More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3548 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3548  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  100 
 
 		 1007 aa  2043    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.508984  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2390  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  65.76 
 
 		 618 aa  739    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.868312  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1918  ATP-binding region, ATPase-like protein  51.79 
 
 		 935 aa  874    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2356  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  62.95 
 
 		 602 aa  568  1e-160  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1019  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.25 
 
 		 869 aa  553  1e-156  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6413  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  61.68 
 
 		 404 aa  484  1e-135  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.341429  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2093  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  56.65 
 
 		 530 aa  467  9.999999999999999e-131  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.874358  normal  0.342392 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1688  PAS sensor protein  34.22 
 
 		 823 aa  344  4e-93  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1287  multi-sensor signal transduction histidine kinase  46.4 
 
 		 570 aa  330  7e-89  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0186  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.79 
 
 		 657 aa  329  2.0000000000000001e-88  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00908915 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1409  Signal transduction histidine kinase-like  37.68 
 
 		 685 aa  326  1e-87  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2068  multi-sensor hybrid histidine kinase  47.14 
 
 		 948 aa  326  2e-87  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0534  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.13 
 
 		 697 aa  325  2e-87  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.608337  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1845  multi-sensor hybrid histidine kinase  47.18 
 
 		 878 aa  324  5e-87  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.187428  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1924  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.26 
 
 		 901 aa  320  1e-85  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4529  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.85 
 
 		 989 aa  318  2e-85  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2129  sensory box histidine kinase/response regulator  37.97 
 
 		 746 aa  318  3e-85  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.706377  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3167  signal transduction histidine kinase-like protein  36.91 
 
 		 1077 aa  313  1e-83  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0540842 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1939  PAS  38.53 
 
 		 779 aa  311  4e-83  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.627435  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1235  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.62 
 
 		 989 aa  305  2.0000000000000002e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.172784  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5383  Signal transduction histidine kinase  35.71 
 
 		 784 aa  303  1e-80  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.626951  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1035  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.22 
 
 		 1041 aa  293  1e-77  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.73134 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2361  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.86 
 
 		 1560 aa  285  2.0000000000000002e-75  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0720  multi-sensor hybrid histidine kinase  58.42 
 
 		 882 aa  285  4.0000000000000003e-75  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.488385  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4184  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.6 
 
 		 783 aa  278  5e-73  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2066  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.86 
 
 		 1167 aa  277  7e-73  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.082343  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1746  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.23 
 
 		 903 aa  272  2.9999999999999997e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3124  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.34 
 
 		 1374 aa  270  7e-71  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.957955  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3690  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.26 
 
 		 833 aa  270  1e-70  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0862317  normal  0.782884 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1100  PAS  51.3 
 
 		 576 aa  266  1e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.897667  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1124  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.25 
 
 		 502 aa  264  6.999999999999999e-69  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.963767  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1707  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.9 
 
 		 1313 aa  263  8e-69  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3265  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.36 
 
 		 1106 aa  263  1e-68  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2940  PAS  33.81 
 
 		 1353 aa  262  2e-68  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1643  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.75 
 
 		 633 aa  261  3e-68  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.231435  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3965  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.66 
 
 		 1158 aa  262  3e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.342093 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2494  signal transduction histidine kinase-like protein  32.33 
 
 		 1317 aa  260  8e-68  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.206751 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0099  signal transduction histidine kinase-like protein  31.63 
 
 		 938 aa  259  2e-67  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.878773 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1379  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.89 
 
 		 1611 aa  254  7e-66  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3522  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.07 
 
 		 1287 aa  250  7e-65  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0747  signal transduction histidine kinase-like protein  32.51 
 
 		 1287 aa  250  1e-64  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4135  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  35.53 
 
 		 922 aa  248  3e-64  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.000000370631  normal  0.0140414 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1349  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.96 
 
 		 1578 aa  248  3e-64  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2100  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.95 
 
 		 637 aa  248  4e-64  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.269626 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2865  Signal transduction histidine kinase-like protein  27.4 
 
 		 2213 aa  247  6e-64  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000726448 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00475  two-component system sensor histidine kinase-response regulator hybridprotein  29.74 
 
 		 1364 aa  247  9e-64  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.679058  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3714  PAS  28.41 
 
 		 1028 aa  246  9.999999999999999e-64  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.101634 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1353  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.16 
 
 		 1029 aa  246  9.999999999999999e-64  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.283316  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0960  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.1 
 
 		 1245 aa  246  1.9999999999999999e-63  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3549  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.59 
 
 		 982 aa  244  3.9999999999999997e-63  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.288363 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5573  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.29 
 
 		 1203 aa  244  5e-63  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.805596  normal  0.315829 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1929  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.76 
 
 		 791 aa  244  5e-63  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.108732  normal  0.835393 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1507  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.92 
 
 		 926 aa  239  2e-61  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3722  ATP-binding region, ATPase-like protein  28.7 
 
 		 1120 aa  237  6e-61  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3189  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.05 
 
 		 1075 aa  236  2.0000000000000002e-60  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0565  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.25 
 
 		 947 aa  235  3e-60  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1118  GAF sensor signal transduction histidine kinase  48 
 
 		 437 aa  235  4.0000000000000004e-60  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1189  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.98 
 
 		 971 aa  234  7.000000000000001e-60  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0776  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.41 
 
 		 1559 aa  233  1e-59  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3213  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  32.91 
 
 		 778 aa  233  2e-59  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1087  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.89 
 
 		 1121 aa  231  8e-59  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.740067  hitchhiker  0.00000751372 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2114  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.84 
 
 		 674 aa  230  8e-59  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2206  histidine kinase  33.26 
 
 		 556 aa  229  2e-58  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1082  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.92 
 
 		 1068 aa  229  3e-58  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.31862 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6270  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.35 
 
 		 952 aa  227  8e-58  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.988146  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0244  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.26 
 
 		 1066 aa  226  1e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0107  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.83 
 
 		 774 aa  226  2e-57  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4016  putative PAS/PAC sensor protein  26.09 
 
 		 1626 aa  226  2e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0420  PAS  34.09 
 
 		 787 aa  225  4e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0516903 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1390  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.38 
 
 		 1977 aa  224  7e-57  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2383  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.35 
 
 		 1177 aa  224  8e-57  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.467753 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4701  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.75 
 
 		 1274 aa  224  9e-57  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0613664  normal  0.609464 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0219  multi-sensor hybrid histidine kinase  24.9 
 
 		 1452 aa  223  9.999999999999999e-57  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3006  PAS  30.48 
 
 		 1560 aa  223  1.9999999999999999e-56  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.755684 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3846  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.48 
 
 		 860 aa  223  1.9999999999999999e-56  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1722  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.82 
 
 		 1007 aa  221  3.9999999999999997e-56  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.608863  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1434  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.39 
 
 		 1186 aa  221  5e-56  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0981  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.1 
 
 		 1791 aa  221  6e-56  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3030  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.2 
 
 		 1596 aa  221  6e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.010791 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5184  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.52 
 
 		 939 aa  221  6e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.584953  normal  0.0776559 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3110  putative integral membrane sensor protein  28.39 
 
 		 1141 aa  221  7e-56  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0940316 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5087  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.58 
 
 		 1058 aa  221  7.999999999999999e-56  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1896  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.49 
 
 		 865 aa  220  1e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1351  histidine kinase  36.14 
 
 		 596 aa  219  1e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.57626  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1328  Signal transduction histidine kinase-like protein  28.72 
 
 		 763 aa  220  1e-55  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2149  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.35 
 
 		 680 aa  219  2e-55  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2590  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.37 
 
 		 1959 aa  219  2e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0694001 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0522  two component sensor kinase/response regulator hybrid  34.94 
 
 		 751 aa  218  2.9999999999999998e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3346  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.41 
 
 		 781 aa  218  2.9999999999999998e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.570391  normal  0.852351 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0806  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.77 
 
 		 902 aa  218  4e-55  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1302  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.96 
 
 		 1090 aa  218  4e-55  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0842919  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1273  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.96 
 
 		 1090 aa  218  4e-55  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1441  PAS  32.64 
 
 		 794 aa  218  5.9999999999999996e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.876573  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3975  Cache sensor hybrid histidine kinase  33.66 
 
 		 811 aa  218  5.9999999999999996e-55  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000222358  hitchhiker  0.00723661 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3284  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  50.42 
 
 		 856 aa  217  7e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0250894  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2314  sensory box histidine kinase/response regulator  29.56 
 
 		 982 aa  216  9.999999999999999e-55  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.581555  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0144  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.77 
 
 		 1009 aa  216  9.999999999999999e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.162275  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0973  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.29 
 
 		 1064 aa  216  1.9999999999999998e-54  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1574  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.82 
 
 		 841 aa  216  1.9999999999999998e-54  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1913  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.55 
 
 		 1118 aa  215  3.9999999999999995e-54  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>