DNA topoisomerase III  37.4 
 
 		 799 aa  515  1e-144  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0752  DNA topoisomerase III  40.03 
 
 		 701 aa  514  1e-144  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0611429  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1853  DNA topoisomerase III  39.84 
 
 		 695 aa  499  1e-139  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.989434  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6109  DNA topoisomerase III  37.51 
 
 		 867 aa  488  1e-136  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1814  DNA topoisomerase III  39.09 
 
 		 746 aa  482  1e-134  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000049095  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2001  DNA topoisomerase III  40 
 
 		 721 aa  459  1e-127  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0468853  normal  0.227685 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0349  DNA topoisomerase  39.14 
 
 		 689 aa  455  1.0000000000000001e-126  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.26912  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4786  DNA topoisomerase III  38.91 
 
 		 729 aa  440  9.999999999999999e-123  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000176541  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0497  DNA topoisomerase  39.29 
 
 		 686 aa  441  9.999999999999999e-123  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.167665  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3176  DNA topoisomerase III  36.52 
 
 		 873 aa  417  9.999999999999999e-116  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0922  DNA topoisomerase III  37.23 
 
 		 722 aa  416  1e-114  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1451  DNA topoisomerase III  39.94 
 
 		 620 aa  414  1e-114  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.000215899  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0474  DNA topoisomerase III  38 
 
 		 729 aa  407  1.0000000000000001e-112  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3236  DNA topoisomerase  35.6 
 
 		 777 aa  404  1e-111  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0485  DNA topoisomerase III  37.8 
 
 		 729 aa  404  1e-111  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0361  DNA topoisomerase III  37.8 
 
 		 729 aa  404  1e-111  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0351  DNA topoisomerase III  37.8 
 
 		 729 aa  404  1e-111  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0347  DNA topoisomerase III  37.61 
 
 		 729 aa  403  1e-111  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0358  DNA topoisomerase III  37.22 
 
 		 729 aa  404  1e-111  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.89538  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0375  DNA topoisomerase III  37.8 
 
 		 729 aa  404  1e-111  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0418  DNA topoisomerase III  37.8 
 
 		 729 aa  404  1e-111  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.198302 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4887  DNA topoisomerase III  37.65 
 
 		 729 aa  401  9.999999999999999e-111  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2520  DNA topoisomerase III  38.45 
 
 		 697 aa  400  9.999999999999999e-111  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0431  DNA topoisomerase III  38 
 
 		 729 aa  403  9.999999999999999e-111  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.128239  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1489  DNA topoisomerase III  36.08 
 
 		 731 aa  397  1e-109  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0356  DNA topoisomerase III  37.01 
 
 		 729 aa  399  1e-109  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1760  DNA topoisomerase III  35.93 
 
 		 731 aa  393  1e-107  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0104  DNA topoisomerase III  35.5 
 
 		 675 aa  381  1e-104  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000375285 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3602  DNA topoisomerase III  37.48 
 
 		 719 aa  372  1e-101  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.358507  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3223  DNA topoisomerase III  34.79 
 
 		 730 aa  369  1e-100  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2289  DNA topoisomerase III  32.61 
 
 		 768 aa  367  1e-100  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0272  DNA topoisomerase III  36.52 
 
 		 707 aa  365  3e-99  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.369574 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2624  DNA topoisomerase III  33.25 
 
 		 718 aa  344  4e-93  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2823  DNA topoisomerase III  32.66 
 
 		 671 aa  343  9e-93  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.172324  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2044  DNA topoisomerase type IA central domain protein  35.97 
 
 		 608 aa  340  7e-92  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0995937  hitchhiker  0.00726991 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1341  DNA topoisomerase III  34.3 
 
 		 712 aa  340  9e-92  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1495  DNA topoisomerase III  34.14 
 
 		 697 aa  333  9e-90  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0210844 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2322  DNA topoisomerase III  34.27 
 
 		 711 aa  331  5.0000000000000004e-89  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0191867  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2281  DNA topoisomerase III  34.27 
 
 		 711 aa  331  5.0000000000000004e-89  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00290966  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0466  DNA topoisomerase III  31.84 
 
 		 670 aa  328  3e-88  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0990  DNA topoisomerase III  31.49 
 
 		 671 aa  325  2e-87  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.585612  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1223  DNA topoisomerase III  32.42 
 
 		 670 aa  324  6e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.183641 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1940  DNA topoisomerase III  31.39 
 
 		 714 aa  323  8e-87  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.08242e-41 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1767  DNA topoisomerase III  30.87 
 
 		 714 aa  323  8e-87  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.181202  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1911  DNA topoisomerase III  31.52 
 
 		 714 aa  323  9.000000000000001e-87  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.129988  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1725  DNA topoisomerase III  31.74 
 
 		 714 aa  323  9.999999999999999e-87  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0147593  n/a   
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1822  DNA topoisomerase type IA central domain protein  32.87 
 
 		 573 aa  323  9.999999999999999e-87  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1657  DNA topoisomerase III  31.4 
 
 		 666 aa  323  9.999999999999999e-87  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1984  DNA topoisomerase III  31.39 
 
 		 714 aa  322  1.9999999999999998e-86  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.122502  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1767  DNA topoisomerase III  31.39 
 
 		 714 aa  322  1.9999999999999998e-86  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.258845  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1744  DNA topoisomerase III  31.39 
 
 		 714 aa  322  1.9999999999999998e-86  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.129964  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2299  DNA topoisomerase III  33.14 
 
 		 670 aa  322  1.9999999999999998e-86  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2011  DNA topoisomerase III  31.39 
 
 		 714 aa  322  1.9999999999999998e-86  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00587828  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1905  DNA topoisomerase III  31.39 
 
 		 714 aa  322  1.9999999999999998e-86  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000492134  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3433  DNA topoisomerase III  31.39 
 
 		 714 aa  322  1.9999999999999998e-86  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000032124  hitchhiker  0.00000000499159 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4150  DNA topoisomerase III  31.93 
 
 		 670 aa  321  3.9999999999999996e-86  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0356061  normal  0.0728569 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>