More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3184 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_3184  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  100 
 
 
475 aa  931    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3547  RND efflux system outer membrane lipoprotein  67.79 
 
 
477 aa  560  1e-158  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.138729  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2826  RND efflux system outer membrane lipoprotein  62.21 
 
 
475 aa  413  1e-114  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.349908  normal  0.4485 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2315  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  62.21 
 
 
475 aa  413  1e-114  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1415  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  48.76 
 
 
520 aa  370  1e-101  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0814  outer membrane protein  43.87 
 
 
479 aa  343  5e-93  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3706  RND efflux system outer membrane lipoprotein  44.95 
 
 
498 aa  335  1e-90  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0175295 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  42.16 
 
 
489 aa  317  2e-85  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0783  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  41.08 
 
 
493 aa  299  7e-80  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.436637  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1085  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.87 
 
 
486 aa  292  9e-78  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.377293  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3604  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  46.93 
 
 
483 aa  286  5e-76  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4060  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.07 
 
 
492 aa  284  2.0000000000000002e-75  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0400  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  37.8 
 
 
494 aa  278  2e-73  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1481  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.26 
 
 
491 aa  277  3e-73  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.290116  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1872  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.65 
 
 
509 aa  276  8e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2809  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.94 
 
 
497 aa  273  4.0000000000000004e-72  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3093  outer membrane protein  36.73 
 
 
503 aa  272  9e-72  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  7.56103e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2340  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.89 
 
 
502 aa  271  2e-71  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2616  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36 
 
 
501 aa  265  2e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2240  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.65 
 
 
518 aa  259  5.0000000000000005e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0447  Fis family transcriptional regulator  35.52 
 
 
512 aa  254  2.0000000000000002e-66  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.818927 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6200  multidrug efflux system outer membrane subunit  35.07 
 
 
504 aa  254  3e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.584656  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2318  outer membrane protein  37.05 
 
 
479 aa  251  1e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510391  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27410  putative outer membrane protein precursor  35.57 
 
 
479 aa  250  4e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.721932  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1595  multidrug efflux system outer membrane subunit  35.78 
 
 
520 aa  246  8e-64  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1086  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.56 
 
 
482 aa  245  9.999999999999999e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.981132  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1570  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  39.91 
 
 
473 aa  241  2e-62  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1397  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.07 
 
 
483 aa  240  4e-62  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0470639  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1666  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.86 
 
 
546 aa  239  6.999999999999999e-62  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.13133 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3923  outer membrane efflux protein  33.7 
 
 
569 aa  238  2e-61  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.19723 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2152  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.88 
 
 
503 aa  236  5.0000000000000005e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2024  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.29 
 
 
525 aa  233  6e-60  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0689129  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2451  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.88 
 
 
514 aa  232  1e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.628376 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0868  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.45 
 
 
526 aa  232  1e-59  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2127  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.47 
 
 
513 aa  231  3e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3101  outer membrane efflux protein  34.7 
 
 
465 aa  229  6e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00986507  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1695  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.11 
 
 
512 aa  227  4e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1914  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.92 
 
 
531 aa  227  5.0000000000000005e-58  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000272629  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2657  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.5 
 
 
473 aa  226  6e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0121184  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3560  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.6 
 
 
493 aa  226  7e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0143  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.14 
 
 
541 aa  225  1e-57  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.302016 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0165  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.8 
 
 
477 aa  225  1e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2159  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.8 
 
 
529 aa  225  1e-57  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3427  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.45 
 
 
471 aa  223  6e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0491334  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2335  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.45 
 
 
471 aa  223  6e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0563  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.46 
 
 
519 aa  223  7e-57  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2435  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.81 
 
 
500 aa  223  7e-57  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0164231 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0144  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.79 
 
 
483 aa  222  9e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.16245  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0284  outer membrane efflux family protein  29.91 
 
 
518 aa  222  9.999999999999999e-57  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.552621  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3581  outer membrane protein OprN precursor  36.62 
 
 
499 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2509  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.23 
 
 
471 aa  220  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.293505  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4998  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.37 
 
 
515 aa  219  7e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.599541  normal  0.824643 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2969  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.63 
 
 
465 aa  218  1e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.678758  normal  0.17281 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2502  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.91 
 
 
533 aa  218  2e-55  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.568762  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5505  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.97 
 
 
496 aa  217  2.9999999999999998e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130053  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0649  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.97 
 
 
496 aa  217  2.9999999999999998e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.814679  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2193  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.4 
 
 
495 aa  217  4e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0126086  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2446  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.71 
 
 
471 aa  216  5e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.177234  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0874  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.35 
 
 
483 aa  216  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1101  outer membrane protein  34.48 
 
 
470 aa  216  9e-55  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2742  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.97 
 
 
517 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2820  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.97 
 
 
517 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0699  hypothetical protein  29.47 
 
 
489 aa  212  1e-53  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1362  outer membrane efflux family protein  31.13 
 
 
558 aa  211  2e-53  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3274  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.77 
 
 
495 aa  211  2e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2670  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.74 
 
 
532 aa  209  7e-53  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0133401  normal  0.268883 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4575  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.14 
 
 
483 aa  209  8e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0851  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.98 
 
 
504 aa  209  9e-53  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0719  hypothetical protein  29.26 
 
 
479 aa  209  1e-52  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1267  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  33.61 
 
 
512 aa  207  3e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0522165  normal  0.0121166 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3793  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.92 
 
 
495 aa  207  3e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.351966 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32380  multidrug efflux outer membrane protein OprN precursor  34.85 
 
 
472 aa  206  6e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0450823  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3378  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.06 
 
 
470 aa  206  6e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.469197 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2663  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.14 
 
 
496 aa  206  7e-52  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46400  Outer membrane protein  32.3 
 
 
479 aa  206  7e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4452  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.39 
 
 
484 aa  206  7e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0511722  normal  0.669116 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2743  outer membrane protein OprN precursor  34.49 
 
 
472 aa  206  9e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1273  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.39 
 
 
484 aa  206  1e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0681573  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6853  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.26 
 
 
491 aa  204  3e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.851364 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2179  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.99 
 
 
462 aa  204  3e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.159854  normal  0.0708517 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1325  major facilitator superfamily efflux pump outer membrane lipoprotein  32.21 
 
 
547 aa  203  4e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.324666  normal  0.0263416 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0890  outer membrane protein  37.05 
 
 
480 aa  203  5e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.189882  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3360  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.26 
 
 
494 aa  202  9e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.414328  hitchhiker  0.00000000121747 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0034  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.04 
 
 
538 aa  202  9.999999999999999e-51  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.677331 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3932  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.82 
 
 
491 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3821  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.62 
 
 
484 aa  201  1.9999999999999998e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.467284  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4898  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.62 
 
 
484 aa  201  1.9999999999999998e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.589028 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2680  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.1 
 
 
490 aa  199  9e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5379  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.35 
 
 
482 aa  198  2.0000000000000003e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.320478  normal  0.694464 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3899  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.56 
 
 
495 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.624231 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3628  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.56 
 
 
495 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.399788  normal  0.615306 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0412  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.54 
 
 
477 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4467  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.56 
 
 
495 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.419427  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1702  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  28.8 
 
 
521 aa  197  3e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6346  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.45 
 
 
491 aa  197  3e-49  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3709  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.98 
 
 
485 aa  197  3e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2526  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.66 
 
 
504 aa  197  4.0000000000000005e-49  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1620  Outer membrane protein  32.6 
 
 
565 aa  197  5.000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1077  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.05 
 
 
496 aa  196  7e-49  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.512437  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0105  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.02 
 
 
457 aa  196  9e-49  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.265235  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>