More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3920 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009379  Pnuc_2024  peptidoglycan glycosyltransferase  56.13 
 
 
635 aa  724    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0252806  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0049  penicillin-binding protein 2  57.69 
 
 
800 aa  757    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0062  substrate-binding transmembrane protein  61.05 
 
 
801 aa  803    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.559785  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0159  penicillin-binding protein 2  57.03 
 
 
802 aa  747    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.799571  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0323  penicillin-binding protein 2  58.03 
 
 
771 aa  752    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.635218  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3364  penicillin-binding protein 2  61.44 
 
 
801 aa  811    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0113  peptidoglycan glycosyltransferase  57.74 
 
 
636 aa  763    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0079  peptidoglycan glycosyltransferase  61.29 
 
 
766 aa  827    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.456531  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0363  penicillin-binding protein 2  57.03 
 
 
803 aa  754    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6464  peptidoglycan glycosyltransferase  57.03 
 
 
761 aa  738    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2371  penicillin-binding protein 2  57.03 
 
 
802 aa  747    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.4187  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0501  penicillin-binding protein 2  63.89 
 
 
679 aa  864    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0109803 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0239  penicillin-binding protein 2  57.65 
 
 
681 aa  719    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.289832  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0167  putative penicillin-binding protein  56.88 
 
 
803 aa  749    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.900799  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0178  putative penicillin-binding protein  57.03 
 
 
809 aa  754    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0317  peptidoglycan glycosyltransferase  56.89 
 
 
646 aa  683    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0286  penicillin-binding protein 2  68.79 
 
 
655 aa  875    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.54247  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2291  penicillin-binding protein 2  57.03 
 
 
802 aa  747    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.396249  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0143  penicillin-binding protein 2  58.48 
 
 
802 aa  755    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0145949  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3920  peptidoglycan glycosyltransferase  100 
 
 
673 aa  1385    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2494  peptidoglycan glycosyltransferase  52.41 
 
 
645 aa  679    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0225  peptidoglycan glycosyltransferase  67.71 
 
 
691 aa  903    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.466269  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4401  peptidoglycan glycosyltransferase  56.82 
 
 
767 aa  761    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0054  peptidoglycan glycosyltransferase  59.1 
 
 
793 aa  826    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.171257  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0236  penicillin-binding protein 2  67.81 
 
 
646 aa  851    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0864486  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2499  peptidoglycan glycosyltransferase  57.34 
 
 
765 aa  737    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0080  peptidoglycan glycosyltransferase  65.13 
 
 
703 aa  902    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.313327 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3129  penicillin-binding protein 2  57.34 
 
 
760 aa  737    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3051  penicillin-binding protein 2  57.03 
 
 
756 aa  733    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0136763  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3168  peptidoglycan glycosyltransferase  57.19 
 
 
764 aa  736    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00456215  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3113  peptidoglycan glycosyltransferase  57.34 
 
 
765 aa  737    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.527872  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1741  penicillin-binding protein 2  56.06 
 
 
635 aa  717    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3687  penicillin-binding protein 2  61.44 
 
 
801 aa  811    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.955324  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0357  penicillin-binding protein 2  62.15 
 
 
681 aa  846    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0297  peptidoglycan glycosyltransferase  67.18 
 
 
648 aa  881    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0176  peptidoglycan glycosyltransferase  67.96 
 
 
683 aa  914    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0242  peptidoglycan glycosyltransferase  67.65 
 
 
646 aa  848    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2788  penicillin-binding protein 2  57.03 
 
 
802 aa  747    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1607  peptidoglycan glycosyltransferase  65.47 
 
 
650 aa  886    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.188503  normal  0.818335 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3110  penicillin-binding protein 2  58.64 
 
 
775 aa  741    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0263  peptidoglycan glycosyltransferase  50.72 
 
 
630 aa  602  1.0000000000000001e-171  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4970  peptidoglycan glycosyltransferase  43.99 
 
 
631 aa  525  1e-147  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.474352 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4682  peptidoglycan glycosyltransferase  42.69 
 
 
629 aa  523  1e-147  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4807  penicillin-binding protein 2  42.53 
 
 
629 aa  522  1e-146  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0974911 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0614  penicillin-binding protein 2  41.76 
 
 
629 aa  519  1e-146  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4860  penicillin-binding protein 2  42.95 
 
 
629 aa  518  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.493297  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0473  penicillin-binding protein 2  41.71 
 
 
638 aa  509  1e-143  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0538731  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0103  penicillin-binding protein 2  43.51 
 
 
611 aa  506  9.999999999999999e-143  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3798  peptidoglycan glycosyltransferase  42.51 
 
 
630 aa  508  9.999999999999999e-143  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.624413  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00604  transpeptidase involved in peptidoglycan synthesis (penicillin-binding protein 2)  41.86 
 
 
633 aa  500  1e-140  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0219544  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2991  penicillin-binding protein 2  41.86 
 
 
633 aa  500  1e-140  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000298209  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3010  penicillin-binding protein 2  41.86 
 
 
633 aa  500  1e-140  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000210034  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0616  penicillin-binding protein 2  42.02 
 
 
633 aa  501  1e-140  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000054384  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1170  penicillin-binding protein 2  42.51 
 
 
633 aa  499  1e-140  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.117814  normal  0.171214 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0655  penicillin-binding protein 2  41.86 
 
 
633 aa  500  1e-140  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000471681  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0687  penicillin-binding protein 2  41.86 
 
 
633 aa  500  1e-140  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000614363  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0661  penicillin-binding protein 2  41.86 
 
 
633 aa  500  1e-140  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000749016  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00593  hypothetical protein  41.86 
 
 
633 aa  500  1e-140  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0186683  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1545  peptidoglycan glycosyltransferase  42.67 
 
 
633 aa  501  1e-140  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00213347  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0696  penicillin-binding protein 2  42.02 
 
 
633 aa  501  1e-140  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.982712  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0724  penicillin-binding protein 2  41.86 
 
 
633 aa  500  1e-140  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000167121  normal  0.141878 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0742  penicillin-binding protein 2  42.02 
 
 
633 aa  501  1e-140  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.302066  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0756  penicillin-binding protein 2  42.02 
 
 
633 aa  501  1e-140  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.151758  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0682  penicillin-binding protein 2  42.02 
 
 
633 aa  501  1e-140  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00000000220235  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0800  penicillin-binding protein 2  42.02 
 
 
633 aa  501  1e-140  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.590609  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4825  penicillin-binding protein  43.34 
 
 
631 aa  498  1e-139  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.436079  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4365  peptidoglycan glycosyltransferase  43.34 
 
 
631 aa  497  1e-139  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.710659  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004222  penicillin-binding protein 2 (PBP-2)  41.55 
 
 
638 aa  496  1e-139  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000026113  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1106  penicillin-binding protein 2  41.8 
 
 
646 aa  496  1e-139  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.906879  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1092  penicillin-binding protein 2  41.04 
 
 
634 aa  498  1e-139  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01217  cell division protein FtsI/penicillin-binding protein 2  41.03 
 
 
641 aa  498  1e-139  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2964  penicillin-binding protein 2  40.91 
 
 
636 aa  494  9.999999999999999e-139  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3903  peptidoglycan glycosyltransferase  42.53 
 
 
630 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3317  peptidoglycan glycosyltransferase  41.48 
 
 
618 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000142864  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2869  peptidoglycan glycosyltransferase  41.91 
 
 
618 aa  494  9.999999999999999e-139  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000124923  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3453  peptidoglycan glycosyltransferase  41.48 
 
 
618 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00243084  hitchhiker  0.00384932 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3275  peptidoglycan glycosyltransferase  41.48 
 
 
618 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000207443  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01657  cell elongation-specific transpeptidase of penicillin-binding protein 2 (peptidoglycan synthetase)  41.34 
 
 
637 aa  494  9.999999999999999e-139  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.530513  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1092  penicillin-binding protein 2  41.48 
 
 
618 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000952492  hitchhiker  0.000000109983 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1168  penicillin-binding protein 2  41.31 
 
 
618 aa  491  1e-137  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1745  peptidoglycan glycosyltransferase  41.49 
 
 
662 aa  490  1e-137  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.371842  normal  0.361926 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3485  peptidoglycan glycosyltransferase  41.72 
 
 
618 aa  492  1e-137  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000075861  unclonable  0.000000000100578 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0991  peptidoglycan glycosyltransferase  41.15 
 
 
618 aa  489  1e-137  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000594498  normal  0.0491088 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1056  peptidoglycan glycosyltransferase  41.15 
 
 
618 aa  489  1e-137  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0906078  hitchhiker  0.0072323 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12060  penicillin-binding protein 2  40.83 
 
 
646 aa  492  1e-137  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0995  peptidoglycan glycosyltransferase  41.31 
 
 
618 aa  490  1e-137  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000900115  normal  0.206093 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1201  penicillin-binding protein 2  42.51 
 
 
631 aa  491  1e-137  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.621118  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1715  penicillin-binding protein  40.68 
 
 
652 aa  486  1e-136  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2935  peptidoglycan glycosyltransferase  42.18 
 
 
627 aa  489  1e-136  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0357968  normal  0.0108979 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3150  penicillin-binding protein 2  41.04 
 
 
634 aa  487  1e-136  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0887106  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1181  penicillin-binding protein 2  41.04 
 
 
634 aa  487  1e-136  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.142913  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3060  penicillin-binding protein 2  42.39 
 
 
630 aa  486  1e-136  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.569181  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2588  peptidoglycan glycosyltransferase  41.87 
 
 
610 aa  487  1e-136  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0301777  normal  0.34105 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3708  penicillin-binding protein 2  41.09 
 
 
610 aa  485  1e-135  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000241854  decreased coverage  0.000000426063 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1849  penicillin-binding protein 2  40.39 
 
 
631 aa  483  1e-135  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3021  penicillin-binding protein 2  40.72 
 
 
631 aa  484  1e-135  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00366199  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1135  transcriptional regulator, Fis family protein  39.71 
 
 
628 aa  483  1e-135  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0373953  normal  0.889933 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2509  penicillin-binding protein  41.21 
 
 
629 aa  480  1e-134  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.741152  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2022  peptidoglycan glycosyltransferase  42.33 
 
 
667 aa  479  1e-134  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.238074  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2413  peptidoglycan glycosyltransferase  41.6 
 
 
632 aa  482  1e-134  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0462384  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>