More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3196 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_3196  ApbE-like lipoprotein  100 
 
 
344 aa  686    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.764413  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1484  ApbE family lipoprotein  51.03 
 
 
369 aa  317  2e-85  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0759035 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4919  membrane-associated ApbE-like lipoprotein  51.21 
 
 
340 aa  313  1.9999999999999998e-84  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0104223 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4169  ApbE family lipoprotein  49.85 
 
 
346 aa  312  4.999999999999999e-84  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4057  ApbE family lipoprotein  49.85 
 
 
346 aa  312  4.999999999999999e-84  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.807087  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1366  thiamine biosynthesis APBE transmembrane protein  52.12 
 
 
340 aa  307  2.0000000000000002e-82  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1063  ApbE family lipoprotein  51.99 
 
 
362 aa  288  9e-77  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1142  ApbE family lipoprotein  50.66 
 
 
362 aa  286  4e-76  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0809507  normal  0.548232 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0561  ApbE-like lipoprotein  33.73 
 
 
348 aa  188  1e-46  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1956  thiamine biosynthesis lipoprotein  33.86 
 
 
363 aa  184  3e-45  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1825  ApbE family lipoprotein  37.25 
 
 
336 aa  182  9.000000000000001e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0035  hypothetical protein  36.45 
 
 
331 aa  178  1e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1499  ApbE family lipoprotein  31.9 
 
 
380 aa  178  1e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000152679  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0552  ApbE family lipoprotein  32.7 
 
 
351 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4038  ApbE family lipoprotein  38.46 
 
 
386 aa  171  1e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.618341  normal  0.564525 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1874  ApbE family lipoprotein  32.57 
 
 
317 aa  170  4e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0211225  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1523  ApbE family lipoprotein  31.42 
 
 
350 aa  168  1e-40  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4070  ApbE family lipoprotein  27.74 
 
 
335 aa  167  2e-40  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.785623  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0510  ApbE family lipoprotein  30.4 
 
 
353 aa  166  5e-40  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00242012  hitchhiker  0.000000000324218 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1664  ApbE family lipoprotein  31.29 
 
 
328 aa  163  5.0000000000000005e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.517464 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0673  ApbE family lipoprotein  35.25 
 
 
345 aa  162  7e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.38992  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1338  ApbE family lipoprotein  32.64 
 
 
339 aa  158  1e-37  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.337899  unclonable  0.00000141849 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1097  ApbE family lipoprotein  29.88 
 
 
339 aa  155  8e-37  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000910901  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1216  thiamine biosynthesis lipoprotein  33.67 
 
 
336 aa  155  1e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4467  ApbE family lipoprotein  26.91 
 
 
309 aa  152  7e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1244  ApbE family lipoprotein  30.32 
 
 
348 aa  150  2e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.462864  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3758  ApbE family lipoprotein  27.42 
 
 
316 aa  150  3e-35  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.390614  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3569  membrane protein  30.77 
 
 
336 aa  150  4e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.325217 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14280  ApbE family lipoprotein  30.82 
 
 
336 aa  148  2.0000000000000003e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  3.71424e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1504  ApbE family lipoprotein  29 
 
 
366 aa  147  3e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00453066  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2491  ApbE family protein  27.19 
 
 
342 aa  145  1e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5765  ApbE family lipoprotein  27.03 
 
 
315 aa  144  3e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.734986 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1144  ApbE family lipoprotein  30.16 
 
 
338 aa  143  5e-33  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.301499  normal  0.219283 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1160  thiamine biosynthesis lipoprotein  29.79 
 
 
337 aa  142  9.999999999999999e-33  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.483438  normal  0.262417 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0976  ApbE family lipoprotein  30.56 
 
 
346 aa  140  3e-32  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.402435  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1217  membrane-associated lipoprotein for thiamine biosynthesis  29.22 
 
 
361 aa  138  1e-31  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.000151125  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1571  ApbE-like lipoprotein  32.51 
 
 
331 aa  137  2e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2292  ApbE family lipoprotein  32.75 
 
 
365 aa  137  2e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.715586  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0936  ApbE family lipoprotein  30.13 
 
 
349 aa  137  3.0000000000000003e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0317624  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2380  ApbE family lipoprotein  32.75 
 
 
368 aa  137  3.0000000000000003e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14840  ApbE family lipoprotein  30.07 
 
 
360 aa  135  9.999999999999999e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.173743  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2363  putative thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  27.48 
 
 
343 aa  135  9.999999999999999e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2243  ApbE family lipoprotein  33.77 
 
 
327 aa  132  1.0000000000000001e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.208149 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0350  ApbE family lipoprotein  32.14 
 
 
339 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1601  thiamine biosynthesis membrane-associated lipoprotein  27.76 
 
 
358 aa  131  2.0000000000000002e-29  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2813  ApbE family lipoprotein  34.66 
 
 
308 aa  129  7.000000000000001e-29  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000198345  hitchhiker  0.00117663 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2411  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE, putative  33.56 
 
 
310 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.39462  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0982  ApbE family lipoprotein  33.6 
 
 
353 aa  126  7e-28  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2411  putative thaimine biosynthesis protein  30.99 
 
 
362 aa  125  8.000000000000001e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1478  thiamine biosynthesis lipoprotein  31.56 
 
 
357 aa  125  1e-27  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000175227  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0237  ApbE family lipoprotein  32.78 
 
 
335 aa  125  1e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1387  ApbE-like lipoprotein  30.49 
 
 
350 aa  124  2e-27  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.184425  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1342  ApbE family lipoprotein  32.15 
 
 
344 aa  124  3e-27  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  decreased coverage  0.00000274029  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0353  ApbE family lipoprotein  32.25 
 
 
350 aa  123  5e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.315811  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2614  ApbE family protein  33.89 
 
 
371 aa  122  6e-27  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0264  ApbE family lipoprotein  32.14 
 
 
320 aa  122  6e-27  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.398879  normal  0.351019 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1597  ApbE family lipoprotein  26.94 
 
 
308 aa  122  8e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1239  ApbE family lipoprotein  32.55 
 
 
349 aa  122  8e-27  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1595  ApbE/NosX family protein  30.65 
 
 
344 aa  122  9.999999999999999e-27  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.0000126725  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1216  ApbE family lipoprotein  32.16 
 
 
349 aa  122  9.999999999999999e-27  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2557  ApbE family lipoprotein  32.89 
 
 
321 aa  121  1.9999999999999998e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0513612 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3494  ApbE family lipoprotein  32.8 
 
 
323 aa  121  1.9999999999999998e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.960386  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00140  thiamine biosynthesis lipoprotein  36.19 
 
 
313 aa  121  1.9999999999999998e-26  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.594186 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1569  ApbE family protein  34.98 
 
 
306 aa  121  1.9999999999999998e-26  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.339212  normal  0.0160978 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2215  ApbE family lipoprotein  26.23 
 
 
330 aa  120  1.9999999999999998e-26  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0332053  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0009  ApbE-like lipoprotein  29.88 
 
 
346 aa  120  3.9999999999999996e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.109653  normal  0.0510654 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1461  ApbE family lipoprotein  32.3 
 
 
345 aa  119  6e-26  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1575  ApbE-like lipoprotein  32.11 
 
 
350 aa  119  7e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.121916  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2326  ApbE family protein  30.62 
 
 
352 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.211712  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0788  thiamine biosynthesis lipoprotein  30.92 
 
 
297 aa  119  9e-26  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1611  ApbE family lipoprotein  30.99 
 
 
331 aa  118  1.9999999999999998e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1651  ApbE family lipoprotein  34.01 
 
 
306 aa  118  1.9999999999999998e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3125  ApbE family lipoprotein  30.79 
 
 
325 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.779525  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1563  carboxynorspermidine decarboxylase  34.82 
 
 
312 aa  118  1.9999999999999998e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2350  ApbE family lipoprotein  29.51 
 
 
323 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05540  hypothetical protein  32.28 
 
 
323 aa  116  5e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2693  ApbE family lipoprotein  28.57 
 
 
352 aa  116  5e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00390804 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0693  ApbE family lipoprotein  33.76 
 
 
379 aa  116  6e-25  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0996  ApbE family protein  30.29 
 
 
352 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.167823  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2113  ApbE family protein  29.74 
 
 
352 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3036  ApbE family lipoprotein  27.87 
 
 
381 aa  115  8.999999999999998e-25  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000431252  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2058  ApbE family protein  29.74 
 
 
370 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.673444  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2402  ApbE family lipoprotein  29.1 
 
 
350 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21060  thiamine biosynthesis lipoprotein  32.3 
 
 
320 aa  115  1.0000000000000001e-24  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1081  ApbE family protein  26.89 
 
 
312 aa  114  3e-24  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0283392  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2624  ApbE family lipoprotein  30.59 
 
 
323 aa  114  3e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.53738  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1225  ApbE-like lipoprotein  35.2 
 
 
322 aa  113  4.0000000000000004e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.65797  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3767  ApbE family lipoprotein  30.18 
 
 
417 aa  113  5e-24  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.301189  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0092  ApbE family lipoprotein  31.75 
 
 
308 aa  113  5e-24  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0025456  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0536  ApbE family lipoprotein  29.38 
 
 
345 aa  112  9e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5069  ApbE family lipoprotein  29.62 
 
 
336 aa  112  9e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2906  ApbE family lipoprotein  28.1 
 
 
347 aa  110  3e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2654  ApbE family lipoprotein  32.65 
 
 
326 aa  110  5e-23  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.131589 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21260  thiamine biosynthesis lipoprotein  34.86 
 
 
306 aa  110  5e-23  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0414  membrane-associated lipoprotein for thiamine biosynthesis  28.63 
 
 
325 aa  109  6e-23  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0146647  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1954  ApbE family lipoprotein  29.26 
 
 
337 aa  109  7.000000000000001e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.355281  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1826  ApbE family lipoprotein  32.52 
 
 
300 aa  109  7.000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000850306  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2253  ApbE family protein  31.64 
 
 
291 aa  109  8.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2151  ApbE family lipoprotein  32.11 
 
 
300 aa  108  1e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0607428  normal  0.340699 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1826  ApbE-like lipoprotein  28.03 
 
 
351 aa  107  2e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>