More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3762 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3762  Type I secretion outer membrane protein, TolC  100 
 
 		 609 aa  1234    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.789361  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0310  Type I secretion outer membrane protein, TolC  73.47 
 
 		 607 aa  903    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.120997  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0720  Type I secretion outer membrane protein, TolC  59.52 
 
 		 658 aa  735    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  unclonable  0.000000202106  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0706  Type I secretion outer membrane protein, TolC  49.12 
 
 		 636 aa  392  1e-107  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0676668 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1307  type I secretion outer membrane protein, TolC family  45.92 
 
 		 484 aa  391  1e-107  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2097  TolC family type I secretion outer membrane protein  46.65 
 
 		 633 aa  370  1e-101  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1880  outer membrane protein  44.29 
 
 		 492 aa  366  1e-100  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0375089 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0784  type I secretion outer membrane protein, TolC family  40.88 
 
 		 491 aa  363  7.0000000000000005e-99  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.649029  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1664  type I secretion outer membrane protein, TolC family  42.27 
 
 		 466 aa  355  1e-96  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.623373  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1665  type I secretion outer membrane protein, TolC family  42.2 
 
 		 472 aa  353  7e-96  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.104935 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0633  type I secretion outer membrane protein, TolC family  42.43 
 
 		 484 aa  351  2e-95  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00458641  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1845  TolC family type I secretion outer membrane protein  41.19 
 
 		 471 aa  340  5.9999999999999996e-92  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.0000390204  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2659  TolC family type I secretion outer membrane protein  38.53 
 
 		 451 aa  325  1e-87  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4320  agglutination protein  32.89 
 
 		 471 aa  240  5e-62  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5061  TolC family type I secretion outer membrane protein  36.8 
 
 		 445 aa  239  1e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.447957 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0381  TolC family type I secretion outer membrane protein  32.23 
 
 		 471 aa  236  7e-61  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3645  TolC family type I secretion outer membrane protein  32.23 
 
 		 471 aa  236  7e-61  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0379  TolC family type I secretion outer membrane protein  32.01 
 
 		 471 aa  236  9e-61  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1804  TolC family type I secretion outer membrane protein  35.9 
 
 		 451 aa  236  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.894432  normal  0.601876 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0433  type I secretion outer membrane protein, TolC family protein  31.4 
 
 		 469 aa  234  3e-60  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.462048  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0365  TolC family type I secretion outer membrane protein  31.43 
 
 		 475 aa  233  6e-60  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3594  TolC family type I secretion outer membrane protein  31.79 
 
 		 471 aa  233  9e-60  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0474  TolC family type I secretion outer membrane protein  31.04 
 
 		 470 aa  231  2e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0171025  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6370  TolC family type I secretion outer membrane protein  37.96 
 
 		 456 aa  231  2e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.668018  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4101  TolC family type I secretion outer membrane protein  31.21 
 
 		 472 aa  231  3e-59  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4142  TolC family type I secretion outer membrane protein  31.28 
 
 		 472 aa  230  5e-59  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00647616  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3261  type I secretion outer membrane protein, TolC  31.99 
 
 		 469 aa  228  3e-58  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.537181 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4007  TolC family type I secretion outer membrane protein  30.77 
 
 		 472 aa  227  5.0000000000000005e-58  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6073  TolC family type I secretion outer membrane protein  38.67 
 
 		 457 aa  227  6e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.523429 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3985  TolC family type I secretion outer membrane protein  30.33 
 
 		 473 aa  224  3e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3908  type I secretion outer membrane protein, TolC family  30.33 
 
 		 473 aa  224  3e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0381  Type I secretion outer membrane protein, TolC  31.49 
 
 		 468 aa  223  9.999999999999999e-57  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.034849  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1462  Type I secretion outer membrane protein, TolC  34.11 
 
 		 452 aa  222  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4025  TolC family type I secretion outer membrane protein  36.06 
 
 		 452 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0350176 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4519  TolC family type I secretion outer membrane protein  35.97 
 
 		 452 aa  219  1e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3061  type I secretion outer membrane protein, TolC family  33.5 
 
 		 450 aa  219  2e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1392  TolC family type I secretion outer membrane protein  35.73 
 
 		 452 aa  218  2e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1228  agglutination protein  33.03 
 
 		 445 aa  217  4e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000902456  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4322  TolC family type I secretion outer membrane protein  32.09 
 
 		 501 aa  216  9e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.811491  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0310  TolC family type I secretion outer membrane protein  29.81 
 
 		 470 aa  215  1.9999999999999998e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.952787  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3809  TolC family type I secretion outer membrane protein  35.1 
 
 		 457 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041623 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1214  type I secretion outer membrane protein, TolC family  33.01 
 
 		 450 aa  214  3.9999999999999995e-54  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.227292  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5970  Type I secretion outer membrane protein, TolC  36.09 
 
 		 442 aa  213  9e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001579  agglutination protein  30.8 
 
 		 437 aa  213  1e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.582339  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0889  hypothetical protein  31.24 
 
 		 574 aa  212  2e-53  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0204  Type I secretion outer membrane protein, TolC  31.09 
 
 		 441 aa  211  4e-53  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1293  Poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class I  33.8 
 
 		 430 aa  209  1e-52  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.987047 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0134  Type I secretion outer membrane protein, TolC  35.31 
 
 		 450 aa  208  2e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.675891  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0858  hypothetical protein  30.77 
 
 		 574 aa  207  5e-52  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02379  hypothetical protein  30.82 
 
 		 436 aa  205  2e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003403  agglutination protein  29.53 
 
 		 436 aa  203  9e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000998881  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0019  outer membrane efflux protein  29.34 
 
 		 440 aa  199  1.0000000000000001e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02372  hypothetical protein  30.53 
 
 		 425 aa  198  3e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003406  agglutination protein  30.88 
 
 		 423 aa  195  2e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1494  type I secretion outer membrane protein, TolC family  30.61 
 
 		 450 aa  180  7e-44  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0790  type I secretion outer membrane protein, TolC family  28.27 
 
 		 440 aa  168  2.9999999999999998e-40  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.000000109355  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0562  type I secretion outer membrane protein, TolC family  28.7 
 
 		 450 aa  166  1.0000000000000001e-39  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4205  TolC family type I secretion outer membrane protein  27.91 
 
 		 431 aa  164  3e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.668787  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0546  TolC family type I secretion outer membrane protein  26.92 
 
 		 444 aa  157  4e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1878  type I secretion outer membrane protein, TolC family  28.16 
 
 		 475 aa  148  2.0000000000000003e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.660542  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1415  Type I secretion outer membrane protein, TolC  28.25 
 
 		 472 aa  148  3e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000000596226  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0160  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.88 
 
 		 566 aa  146  9e-34  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.213741  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0010  type I secretion outer membrane protein, TolC family  28.73 
 
 		 443 aa  143  8e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.444301  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2241  Type I secretion outer membrane protein, TolC  29.12 
 
 		 524 aa  140  8.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.417493  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0888  ComEC/Rec2 family protein  27.27 
 
 		 559 aa  138  4e-31  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.00289662  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0634  type I secretion outer membrane protein, TolC family  27.32 
 
 		 467 aa  137  5e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.0000541353  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4718  OmpA/MotB domain-containing protein  58.93 
 
 		 219 aa  137  6.0000000000000005e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.790715 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1633  Type I secretion outer membrane protein, TolC  28.27 
 
 		 519 aa  134  5e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.181955  normal  0.716054 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3118  OmpA/MotB domain-containing protein  54.24 
 
 		 242 aa  133  7.999999999999999e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0113937 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1397  OmpA/MotB domain protein  54.46 
 
 		 218 aa  133  1.0000000000000001e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2463  OmpA/MotB domain-containing protein  54.46 
 
 		 218 aa  133  1.0000000000000001e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.249955 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1796  OmpA/MotB  55.36 
 
 		 214 aa  131  4.0000000000000003e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0221039  unclonable  0.00000303101 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3279  OmpA/MotB domain-containing protein  55.86 
 
 		 219 aa  130  5.0000000000000004e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.209932  normal  0.606856 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1572  OmpA/MotB  55.36 
 
 		 212 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00161285  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2789  OmpA/MotB domain-containing protein  54.46 
 
 		 210 aa  129  1.0000000000000001e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  unclonable  0.000000026968  hitchhiker  0.00127263 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1978  TolC family type I secretion outer membrane protein  27.19 
 
 		 456 aa  127  6e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.143142  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1149  TolC family type I secretion outer membrane protein  27.9 
 
 		 456 aa  127  7e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.435165  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1875  type I secretion outer membrane protein, TolC family  27.78 
 
 		 476 aa  125  2e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0958  OmpA/MotB domain-containing protein  52.25 
 
 		 243 aa  124  6e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2237  putative signal peptide protein  53.15 
 
 		 219 aa  124  7e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.237192  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0492  OmpA/MotB domain-containing protein  50.89 
 
 		 187 aa  119  1.9999999999999998e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000142767  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40250  putative outer membrane protein precursor  28.67 
 
 		 425 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.311034  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3411  hypothetical protein  28.84 
 
 		 425 aa  116  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.527264  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1316  OmpA/MotB domain protein  50 
 
 		 188 aa  115  3e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000829076  hitchhiker  6.79334e-27 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1621  OmpA/MotB domain protein  54.46 
 
 		 217 aa  115  3e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2579  OmpA/MotB  50.42 
 
 		 218 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2577  Type I secretion outer membrane protein, TolC  27.13 
 
 		 522 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00589159 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0712  OmpA/MotB  50.42 
 
 		 217 aa  113  1.0000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0107689  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3004  TolC family type I secretion outer membrane protein  27.48 
 
 		 464 aa  112  2.0000000000000002e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.599739 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0841  OmpA/MotB domain protein  49.58 
 
 		 218 aa  111  3e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0197529 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2686  Outer membrane secretion protein  24.76 
 
 		 472 aa  111  3e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.553025  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2894  Type I secretion outer membrane protein, TolC  25.94 
 
 		 460 aa  111  3e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.386257  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0770  OmpA/MotB domain protein  49.58 
 
 		 218 aa  111  3e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00244637 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0900  signal peptide protein  47.66 
 
 		 218 aa  110  1e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000937501  normal  0.517414 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1720  OmpA/MotB domain protein  49.6 
 
 		 232 aa  109  1e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.969233  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6495  type I secretion outer membrane protein, TolC family  29.7 
 
 		 518 aa  108  2e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3945  putative outer membrane protein tolC precursor  26.11 
 
 		 461 aa  108  3e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.8738  normal  0.222307 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2243  TolC family type I secretion outer membrane protein  25.35 
 
 		 455 aa  105  2e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1631  OmpA family protein  42.42 
 
 		 224 aa  105  3e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0652  TolC family type I secretion outer membrane protein  27.42 
 
 		 428 aa  105  3e-21  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000458305  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>