160 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3907 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_3907  CRISPR-associated Cas1 family protein  100 
 
 
342 aa  684    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.63849  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1154  CRISPR-associated Cas1 family protein  74.64 
 
 
343 aa  503  1e-141  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0819  CRISPR-associated protein Cas1  60.77 
 
 
344 aa  410  1e-113  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.606535  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0651  CRISPR-associated Cas1 family protein  58.94 
 
 
344 aa  382  1e-105  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.280265  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0493  CRISPR-associated Cas1 family protein  53.96 
 
 
343 aa  365  1e-100  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1072  hypothetical protein  53.82 
 
 
344 aa  342  5.999999999999999e-93  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0131411 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1477  CRISPR-associated protein Cas1  51.6 
 
 
339 aa  330  2e-89  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.544523 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3371  hypothetical protein  49.56 
 
 
339 aa  322  4e-87  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2973  CRISPR-associated Cas1 family protein  50.73 
 
 
343 aa  310  2.9999999999999997e-83  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1633  CRISPR-associated protein Cas1  51.02 
 
 
346 aa  307  2.0000000000000002e-82  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.599733 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02696  crispr-associated protein Cas1  49.86 
 
 
344 aa  304  1.0000000000000001e-81  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.512018  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4330  CRISPR-associated Cas1 family protein  46.31 
 
 
343 aa  299  4e-80  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000958951  normal  0.174892 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0480  hypothetical protein  45.48 
 
 
342 aa  296  3e-79  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.843474  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0234  CRISPR-associated Cas1 family protein  48.54 
 
 
342 aa  294  1e-78  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1936  hypothetical protein  51.59 
 
 
344 aa  294  2e-78  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31580  CRISPR-associated protein Cas1  48.72 
 
 
346 aa  293  2e-78  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1005  hypothetical protein  45.35 
 
 
343 aa  293  3e-78  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0263326  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0833  CRISPR-associated Cas1 family protein  50.14 
 
 
344 aa  289  5.0000000000000004e-77  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0219387  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1662  CRISPR-associated protein Cas1  44.57 
 
 
343 aa  289  5.0000000000000004e-77  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.250727  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1431  CRISPR-associated Cas1 family protein  42.94 
 
 
343 aa  287  2e-76  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0863156  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0852  CRISPR-associated Cas1 family protein  45.4 
 
 
344 aa  287  2e-76  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.749632  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1300  hypothetical protein  42.94 
 
 
343 aa  285  5.999999999999999e-76  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.187161  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0606  CRISPR-associated Cas1 family protein  45.91 
 
 
338 aa  285  8e-76  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.506127  normal  0.66678 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2651  CRISPR-associated protein Cas1  44.87 
 
 
346 aa  283  4.0000000000000003e-75  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000206162  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1976  CRISPR-associated protein Cas1  49.12 
 
 
343 aa  282  6.000000000000001e-75  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1482  CRISPR-associated protein Cas1  42.4 
 
 
343 aa  276  3e-73  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1974  CRISPR-associated protein Cas1  45.03 
 
 
343 aa  272  7e-72  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.522968  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3524  CRISPR-associated Cas1 family protein  44.71 
 
 
341 aa  272  8.000000000000001e-72  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2188  CRISPR-associated protein Cas1  43.57 
 
 
343 aa  269  5.9999999999999995e-71  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1007  CRISPR-associated Cas1 family protein  44.9 
 
 
343 aa  268  7e-71  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3646  CRISPR-associated protein Cas1  42.98 
 
 
343 aa  266  2.9999999999999995e-70  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3346  CRISPR-associated Cas1 family protein  39.59 
 
 
344 aa  214  1.9999999999999998e-54  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0114588  normal  0.257048 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1984  CRISPR-associated Cas1 family protein  37.57 
 
 
339 aa  207  2e-52  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.424178 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3451  CRISPR-associated protein Cas1  38.9 
 
 
339 aa  203  3e-51  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.124605  normal  0.143241 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1441  CRISPR-associated protein Cas1  36.8 
 
 
598 aa  197  2.0000000000000003e-49  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0376991  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2974  CRISPR-associated protein Cas1  34.69 
 
 
545 aa  194  2e-48  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2913  CRISPR-associated protein Cas1  38.28 
 
 
553 aa  194  2e-48  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0184071  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2483  CRISPR-associated Cas1 family protein  36.31 
 
 
339 aa  190  4e-47  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0190242  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0057  CRISPR-associated Cas1/Cas4 family protein  36.66 
 
 
559 aa  183  3e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2841  CRISPR-associated protein Cas1  39.83 
 
 
525 aa  182  6e-45  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00141566  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3119  CRISPR-associated Cas1/Cas4 family protein  31.75 
 
 
550 aa  178  1e-43  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00000141365  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4176  hypothetical protein  32.26 
 
 
333 aa  174  1.9999999999999998e-42  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000217029 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3506  hypothetical protein  36.49 
 
 
326 aa  174  1.9999999999999998e-42  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.902663  normal  0.59754 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4852  CRISPR-associated protein Cas1  36.77 
 
 
594 aa  173  2.9999999999999996e-42  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.464981  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0179  CRISPR-associated Cas1/Cas4 family protein  36.64 
 
 
580 aa  168  1e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2054  CRISPR-associated Cas1 family protein  32.26 
 
 
731 aa  168  1e-40  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0929  CRISPR-associated protein Cas1  31.98 
 
 
731 aa  167  2.9999999999999998e-40  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.400864  n/a   
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0151  CRISPR-associated protein Cas1  34.88 
 
 
336 aa  165  1.0000000000000001e-39  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.855005 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1749  hypothetical protein  32.85 
 
 
336 aa  165  1.0000000000000001e-39  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2433  CRISPR-associated Cas1/Cas4 family protein  33.92 
 
 
570 aa  158  1e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0199418  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1625  CRISPR-associated Cas1 family protein  32.94 
 
 
544 aa  156  4e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.575155  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1355  CRISPR-associated Cas1 family protein  37.27 
 
 
350 aa  155  1e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.403808  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2459  CRISPR-associated protein Cas1  32.38 
 
 
727 aa  154  2e-36  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.670262  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1718  CRISPR-associated protein Cas1  30.5 
 
 
325 aa  153  4e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.07332e-23 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1634  CRISPR-associated Cas1 family protein  27.14 
 
 
334 aa  149  5e-35  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1858  CRISPR-associated Cas1 family protein  32.25 
 
 
347 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.235229  normal  0.181235 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0521  CRISPR-associated protein Cas1  29.88 
 
 
325 aa  148  1.0000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.000250956  hitchhiker  0.00000123897 
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5519  CRISPR-associated protein Cas1  32.26 
 
 
558 aa  147  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.28105 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2462  CRISPR-associated protein Cas1  30.03 
 
 
325 aa  146  5e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.634765 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0224  CRISPR-associated protein Cas1  33.13 
 
 
323 aa  146  6e-34  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.868233 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1559  CRISPR-associated Cas1 family protein  32.65 
 
 
330 aa  145  1e-33  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.461244  n/a   
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5841  CRISPR-associated protein Cas1  28.78 
 
 
334 aa  145  1e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0504  CRISPR-associated protein Cas1  29.59 
 
 
325 aa  144  2e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2430  CRISPR-associated protein Cas1  31.96 
 
 
330 aa  144  2e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2234  CRISPR-associated Cas1 family protein  31.83 
 
 
350 aa  142  9e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.982085  n/a   
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3578  CRISPR-associated protein Cas1  33.56 
 
 
331 aa  137  2e-31  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2061  CRISPR-associated Cas1 family protein  30.55 
 
 
347 aa  137  2e-31  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2386  CRISPR-associated Cas1 family protein  30 
 
 
333 aa  136  5e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1870  CRISPR-associated Cas1 family protein  32.85 
 
 
337 aa  131  2.0000000000000002e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0257  CRISPR-associated Cas1 family protein  30.51 
 
 
331 aa  130  3e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1154  hypothetical protein  35.49 
 
 
371 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  hitchhiker  0.00923322  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2676  CRISPR-associated Cas1 family protein  31.67 
 
 
332 aa  130  4.0000000000000003e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2838  CRISPR-associated protein Cas1  28.82 
 
 
330 aa  129  5.0000000000000004e-29  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.150798  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0310  CRISPR-associated protein Cas1  28.49 
 
 
333 aa  129  8.000000000000001e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.753182  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3303  CRISPR-associated Cas1 family protein  32.18 
 
 
338 aa  129  9.000000000000001e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.597515  normal  0.540685 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4286  CRISPR-associated protein Cas1  27.57 
 
 
330 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2317  CRISPR-associated Cas1 family protein  27.33 
 
 
330 aa  127  4.0000000000000003e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0541  CRISPR-associated Cas1 family protein  27.78 
 
 
330 aa  123  4e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0668  CRISPR-associated protein Cas1  27.57 
 
 
331 aa  123  6e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.504883  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1188  CRISPR-associated protein Cas1  27.88 
 
 
333 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3012  CRISPR-associated Cas1 family protein  32.07 
 
 
332 aa  121  1.9999999999999998e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0160933  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1800  CRISPR-associated protein Cas1  34.74 
 
 
691 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0567  CRISPR-associated protein Cas1  32.46 
 
 
337 aa  120  3e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.424472  normal  0.165251 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5340  CRISPR-associated protein Cas1  33.33 
 
 
329 aa  119  9.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.52671 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1811  CRISPR-associated Cas1 family protein  28.65 
 
 
331 aa  118  1.9999999999999998e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0537215  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0708  CRISPR-associated protein Cas1  30.65 
 
 
323 aa  115  7.999999999999999e-25  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000161833  hitchhiker  0.00702489 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2516  hypothetical protein  28.62 
 
 
330 aa  115  1.0000000000000001e-24  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5081  CRISPR-associated Cas1 family protein  30.77 
 
 
337 aa  114  3e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1449  CRISPR-associated protein Cas1  27.19 
 
 
330 aa  113  5e-24  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1387  CRISPR-associated Cas1 family protein  27.92 
 
 
329 aa  113  6e-24  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2659  CRISPR-associated protein Cas1  25.15 
 
 
330 aa  111  2.0000000000000002e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3931  CRISPR-associated protein Cas1  26.02 
 
 
331 aa  110  4.0000000000000004e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12831  hypothetical protein  30.85 
 
 
338 aa  110  5e-23  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00550704  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0348  CRISPR-associated Cas1 family protein  23.87 
 
 
331 aa  110  5e-23  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.203751  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0619  CRISPR-associated protein Cas1  25.36 
 
 
331 aa  109  7.000000000000001e-23  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0927  CRISPR-associated protein Cas1  36.76 
 
 
207 aa  109  7.000000000000001e-23  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2014  CRISPR-associated Cas1 family protein  29.12 
 
 
338 aa  108  2e-22  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0942  CRISPR-associated Cas1 family protein  24.05 
 
 
330 aa  107  3e-22  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3327  CRISPR-associated protein Cas1  26.2 
 
 
331 aa  107  3e-22  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1127  CRISPR-associated Cas1 family protein  24.56 
 
 
333 aa  104  2e-21  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.168006  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>