More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3446 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011992  Dtpsy_3001  beta-lactamase domain protein  69.46 
 
 
568 aa  756    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0874  beta-lactamase domain protein  68.37 
 
 
557 aa  738    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3446  beta-lactamase-like  100 
 
 
562 aa  1139    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1055  beta-lactamase-like  75.09 
 
 
550 aa  844    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.128997 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0793  beta-lactamase domain-containing protein  71.1 
 
 
556 aa  751    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.541294  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3441  beta-lactamase domain-containing protein  70.99 
 
 
544 aa  770    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3691  beta-lactamase domain-containing protein  69.46 
 
 
568 aa  755    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.781768  normal  0.827014 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1888  beta-lactamase domain-containing protein  71.96 
 
 
559 aa  761    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.378711 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1452  beta-lactamase domain-containing protein  61.61 
 
 
556 aa  668    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.463729  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3801  beta-lactamase domain-containing protein  37.61 
 
 
545 aa  330  5.0000000000000004e-89  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4249  NUDIX hydrolase:Beta-lactamase-like  38.09 
 
 
566 aa  313  5.999999999999999e-84  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1644  beta-lactamase-like protein  36.14 
 
 
566 aa  311  2e-83  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.162683  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3305  beta-lactamase domain protein  39.58 
 
 
282 aa  150  4e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0149024  normal  0.0144108 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1084  beta-lactamase domain protein  37.82 
 
 
302 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1127  metallo-beta-lactamase superfamily protein  39.22 
 
 
285 aa  142  9.999999999999999e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0725  beta-lactamase domain protein  36.36 
 
 
303 aa  142  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.264304  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0671  beta-lactamase domain protein  36.69 
 
 
302 aa  142  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.461585  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0692  beta-lactamase domain-containing protein  35.79 
 
 
316 aa  142  1.9999999999999998e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0086  beta-lactamase-like  35.12 
 
 
311 aa  141  3e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2700  NUDIX hydrolase  40.97 
 
 
273 aa  139  1e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.805281  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1441  beta-lactamase domain-containing protein  37.5 
 
 
313 aa  138  3.0000000000000003e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.610229  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0361  beta-lactamase-like protein  34 
 
 
306 aa  138  3.0000000000000003e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.426501 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5004  beta-lactamase domain-containing protein  38.03 
 
 
317 aa  138  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.331086  normal  0.0887437 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4394  beta-lactamase domain protein  37.23 
 
 
304 aa  137  4e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0775  beta-lactamase-like  36.01 
 
 
302 aa  137  5e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4714  beta-lactamase domain-containing protein  37.46 
 
 
312 aa  136  9.999999999999999e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.644544  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0801  beta-lactamase domain-containing protein  33.33 
 
 
301 aa  135  1.9999999999999998e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.451978  normal  0.510072 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0953  beta-lactamase domain-containing protein  37.73 
 
 
308 aa  135  3e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.421827  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3127  beta-lactamase domain protein  36.05 
 
 
310 aa  134  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.257865  normal  0.300589 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3024  beta-lactamase domain protein  37.38 
 
 
310 aa  134  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0101087  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0859  beta-lactamase domain-containing protein  32.89 
 
 
304 aa  134  3.9999999999999996e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2901  beta-lactamase domain-containing protein  36.05 
 
 
310 aa  134  5e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.605946  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0505  metallo-beta-lactamase family protein  36.01 
 
 
301 aa  132  1.0000000000000001e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2717  beta-lactamase domain-containing protein  34.62 
 
 
278 aa  132  1.0000000000000001e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0508  metallo-beta-lactamase family protein  36.01 
 
 
306 aa  132  1.0000000000000001e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1316  beta-lactamase domain-containing protein  35.27 
 
 
297 aa  130  7.000000000000001e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.078247  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1837  beta-lactamase domain-containing protein  36.3 
 
 
303 aa  130  8.000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2470  beta-lactamase domain-containing protein  33.45 
 
 
305 aa  127  4.0000000000000003e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00708378 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4236  Beta-lactamase-like  29.82 
 
 
500 aa  127  6e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0552  beta-lactamase domain-containing protein  33.92 
 
 
302 aa  126  9e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.893963 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0467  metallo-beta-lactamase family protein  35.87 
 
 
262 aa  125  2e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.56187 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2731  beta-lactamase domain-containing protein  36.5 
 
 
307 aa  124  4e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.146298 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0202  NUDIX hydrolase  37.35 
 
 
295 aa  124  4e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0949289  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1480  beta-lactamase-like  32.99 
 
 
307 aa  123  9e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.245912  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0204  metallo-beta-lactamase family protein  35.34 
 
 
303 aa  123  9.999999999999999e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3275  NUDIX hydrolase  39.27 
 
 
274 aa  121  3e-26  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.424821  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1772  beta-lactamase domain-containing protein  34.75 
 
 
288 aa  120  4.9999999999999996e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.32284 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2699  NUDIX hydrolase  37.73 
 
 
294 aa  120  7e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0466  NUDIX hydrolase  36.05 
 
 
275 aa  120  9e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.743041 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8910  beta-lactamase domain protein  34.04 
 
 
264 aa  119  9.999999999999999e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4283  NUDIX hydrolase  36.88 
 
 
315 aa  119  9.999999999999999e-26  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.918616  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3111  NUDIX hydrolase  36.13 
 
 
264 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.43203 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25410  Zn-dependent hydrolase, glyoxylase  31.64 
 
 
259 aa  118  3e-25  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4749  beta-lactamase domain protein  37.5 
 
 
288 aa  118  3e-25  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1265  beta-lactamase-like  32.85 
 
 
310 aa  117  6.9999999999999995e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.581191  normal  0.66012 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5314  beta-lactamase domain protein  33.96 
 
 
268 aa  117  6.9999999999999995e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.498114 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1163  Beta-lactamase-like  32.13 
 
 
310 aa  116  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0506017  normal  0.1623 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0115  hypothetical protein  37.23 
 
 
310 aa  114  4.0000000000000004e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1285  beta-lactamase domain protein  32.97 
 
 
310 aa  114  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3602  NUDIX hydrolase  37.79 
 
 
263 aa  114  5e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1832  beta-lactamase-like  32.78 
 
 
294 aa  113  8.000000000000001e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.930975  normal  0.178967 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4369  beta-lactamase domain protein  29.72 
 
 
497 aa  113  8.000000000000001e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4852  NUDIX hydrolase  36.03 
 
 
285 aa  113  8.000000000000001e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4851  beta-lactamase domain protein  33.83 
 
 
296 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4392  beta-lactamase domain protein  30.09 
 
 
497 aa  112  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4385  beta-lactamase domain-containing protein  28.02 
 
 
484 aa  110  6e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.113297 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0754  beta-lactamase-like  31.52 
 
 
315 aa  110  8.000000000000001e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25420  NUDIX family protein  37.8 
 
 
290 aa  109  1e-22  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1920  hypothetical protein  33.1 
 
 
301 aa  108  2e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.0000181581  hitchhiker  0.000000000000329346 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5001  hypothetical protein  38.1 
 
 
267 aa  109  2e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.257497 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3570  NUDIX hydrolase  39.29 
 
 
254 aa  107  5e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.511087  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0203  beta-lactamase domain-containing protein  32.73 
 
 
263 aa  107  7e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0208476  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2528  beta-lactamase domain-containing protein  33.95 
 
 
260 aa  107  7e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00565773  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1959  NUDIX hydrolase  31.62 
 
 
426 aa  106  9e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0680964  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0613  beta-lactamase-like  29.79 
 
 
305 aa  106  1e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0715  NUDIX hydrolase  38.97 
 
 
247 aa  106  1e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2354  NUDIX hydrolase  36.05 
 
 
264 aa  106  1e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.081221  normal  0.303498 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0248  beta-lactamase domain protein  33.58 
 
 
266 aa  105  3e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2088  NUDIX hydrolase  36.36 
 
 
277 aa  105  3e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4296  beta-lactamase-like  29.9 
 
 
308 aa  104  4e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0804764  normal  0.0768999 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6639  NUDIX hydrolase  36.92 
 
 
281 aa  104  4e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0811428  hitchhiker  0.000186987 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4271  NUDIX hydrolase  34.93 
 
 
283 aa  104  4e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.707988  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2452  putative Beta-lactamase  30 
 
 
304 aa  103  6e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1855  NUDIX hydrolase  35.68 
 
 
278 aa  103  9e-21  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.450228  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36160  NUDIX family protein  36.02 
 
 
281 aa  102  1e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5313  NUDIX hydrolase  34.05 
 
 
297 aa  102  2e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.723255 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0235  NUDIX hydrolase  37.21 
 
 
260 aa  102  2e-20  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.998235  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1997  beta-lactamase domain-containing protein  30.11 
 
 
268 aa  102  3e-20  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0247  NUDIX hydrolase  36.53 
 
 
279 aa  101  3e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2913  NUDIX hydrolase  33.91 
 
 
272 aa  101  4e-20  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0512  beta-lactamase domain protein  29.74 
 
 
315 aa  101  5e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0174052  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0516  NUDIX hydrolase  36.13 
 
 
264 aa  100  6e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1854  beta-lactamase domain protein  29.37 
 
 
272 aa  100  9e-20  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.189866  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3933  beta-lactamase domain protein  30.58 
 
 
276 aa  99  2e-19  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.997989  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13708  hydrolase  31.6 
 
 
264 aa  99  2e-19  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0451158 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0116  putative hydrolase  31.73 
 
 
284 aa  96.3  1e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1857  NUDIX hydrolase  33.62 
 
 
275 aa  95.5  2e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.412292  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1904  NUDIX hydrolase  33.62 
 
 
275 aa  95.5  2e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.269642  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1838  NUDIX hydrolase  33.62 
 
 
275 aa  95.9  2e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.181353  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1889  beta-lactamase domain protein  30.39 
 
 
286 aa  95.1  3e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>