More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3020 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3020  glycine cleavage system H protein  100 
 
 		 124 aa  250  5.000000000000001e-66  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.29213  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2684  glycine cleavage system H protein  77.5 
 
 		 123 aa  201  2e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.418167  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1867  glycine cleavage system H protein  77.69 
 
 		 122 aa  199  9.999999999999999e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0347749  normal  0.181057 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3300  glycine cleavage system H protein  73.98 
 
 		 123 aa  194  4.0000000000000005e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.906564  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3146  glycine cleavage system H protein  72.58 
 
 		 124 aa  186  1e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.372329  normal  0.912262 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1937  glycine cleavage system H protein  73.39 
 
 		 124 aa  183  6e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1740  glycine cleavage system H protein  73.39 
 
 		 124 aa  183  6e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.403182  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4327  glycine cleavage system H protein  70.25 
 
 		 124 aa  172  1.9999999999999998e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.124977  normal  0.0484045 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1432  glycine cleavage system protein H  70.09 
 
 		 124 aa  165  2e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1560  glycine cleavage system H protein  70.09 
 
 		 124 aa  164  2.9999999999999998e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3958  glycine cleavage system H protein  65.32 
 
 		 124 aa  163  5.9999999999999996e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0639572 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2253  glycine cleavage system protein H  62.18 
 
 		 120 aa  161  3e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0487645  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1890  glycine cleavage system protein H  62.18 
 
 		 120 aa  159  9e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0467152  hitchhiker  0.00604337 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2092  glycine cleavage system protein H  61.34 
 
 		 120 aa  155  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.206967  normal  0.370959 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3739  glycine cleavage system protein H  58.68 
 
 		 121 aa  155  2e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0626114  normal  0.594072 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1732  glycine cleavage system protein H  57.85 
 
 		 121 aa  154  3e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1569  glycine cleavage system protein H  54.55 
 
 		 121 aa  153  9e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00108538 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1183  glycine cleavage system protein H  58.82 
 
 		 120 aa  151  2.9999999999999998e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.157974  normal  0.140639 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2210  glycine cleavage system H protein  57.85 
 
 		 121 aa  151  2.9999999999999998e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.194358  normal  0.155334 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0447  glycine cleavage system H protein  59.17 
 
 		 126 aa  150  4e-36  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.197212  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1285  glycine cleavage system protein H  56.2 
 
 		 121 aa  149  1e-35  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.390609  normal  0.169764 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3527  glycine cleavage system protein H  56.9 
 
 		 120 aa  146  8e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.36925 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6034  glycine cleavage system protein H  53.85 
 
 		 120 aa  146  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0418539  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1619  glycine cleavage system protein H  53.72 
 
 		 121 aa  145  1.0000000000000001e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.209831  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5450  glycine cleavage system protein H  54.55 
 
 		 121 aa  145  2.0000000000000003e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0749655 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0813  glycine cleavage system protein H  55.08 
 
 		 120 aa  145  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.388148  normal  0.22287 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0726  glycine cleavage system protein H  58.26 
 
 		 122 aa  144  5e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0680  glycine cleavage system protein H  58.26 
 
 		 122 aa  144  5e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0689  glycine cleavage system protein H  54.7 
 
 		 125 aa  144  6e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.904294  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1017  glycine cleavage system protein H  56.41 
 
 		 122 aa  143  7.0000000000000006e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1095  glycine cleavage system protein H  58.26 
 
 		 122 aa  142  1e-33  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.171201  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0778  glycine cleavage system protein H  55.08 
 
 		 120 aa  142  1e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.068818 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2200  glycine cleavage system protein H  54.24 
 
 		 125 aa  142  2e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.330883 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4374  glycine cleavage system protein H  57.85 
 
 		 121 aa  142  2e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.44648  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4386  glycine cleavage system protein H  56.41 
 
 		 121 aa  141  3e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.548766  normal  0.706573 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0854  glycine cleavage system protein H  54.24 
 
 		 120 aa  141  3e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0728621  normal  0.0870942 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0712  glycine cleavage system protein H  51.69 
 
 		 122 aa  140  7e-33  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0736  glycine cleavage system protein H  51.69 
 
 		 122 aa  139  9.999999999999999e-33  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0734  glycine cleavage system protein H  55.83 
 
 		 124 aa  138  1.9999999999999998e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.5619  normal  0.0299013 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3050  glycine cleavage system protein H  53.72 
 
 		 126 aa  138  1.9999999999999998e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.110388  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2695  glycine cleavage system protein H  54.17 
 
 		 123 aa  137  4.999999999999999e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1870  glycine cleavage system protein H  54.17 
 
 		 123 aa  137  6e-32  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.510899  normal  0.111412 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1216  glycine cleavage system H protein  57.63 
 
 		 125 aa  136  7.999999999999999e-32  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00705649 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2004  glycine cleavage system H protein  55.08 
 
 		 127 aa  136  8.999999999999999e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.829681  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3863  glycine cleavage system protein H  53.91 
 
 		 122 aa  136  1e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.394687  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1516  glycine cleavage system H protein  49.57 
 
 		 125 aa  134  3.0000000000000003e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0307602  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1711  glycine cleavage system H protein  54.24 
 
 		 126 aa  135  3.0000000000000003e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.147296  normal  1 
 
 
-
 
NC_009368  OSTLU_27674  predicted protein  52.63 
 
 		 134 aa  134  5e-31  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2392  glycine cleavage system H protein  52.14 
 
 		 119 aa  133  6.0000000000000005e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.368043  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4267  glycine cleavage system H protein  53.51 
 
 		 120 aa  133  7.000000000000001e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.231851  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23430  glycine cleavage system H protein  47.15 
 
 		 128 aa  132  1.9999999999999998e-30  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000556712  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1851  glycine cleavage system protein H  50.82 
 
 		 123 aa  130  6e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0324659  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0798  glycine cleavage system protein H  57.14 
 
 		 126 aa  130  7.999999999999999e-30  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00579569  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0805  glycine cleavage system protein H  57.14 
 
 		 126 aa  130  7.999999999999999e-30  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.000000312809  normal  0.950872 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0839  glycine cleavage system protein H  53.04 
 
 		 130 aa  129  1.0000000000000001e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3436  glycine cleavage system protein H  52.14 
 
 		 135 aa  129  1.0000000000000001e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02736  glycine cleavage system protein H  50.41 
 
 		 129 aa  129  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0429973  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0788  glycine cleavage system H protein  50.41 
 
 		 129 aa  129  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.471951  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3325  glycine cleavage system protein H  50.41 
 
 		 129 aa  129  2.0000000000000002e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3224  glycine cleavage system protein H  50.41 
 
 		 129 aa  129  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.226187  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3286  glycine cleavage system protein H  50.41 
 
 		 129 aa  129  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3212  glycine cleavage system protein H  50.41 
 
 		 129 aa  129  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0254293  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3289  glycine cleavage system protein H  50.41 
 
 		 129 aa  129  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3036  glycine cleavage system protein H  50.41 
 
 		 129 aa  129  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.197625  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3231  glycine cleavage system protein H  50.41 
 
 		 129 aa  129  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.816191  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4195  glycine cleavage system protein H  50.41 
 
 		 129 aa  129  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3096  glycine cleavage system protein H  49.59 
 
 		 125 aa  128  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0805  glycine cleavage system protein H  50.41 
 
 		 129 aa  129  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0782061  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02699  hypothetical protein  50.41 
 
 		 129 aa  129  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0553776  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3063  glycine cleavage system protein H  50.41 
 
 		 129 aa  129  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3391  glycine cleavage system protein H  50.41 
 
 		 129 aa  129  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.317969  normal  0.844228 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0623  glycine cleavage system protein H  51.28 
 
 		 130 aa  127  4.0000000000000003e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1944  glycine cleavage system H protein  50 
 
 		 130 aa  127  4.0000000000000003e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000190356 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3621  glycine cleavage system protein H  50.83 
 
 		 120 aa  127  4.0000000000000003e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.666557  normal  0.082734 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3323  glycine cleavage system protein H  53.04 
 
 		 129 aa  127  6e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_32847  glycine decarboxylase  49.59 
 
 		 157 aa  126  9.000000000000001e-29  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68860  glycine cleavage system protein H  54.24 
 
 		 129 aa  125  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2720  glycine cleavage system protein H  53.04 
 
 		 129 aa  125  2.0000000000000002e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0615009  normal  0.778842 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5193  glycine cleavage system protein H  53.39 
 
 		 127 aa  124  3e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.458089  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0780  glycine cleavage system protein H  54.24 
 
 		 129 aa  124  3e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1497  glycine cleavage system H protein  47.5 
 
 		 126 aa  125  3e-28  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0994  glycine cleavage system protein H  52.59 
 
 		 127 aa  125  3e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3330  glycine cleavage system protein H  54.24 
 
 		 129 aa  124  3e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.277505  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22510  hypothetical protein  50.41 
 
 		 130 aa  124  3e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000000276765  hitchhiker  0.0000150311 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3500  glycine cleavage system protein H  54.24 
 
 		 129 aa  124  3e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.497243  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0436  glycine cleavage system H protein  44.63 
 
 		 126 aa  124  4.0000000000000003e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5959  glycine cleavage system protein H  56.25 
 
 		 142 aa  124  5e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.723705  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3915  glycine cleavage system H protein  51.3 
 
 		 128 aa  124  5e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3210  glycine cleavage system protein H  54.24 
 
 		 129 aa  124  5e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0184338  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2284  glycine cleavage system protein H  52.46 
 
 		 127 aa  123  6e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.31012  normal  0.75932 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3755  glycine cleavage system H protein  51.72 
 
 		 128 aa  124  6e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.301262  normal  0.144879 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1191  glycine cleavage system protein H  49.18 
 
 		 130 aa  124  6e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0050  glycine cleavage system H protein  50 
 
 		 124 aa  123  7e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.968123  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5018  glycine cleavage system protein H  55.17 
 
 		 127 aa  123  9e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0323678  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2298  glycine cleavage system protein H  50.88 
 
 		 118 aa  123  9e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0989  glycine cleavage system protein H  53.45 
 
 		 127 aa  122  1e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.236065  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47270  Glycine cleavage system H protein  57.14 
 
 		 129 aa  122  1e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.666574  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1346  glycine cleavage system protein H  51.72 
 
 		 127 aa  122  1e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0623  glycine cleavage system protein H  53.39 
 
 		 129 aa  123  1e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0735032  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05972  glycine cleavage system protein H  49.15 
 
 		 126 aa  122  2e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>