More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3540 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3540  inner-membrane translocator  100 
 
 		 309 aa  602  1.0000000000000001e-171  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.740436  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3609  inner-membrane translocator  85.76 
 
 		 309 aa  530  1e-149  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.566086 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0468  inner-membrane translocator  85.44 
 
 		 309 aa  501  1e-141  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0918895  normal  0.15939 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0459  inner-membrane translocator  85.11 
 
 		 309 aa  499  1e-140  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.575619  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0602  inner-membrane translocator  86.73 
 
 		 309 aa  484  1e-136  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.650417  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5008  inner-membrane translocator  76.38 
 
 		 309 aa  476  1e-133  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3363  inner-membrane translocator  77.35 
 
 		 309 aa  461  9.999999999999999e-129  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0785  inner-membrane translocator  76.7 
 
 		 309 aa  458  9.999999999999999e-129  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3436  inner-membrane translocator  80.26 
 
 		 309 aa  446  1.0000000000000001e-124  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00170509 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0568  putative branched-chain amino acid transport system permease  77.67 
 
 		 310 aa  445  1.0000000000000001e-124  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.451582  normal  0.0433103 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1157  inner-membrane translocator  75.73 
 
 		 309 aa  439  9.999999999999999e-123  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5037  inner-membrane translocator  61.89 
 
 		 315 aa  340  2e-92  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.941694  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0115  inner-membrane translocator  54.27 
 
 		 328 aa  324  1e-87  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.342029  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0050  inner-membrane translocator  55.17 
 
 		 326 aa  319  3.9999999999999996e-86  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.681115 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0376  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein livH  53.87 
 
 		 329 aa  317  2e-85  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.262788  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2219  inner-membrane translocator  54.88 
 
 		 329 aa  316  3e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.515204  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0550  inner-membrane translocator  55.81 
 
 		 293 aa  316  3e-85  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.255736  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0216  inner-membrane translocator  58.99 
 
 		 304 aa  312  3.9999999999999997e-84  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43530  amino acid ABC transporter-like protein  56.96 
 
 		 293 aa  311  1e-83  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0533478  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2723  inner-membrane translocator  56.78 
 
 		 304 aa  307  1.0000000000000001e-82  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.956007  normal  0.40389 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2277  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  54.32 
 
 		 329 aa  307  2.0000000000000002e-82  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.750282  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0952  inner-membrane translocator  54.32 
 
 		 329 aa  307  2.0000000000000002e-82  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.778848 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7157  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  52.58 
 
 		 293 aa  303  3.0000000000000004e-81  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.751279  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0262  inner-membrane translocator  58.36 
 
 		 304 aa  301  6.000000000000001e-81  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2989  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  54.05 
 
 		 293 aa  300  2e-80  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.115957  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4006  inner-membrane translocator  52.01 
 
 		 328 aa  297  1e-79  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2749  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  55.34 
 
 		 293 aa  297  2e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0611972  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3004  inner-membrane translocator  55.02 
 
 		 293 aa  296  4e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.961727  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2545  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  52.26 
 
 		 293 aa  295  4e-79  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.281842  normal  0.322886 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2986  inner-membrane translocator  55.48 
 
 		 293 aa  293  2e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.286251  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43770  inner-membrane translocator  56.31 
 
 		 293 aa  293  2e-78  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.150883  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3874  inner-membrane translocator  52.9 
 
 		 293 aa  293  3e-78  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.160659 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2768  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  55.48 
 
 		 293 aa  292  4e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0848238  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0251  inner-membrane translocator  55.7 
 
 		 304 aa  292  6e-78  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.477771  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4297  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  51.62 
 
 		 296 aa  288  8e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.315349  decreased coverage  0.00178163 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3492  inner-membrane translocator  52.26 
 
 		 293 aa  288  8e-77  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3800  inner-membrane translocator  52.26 
 
 		 293 aa  288  8e-77  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.469116  normal  0.955686 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1437  inner-membrane translocator  50.49 
 
 		 297 aa  283  3.0000000000000004e-75  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.522267  hitchhiker  0.00000379274 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5147  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  50.32 
 
 		 299 aa  260  2e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.117358  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1596  inner-membrane translocator  42.16 
 
 		 292 aa  171  1e-41  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2283  inner-membrane translocator  35.81 
 
 		 295 aa  166  5e-40  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_816  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35.14 
 
 		 294 aa  164  1.0000000000000001e-39  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.648564  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0945  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  35.14 
 
 		 294 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.501106  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0829  inner-membrane translocator  34.5 
 
 		 294 aa  161  1e-38  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0298  inner-membrane translocator  36.36 
 
 		 297 aa  156  5.0000000000000005e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0907201  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1544  inner-membrane translocator  36.31 
 
 		 297 aa  152  7e-36  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0346312  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0137  inner-membrane translocator  35.65 
 
 		 302 aa  151  2e-35  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2609  inner-membrane translocator  33.76 
 
 		 297 aa  150  2e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1833  inner-membrane translocator  34.2 
 
 		 297 aa  149  6e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.576158  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000402  High-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein LivH  33.55 
 
 		 297 aa  147  3e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.721803  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3415  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.8 
 
 		 297 aa  146  4.0000000000000006e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3508  inner-membrane translocator  35.08 
 
 		 297 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.771205  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3135  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 297 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.85693 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1423  inner-membrane translocator  32.17 
 
 		 290 aa  145  6e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.36442  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5288  inner-membrane translocator  36.57 
 
 		 295 aa  139  6e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.653195  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0624  inner-membrane translocator  39.68 
 
 		 293 aa  138  1e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.568796  normal  0.149845 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2362  inner-membrane translocator  34.41 
 
 		 291 aa  137  2e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.016238  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0544  inner-membrane translocator  38.71 
 
 		 293 aa  131  1.0000000000000001e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0734  inner-membrane translocator  32.52 
 
 		 324 aa  132  1.0000000000000001e-29  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.993171  normal  0.748996 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3831  inner-membrane translocator  35.57 
 
 		 296 aa  130  3e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3499  inner-membrane translocator  31.75 
 
 		 291 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0589  inner-membrane translocator  27.59 
 
 		 316 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2307  inner-membrane translocator  35.33 
 
 		 297 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00760667 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1862  inner-membrane translocator  33.23 
 
 		 297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.57457  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5716  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  31.85 
 
 		 297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.010418  normal  0.660211 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6490  inner-membrane translocator  31.75 
 
 		 291 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0479005  normal  0.485877 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4940  inner-membrane translocator  33.77 
 
 		 291 aa  127  3e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6586  inner-membrane translocator  31.75 
 
 		 291 aa  125  8.000000000000001e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.788549  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3841  inner-membrane translocator  32.68 
 
 		 294 aa  125  9e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00122547  normal  0.924093 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0983  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  27.59 
 
 		 316 aa  124  2e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.156629  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0785  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  26.96 
 
 		 316 aa  124  3e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0822  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  27.27 
 
 		 316 aa  123  3e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.221033  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2728  inner-membrane translocator  27.41 
 
 		 311 aa  123  4e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.613747  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1143  putative amino-acid transport permease protein  27.27 
 
 		 316 aa  123  4e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0034863  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0402  inner-membrane translocator  34.94 
 
 		 296 aa  123  4e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0989  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  27.27 
 
 		 316 aa  123  4e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.341358  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5829  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  27.53 
 
 		 316 aa  122  8e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.903514  normal  0.264846 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4573  inner-membrane translocator  30.23 
 
 		 301 aa  122  9e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1212  inner-membrane translocator  32.3 
 
 		 316 aa  121  9.999999999999999e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.273488  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2425  inner-membrane translocator  38.71 
 
 		 293 aa  122  9.999999999999999e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2522  inner-membrane translocator  27.53 
 
 		 316 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0940  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  26.96 
 
 		 316 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0796319  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1886  inner-membrane translocator  27.53 
 
 		 316 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2497  inner-membrane translocator  27.53 
 
 		 316 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.260851  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1003  inner-membrane translocator  31.83 
 
 		 290 aa  120  3e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2544  inner-membrane translocator  27.22 
 
 		 316 aa  120  3e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.995133  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2415  inner-membrane translocator  27.22 
 
 		 316 aa  120  3e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.911595  normal  0.010798 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6112  inner-membrane translocator  27.22 
 
 		 316 aa  120  3e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3796  inner-membrane translocator  27.59 
 
 		 309 aa  120  3.9999999999999996e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0528  inner-membrane translocator  30.43 
 
 		 292 aa  119  7e-26  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00118598  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0797  inner-membrane translocator  27.53 
 
 		 316 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.320354 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3208  inner-membrane translocator  27.33 
 
 		 309 aa  118  9.999999999999999e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.805935  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1558  inner-membrane translocator  30.52 
 
 		 297 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1123  putative amino-acid transmembrane ABC transporter protein  27.16 
 
 		 335 aa  117  3e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.121709  normal  0.109582 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2440  putative amino-acid transmembrane ABC transporter protein  27.41 
 
 		 311 aa  117  3e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3172  inner-membrane translocator  27.27 
 
 		 309 aa  117  3e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.538875  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2866  inner-membrane translocator  27.41 
 
 		 311 aa  117  3e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.631221  normal  0.623408 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2739  inner-membrane translocator  28.66 
 
 		 290 aa  117  3e-25  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4177  inner-membrane translocator  30.29 
 
 		 297 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4711  inner-membrane translocator  30.07 
 
 		 292 aa  116  3.9999999999999997e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>