More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3504 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3504  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 		 392 aa  806    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0407454  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4935  Extracellular ligand-binding receptor  75.45 
 
 		 389 aa  605  9.999999999999999e-173  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4100  extracellular ligand-binding receptor  71.84 
 
 		 387 aa  588  1e-167  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.199713  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4101  extracellular ligand-binding receptor  71.05 
 
 		 387 aa  584  1e-166  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0446  Extracellular ligand-binding receptor  42.11 
 
 		 388 aa  342  9e-93  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1428  Extracellular ligand-binding receptor  39.39 
 
 		 401 aa  275  7e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1221  Extracellular ligand-binding receptor  25.21 
 
 		 472 aa  148  2.0000000000000003e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0653937 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0712  putative lipoprotein  26.23 
 
 		 480 aa  144  3e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28 
 
 		 425 aa  144  3e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109739  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2746  Extracellular ligand-binding receptor  26.76 
 
 		 385 aa  137  4e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3111  Extracellular ligand-binding receptor  26.76 
 
 		 385 aa  137  4e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0974  Extracellular ligand-binding receptor  24.46 
 
 		 408 aa  135  9e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3540  extracellular ligand-binding receptor  25.78 
 
 		 377 aa  133  5e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229705  normal  0.129038 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3153  extracellular ligand-binding receptor  26.12 
 
 		 398 aa  133  5e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.154593  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2864  Leu/Ile/Val-binding signal peptide protein  26.84 
 
 		 385 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.110112  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0768  extracellular ligand-binding receptor  27.82 
 
 		 380 aa  131  2.0000000000000002e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5604  putative extracellular ligand-binding receptor  25.23 
 
 		 386 aa  130  3e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.236032 
 
 
-
 
NC_003296  RS03096  putative Leu/Ile/Val-binding lipoprotein transmembrane  27.42 
 
 		 386 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0735365  normal  0.368181 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3178  extracellular ligand-binding receptor  25.47 
 
 		 386 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.677267  normal  0.56284 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2535  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.84 
 
 		 397 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2369  extracellular ligand-binding receptor  23.27 
 
 		 423 aa  126  5e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.391884  normal  0.390615 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5317  extracellular ligand-binding receptor  26.58 
 
 		 397 aa  126  6e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.862776  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0921  extracellular ligand-binding receptor  27.68 
 
 		 382 aa  125  2e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.589524  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0443  Extracellular ligand-binding receptor  28.81 
 
 		 382 aa  124  2e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.363055  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5102  extracellular ligand-binding receptor  25.94 
 
 		 397 aa  124  3e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.294794 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3937  extracellular ligand-binding receptor  25.99 
 
 		 397 aa  123  4e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.108497  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3583  extracellular ligand-binding receptor  25.99 
 
 		 397 aa  123  4e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.160701  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0452  extracellular ligand-binding receptor  28.33 
 
 		 382 aa  122  9e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.128382  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7650  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  27.18 
 
 		 395 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.394273 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5877  putative branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic component  26.68 
 
 		 379 aa  120  3.9999999999999996e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0335  Extracellular ligand-binding receptor  27.61 
 
 		 374 aa  120  4.9999999999999996e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1595  extracellular ligand-binding receptor  25.97 
 
 		 411 aa  120  4.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.523513  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0997  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.32 
 
 		 392 aa  120  6e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.489385  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0920  extracellular ligand-binding receptor  25.39 
 
 		 382 aa  119  7.999999999999999e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5396  extracellular ligand-binding receptor  26.95 
 
 		 378 aa  119  9e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1615  extracellular ligand-binding receptor  25.57 
 
 		 411 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.308041 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0508  extracellular ligand-binding receptor  23.32 
 
 		 403 aa  117  5e-25  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000199641  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4245  ABC transporter substrate-binding protein  27.43 
 
 		 410 aa  116  6.9999999999999995e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1131  extracellular ligand-binding receptor  25.87 
 
 		 385 aa  116  6.9999999999999995e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0963  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  25.83 
 
 		 517 aa  115  8.999999999999998e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4876  extracellular ligand-binding receptor  28.42 
 
 		 378 aa  115  1.0000000000000001e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.983185  normal  0.391676 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0531  extracellular ligand-binding receptor  24.74 
 
 		 386 aa  113  6e-24  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000267349  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1739  extracellular ligand-binding receptor  26.75 
 
 		 410 aa  113  6e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.152869 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2733  Extracellular ligand-binding receptor  24.16 
 
 		 407 aa  112  8.000000000000001e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0108  Extracellular ligand-binding receptor  26.56 
 
 		 388 aa  111  2.0000000000000002e-23  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0095  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.51 
 
 		 399 aa  110  3e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.237273 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0752  extracellular ligand-binding receptor  26.75 
 
 		 405 aa  110  5e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.284007  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.9 
 
 		 376 aa  110  6e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4184  extracellular ligand-binding receptor  25.6 
 
 		 377 aa  109  7.000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0962  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  27.19 
 
 		 512 aa  108  1e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0961  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  25.53 
 
 		 496 aa  108  1e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.731254  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0090  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.25 
 
 		 395 aa  108  1e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0960253  normal  0.350813 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4704  Extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 		 371 aa  108  1e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3964  Extracellular ligand-binding receptor  26.36 
 
 		 405 aa  108  2e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1478  Extracellular ligand-binding receptor  26.25 
 
 		 376 aa  108  2e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7082  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  26.06 
 
 		 407 aa  108  2e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0550  extracellular ligand-binding receptor  25.71 
 
 		 383 aa  107  3e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0334765 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4060  extracellular ligand-binding receptor  27.14 
 
 		 384 aa  107  4e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.255859 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3566  extracellular ligand-binding receptor  25.13 
 
 		 411 aa  106  6e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.172998  normal  0.680161 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3863  extracellular ligand-binding receptor  27.1 
 
 		 366 aa  106  6e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0437256 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1898  extracellular ligand-binding receptor  24.93 
 
 		 411 aa  106  7e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.193262 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1307  Extracellular ligand-binding receptor  26.67 
 
 		 425 aa  106  9e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.168587  normal  0.0355411 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0110  putative ABC transporter, substrate-binding protein; putative branched-chain amino acid transporter  23.96 
 
 		 402 aa  105  1e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.64006  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3001  extracellular ligand-binding receptor  22.78 
 
 		 392 aa  105  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2001  Extracellular ligand-binding receptor  24.93 
 
 		 411 aa  105  1e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5732  extracellular ligand-binding receptor  24.84 
 
 		 403 aa  105  1e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.588725 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3597  extracellular ligand-binding receptor  26.28 
 
 		 398 aa  105  2e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1738  leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  25.51 
 
 		 409 aa  105  2e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0827731 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3559  extracellular ligand-binding receptor  24.56 
 
 		 418 aa  105  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0888701  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2019  extracellular ligand-binding receptor  22.86 
 
 		 374 aa  104  2e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4303  branched-chain amino acid transport protein BraC  26.89 
 
 		 373 aa  105  2e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2248  Extracellular ligand-binding receptor  26.19 
 
 		 410 aa  104  2e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03309  leucine/isoleucine/valine transporter subunit  27.08 
 
 		 367 aa  104  3e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0256  extracellular ligand-binding receptor  27.08 
 
 		 367 aa  104  3e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3659  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic Leu/Ile/Val-binding protein LivJ  27.08 
 
 		 367 aa  104  3e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50520  branched-chain amino acid transport protein BraC  28.15 
 
 		 373 aa  104  3e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00592692 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03262  hypothetical protein  27.08 
 
 		 367 aa  104  3e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0255  Extracellular ligand-binding receptor  27.08 
 
 		 367 aa  103  4e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3942  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic Leu/Ile/Val-binding protein LivJ  27.08 
 
 		 367 aa  103  4e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4780  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic Leu/Ile/Val-binding protein LivJ  27.08 
 
 		 367 aa  103  4e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1635  putative branched-chain amino acid ABC transporter  24.93 
 
 		 497 aa  103  4e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.314294  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3743  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic Leu/Ile/Val-binding protein LivJ  27.08 
 
 		 367 aa  103  5e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2059  Extracellular ligand-binding receptor  25.73 
 
 		 375 aa  103  5e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0558608  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3869  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  29.85 
 
 		 519 aa  103  5e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.222307 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4549  Extracellular ligand-binding receptor  27.41 
 
 		 393 aa  103  6e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0038  extracellular ligand-binding receptor  25.89 
 
 		 406 aa  103  7e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3862  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic Leu/Ile/Val-binding protein LivJ  26.79 
 
 		 367 aa  102  9e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7080  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  25.13 
 
 		 404 aa  102  9e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.476664  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4261  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  24.17 
 
 		 404 aa  102  1e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3339  extracellular ligand-binding receptor  26.76 
 
 		 410 aa  102  1e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.154352  normal  0.135284 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4244  Extracellular ligand-binding receptor  25.33 
 
 		 411 aa  102  1e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4416  extracellular ligand-binding receptor  23.94 
 
 		 402 aa  101  2e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.859568  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2428  Extracellular ligand-binding receptor  28.53 
 
 		 381 aa  101  2e-20  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.632762  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4103  extracellular ligand-binding receptor  25.33 
 
 		 401 aa  101  2e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.742112  normal  0.0857946 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3560  extracellular ligand-binding receptor  25.52 
 
 		 411 aa  102  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.726041  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3839  extracellular ligand-binding receptor  24.93 
 
 		 405 aa  101  2e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4416  Extracellular ligand-binding receptor  24.77 
 
 		 404 aa  101  2e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4395  Extracellular ligand-binding receptor  24.77 
 
 		 404 aa  101  3e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.817669  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0680  extracellular ligand-binding receptor  26.6 
 
 		 399 aa  100  3e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1490  Extracellular ligand-binding receptor  27.86 
 
 		 397 aa  101  3e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>