285 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3935 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3935  lipoate-protein ligase B  100 
 
 		 230 aa  471  1e-132  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.385529  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0243  lipoate-protein ligase B  74.78 
 
 		 224 aa  352  2.9999999999999997e-96  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0299  lipoate-protein ligase B  75.11 
 
 		 226 aa  348  4e-95  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00479336 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0294  lipoate-protein ligase B  75.11 
 
 		 226 aa  346  2e-94  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0314  lipoate-protein ligase B  69.32 
 
 		 251 aa  345  3e-94  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.113052  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0411  lipoate-protein ligase B  71.37 
 
 		 241 aa  337  9e-92  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0363  lipoate-protein ligase B  72.12 
 
 		 231 aa  334  7e-91  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.411426 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0471  lipoate-protein ligase B  70.56 
 
 		 231 aa  330  9e-90  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.624185  normal  0.639585 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4880  lipoate-protein ligase B  73.3 
 
 		 226 aa  328  4e-89  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0400  lipoate-protein ligase B  67.11 
 
 		 222 aa  312  1.9999999999999998e-84  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.255142 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0315  lipoate-protein ligase B  66.23 
 
 		 224 aa  306  3e-82  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0215792 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1962  lipoyltransferase  51.53 
 
 		 214 aa  233  1.0000000000000001e-60  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1669  lipoyltransferase  52.4 
 
 		 214 aa  229  4e-59  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0503  lipoate-protein ligase B  52.68 
 
 		 241 aa  211  5.999999999999999e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.052969 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0323  lipoate-protein ligase B  51.1 
 
 		 229 aa  211  1e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3443  lipoate-protein ligase B  49.77 
 
 		 236 aa  211  1e-53  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.822951  normal  0.715309 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0216  lipoate-protein ligase B  51.13 
 
 		 255 aa  210  1e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0288  lipoate-protein ligase B  50.48 
 
 		 205 aa  209  3e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0219  lipoate-protein ligase B  47.73 
 
 		 249 aa  209  4e-53  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3187  lipoate-protein ligase B  47.73 
 
 		 249 aa  209  4e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.498526  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0463  lipoate-protein ligase B  47.73 
 
 		 246 aa  209  4e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1374  lipoate-protein ligase B  47.73 
 
 		 249 aa  209  4e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0443  lipoate-protein ligase B  47.73 
 
 		 252 aa  209  4e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0053  lipoate-protein ligase B  47.73 
 
 		 257 aa  208  5e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0626  lipoate-protein ligase B  47.73 
 
 		 254 aa  208  5e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4213  lipoate-protein ligase B  52.68 
 
 		 241 aa  207  1e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04288  lipoate-protein ligase B  48.85 
 
 		 224 aa  206  2e-52  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0989  lipoate-protein ligase B  48.28 
 
 		 217 aa  205  4e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000765019  normal  0.947526 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0385  lipoate-protein ligase B  47.73 
 
 		 255 aa  205  5e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.915915  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2875  lipoate-protein ligase B  45.74 
 
 		 219 aa  204  7e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00372643  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0985  lipoate-protein ligase B  47.78 
 
 		 217 aa  204  1e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000234389  normal  0.0349218 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1050  lipoate-protein ligase B  47.78 
 
 		 217 aa  204  1e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000221543  hitchhiker  0.00513124 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4819  lipoate-protein ligase B  47.37 
 
 		 218 aa  203  2e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2594  lipoate-protein ligase B  48.18 
 
 		 216 aa  203  2e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00491142  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3335  lipoate-protein ligase B  46.61 
 
 		 216 aa  202  3e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000375701  normal  0.0176495 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0179  lipoate-protein ligase B  49.78 
 
 		 229 aa  201  7e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.794169 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1162  lipoate-protein ligase B  47.78 
 
 		 219 aa  201  7e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0185  lipoate-protein ligase B  49.78 
 
 		 229 aa  201  7e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.234452  normal  0.901872 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4359  lipoate-protein ligase B  46.49 
 
 		 218 aa  201  8e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.100426  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08450  lipoate-protein ligase B  51.02 
 
 		 218 aa  201  9.999999999999999e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.699386  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3459  lipoate-protein ligase B  47.29 
 
 		 217 aa  199  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.139271  normal  0.0252876 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0600  lipoate-protein ligase B  50.98 
 
 		 226 aa  200  1.9999999999999998e-50  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.180969  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0555  lipoate-protein ligase B  51.47 
 
 		 226 aa  200  1.9999999999999998e-50  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.668487  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3281  lipoate-protein ligase B  47.29 
 
 		 217 aa  199  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00157558  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3323  lipoate-protein ligase B  47.29 
 
 		 217 aa  199  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00233986  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0693  lipoate-protein ligase B  45.54 
 
 		 216 aa  199  1.9999999999999998e-50  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2941  lipoate-protein ligase B  44.84 
 
 		 218 aa  199  3e-50  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000188229  normal  0.0212336 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0269  lipoate-protein ligase B  47.11 
 
 		 218 aa  198  6e-50  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.896037 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4964  lipoate-protein ligase B  46.12 
 
 		 215 aa  198  6e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1086  lipoate-protein ligase B  46.8 
 
 		 217 aa  198  6e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000359181  hitchhiker  0.00000877638 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3714  lipoate-protein ligase B  43.84 
 
 		 219 aa  197  9e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00000923711  hitchhiker  0.00434688 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0868  lipoate-protein ligase B  44.84 
 
 		 227 aa  197  9e-50  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0244  lipoate-protein ligase B  47.58 
 
 		 222 aa  197  1.0000000000000001e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2954  lipoate-protein ligase B  44.64 
 
 		 233 aa  197  1.0000000000000001e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000757866  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004227  octanoate-[acyl-carrier-protein]-protein-N- octanoyltransferase  44.74 
 
 		 220 aa  197  1.0000000000000001e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000231315  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1854  lipoate-protein ligase B  45.09 
 
 		 232 aa  197  2.0000000000000003e-49  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000629456  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0085  lipoate-protein ligase B  54.27 
 
 		 236 aa  196  2.0000000000000003e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.51227  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0060  lipoate-protein ligase B  55.38 
 
 		 264 aa  196  2.0000000000000003e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0468  lipoate-protein ligase B  46.86 
 
 		 219 aa  196  3e-49  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000117999  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3491  lipoate-protein ligase B  43.84 
 
 		 219 aa  196  3e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000205489 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0620  lipoate-protein ligase B  46.05 
 
 		 215 aa  196  3e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01212  lipoate-protein ligase B  46.63 
 
 		 220 aa  196  3e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3026  lipoate-protein ligase B  44.64 
 
 		 233 aa  196  3e-49  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0519842  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3155  lipoate-protein ligase B  43.05 
 
 		 219 aa  195  6e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000390793  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1551  lipoate-protein ligase B  46.05 
 
 		 220 aa  194  9e-49  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2842  lipoate-protein ligase B  42.98 
 
 		 214 aa  194  1e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.117951  hitchhiker  0.000142913 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2408  lipoate-protein ligase B  47.52 
 
 		 212 aa  192  3e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4801  lipoate-protein ligase B  47.03 
 
 		 216 aa  192  4e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.255218 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4676  lipoate-protein ligase B  47.03 
 
 		 215 aa  192  4e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.946401  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4854  lipoate-protein ligase B  46.58 
 
 		 215 aa  192  4e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2704  lipoate-protein ligase B  44.93 
 
 		 203 aa  192  5e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0179  lipoate-protein ligase B  46.12 
 
 		 215 aa  190  2e-47  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.799971  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1196  lipoate-protein ligase B  43.75 
 
 		 222 aa  190  2e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3029  lipoate-protein ligase B  42.47 
 
 		 216 aa  189  2e-47  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.572663  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00599  lipoyltransferase  47.26 
 
 		 213 aa  189  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.279219  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2996  lipoate-protein ligase B  47.26 
 
 		 213 aa  189  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000404863  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0682  lipoate-protein ligase B  47.26 
 
 		 213 aa  189  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000064187  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00588  hypothetical protein  47.26 
 
 		 213 aa  189  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.277284  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0621  lipoate-protein ligase B  47.26 
 
 		 213 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0718  lipoate-protein ligase B  47.26 
 
 		 213 aa  189  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000105703  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2898  lipoate-protein ligase B  47.03 
 
 		 248 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0655  lipoate-protein ligase B  47.26 
 
 		 213 aa  189  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000162879  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3015  lipoate-protein ligase B  47.26 
 
 		 213 aa  189  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0323475  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1015  lipoate-protein ligase B  44.81 
 
 		 217 aa  189  4e-47  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6231  lipoate-protein ligase B  47.91 
 
 		 252 aa  189  4e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.526565 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0416  lipoate-protein ligase B  48.84 
 
 		 248 aa  189  4e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.110487  normal  0.120766 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1554  lipoate-protein ligase B  46 
 
 		 217 aa  188  5e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00660992  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1165  lipoyltransferase  47.5 
 
 		 213 aa  188  7e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.330887  normal  0.173019 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1988  lipoate-protein ligase B  45.62 
 
 		 215 aa  188  7e-47  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2273  lipoate-protein ligase B  47.03 
 
 		 251 aa  188  8e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2888  lipoate-protein ligase B  47.03 
 
 		 251 aa  187  8e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2969  lipoate-protein ligase B  46.77 
 
 		 244 aa  187  1e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0168211  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0650  lipoate-protein ligase B  47.26 
 
 		 213 aa  187  1e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000116189  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3155  lipoate-protein ligase B  45.21 
 
 		 227 aa  187  1e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000182986  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0980  lipoate-protein ligase B  45.32 
 
 		 228 aa  186  3e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.33716  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2938  lipoate-protein ligase B  46.58 
 
 		 251 aa  186  3e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1176  lipoate-protein ligase B  44.75 
 
 		 227 aa  186  4e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000926852  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1514  lipoyltransferase  43.46 
 
 		 199 aa  185  5e-46  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2800  lipoate-protein ligase B  46.58 
 
 		 251 aa  185  6e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.78787  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0795  lipoate-protein ligase B  44.6 
 
 		 213 aa  184  8e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0561601  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>