More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3454 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007298  Daro_0478  histidine kinase  68.36 
 
 		 616 aa  779    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.936007 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3454  histidine kinase  100 
 
 		 623 aa  1256    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4294  histidine kinase  63.06 
 
 		 626 aa  703    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0465122  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46980  putative two-component sensor  49.5 
 
 		 633 aa  517  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0066179  normal  0.0520947 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4049  putative two-component sensor  49.33 
 
 		 618 aa  514  1e-144  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2668  histidine kinase  52.54 
 
 		 638 aa  504  1e-141  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4539  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  45.29 
 
 		 637 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0810573  normal  0.164353 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4175  sensor histidine kinase  47.46 
 
 		 643 aa  487  1e-136  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0589  histidine kinase  49.33 
 
 		 590 aa  479  1e-134  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3912  sensor histidine kinase  46.95 
 
 		 635 aa  476  1e-133  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.277084 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1108  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  45.45 
 
 		 634 aa  470  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.287066 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4345  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  45.62 
 
 		 634 aa  470  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.970987  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1067  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  45.29 
 
 		 635 aa  468  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.457116  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1096  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  45.45 
 
 		 634 aa  468  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1248  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  41.1 
 
 		 628 aa  434  1e-120  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0187  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  42.17 
 
 		 672 aa  430  1e-119  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.622547  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0276  sensor histidine kinase  42.47 
 
 		 659 aa  426  1e-118  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0193  histidine kinase  42.35 
 
 		 670 aa  427  1e-118  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0541233 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3935  histidine kinase  42.96 
 
 		 667 aa  425  1e-117  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.707276  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2682  histidine kinase  42.79 
 
 		 635 aa  424  1e-117  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.249281 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0226  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  39.59 
 
 		 683 aa  422  1e-116  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0331  C4-dicarboxylate transport sensor kinase transcription regulator protein  43.07 
 
 		 665 aa  413  1e-114  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0431  histidine kinase  42.62 
 
 		 668 aa  413  1e-114  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6214  histidine kinase  41.61 
 
 		 669 aa  408  1.0000000000000001e-112  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2883  histidine kinase  39.97 
 
 		 669 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.296171  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2927  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  41.61 
 
 		 672 aa  409  1.0000000000000001e-112  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.600674  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5668  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  39.43 
 
 		 623 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2258  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  41.61 
 
 		 669 aa  405  1e-111  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2872  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  41.61 
 
 		 669 aa  405  1e-111  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.13678  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2789  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  41.95 
 
 		 677 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0457  C4-dicarboxylate transport sensor histidine kinase DctB  42.02 
 
 		 677 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.7577  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4196  histidine kinase  39.17 
 
 		 666 aa  402  9.999999999999999e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.531315 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0229  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  40.83 
 
 		 668 aa  399  9.999999999999999e-111  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.930854  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0477  C4-dicarboxylate transport sensor histidine kinase DctB  42.02 
 
 		 677 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.277779  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0641  C4-dicarboxylate transport sensor protein  42.35 
 
 		 677 aa  397  1e-109  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0400  C4-dicarboxylate transport sensor protein  42.71 
 
 		 677 aa  398  1e-109  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0519  histidine kinase  39.01 
 
 		 666 aa  398  1e-109  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0541835  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1420  histidine kinase  42.46 
 
 		 621 aa  393  1e-108  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.990056  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0307  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  39.77 
 
 		 627 aa  392  1e-108  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.876198  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4049  histidine kinase  42.29 
 
 		 630 aa  394  1e-108  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.431231  normal  0.418791 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4927  histidine kinase  39.31 
 
 		 627 aa  389  1e-107  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3025  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  39.28 
 
 		 634 aa  390  1e-107  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5341  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  39.28 
 
 		 634 aa  390  1e-107  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.556905 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1259  ATPase domain-containing protein  42.25 
 
 		 626 aa  391  1e-107  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.27586 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4691  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  38.73 
 
 		 638 aa  387  1e-106  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.203801 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5220  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.82 
 
 		 631 aa  387  1e-106  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.747879 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1209  histidine kinase  41.23 
 
 		 621 aa  370  1e-101  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.561816 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3389  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.35 
 
 		 627 aa  369  1e-100  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.420715  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4339  histidine kinase  40.57 
 
 		 600 aa  360  5e-98  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5344  histidine kinase  39.97 
 
 		 611 aa  355  2e-96  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1731  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  40.43 
 
 		 621 aa  352  1e-95  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.144225  normal  0.746753 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0008  C4-dicarboxylate transport sensor kinase transcription regulator protein  39.24 
 
 		 634 aa  349  7e-95  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.368078  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1436  histidine kinase  38.76 
 
 		 617 aa  342  1e-92  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5398  sensor histidine kinase  36.85 
 
 		 602 aa  335  1e-90  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5904  two-component sensor  37.09 
 
 		 599 aa  335  1e-90  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0714  C4-dicarboxylate transport sensor protein ATPase subunit  32.38 
 
 		 594 aa  333  7.000000000000001e-90  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68230  two-component sensor  36.58 
 
 		 612 aa  332  1e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0604681 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2406  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  37.65 
 
 		 652 aa  332  2e-89  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3901  histidine kinase  38.01 
 
 		 615 aa  330  7e-89  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.896437  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0288  histidine kinase  37.5 
 
 		 604 aa  329  8e-89  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.709645 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3788  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.01 
 
 		 635 aa  328  1.0000000000000001e-88  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.119976 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0289  histidine kinase  37.69 
 
 		 604 aa  328  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0229  histidine kinase  37.39 
 
 		 645 aa  327  3e-88  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3170  histidine kinase  36.19 
 
 		 597 aa  327  5e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.111612  normal  0.304086 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1197  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.28 
 
 		 622 aa  326  6e-88  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.534155 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4946  histidine kinase  38.01 
 
 		 604 aa  326  9e-88  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000919995 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4562  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.54 
 
 		 591 aa  323  8e-87  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0264  sensor histidine kinase  36.92 
 
 		 604 aa  323  9.000000000000001e-87  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0204811 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4293  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.97 
 
 		 604 aa  322  9.000000000000001e-87  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.536405 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0279  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.92 
 
 		 604 aa  322  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6314  putative two-component sensor  38.21 
 
 		 586 aa  321  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3461  histidine kinase  36.46 
 
 		 600 aa  319  1e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.350821  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004046  signal transduction histidine kinase regulating C4-dicarboxylate transport system  33.93 
 
 		 601 aa  318  2e-85  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0733416  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0082  C4-dicarboxylate transport sensor kinase  36.22 
 
 		 643 aa  318  3e-85  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03690  C4-dicarboxylate sensory histidine protein kinase, two component; DctB2  37.65 
 
 		 603 aa  317  3e-85  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.571137  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1572  C4-dicarboxylate transport sensor protein  36.22 
 
 		 643 aa  317  4e-85  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00000397989  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0101  sensor histidine kinase  35.84 
 
 		 643 aa  316  8e-85  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000798435  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1457  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  36.19 
 
 		 618 aa  315  1.9999999999999998e-84  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.798107  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72740  putative two-component sensor  37.74 
 
 		 588 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.658354  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1515  C4-dicarboxylate transport sensor protein  33.72 
 
 		 597 aa  311  2e-83  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0225348  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4937  sensor histidine kinase  37.02 
 
 		 604 aa  311  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0184  histidine kinase  34.14 
 
 		 604 aa  306  6e-82  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.981711  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6227  two component sensor kinase for C4-dicarboxylate transport  33.72 
 
 		 600 aa  305  2.0000000000000002e-81  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.970393  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1775  histidine kinase  36.05 
 
 		 615 aa  304  3.0000000000000004e-81  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.520686  normal  0.0542298 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4406  histidine kinase  36.19 
 
 		 622 aa  303  6.000000000000001e-81  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.226466 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18010  C4-dicarboylate transport sensory histidine protein kinase, two-component; DctB  34.94 
 
 		 592 aa  303  7.000000000000001e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.892386  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4457  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  36.07 
 
 		 586 aa  302  9e-81  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2503  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.43 
 
 		 603 aa  302  1e-80  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3994  sensor histidine kinase  35.58 
 
 		 585 aa  300  4e-80  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0892776 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2952  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.22 
 
 		 598 aa  299  1e-79  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.078149 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2809  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.22 
 
 		 598 aa  298  2e-79  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4690  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.55 
 
 		 606 aa  298  2e-79  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.381822 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1549  histidine kinase  31.22 
 
 		 598 aa  298  2e-79  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.924403  normal  0.563022 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2718  histidine kinase  35.33 
 
 		 623 aa  298  2e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2827  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.22 
 
 		 598 aa  298  3e-79  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3479  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.49 
 
 		 621 aa  297  5e-79  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4321  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.88 
 
 		 585 aa  296  6e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2212  putative two-component sensor histidine kinase protein  34.64 
 
 		 600 aa  296  6e-79  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2979  histidine kinase  35.8 
 
 		 622 aa  296  7e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0797138 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4409  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.45 
 
 		 585 aa  295  1e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>