69 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3473 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3473  regulator of competence-specific genes  100 
 
 		 217 aa  440  1e-123  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6391  TfoX domain-containing protein  53.21 
 
 		 107 aa  119  3e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1437  TfoX-like  53.21 
 
 		 107 aa  119  3e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.636984  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7055  TfoX domain-containing protein  52.48 
 
 		 107 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.845485  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6951  TfoX-like protein  47.71 
 
 		 107 aa  115  6e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.430219  normal  0.473379 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5704  TfoX domain-containing protein  48.62 
 
 		 120 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01580  hypothetical protein  29.9 
 
 		 196 aa  89  5e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003942  DNA transformation protein TfoX  27.18 
 
 		 187 aa  80.9  0.00000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1982  putative DNA transformation protein TfoX  28.5 
 
 		 195 aa  80.9  0.00000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.42956  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2174  TfoX domain protein  39.6 
 
 		 124 aa  79.3  0.00000000000004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.598464  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1325  hypothetical protein  31.34 
 
 		 195 aa  79.3  0.00000000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0134682  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03141  TfoX C-terminal domain family  44 
 
 		 127 aa  63.9  0.000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09460  regulator of competence-specific genes  30.28 
 
 		 103 aa  62  0.000000007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0963603  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2696  regulator of competence-specific genes  23.79 
 
 		 208 aa  60.1  0.00000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000067417  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0463  TfoX domain protein  41.77 
 
 		 120 aa  59.3  0.00000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000116495  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1817  TfoX domain-containing protein  29.03 
 
 		 99 aa  59.3  0.00000004  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0549  TfoX domain-containing protein  30.63 
 
 		 106 aa  58.9  0.00000005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2346  TfoX family regulatory protein  48.57 
 
 		 92 aa  58.5  0.00000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.11601  normal  0.77091 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0081  TfoX domain-containing protein  36.36 
 
 		 98 aa  57.4  0.0000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5419  hypothetical protein  43.42 
 
 		 90 aa  56.6  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00856887  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0078  TfoX domain-containing protein  36.36 
 
 		 98 aa  57.4  0.0000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25930  regulator of competence-specific genes  35.78 
 
 		 99 aa  57  0.0000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.650546 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1211  regulator of competence-specific genes  23.15 
 
 		 209 aa  57  0.0000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000136601  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62250  hypothetical protein  43.42 
 
 		 90 aa  56.2  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000397585  normal  0.289473 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2547  regulator of competence-specific genes  23.32 
 
 		 206 aa  56.2  0.0000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000620558  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0165  TfoX domain-containing protein  50 
 
 		 110 aa  53.9  0.000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1756  regulator of competence-specific genes  25.13 
 
 		 219 aa  53.9  0.000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000590312  hitchhiker  0.0000249336 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4493  hypothetical protein  34.33 
 
 		 126 aa  53.1  0.000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2856  regulator of competence-specific genes  22.63 
 
 		 206 aa  53.1  0.000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000863171  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1766  TfoX domain-containing protein  34.67 
 
 		 108 aa  53.5  0.000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2539  DNA transformation protein tfoX  22.84 
 
 		 211 aa  52.8  0.000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000195264  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02628  hypothetical protein  22.44 
 
 		 195 aa  52.8  0.000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2628  regulator of competence-specific genes  22.84 
 
 		 211 aa  52.8  0.000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000928932  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3201  hypothetical protein  22.84 
 
 		 211 aa  52.8  0.000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000064968  hitchhiker  0.00612838 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0749  TfoX domain-containing protein  44.29 
 
 		 92 aa  52.4  0.000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00000000282068  decreased coverage  0.000000000000743098 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4549  TfoX domain-containing protein  44.29 
 
 		 92 aa  52  0.000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000000271318  decreased coverage  0.00000000740957 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4795  TfoX-like  41.33 
 
 		 90 aa  52.4  0.000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000150833  unclonable  0.0000206045 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4685  hypothetical protein  44.29 
 
 		 92 aa  52  0.000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.0000564607  hitchhiker  0.000171484 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4683  TfoX domain-containing protein  44.29 
 
 		 92 aa  52  0.000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000241401  unclonable  1.50639e-16 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0723  hypothetical protein  23 
 
 		 202 aa  52  0.000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1931  TfoX domain protein  43.55 
 
 		 84 aa  50.8  0.00001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003753  DNA transformation protein TfoX  26.09 
 
 		 195 aa  49.7  0.00003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0302  hypothetical protein  35.62 
 
 		 84 aa  47.8  0.0001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.516262  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3369  TonB-like  34.62 
 
 		 92 aa  47.8  0.0001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0479291 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0262  TfoX domain-containing protein  41.07 
 
 		 140 aa  47.4  0.0002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.249575  normal  0.24244 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1471  regulator of competence-specific genes  25.27 
 
 		 208 aa  47  0.0002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000187987  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0999  TfoX domain-containing protein  40 
 
 		 90 aa  46.6  0.0003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000000838454  unclonable  5.09937e-19 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1147  TfoX family protein  22.99 
 
 		 201 aa  46.6  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.303148  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1113  TfoX family protein  22.99 
 
 		 201 aa  46.6  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00655233  hitchhiker  0.000555107 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1181  TfoX family protein  22.99 
 
 		 201 aa  46.6  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.249194  normal  0.494674 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1135  TfoX family protein  22.99 
 
 		 201 aa  46.6  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0564701  normal  0.981873 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1030  TfoX family protein  22.99 
 
 		 201 aa  46.6  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000000638519  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2034  hypothetical protein  40.32 
 
 		 91 aa  45.4  0.0006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.81797  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0251  TfoX domain protein  37.7 
 
 		 203 aa  44.3  0.001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0262  TfoX domain protein  37.1 
 
 		 206 aa  44.3  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.578078  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0240  TfoX-like  38.71 
 
 		 192 aa  44.3  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00970  hypothetical protein  20.94 
 
 		 209 aa  43.5  0.002  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000688807  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2159  TfoX family protein  20.94 
 
 		 209 aa  43.5  0.002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000143241  normal  0.451422 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2637  regulator of competence-specific genes  20.94 
 
 		 209 aa  43.5  0.002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00582565  hitchhiker  0.000000482749 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00963  hypothetical protein  20.94 
 
 		 209 aa  43.5  0.002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000316322  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1075  TfoX family protein  20.94 
 
 		 209 aa  43.5  0.002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000055454  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2684  regulator of competence-specific genes  20.94 
 
 		 209 aa  43.5  0.002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000124441  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1124  TfoX family protein  20.94 
 
 		 209 aa  43.1  0.003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000094765  normal  0.380229 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1068  TfoX family protein  20.94 
 
 		 209 aa  43.5  0.003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000144107  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0173  TfoX-like protein  36.17 
 
 		 120 aa  42.7  0.004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.301491  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0216  TfoX, N-terminal  43.75 
 
 		 120 aa  42.4  0.006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0114  TfoX domain-containing protein  31.58 
 
 		 134 aa  42  0.007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0317949 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0312  hypothetical protein  31.51 
 
 		 101 aa  42  0.007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2250  TfoX domain protein  30.26 
 
 		 90 aa  41.6  0.009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>