60 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3904 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3904  CRISPR-associated Csh2 family protein  100 
 
 		 294 aa  605  9.999999999999999e-173  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.264914  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3522  CRISPR-associated Csd2 family protein  62.67 
 
 		 272 aa  374  1e-102  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1007  CRISPR-associated Csh2 family protein  59.8 
 
 		 280 aa  345  4e-94  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.143713  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0847  hypothetical protein  54.6 
 
 		 307 aa  310  1e-83  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3648  CRISPR-associated protein, Csd2 family  55.66 
 
 		 286 aa  309  2.9999999999999997e-83  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4332  CRISPR-associated Csd2 family protein  54.63 
 
 		 324 aa  308  8e-83  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.000155089  normal  0.180837 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31600  CRISPR-associated protein Csd2  34.04 
 
 		 302 aa  134  1.9999999999999998e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0831  CRISPR-associated Csd2 family protein  34.34 
 
 		 317 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02698  crispr-associated protein, Csd2 family  34.74 
 
 		 288 aa  129  6e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.820948  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1938  CRISPR-associated Csh2 family protein  31.65 
 
 		 316 aa  129  7.000000000000001e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.364907  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1158  CRISPR-associated Csd2 family protein  31.27 
 
 		 302 aa  126  5e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0478  hypothetical protein  31.67 
 
 		 288 aa  122  9.999999999999999e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0654  CRISPR-associated Csh2 family protein  32.96 
 
 		 309 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1067  CRISPR-associated Csh2 family protein  31.6 
 
 		 284 aa  116  5e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0472036 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2975  CRISPR-associated Csd2 family protein  31.52 
 
 		 290 aa  115  6.9999999999999995e-25  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.989998  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1480  CRISPR-associated protein, Csd2 family  29.74 
 
 		 294 aa  114  1.0000000000000001e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0604  CRISPR-associated Csh2 family protein  31.56 
 
 		 293 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.520474  normal  0.472142 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1631  CRISPR-associated protein, Csd2 family  29.55 
 
 		 312 aa  112  5e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.835293  normal  0.948126 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1976  CRISPR-associated protein, Csd2 family  31.71 
 
 		 299 aa  112  7.000000000000001e-24  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.856064  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1298  CRISPR-associated Csh2 family protein  30.9 
 
 		 299 aa  111  1.0000000000000001e-23  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.841348  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1005  CRISPR-associated Csd2 family protein  30.17 
 
 		 288 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1974  CRISPR-associated protein, Csd2 family  29.47 
 
 		 317 aa  107  2e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0823  CRISPR-associated protein, Csd2 family  31.11 
 
 		 291 aa  103  3e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.582934  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0495  CRISPR-associated Csh2 family protein  30.51 
 
 		 297 aa  103  4e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1726  CRISPR-associated Csd2 family protein  28.84 
 
 		 359 aa  98.6  1e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.111007  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1486  Csd2 family CRISPR-associated protein  26.42 
 
 		 326 aa  96.3  5e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.177259 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3344  CRISPR-associated Csh2 family protein  30.11 
 
 		 295 aa  91.7  1e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.00748339  normal  0.380655 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3579  Csd2 family CRISPR-associated protein  28.68 
 
 		 293 aa  91.7  1e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1660  CRISPR-associated protein, Csd2 family  25.98 
 
 		 346 aa  89.7  6e-17  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3382  CRISPR-associated RAMP protein, Cmr1 family  26.78 
 
 		 327 aa  88.6  1e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.860383  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0236  CRISPR-associated Csd2 family protein  27.41 
 
 		 325 aa  88.6  1e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1433  CRISPR-associated Csd2 family protein  31.36 
 
 		 366 aa  82  0.00000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.562068  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0639  CRISPR-associated Csh2 family protein  27.59 
 
 		 321 aa  78.6  0.0000000000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  decreased coverage  0.00285412  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0795  CRISPR-associated protein TM1801  26.2 
 
 		 286 aa  71.6  0.00000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0623  CRISPR-associated protein, Csh2 family  25.46 
 
 		 303 aa  70.5  0.00000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3331  CRISPR-associated protein, Csh2 family  25.34 
 
 		 340 aa  68.6  0.0000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3202  CRISPR-associated Csh2 family protein  28.83 
 
 		 305 aa  68.2  0.0000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1292  CRISPR-associated protein, Csh2 family  30.09 
 
 		 306 aa  67  0.0000000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0938  CRISPR-associated Csh2 family protein  27.51 
 
 		 302 aa  65.9  0.0000000007  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1420  CRISPR-associated protein, Csh2 family  29.68 
 
 		 313 aa  65.1  0.000000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.634971  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2325  CRISPR-associated Csh2 family protein  25.1 
 
 		 293 aa  62  0.00000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2185  CRISPR-associated protein TM1801  26.23 
 
 		 294 aa  62  0.00000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1019  CRISPR-associated Csh2 family protein  26.87 
 
 		 299 aa  61.2  0.00000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3938  CRISPR-associated protein, CT1132 family  25.64 
 
 		 316 aa  61.2  0.00000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2520  hypothetical protein  27.15 
 
 		 301 aa  60.8  0.00000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2663  CRISPR-associated protein, Csh2 family  25.21 
 
 		 301 aa  60.1  0.00000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1072  CRISPR-associated Csh2 family protein  24.67 
 
 		 330 aa  60.5  0.00000004  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.618984  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1184  CRISPR-associated protein, Csh2 family  26.7 
 
 		 318 aa  59.7  0.00000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0231  CRISPR-associated Csh2 family protein  24.6 
 
 		 291 aa  59.7  0.00000006  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.748958  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0306  CRISPR-associated protein, Csh2 family  25.21 
 
 		 318 aa  57.4  0.0000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1881  CRISPR-associated Csh2 family protein  28.31 
 
 		 302 aa  56.6  0.0000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.576122  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1453  CRISPR-associated protein, Csh2 family  23.9 
 
 		 359 aa  56.2  0.0000006  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2426  CRISPR-associated protein, Csh2 family  24.38 
 
 		 319 aa  54.7  0.000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0614729  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15240  CRISPR-associated protein, Csh2 family  23.48 
 
 		 302 aa  54.7  0.000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.105097  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0973  CRISPR-associated protein, Csh2 family  26.13 
 
 		 334 aa  52.8  0.000007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4290  CRISPR-associated protein, CT1132 family  22.07 
 
 		 356 aa  51.2  0.00002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0770  CRISPR-associated Csh2 family protein  25.79 
 
 		 292 aa  50.8  0.00002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2834  CRISPR-associated protein, Csh2 family  25.71 
 
 		 351 aa  48.5  0.0001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0269  CRISPR-associated Csh2 family protein  24.66 
 
 		 314 aa  47.8  0.0002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0537  CRISPR-associated Csh2 family protein  27.47 
 
 		 329 aa  45.8  0.001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>