More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3326 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3326  Crp/FNR family transcriptional regulator  100 
 
 		 239 aa  486  1e-136  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2959  Crp/FNR family transcriptional regulator  89.92 
 
 		 241 aa  447  1e-125  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1779  Crp/FNR family transcriptional regulator  87.45 
 
 		 239 aa  439  9.999999999999999e-123  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.72161  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1943  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  87.87 
 
 		 239 aa  439  9.999999999999999e-123  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3075  Crp/FNR family transcriptional regulator  87.45 
 
 		 239 aa  436  1e-121  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.193734 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1913  CRP/FNR family transcriptional regulator  86.13 
 
 		 241 aa  428  1e-119  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.205993  normal  0.953786 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2630  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  82.43 
 
 		 239 aa  421  1e-117  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00642792  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3287  Crp/FNR family transcriptional regulator  84.87 
 
 		 239 aa  418  1e-116  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.370075  normal  0.683237 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4308  cyclic nucleotide-binding protein  71.13 
 
 		 239 aa  366  1e-100  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0411784  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4994  cyclic nucleotide-binding protein  69.83 
 
 		 247 aa  323  2e-87  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.103725  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1951  Crp/FNR family transcriptional regulator  61.86 
 
 		 234 aa  274  8e-73  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.1084 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0976  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  49.58 
 
 		 258 aa  221  9e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.859751  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1058  CRP/FNR family transcriptional regulator  49.58 
 
 		 258 aa  221  9e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0351  putative transcriptional regulator  35.94 
 
 		 228 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03580  putative transcriptional regulator  35.48 
 
 		 228 aa  132  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000980911  hitchhiker  0.0000000000977836 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2459  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 235 aa  129  3e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000341213 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2589  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 235 aa  130  3e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0679634  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2565  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 235 aa  128  7.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0695171  normal  0.0307054 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4353  CRP/FNR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 227 aa  128  8.000000000000001e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4881  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 278 aa  127  1.0000000000000001e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.484233  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2665  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 239 aa  127  1.0000000000000001e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0675619  normal  0.290328 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01198  cyclic nucleotide-binding protein  31.7 
 
 		 229 aa  127  2.0000000000000002e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3367  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 230 aa  122  5e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4617  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.33 
 
 		 243 aa  122  7e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.652735  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4483  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.33 
 
 		 243 aa  122  7e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.183908 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3511  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 233 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1929  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 235 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.589711  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2541  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 235 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000812643  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0199  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.74 
 
 		 227 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5872  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.4 
 
 		 235 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.142608  normal  0.264846 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0775  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 237 aa  112  4.0000000000000004e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0747  transcriptional regulator, putative  33.48 
 
 		 266 aa  112  6e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.59923  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0938  cyclic nucleotide-binding protein  31.88 
 
 		 251 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.914927  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2266  transcriptional regulator, putative  31.88 
 
 		 251 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.578468  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2143  putative transcriptional regulator  31.88 
 
 		 251 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1089  cyclic nucleotide-binding protein  31.88 
 
 		 251 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.30583  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0934  cyclic nucleotide-binding  31.88 
 
 		 251 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.059861  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3408  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.51 
 
 		 243 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.258046 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3062  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.96 
 
 		 232 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 235 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.027549  normal  0.149867 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7045  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.5 
 
 		 237 aa  107  2e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.601598  normal  0.0108856 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0027  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 237 aa  107  2e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0259  cyclic nucleotide-binding protein  29.11 
 
 		 222 aa  106  3e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4045  GntR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 260 aa  106  3e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.385107  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3029  CRP/FNR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 228 aa  105  6e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0894  cyclic nucleotide-binding  30.77 
 
 		 226 aa  105  7e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0213  cyclic nucleotide-binding protein  29.63 
 
 		 259 aa  103  2e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3129  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.53 
 
 		 224 aa  103  2e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0256895  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01902  putative transcription regulator protein  31.28 
 
 		 239 aa  102  6e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.980965  normal  0.145891 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4520  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.63 
 
 		 236 aa  102  7e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0723  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 228 aa  99.8  4e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.362046  normal  0.190371 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0824  Crp/FNR family transcriptional regulator  31 
 
 		 225 aa  98.6  8e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0928817  normal  0.0486748 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4596  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.6 
 
 		 230 aa  97.8  1e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0893  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 226 aa  97.4  2e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2608  CRP/FNR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 239 aa  97.1  2e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.700213  normal  0.0258786 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0248  cyclic nucleotide-binding  29.82 
 
 		 224 aa  96.3  3e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1951  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 222 aa  96.7  3e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.861655  normal  0.0267012 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 226 aa  96.3  4e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6768  cyclic nucleotide-binding protein  29.5 
 
 		 248 aa  95.9  5e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.1826  normal  0.270362 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0510  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  27.88 
 
 		 284 aa  95.5  6e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0137  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  27.88 
 
 		 284 aa  95.5  6e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1475  cyclic nucleotide-binding protein  27.88 
 
 		 284 aa  95.5  6e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1395  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  27.88 
 
 		 304 aa  95.5  7e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.553188  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003082  transcriptional regulator Crp/Fnr family  30.05 
 
 		 231 aa  94.7  1e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00863529  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1092  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.41 
 
 		 234 aa  95.1  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1075  cyclic nucleotide-binding protein  28 
 
 		 281 aa  93.6  2e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.179519  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0324  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 226 aa  93.6  2e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105795  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0992  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  28 
 
 		 289 aa  94  2e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0799157  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2305  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  28 
 
 		 309 aa  93.6  3e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2016  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 229 aa  93.2  3e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0776172  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25400  cAMP-binding protein  31 
 
 		 225 aa  93.2  3e-18  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  28.44 
 
 		 243 aa  93.2  3e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0559  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.37 
 
 		 225 aa  93.6  3e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.338488  normal  0.42035 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3223  cyclic nucleotide-binding protein  26.76 
 
 		 247 aa  92.8  4e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.319468 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4072  cyclic nucleotide-binding protein  26.76 
 
 		 247 aa  92.8  4e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.426596  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4294  cyclic nucleotide-binding protein  26.76 
 
 		 247 aa  92.8  4e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.803161  normal  0.987027 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4243  Crp/Fnr family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 305 aa  92.4  6e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.286118 
 
 
-
 
NC_002936  DET0299  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 247 aa  92  8e-18  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2085  cyclic nucleotide binding protein  29.05 
 
 		 238 aa  92  8e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1687  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  26.7 
 
 		 299 aa  92  8e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.535238  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  28.77 
 
 		 224 aa  92  8e-18  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1005  cyclic nucleotide-binding  26.39 
 
 		 226 aa  91.3  1e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.184599  normal  0.14907 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4311  cyclic nucleotide-binding protein  28.5 
 
 		 285 aa  91.7  1e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0853188  normal  0.342841 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3781  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.82 
 
 		 230 aa  90.9  2e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.505907  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.98 
 
 		 228 aa  90.9  2e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4858  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.82 
 
 		 230 aa  90.9  2e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.748285 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1725  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  27.5 
 
 		 251 aa  89.4  4e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.134143  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3499  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 230 aa  89.7  4e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00506626 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2783  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  27.5 
 
 		 248 aa  89.4  4e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.778441  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5713  transcriptional regulator  28.96 
 
 		 224 aa  89.7  4e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.590376  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0424  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.29 
 
 		 242 aa  89.4  5e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  29.25 
 
 		 225 aa  88.2  1e-16  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2580  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 231 aa  87.8  1e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.117752 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3269  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 230 aa  87.8  1e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.883713  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3035  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.23 
 
 		 224 aa  87.4  2e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.738115  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3032  Crp family transcriptional regulator  25.46 
 
 		 224 aa  87  2e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0461942  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.79 
 
 		 225 aa  87  2e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1169  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 227 aa  87  2e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0303416  normal  0.0506186 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4138  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.5 
 
 		 234 aa  87.4  2e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.60462  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4026  cyclic nucleotide-binding protein  27.5 
 
 		 234 aa  87.4  2e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>