More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3833 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010622  Bphy_3025  AMP-binding domain protein  61.01 
 
 
576 aa  719    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0318  AMP-binding domain protein  60.04 
 
 
571 aa  702    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.922079  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2479  acyl-CoA synthetase  59.28 
 
 
557 aa  671    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.282098  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3458  acyl-CoA synthetase  58.56 
 
 
562 aa  675    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.220235 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4063  AMP-binding domain protein  57.38 
 
 
560 aa  637    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.365849  normal  0.0336017 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0442  AMP-binding domain protein  60.64 
 
 
571 aa  697    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.89643  normal  0.841381 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2679  AMP-binding domain protein  59.21 
 
 
561 aa  649    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.180976  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3966  AMP-binding domain protein  60.21 
 
 
576 aa  703    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1448  AMP-dependent synthetase and ligase  60.58 
 
 
596 aa  663    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2959  AMP-binding domain protein  60.21 
 
 
576 aa  704    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0308  AMP-binding domain protein  64.9 
 
 
584 aa  771    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1467  AMP-binding domain protein  60 
 
 
578 aa  711    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3661  AMP-binding domain protein  57.19 
 
 
560 aa  638    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000288335 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2941  acyl-CoA synthetase  58.18 
 
 
557 aa  654    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.581775  normal  0.0544542 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0176  AMP-binding domain protein  60.21 
 
 
576 aa  704    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.970705  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3655  AMP-binding domain protein  57.25 
 
 
565 aa  650    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0315072 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0333  AMP-binding domain protein  60.21 
 
 
571 aa  703    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3290  AMP-binding domain protein  61.61 
 
 
575 aa  726    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4040  AMP-binding domain protein  60.21 
 
 
576 aa  704    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0582  AMP-binding domain protein  61.52 
 
 
587 aa  745    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.44238  normal  0.647319 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3108  AMP-binding domain protein  56.27 
 
 
546 aa  653    Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.580008  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5975  AMP-binding domain protein  77.35 
 
 
572 aa  888    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3306  AMP-binding domain protein  60.91 
 
 
576 aa  706    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.63972  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3009  AMP-binding domain protein  55.02 
 
 
546 aa  642    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0580  AMP-binding domain protein  59.47 
 
 
576 aa  709    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.566618  normal  0.942666 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2068  AMP-binding domain protein  66.67 
 
 
596 aa  774    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3833  AMP-binding domain protein  100 
 
 
601 aa  1247    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4161  AMP-binding domain protein  84.45 
 
 
577 aa  980    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0042  AMP-binding domain protein  61.17 
 
 
576 aa  719    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3403  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  56.92 
 
 
579 aa  651    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2319  AMP-binding domain protein  59.68 
 
 
565 aa  698    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.770298  normal  0.0254377 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3045  AMP-binding domain protein  76.55 
 
 
578 aa  906    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0252  AMP-binding domain protein  59.44 
 
 
564 aa  708    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1778  AMP-binding domain protein  57.01 
 
 
560 aa  639    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0198659 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0339  AMP-binding domain protein  65.43 
 
 
602 aa  778    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0610  AMP-binding domain protein  59.16 
 
 
570 aa  697    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.920315  normal  0.508617 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2693  AMP-dependent synthetase and ligase  60.99 
 
 
562 aa  712    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2083  AMP-dependent synthetase and ligase  57.14 
 
 
544 aa  655    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2947  AMP-binding domain protein  60.14 
 
 
575 aa  710    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.768033  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3209  AMP-binding domain protein  56.81 
 
 
546 aa  657    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.609491  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2984  AMP-binding domain protein  56.19 
 
 
546 aa  641    Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.136347  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0770  AMP-dependent synthetase and ligase  54.38 
 
 
566 aa  650    Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.404945  normal  0.888891 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0154  AMP-dependent synthetase and ligase  55.99 
 
 
566 aa  657    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0099  AMP-binding domain protein  60.91 
 
 
575 aa  719    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2593  AMP-binding domain protein  55.99 
 
 
574 aa  650    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31470  AMP-binding domain protein  59.03 
 
 
564 aa  665    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0028776  hitchhiker  0.0000000416298 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0108  AMP-binding domain protein  60.14 
 
 
575 aa  710    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.969616  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3018  AMP-binding domain protein  60.21 
 
 
576 aa  704    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0288  AMP-binding domain protein  59.68 
 
 
564 aa  707    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0229323  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0752  AMP-binding domain protein  65.66 
 
 
576 aa  763    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4723  AMP-binding domain protein  75.49 
 
 
560 aa  905    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.712671  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0124  AMP-binding domain protein  60.49 
 
 
575 aa  716    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0108  AMP-binding domain protein  60.66 
 
 
575 aa  714    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.480818  normal  0.901201 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3892  AMP-binding domain protein  60.42 
 
 
576 aa  707    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.239396  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0108  AMP-binding domain protein  61.36 
 
 
575 aa  734    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2311  acyl-CoA synthetase  58.38 
 
 
557 aa  668    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.462118  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4355  AMP-binding domain protein  76.43 
 
 
577 aa  879    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0470  AMP-binding domain protein  80.21 
 
 
579 aa  965    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.500012  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3764  AMP-binding domain protein  76.72 
 
 
578 aa  906    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3353  AMP-binding domain protein  60.21 
 
 
576 aa  704    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0344  AMP-binding domain protein  64.3 
 
 
562 aa  727    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.100012  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1584  AMP-binding domain protein  60.21 
 
 
570 aa  704    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0462  AMP-binding domain protein  60.49 
 
 
564 aa  712    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2563  AMP-binding domain protein  54.1 
 
 
549 aa  632  1e-180  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.45341e-16 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1650  AMP-binding domain protein  54.46 
 
 
549 aa  633  1e-180  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1627  AMP-dependent synthetase and ligase  52.98 
 
 
571 aa  634  1e-180  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4437  AMP-binding domain protein  54.82 
 
 
540 aa  632  1e-180  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2285  AMP-binding domain protein  54.84 
 
 
570 aa  632  1e-180  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0389499  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2475  AMP-binding domain protein  55.02 
 
 
574 aa  633  1e-180  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0776889  normal  0.707205 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3937  AMP-binding domain protein  54.84 
 
 
539 aa  633  1e-180  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.104158  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4524  AMP-binding domain protein  54.82 
 
 
540 aa  632  1e-180  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1103  AMP-binding domain protein  54.38 
 
 
552 aa  628  1e-179  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2361  AMP-dependent synthetase and ligase  56.07 
 
 
550 aa  630  1e-179  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.727031  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1971  AMP-binding domain protein  55.41 
 
 
578 aa  630  1e-179  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4818  AMP-binding domain protein  54.94 
 
 
540 aa  631  1e-179  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4037  AMP-dependent synthetase and ligase  53.43 
 
 
558 aa  628  1e-179  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0518356  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1086  AMP-dependent synthetase and ligase  53.29 
 
 
566 aa  629  1e-179  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2607  AMP-binding domain protein  53.79 
 
 
570 aa  625  1e-178  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1679  AMP-binding domain protein  54.81 
 
 
570 aa  626  1e-178  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1032  AMP-dependent synthetase and ligase  51.33 
 
 
566 aa  626  1e-178  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0807  AMP-dependent synthetase and ligase  55.5 
 
 
551 aa  626  1e-178  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.472076  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2503  AMP-binding domain protein  53.94 
 
 
568 aa  628  1e-178  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1904  AMP-binding domain protein  54.66 
 
 
573 aa  628  1e-178  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2721  AMP-binding domain protein  53.44 
 
 
570 aa  623  1e-177  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.443793  normal  0.43387 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1573  AMP-binding domain protein  53.47 
 
 
552 aa  623  1e-177  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.116566  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2646  AMP-binding domain protein  53.44 
 
 
570 aa  623  1e-177  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2357  AMP-binding domain protein  54.73 
 
 
570 aa  625  1e-177  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0641132  normal  0.0814981 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1739  AMP-binding domain protein  53.44 
 
 
570 aa  623  1e-177  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.184325  hitchhiker  0.00142918 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1389  AMP-binding domain protein  53.01 
 
 
549 aa  620  1e-176  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000722424  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34080  AMP-binding domain protein  55.46 
 
 
552 aa  620  1e-176  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.448325  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0354  AMP-dependent synthetase and ligase  55.88 
 
 
576 aa  619  1e-176  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.725771 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4867  AMP-binding domain protein  52.94 
 
 
538 aa  616  1e-175  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.223701  normal  0.186874 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5134  AMP-binding domain protein  57.41 
 
 
518 aa  617  1e-175  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0657606  normal  0.735688 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1693  AMP-binding domain protein  55.6 
 
 
543 aa  617  1e-175  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.301435  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1813  AMP-binding domain protein  55.37 
 
 
560 aa  616  1e-175  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.659175  normal  0.258259 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1563  AMP-binding domain protein  52.98 
 
 
538 aa  618  1e-175  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.716975 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4878  AMP-dependent synthetase and ligase  54.56 
 
 
530 aa  613  9.999999999999999e-175  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0148671 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0404  hypothetical protein  48.84 
 
 
605 aa  612  9.999999999999999e-175  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.737872  normal  0.0168695 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4372  AMP-dependent synthetase and ligase  54.51 
 
 
539 aa  610  1e-173  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4008  AMP-dependent synthetase and ligase  53.65 
 
 
1043 aa  610  1e-173  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>