More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3130 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3130  inner-membrane translocator  100 
 
 		 333 aa  650    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0780017  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0625  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  69.7 
 
 		 345 aa  457  9.999999999999999e-129  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.983884  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3329  inner-membrane translocator  70 
 
 		 345 aa  458  9.999999999999999e-129  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5246  monosaccharide-transporting ATPase  70 
 
 		 345 aa  458  9.999999999999999e-129  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.971428 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5038  inner-membrane translocator  70 
 
 		 345 aa  458  9.999999999999999e-129  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.893051 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3600  monosaccharide-transporting ATPase  70 
 
 		 345 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0147335  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4446  inner-membrane translocator  70 
 
 		 345 aa  456  1e-127  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000908606 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4966  monosaccharide-transporting ATPase  70.59 
 
 		 347 aa  449  1e-125  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4171  Monosaccharide-transporting ATPase  70.19 
 
 		 341 aa  436  1e-121  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00275528 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1087  inner-membrane translocator  69.88 
 
 		 339 aa  429  1e-119  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.10708 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5319  inner-membrane translocator  71.43 
 
 		 342 aa  422  1e-117  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.300421  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1349  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  69.25 
 
 		 341 aa  409  1e-113  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5596  monosaccharide-transporting ATPase  67.27 
 
 		 341 aa  395  1e-109  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.496226  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3217  ribose transport system permease protein RbsC  60.32 
 
 		 334 aa  368  1e-101  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.961558  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0412  Monosaccharide-transporting ATPase  57.04 
 
 		 328 aa  332  5e-90  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00266655  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2491  inner-membrane translocator  45.19 
 
 		 405 aa  246  3e-64  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02651  Ribose transport system permease protein rbsC  53.15 
 
 		 327 aa  244  9.999999999999999e-64  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02612  hypothetical protein  53.24 
 
 		 276 aa  240  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0342  ribose ABC transporter permease protein  44.41 
 
 		 324 aa  237  3e-61  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1400  D-ribose transport system permease protein  46.18 
 
 		 327 aa  234  1.0000000000000001e-60  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.151364 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3346  monosaccharide-transporting ATPase  43.36 
 
 		 345 aa  231  2e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0869656  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1337  amino acid or sugar ABC transport system, permease protein  42.95 
 
 		 333 aa  228  8e-59  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.485159 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4526  ribose ABC transporter permease protein  42.77 
 
 		 322 aa  228  1e-58  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000584894  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01060  monosaccharide ABC transporter membrane protein  42.38 
 
 		 336 aa  227  2e-58  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1370  ribose ABC transporter permease protein  44.56 
 
 		 323 aa  224  1e-57  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.512196  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000340  ribose ABC transport system permease protein RbsC  42.99 
 
 		 327 aa  225  1e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06144  ribose ABC transporter permease protein  42.69 
 
 		 327 aa  222  9e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09560  Monosaccharide-transporting ATPase  45.23 
 
 		 322 aa  221  9.999999999999999e-57  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.785729  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6344  monosaccharide-transporting ATPase  40.92 
 
 		 343 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0383311  normal  0.17282 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4236  ribose ABC transporter permease protein  44.22 
 
 		 322 aa  218  1e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000913636  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2686  Monosaccharide-transporting ATPase  41.16 
 
 		 325 aa  218  1e-55  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0859  ribose ABC transporter, permease protein  39.94 
 
 		 346 aa  218  2e-55  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.479908  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0009  ribose ABC transporter permease protein  43.65 
 
 		 322 aa  216  5e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2914  monosaccharide-transporting ATPase  39.38 
 
 		 346 aa  214  9.999999999999999e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.366692  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0115  ribose ABC transporter, permease protein  41.9 
 
 		 310 aa  213  2.9999999999999995e-54  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4173  ribose ABC transporter permease protein  43.07 
 
 		 322 aa  212  5.999999999999999e-54  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00211847  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3329  inner-membrane translocator  44.44 
 
 		 314 aa  212  7.999999999999999e-54  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2011  monosaccharide-transporting ATPase  40.19 
 
 		 328 aa  211  1e-53  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2121  Monosaccharide-transporting ATPase  41.98 
 
 		 350 aa  210  3e-53  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.83989 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4899  ribose ABC transporter permease protein  41.12 
 
 		 321 aa  209  4e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0818131  hitchhiker  0.000000774907 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0872  Monosaccharide-transporting ATPase  42.81 
 
 		 327 aa  209  4e-53  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.320863  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3336  inner-membrane translocator  40.58 
 
 		 346 aa  209  4e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4114  ribose ABC transporter permease protein  43.85 
 
 		 321 aa  210  4e-53  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.32727  normal  0.0391743 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1874  monosaccharide-transporting ATPase  38.75 
 
 		 354 aa  209  5e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.273612  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0769  ribose transport system permease  42.95 
 
 		 342 aa  209  6e-53  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00219185  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0582  monosaccharide-transporting ATPase  42.72 
 
 		 311 aa  209  6e-53  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0614  inner-membrane translocator  41.75 
 
 		 331 aa  209  7e-53  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2804  inner-membrane translocator  40.37 
 
 		 324 aa  209  7e-53  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.500539  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3976  ribose ABC transporter permease protein  42.22 
 
 		 322 aa  209  7e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.144441  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03636  ribose ABC transporter permease protein  43.22 
 
 		 321 aa  209  8e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0321266  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4217  Monosaccharide-transporting ATPase  43.22 
 
 		 321 aa  209  8e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4266  ribose ABC transporter permease protein  43.22 
 
 		 321 aa  209  8e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00636427  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3966  ribose ABC transporter permease protein  43.22 
 
 		 321 aa  209  8e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.878402  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03581  hypothetical protein  43.22 
 
 		 321 aa  209  8e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0415585  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5186  ribose ABC transporter permease protein  43.22 
 
 		 321 aa  209  8e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0679383  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4118  ribose ABC transporter permease protein  43.22 
 
 		 321 aa  209  8e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.129793 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4244  ribose ABC transporter permease protein  43.22 
 
 		 321 aa  209  8e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00281805 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1509  ribose ABC transporter, permease protein  38.1 
 
 		 330 aa  208  1e-52  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.424015  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1759  ribose ABC transporter permease  38.1 
 
 		 330 aa  208  1e-52  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.32812  hitchhiker  0.000062023 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1642  Monosaccharide-transporting ATPase  43.09 
 
 		 317 aa  207  1e-52  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000622557  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1613  monosaccharide-transporting ATPase  38.1 
 
 		 330 aa  208  1e-52  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4110  ribose ABC transporter permease protein  43.22 
 
 		 321 aa  207  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.401971  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4166  ribose ABC transporter permease protein  43.22 
 
 		 321 aa  207  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0700  ribose ABC transporter, permease protein  42.68 
 
 		 311 aa  207  2e-52  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0973921  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4216  ribose ABC transporter permease protein  43.22 
 
 		 321 aa  207  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.064291  normal  0.774246 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4095  ribose ABC transporter permease protein  43.22 
 
 		 321 aa  207  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4638  ribose ABC transporter, permease protein  42.68 
 
 		 311 aa  207  2e-52  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0801722  unclonable  4.6789e-26 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4275  ribose ABC transporter permease protein  43.22 
 
 		 321 aa  207  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5320  inner-membrane translocator  39.88 
 
 		 350 aa  207  3e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.306475  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0736  ribose ABC transporter, permease protein  42.68 
 
 		 311 aa  206  6e-52  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0578  ribose ABC transporter, permease  42.68 
 
 		 311 aa  206  6e-52  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0535816  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0563  monosaccharide-transporting ATPase  42.68 
 
 		 311 aa  206  6e-52  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000352632  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0797  ribose ABC transporter, permease protein  42.68 
 
 		 311 aa  206  6e-52  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000530424  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0579  ribose ABC transporter, permease  42.68 
 
 		 311 aa  206  7e-52  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0456  ribose/xylose/arabinose/galactoside ABC-type transporter permease  41.75 
 
 		 310 aa  205  7e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1793  monosaccharide-transporting ATPase  42.3 
 
 		 306 aa  204  1e-51  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.115366  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0361  carbohydrate ABC transporter permease  41.75 
 
 		 310 aa  205  1e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0635  ribose ABC transporter permease  42.36 
 
 		 311 aa  204  2e-51  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0668  ribose ABC transporter permease  42.36 
 
 		 311 aa  204  2e-51  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1643  inner-membrane translocator  38.87 
 
 		 320 aa  204  2e-51  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.00000000313624  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4066  monosaccharide-transporting ATPase  37.57 
 
 		 334 aa  204  2e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0158179  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0725  ribose ABC transporter, permease protein  42.36 
 
 		 311 aa  204  2e-51  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.35469e-35 
 
 
-
 
NC_004310  BR1631  ribose ABC transporter, permease protein  38.76 
 
 		 334 aa  203  3e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1575  ribose ABC transporter, permease protein  38.76 
 
 		 334 aa  203  3e-51  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.136542  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3449  inner-membrane translocator  38.97 
 
 		 314 aa  203  4e-51  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5134  ABC transporter membrane spanning protein (ribose)  42.99 
 
 		 349 aa  202  4e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.180892  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1792  sugar ABC transporter, permease protein  41.75 
 
 		 835 aa  202  5e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0248  inner-membrane translocator  38.79 
 
 		 338 aa  202  5e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0965  monosaccharide-transporting ATPase  38.77 
 
 		 342 aa  202  8e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0911  ribose ABC transporter, permease protein  38.77 
 
 		 342 aa  202  8e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3880  sugar transport system permease  38.77 
 
 		 334 aa  202  8e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0490565 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1133  monosaccharide-transporting ATPase  38.96 
 
 		 359 aa  201  9.999999999999999e-51  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000291616  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22690  Monosaccharide-transporting ATPase  41.28 
 
 		 322 aa  201  1.9999999999999998e-50  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00548912  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1398  inner-membrane translocator  41.55 
 
 		 334 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00127371  normal  0.617276 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3002  inner-membrane translocator  39.05 
 
 		 336 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6473  inner-membrane translocator  41.33 
 
 		 343 aa  200  3e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.760723  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6708  inner-membrane translocator  41.33 
 
 		 343 aa  200  3e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.46964  normal  0.292611 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6314  monosaccharide-transporting ATPase  41.33 
 
 		 343 aa  200  3e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.359966 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1987  monosaccharide-transporting ATPase  39.62 
 
 		 312 aa  200  3e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.589517  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2523  inner-membrane translocator  40.06 
 
 		 313 aa  199  5e-50  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>