More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3764 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_3764  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  100 
 
 
637 aa  1296    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0308  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  79.12 
 
 
637 aa  1040    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3354  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.6 
 
 
637 aa  540  9.999999999999999e-153  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.79801  normal  0.640846 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1559  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.44 
 
 
703 aa  464  1e-129  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.311559  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1309  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  40.59 
 
 
635 aa  442  9.999999999999999e-123  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.939066  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2095  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.21 
 
 
632 aa  382  1e-105  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1878  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.34 
 
 
638 aa  382  1e-104  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.097815 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0131  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.55 
 
 
648 aa  337  3.9999999999999995e-91  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.825955 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1808  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.84 
 
 
650 aa  331  2e-89  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.38633  normal  0.679968 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3896  hypothetical protein  35.09 
 
 
650 aa  327  5e-88  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165202  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0183  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.45 
 
 
648 aa  322  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.475151 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45930  hypothetical protein  34.95 
 
 
650 aa  320  3e-86  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0165  GGDEF domain-containing protein  36.14 
 
 
648 aa  317  3e-85  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000075441 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0184  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.14 
 
 
648 aa  317  5e-85  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.181368  normal  0.144967 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5064  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.14 
 
 
648 aa  313  4.999999999999999e-84  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.303176  normal  0.479686 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1217  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  33.54 
 
 
650 aa  309  1.0000000000000001e-82  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3058  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  33.13 
 
 
650 aa  306  8.000000000000001e-82  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2662  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.65 
 
 
640 aa  305  2.0000000000000002e-81  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.750308  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0816  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.08 
 
 
642 aa  254  3e-66  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0124446  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2826  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.9 
 
 
649 aa  253  1e-65  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.525997  normal  0.15588 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0860  hypothetical protein  28.34 
 
 
639 aa  244  5e-63  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0891  hypothetical protein  28.18 
 
 
639 aa  243  9e-63  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1079  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.44 
 
 
663 aa  225  2e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02471  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.52 
 
 
645 aa  224  3e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.323013  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0208  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.09 
 
 
645 aa  223  7e-57  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0890  MadN protein  26.32 
 
 
649 aa  210  7e-53  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.00448941  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0792  diguanylate cyclase  26.53 
 
 
654 aa  206  8e-52  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.000000521714  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0378  histidine kinase  25.93 
 
 
640 aa  206  1e-51  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0307  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.92 
 
 
640 aa  204  5e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.068585  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3264  putative diguanylate phosphodiesterase  25.46 
 
 
639 aa  199  1.0000000000000001e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00516695  normal  0.802494 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0162  endonuclease IV  26.16 
 
 
649 aa  198  3e-49  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.963348  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0430  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.35 
 
 
640 aa  196  1e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.612077  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3441  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.07 
 
 
663 aa  195  2e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07087  hypothetical protein  26.06 
 
 
640 aa  194  3e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0471  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.73 
 
 
640 aa  193  8e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3597  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.47 
 
 
639 aa  192  2e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001009  GGDEF and EAL domain-containing protein  25.88 
 
 
627 aa  192  2e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.62 
 
 
640 aa  191  2.9999999999999997e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00766642  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1099  membrane signal transduction protein  24.81 
 
 
641 aa  191  4e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0362  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.61 
 
 
639 aa  191  4e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.230248  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3911  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  25.27 
 
 
639 aa  188  3e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4010  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.27 
 
 
639 aa  188  3e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.105132  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3988  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.27 
 
 
639 aa  187  4e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4104  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.12 
 
 
639 aa  187  4e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.950897  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1371  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.04 
 
 
696 aa  184  6e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0378  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.38 
 
 
639 aa  183  1e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0227071  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3648  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.38 
 
 
639 aa  183  1e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0402432  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4323  GGDEF domain-containing protein  24.8 
 
 
639 aa  181  4e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0376  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.53 
 
 
639 aa  179  2e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0574936  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0160  hypothetical protein  25.47 
 
 
636 aa  166  2.0000000000000002e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1449  cyclic-di-GMP regulatory protein  24.84 
 
 
640 aa  165  3e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.957057  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02531  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.91 
 
 
644 aa  149  1.0000000000000001e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.419727  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2352  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.86 
 
 
638 aa  147  4.0000000000000006e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000161586  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1851  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.6 
 
 
634 aa  147  6e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000212765  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2063  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.15 
 
 
634 aa  147  7.0000000000000006e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000511285  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2200  GGDEF/EAL domain-containing protein  23.29 
 
 
634 aa  146  9e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2045  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.3 
 
 
632 aa  144  4e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.289313  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2272  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.21 
 
 
634 aa  143  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000104677  normal  0.665936 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2113  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.43 
 
 
634 aa  142  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000494856  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2066  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.77 
 
 
634 aa  141  3e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000803773  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2258  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.99 
 
 
634 aa  141  3e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000255268  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4544  hypothetical protein  25.99 
 
 
634 aa  141  3e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25 
 
 
634 aa  140  6e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00115301  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2167  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.13 
 
 
634 aa  140  7.999999999999999e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000207311  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1862  GGDEF domain-containing protein  23.59 
 
 
631 aa  138  3.0000000000000003e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0100434  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.32 
 
 
634 aa  137  9e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.151279  normal  0.188336 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2507  GGDEF domain-containing protein  25.1 
 
 
634 aa  136  1.9999999999999998e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0530  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.64 
 
 
580 aa  134  5e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1660  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.37 
 
 
698 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.771152 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1571  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.15 
 
 
583 aa  133  1.0000000000000001e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.260448  normal  0.637098 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0502  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.05 
 
 
574 aa  133  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0276751 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2171  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.84 
 
 
632 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00000155509  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2973  GGDEF domain-containing protein  27.51 
 
 
734 aa  131  3e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1356  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.46 
 
 
469 aa  130  1.0000000000000001e-28  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0103903  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2220  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  26.09 
 
 
971 aa  127  7e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00060546  normal  0.0976665 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2065  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.8 
 
 
642 aa  127  8.000000000000001e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000551747  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1829  putative diguanylate phosphodiesterase  24.67 
 
 
646 aa  126  9e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0228515  normal  0.151789 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0620  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.69 
 
 
728 aa  126  1e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.669177  normal  0.626171 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3272  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.12 
 
 
753 aa  126  1e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0628  GGDEF domain-containing protein  25.29 
 
 
728 aa  125  3e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3125  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.48 
 
 
731 aa  124  7e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00840861 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0308  GGDEF domain-containing protein  25.41 
 
 
583 aa  123  8e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.343771 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2185  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.21 
 
 
777 aa  123  9.999999999999999e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.290622  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0621  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.46 
 
 
728 aa  123  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0152  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.91 
 
 
928 aa  122  1.9999999999999998e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.575219 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1609  multisensor diguanylate cyclase/phophodiesterase  24.61 
 
 
944 aa  122  1.9999999999999998e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.954205  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3870  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.12 
 
 
739 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3687  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.12 
 
 
739 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3409  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.46 
 
 
728 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0505297  normal  0.623835 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1957  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.68 
 
 
975 aa  122  3e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4198  putative sensor protein  27.58 
 
 
1105 aa  121  3e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.350673  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3773  regulatory protein CsrD  27.46 
 
 
635 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0581  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.12 
 
 
739 aa  121  4.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0251  regulatory protein CsrD  26.73 
 
 
645 aa  120  6e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0597228  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37050  PAS domain S-box/diguanylate cyclase (GGDEF) domain-containing protein  27.17 
 
 
919 aa  120  7.999999999999999e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.790153  normal  0.0286025 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49160  putative sensor protein  27.38 
 
 
1120 aa  120  7.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000588584 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0517  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.29 
 
 
1072 aa  119  9.999999999999999e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.251594  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5150  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.55 
 
 
1248 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7616  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.05 
 
 
563 aa  119  1.9999999999999998e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.226909  normal  0.207076 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3744  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.88 
 
 
739 aa  118  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>