More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3871 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3871  MerR family transcriptional regulator  100 
 
 		 117 aa  235  1e-61  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0905  MerR family transcriptional regulator  45.71 
 
 		 117 aa  86.7  9e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.131454  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6040  MerR family transcriptional regulator  38.79 
 
 		 128 aa  80.1  0.00000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0713  MerR family transcriptional regulator  40.71 
 
 		 125 aa  79.7  0.00000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.979534  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2788  MerR family transcriptional regulator  40.18 
 
 		 127 aa  78.2  0.00000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.291885  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2967  MerR family transcriptional regulator  40.18 
 
 		 127 aa  78.2  0.00000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2733  MerR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 135 aa  73.6  0.0000000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4523  MerR family transcriptional regulator  44.58 
 
 		 149 aa  73.2  0.000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0085  MerR family transcriptional regulator  45.33 
 
 		 117 aa  70.5  0.000000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0086  MerR family transcriptional regulator  45.33 
 
 		 117 aa  70.1  0.000000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0082  MerR family transcriptional regulator  45.33 
 
 		 117 aa  70.1  0.000000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2526  MerR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 115 aa  69.7  0.00000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.120952  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1646  MerR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 133 aa  67.8  0.00000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1798  regulatory protein, MerR  41.94 
 
 		 118 aa  67.4  0.00000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0455207  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3373  MerR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 136 aa  67.4  0.00000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0297855  normal  0.469131 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0388  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  50.72 
 
 		 154 aa  66.6  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0385  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  50.72 
 
 		 154 aa  66.6  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000075209 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0448  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  50.72 
 
 		 154 aa  66.6  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.17179e-17 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0407  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  50.72 
 
 		 154 aa  66.6  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000267625 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000328  HTH-type transcriptional regulator CueR  41.41 
 
 		 128 aa  66.2  0.0000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000000737909  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0393  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  50.72 
 
 		 154 aa  66.6  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.493726  hitchhiker  2.73635e-17 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06131  Zn(II)-responsive regulator of ZntA  40.4 
 
 		 128 aa  64.7  0.0000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4049  MerR family transcriptional regulator  44.3 
 
 		 149 aa  64.7  0.0000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2633  Cd(II)/Pb(II)-responsive transcriptional regulator  33.05 
 
 		 162 aa  64.3  0.0000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.673518 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1808  transcriptional regulator, MerR family  32.74 
 
 		 131 aa  64.3  0.0000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.306071  normal  0.126025 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2699  MerR family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 171 aa  64.3  0.0000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3892  MerR family transcriptional regulator  47.83 
 
 		 149 aa  63.9  0.0000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00526993  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4002  MerR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 135 aa  63.9  0.0000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0894  MerR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 135 aa  63.9  0.0000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0470  putative transcriptional regulator, MerR family  34.21 
 
 		 133 aa  63.5  0.0000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7842  transcriptional regulator, MerR family  44.3 
 
 		 149 aa  63.5  0.0000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0194  MerR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 135 aa  63.5  0.0000000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1720  MerR family transcriptional regulator  41 
 
 		 134 aa  63.5  0.0000000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0220  MerR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 135 aa  63.5  0.0000000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1898  transcriptional regulator, putative  41 
 
 		 134 aa  63.2  0.000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1531  transcriptional regulator, MerR family  41 
 
 		 135 aa  63.2  0.000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.152534  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1673  MerR family transcriptional regulator  41 
 
 		 134 aa  63.2  0.000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2827  MerR family transcriptional regulator  41 
 
 		 135 aa  63.2  0.000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2233  MerR family transcriptional regulator  45.71 
 
 		 138 aa  63.5  0.000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.366472 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1103  MerR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 135 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.394367  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1117  MerR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 135 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2902  MerR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 135 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1604  MerR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 135 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2912  MerR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 135 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0392  MerR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 135 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0882  MerR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 135 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.656142 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2464  transcriptional regulator, MerR family  36.36 
 
 		 137 aa  62.8  0.000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2321  MerR family transcriptional regulator  41 
 
 		 134 aa  63.2  0.000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2393  MerR family transcriptional regulator  41 
 
 		 134 aa  63.2  0.000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.790409 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3237  MerR family transcriptional regulator  44.3 
 
 		 171 aa  62.4  0.000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.839111  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2325  MerR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 135 aa  62.4  0.000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1311  MerR family transcriptional regulator  37.08 
 
 		 132 aa  62.4  0.000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1771  transcriptional regulator, MerR family  40.96 
 
 		 151 aa  62.8  0.000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.13408  normal  0.537849 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0442  transcriptional regulator, MerR family  43.04 
 
 		 132 aa  62.4  0.000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.856657  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0295  MerR family transcriptional regulator  41.77 
 
 		 149 aa  62  0.000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2972  MerR family transcriptional regulator  41 
 
 		 135 aa  62  0.000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.54764  normal  0.504684 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1373  MerR family transcriptional regulator  44.93 
 
 		 159 aa  62  0.000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.366441  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2845  MerR family transcriptional regulator  41 
 
 		 135 aa  62  0.000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3375  MerR family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 149 aa  61.6  0.000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0803  HTH-type transcriptional regulator CueR (copper export regulator)  42.86 
 
 		 132 aa  61.6  0.000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2244  regulatory protein, MerR  42 
 
 		 135 aa  61.2  0.000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3242  transcriptional regulator, MerR family  41.77 
 
 		 132 aa  61.6  0.000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2848  MerR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 142 aa  61.2  0.000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1137  transcriptional regulator, MerR family  44.93 
 
 		 159 aa  60.8  0.000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1363  MerR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 134 aa  60.8  0.000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.381305 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02411  Transcriptional regulator, MerR family protein  48.48 
 
 		 151 aa  60.8  0.000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2868  MerR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 129 aa  60.8  0.000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000311414  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2034  MerR family transcriptional regulator  43.94 
 
 		 128 aa  60.8  0.000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.327556  normal  0.554633 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2322  MerR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 139 aa  60.8  0.000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3523  MerR family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 139 aa  60.5  0.000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2726  transcriptional regulator, MerR family protein  38.78 
 
 		 136 aa  60.5  0.000000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.505695  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4237  MerR family transcriptional regulator  34.82 
 
 		 136 aa  60.5  0.000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.428618  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3347  transcription regulator protein  36.84 
 
 		 159 aa  60.1  0.000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.445877  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3209  MerR family transcriptional regulator  33.62 
 
 		 138 aa  60.1  0.000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3534  MerR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 143 aa  60.1  0.000000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0358234  normal  0.617564 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1805  transcriptional regulator, MerR family  42.03 
 
 		 142 aa  60.1  0.000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.665763 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2538  transcriptional regulator, MerR family  41.77 
 
 		 147 aa  59.3  0.00000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.329159  normal  0.129188 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3222  MerR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 132 aa  59.7  0.00000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.012049 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4873  MerR family transcriptional regulator  46.27 
 
 		 141 aa  59.7  0.00000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.825064 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1151  MerR family transcriptional regulator  46.38 
 
 		 133 aa  59.7  0.00000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.100669  hitchhiker  0.000000311334 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3216  transcriptional regulator, MerR family  40.3 
 
 		 155 aa  60.1  0.00000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3542  transcriptional regulator, MerR family  40.3 
 
 		 152 aa  59.3  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.387014 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2796  MerR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 132 aa  59.3  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10060  Cu(I)-responsive transcriptional regulator, MerR family  39.6 
 
 		 138 aa  58.9  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.198613  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0221  MerR family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 149 aa  59.3  0.00000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.998323  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2017  MerR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 140 aa  58.9  0.00000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2106  MerR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 156 aa  59.3  0.00000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.63412  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2152  MerR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 137 aa  58.9  0.00000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.845816  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4898  MerR family transcriptional regulator  44.93 
 
 		 147 aa  59.3  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.627224  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2543  MerR family transcriptional regulator  40 
 
 		 128 aa  58.9  0.00000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.212021  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2924  MerR family transcriptional regulator  48.48 
 
 		 131 aa  59.3  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2325  MerR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 147 aa  59.3  0.00000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1941  MerR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 140 aa  58.9  0.00000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5359  transcriptional regulator, MerR family  40.58 
 
 		 142 aa  58.5  0.00000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1328  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  40 
 
 		 142 aa  58.2  0.00000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.185828  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4517  zinc-responsive transcriptional regulator  28.45 
 
 		 143 aa  58.2  0.00000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00152846  hitchhiker  0.0000330659 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0162  MerR family transcriptional regulator  37.78 
 
 		 119 aa  58.2  0.00000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2702  MerR family transcriptional regulator  45.07 
 
 		 159 aa  58.5  0.00000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6047  MerR family transcriptional regulator  44 
 
 		 149 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.790418 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0477  MerR family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 173 aa  58.5  0.00000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>