More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3486 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_3486  HpcH/HpaI aldolase  100 
 
 
279 aa  560  1e-159  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3810  HpcH/HpaI aldolase  61.39 
 
 
279 aa  291  7e-78  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4556  HpcH/HpaI aldolase  60.15 
 
 
274 aa  287  1e-76  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.936359  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4082  citrate lyase  45.35 
 
 
270 aa  215  6e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2417  HpcH/HpaI aldolase  50.19 
 
 
271 aa  205  7e-52  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.21523 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0618  Citrate (pro-3S)-lyase  46.04 
 
 
270 aa  203  2e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0840536 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5950  HpcH/HpaI aldolase  43.89 
 
 
291 aa  201  1e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.392121  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3539  HpcH/HpaI aldolase  45.45 
 
 
279 aa  200  2e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.974431  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6255  HpcH/HpaI aldolase  43.51 
 
 
291 aa  197  2e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.76273 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0560  putative HpcH/HpaI aldolase  43.23 
 
 
277 aa  197  2e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00111477  normal  0.30107 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2139  HpcH/HpaI aldolase  45.74 
 
 
290 aa  194  1e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.747659  decreased coverage  0.00493167 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4946  HpcH/HpaI aldolase  43.18 
 
 
269 aa  188  8e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6600  HpcH/HpaI aldolase  44.49 
 
 
270 aa  188  8e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.186422  normal  0.0929834 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1243  HpcH/HpaI aldolase  40.74 
 
 
282 aa  188  9e-47  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.31934  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1348  HpcH/HpaI aldolase  43.49 
 
 
276 aa  186  3e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6652  HpcH/HpaI aldolase  43.02 
 
 
275 aa  184  1e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.647972  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2581  putative citrate lyase beta subunit  41.88 
 
 
278 aa  182  4e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.179073 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0669  putative HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase  38.85 
 
 
274 aa  182  6e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0106618  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6894  Citryl-CoA lyase  47.19 
 
 
273 aa  182  6e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6108  HpcH/HpaI aldolase  43.87 
 
 
268 aa  181  1e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  9.04095e-05  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2171  HpcH/HpaI aldolase  42.75 
 
 
271 aa  179  4e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0580  HpcH/HpaI aldolase  47.45 
 
 
297 aa  178  7e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3049  HpcH/HpaI aldolase  47.67 
 
 
272 aa  177  2e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.100849  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6171  citrate (pro-3S)-lyase  41.91 
 
 
267 aa  173  3e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3907  HpcH/HpaI aldolase  37.93 
 
 
293 aa  173  3e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5807  citrate lyase  41.91 
 
 
267 aa  173  3e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6127  HpcH/HpaI aldolase  39.1 
 
 
294 aa  173  4e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.986067 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2028  HpcH/HpaI aldolase  42.76 
 
 
295 aa  171  1e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6415  HpcH/HpaI aldolase  38.72 
 
 
294 aa  170  2e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4801  HpcH/HpaI aldolase  43.22 
 
 
289 aa  168  1e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.147355 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0202  HpcH/HpaI aldolase  44.2 
 
 
290 aa  167  2e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0114  HpcH/HpaI aldolase  44.77 
 
 
289 aa  167  2e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.345812 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0131  HpcH/HpaI aldolase  44.24 
 
 
289 aa  166  4e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0168  citrate lyase, beta subunit, putative  41.44 
 
 
274 aa  163  3e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0332252  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0149  putative citrate lyase, beta subunit  41.44 
 
 
274 aa  163  3e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.678865  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7302  HpcH/HpaI aldolase  42.7 
 
 
283 aa  160  2e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.488108  normal  0.498 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34570  citrate lyase beta chain  42.86 
 
 
275 aa  155  7e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52850  acyl-CoA lyase beta chain  43.88 
 
 
275 aa  153  3e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0557827  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0989  putative citrate lyase, beta subunit  40.22 
 
 
274 aa  149  4e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.911423 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4110  HpcH/HpaI aldolase  45.04 
 
 
266 aa  149  7e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4631  acyl-CoA lyase beta chain  43.48 
 
 
275 aa  145  5e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.465308  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3200  HpcH/HpaI aldolase  40.58 
 
 
274 aa  144  2e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1194  HpcH/HpaI aldolase  41.22 
 
 
289 aa  142  9e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.355955  normal  0.558818 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2688  HpcH/HpaI aldolase  34.94 
 
 
283 aa  140  2e-32  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18610  citrate lyase beta subunit  38.15 
 
 
278 aa  137  1e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1689  HpcH/HpaI aldolase  43.75 
 
 
268 aa  137  2e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.69146  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0511  HpcH/HpaI aldolase  35.36 
 
 
293 aa  135  6e-31  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2717  citrate lyase  35.06 
 
 
275 aa  135  8e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2742  HpcH/HpaI aldolase  33.09 
 
 
287 aa  133  3e-30  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00490393 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3835  putative aldolase/citrate lyase  42.44 
 
 
276 aa  130  3e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3115  Citrate (pro-3S)-lyase  34.64 
 
 
276 aa  129  6e-29  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0865  HpcH/HpaI aldolase  32.34 
 
 
276 aa  127  2e-28  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.903723  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4087  HpcH/HpaI aldolase  37.14 
 
 
271 aa  127  2e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.106602  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3913  HpcH/HpaI aldolase  36.3 
 
 
282 aa  127  2e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.939389  normal  0.094583 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4340  HpcH/HpaI aldolase  33.46 
 
 
277 aa  127  2e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0552046  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6514  HpcH/HpaI aldolase  34.74 
 
 
278 aa  126  5e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0406501 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6334  Citrate (pro-3S)-lyase  34.42 
 
 
277 aa  125  8e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.133288  normal  0.682082 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13092  hypothetical protein  33.7 
 
 
307 aa  125  9e-28  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00883789  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1391  HpcH/HpaI aldolase  37.59 
 
 
277 aa  124  1e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.375922  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3032  HpcH/HpaI aldolase  32.34 
 
 
289 aa  125  1e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.752925  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2556  HpcH/HpaI aldolase  35.36 
 
 
267 aa  124  2e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.404937 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1409  HpcH/HpaI aldolase  39.11 
 
 
279 aa  122  5e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.90566e-11 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4009  HpcH/HpaI aldolase  30.97 
 
 
306 aa  122  7e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.783796  decreased coverage  0.00557053 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1039  HpcH/HpaI aldolase  38.15 
 
 
271 aa  122  7e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5584  HpcH/HpaI aldolase  32.85 
 
 
310 aa  121  1e-26  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.331432  normal  0.321338 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5204  HpcH/HpaI aldolase  32.85 
 
 
310 aa  121  1e-26  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5292  HpcH/HpaI aldolase  32.85 
 
 
310 aa  121  1e-26  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1154  Citrate (pro-3S)-lyase  33.58 
 
 
288 aa  121  1e-26  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2378  HpcH/HpaI aldolase  30.97 
 
 
306 aa  120  2e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0643496  normal  0.0302108 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1370  Citrate (pro-3S)-lyase  32.98 
 
 
293 aa  120  3e-26  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4282  HpcH/HpaI aldolase  33.46 
 
 
280 aa  119  6e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.41121  normal  0.174407 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1107  HpcH/HpaI aldolase  43.75 
 
 
189 aa  117  2e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4467  HpcH/HpaI aldolase  32.12 
 
 
307 aa  116  3e-25  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.99201  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1719  HpcH/HpaI aldolase  36.19 
 
 
281 aa  117  3e-25  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.422564 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1045  HpcH/HpaI aldolase  37.17 
 
 
281 aa  117  3e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00200106  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4374  HpcH/HpaI aldolase  32.28 
 
 
278 aa  116  5e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3898  Citrate (pro-3S)-lyase  32.97 
 
 
290 aa  115  6e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.107361  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0366  Citryl-CoA lyase  34.53 
 
 
286 aa  115  9e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.305277  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12520  citrate lyase beta subunit citE  38.29 
 
 
273 aa  114  1e-24  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4079  HpcH/HpaI aldolase  33.78 
 
 
283 aa  114  1e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3295  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  33.21 
 
 
280 aa  114  2e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.820787 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3369  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  33.21 
 
 
280 aa  114  2e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.988595  normal  0.440795 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3362  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  33.21 
 
 
280 aa  114  2e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0977965  normal  0.788969 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3464  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  33.21 
 
 
280 aa  114  2e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.761974  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3632  HpcH/HpaI aldolase  37.87 
 
 
272 aa  113  3e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0974176  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3627  HpcH/HpaI aldolase  37.87 
 
 
272 aa  113  3e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0858993  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3700  HpcH/HpaI aldolase  37.87 
 
 
272 aa  113  3e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2925  HpcH/HpaI aldolase  40.73 
 
 
310 aa  112  7e-24  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.253914  normal  0.147089 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1255  Citrate (pro-3S)-lyase  31.69 
 
 
289 aa  112  8e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.327749  normal  0.0181011 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2921  HpcH/HpaI aldolase  34.44 
 
 
280 aa  112  9e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.214353  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1012  HpcH/HpaI aldolase  31.34 
 
 
291 aa  111  1e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2118  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  31.54 
 
 
280 aa  110  2e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.397559 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2266  HpcH/HpaI aldolase  31.54 
 
 
280 aa  111  2e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2156  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  31.54 
 
 
280 aa  111  2e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.928394  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2534  Citryl-CoA lyase  32.36 
 
 
274 aa  110  2e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.426943  normal  0.459191 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3238  HpcH/HpaI aldolase  34.05 
 
 
281 aa  110  3e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0980736 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0803  HpcH/HpaI aldolase  32.03 
 
 
293 aa  109  5e-23  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3511  citrate (pro-3S)-lyase  33.46 
 
 
292 aa  108  7e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.402686 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0204  HpcH/HpaI aldolase  32.37 
 
 
311 aa  108  9e-23  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.446132  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0400  citrate lyase  30.25 
 
 
298 aa  108  1e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.726359  normal  0.0212977 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>