More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3681 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3681  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 317 aa  648    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.555356  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0594  LysR family transcriptional regulator  80.06 
 
 		 321 aa  539  9.999999999999999e-153  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0368  transcriptional regulator, LysR family  81.31 
 
 		 321 aa  539  9.999999999999999e-153  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.257927  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1013  LysR family transcriptional regulator  79.75 
 
 		 321 aa  536  1e-151  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0736859  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0377  LysR family transcriptional regulator  81 
 
 		 321 aa  536  1e-151  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.34254  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5066  transcriptional regulator, LysR family  79.75 
 
 		 321 aa  531  1e-150  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0472  LysR family transcriptional regulator  78.55 
 
 		 331 aa  525  1e-148  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0324  LysR family transcriptional regulator  82.39 
 
 		 318 aa  520  1e-147  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0489134 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2334  LysR family transcriptional regulator  78.57 
 
 		 322 aa  515  1.0000000000000001e-145  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.618914 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3739  LysR family transcriptional regulator  76.66 
 
 		 307 aa  503  1e-141  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.717698  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1615  LysR family transcriptional regulator  73.82 
 
 		 311 aa  498  1e-140  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0196883 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2941  LysR family transcriptional regulator  68.14 
 
 		 318 aa  451  1.0000000000000001e-126  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0694604  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2805  LysR family transcriptional regulator  65.93 
 
 		 316 aa  442  1e-123  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2661  LysR family transcriptional regulator  65.62 
 
 		 319 aa  438  9.999999999999999e-123  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.230449 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2542  transcriptional regulator, LysR family  67.09 
 
 		 315 aa  438  9.999999999999999e-123  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.42186  normal  0.238303 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2690  hydrogen peroxide-inducible genes activator transcription regulator protein  66.14 
 
 		 317 aa  436  1e-121  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.196884  normal  0.211159 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0725  LysR family transcriptional regulator  65.3 
 
 		 319 aa  435  1e-121  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3813  LysR family transcriptional regulator  65.3 
 
 		 319 aa  435  1e-121  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0693  LysR family transcriptional regulator  65.3 
 
 		 319 aa  435  1e-121  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0589363  normal  0.107501 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0640  LysR family transcriptional regulator  64.98 
 
 		 319 aa  435  1e-121  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0241  LysR family transcriptional regulator  65.3 
 
 		 319 aa  435  1e-121  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0594299  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0615  LysR family transcriptional regulator  64.98 
 
 		 319 aa  435  1e-121  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2953  transcriptional regulator, LysR family  66.14 
 
 		 315 aa  432  1e-120  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.152689  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2522  LysR family transcriptional regulator  64.98 
 
 		 319 aa  433  1e-120  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0196222  normal  0.718346 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1281  oxidative stress regulatory protein OxyR  64.35 
 
 		 319 aa  428  1e-119  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3987  LysR family transcriptional regulator  64.67 
 
 		 319 aa  430  1e-119  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.273719 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0307  oxidative stress regulatory protein OxyR  64.35 
 
 		 319 aa  426  1e-118  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2390  oxidative stress regulatory protein OxyR  64.35 
 
 		 319 aa  426  1e-118  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2576  oxidative stress regulatory protein OxyR  64.35 
 
 		 319 aa  426  1e-118  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0711  transcriptional regulator, LysR family  64.04 
 
 		 319 aa  426  1e-118  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1168  oxidative stress regulatory protein OxyR  64.35 
 
 		 319 aa  426  1e-118  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3367  oxidative stress regulatory protein  64.04 
 
 		 319 aa  422  1e-117  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0672559  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3324  oxidative stress regulatory protein OxyR  64.04 
 
 		 319 aa  422  1e-117  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.519513  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3358  oxidative stress regulatory protein OxyR  64.04 
 
 		 319 aa  422  1e-117  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0103  transcriptional regulator, LysR family  53.18 
 
 		 318 aa  334  1e-90  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0678  transcriptional regulator, LysR family  51.74 
 
 		 309 aa  319  3e-86  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0017  LysR family transcriptional regulator  51.44 
 
 		 304 aa  314  9.999999999999999e-85  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.163482 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2340  transcriptional regulator, LysR family  52.37 
 
 		 313 aa  314  1.9999999999999998e-84  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3244  LysR family transcriptional regulator  51.27 
 
 		 306 aa  302  6.000000000000001e-81  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5309  LysR family transcriptional regulator  50.48 
 
 		 308 aa  299  3e-80  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.164035 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5218  LysR family transcriptional regulator  50.48 
 
 		 308 aa  299  3e-80  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.327028 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5357  LysR family transcriptional regulator  50.48 
 
 		 308 aa  300  3e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.164156  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0164  LysR family transcriptional regulator  49.53 
 
 		 308 aa  299  5e-80  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.474897  normal  0.112541 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0639  LysR family transcriptional regulator  49.84 
 
 		 319 aa  297  1e-79  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48440  Transcriptional regulator, LysR family protein  50.65 
 
 		 311 aa  296  4e-79  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0556278  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6121  putative transcriptional regulator  50.32 
 
 		 310 aa  290  2e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70560  LysR family transcriptional regulator  50.32 
 
 		 310 aa  290  2e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0202  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  48.71 
 
 		 307 aa  288  7e-77  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4396  LysR family transcriptional regulator  50.32 
 
 		 309 aa  288  7e-77  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.20014 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0066  oxidative stress regulatory protein OxyR, putative  49.2 
 
 		 307 aa  287  1e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3718  LysR family transcriptional regulator  48.87 
 
 		 308 aa  284  1.0000000000000001e-75  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4389  LysR family transcriptional regulator  48.08 
 
 		 301 aa  280  2e-74  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0020  LysR family transcriptional regulator  45.43 
 
 		 330 aa  280  2e-74  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5558  LysR family transcriptional regulator  48.06 
 
 		 309 aa  276  2e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0054  LysR family transcriptional regulator  43.09 
 
 		 304 aa  267  1e-70  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2381  LysR family transcriptional regulator  44.9 
 
 		 308 aa  265  7e-70  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128975  normal  0.338305 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2958  LysR family transcriptional regulator  46.44 
 
 		 324 aa  259  4e-68  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.835393 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2339  transcriptional regulator, LysR family  45.13 
 
 		 308 aa  253  4.0000000000000004e-66  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.111299  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2714  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  42.05 
 
 		 302 aa  227  2e-58  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2323  oxidative stress transcriptional regulator  42.41 
 
 		 301 aa  225  7e-58  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.523521  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03200  transcriptional regulator  41.67 
 
 		 300 aa  223  3e-57  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2782  LysR family transcriptional regulator  41.5 
 
 		 301 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.427064  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4453  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  40.78 
 
 		 305 aa  215  9e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  hitchhiker  0.0000741656 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4530  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  40.78 
 
 		 305 aa  215  9e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  hitchhiker  0.00000332798 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4456  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  40.78 
 
 		 305 aa  215  9e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000210908 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4366  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  40.78 
 
 		 305 aa  215  9e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4335  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  40.78 
 
 		 305 aa  215  9e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.916411 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0193  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  40.4 
 
 		 302 aa  214  9.999999999999999e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0520  hydrogen peroxide-inducible genes activator  41.1 
 
 		 311 aa  214  9.999999999999999e-55  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.454545  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2864  LysR family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 313 aa  214  9.999999999999999e-55  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4025  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  40.13 
 
 		 305 aa  213  1.9999999999999998e-54  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0347786 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0631  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 311 aa  213  2.9999999999999995e-54  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.808562  normal  0.903361 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1654  hydrogen peroxide-inducible genes activator  41.1 
 
 		 311 aa  213  2.9999999999999995e-54  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00724333  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0187  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  40.4 
 
 		 302 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0687  transcriptional regulator, LysR family  41.78 
 
 		 320 aa  212  4.9999999999999996e-54  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.366193 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002320  Transcriptional regulator, LysR family  39.27 
 
 		 303 aa  212  5.999999999999999e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.726256  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0127  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  40.07 
 
 		 305 aa  212  5.999999999999999e-54  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.985261  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04591  oxidative stress transcriptional regulator  42.66 
 
 		 313 aa  212  7.999999999999999e-54  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4775  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.74 
 
 		 305 aa  211  1e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.760624  hitchhiker  0.00336049 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3788  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  40.92 
 
 		 302 aa  211  1e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03846  DNA-binding transcriptional dual regulator  40.07 
 
 		 305 aa  210  2e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.782076  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4025  transcriptional regulator, LysR family  40.07 
 
 		 305 aa  210  2e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4409  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  40.07 
 
 		 305 aa  210  2e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.386018  normal  0.0576457 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00035  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.96 
 
 		 302 aa  211  2e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03795  hypothetical protein  40.07 
 
 		 305 aa  210  2e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4448  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  40.07 
 
 		 305 aa  210  2e-53  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4503  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  40.07 
 
 		 305 aa  210  2e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.030834  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5423  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  40.07 
 
 		 305 aa  210  2e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.748146 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4055  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  40.07 
 
 		 305 aa  210  2e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.139508 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4195  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  40.07 
 
 		 305 aa  210  2e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0036  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.4 
 
 		 304 aa  209  5e-53  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2425  LysR family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 308 aa  209  6e-53  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.540189  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0871  oxidative stress transcriptional regulator  42.27 
 
 		 311 aa  208  8e-53  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.0000180312  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0783  LysR family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 311 aa  208  8e-53  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.33611  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0138  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.61 
 
 		 305 aa  208  1e-52  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4079  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.61 
 
 		 305 aa  208  1e-52  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0119  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  39.61 
 
 		 305 aa  208  1e-52  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.985596  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3406  transcriptional regulator, LysR family  41.06 
 
 		 336 aa  207  2e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0036  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 301 aa  207  2e-52  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5250  transcriptional regulator, LysR family  41.06 
 
 		 313 aa  207  3e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.923555  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>