More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2896 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_2193  UvrD/REP helicase  62.16 
 
 		 1103 aa  1277    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1285  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  44.21 
 
 		 1086 aa  673    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.196421  normal  0.100578 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2355  UvrD/REP helicase  53.45 
 
 		 1101 aa  924    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.112594  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2325  UvrD/REP helicase  50.86 
 
 		 1087 aa  1022    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.293004  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2896  UvrD/REP helicase  100 
 
 		 1165 aa  2343    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.522615  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2265  UvrD/REP helicase  64.34 
 
 		 1095 aa  1367    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2641  UvrD/REP helicase  50.5 
 
 		 1168 aa  949    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0136938 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0648  UvrD/REP helicase  51.04 
 
 		 1140 aa  906    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.464664  normal  0.326348 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1503  UvrD/REP helicase  53.34 
 
 		 1101 aa  936    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.699543  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1190  hypothetical protein  33.31 
 
 		 1177 aa  454  1.0000000000000001e-126  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1126  UvrD/REP helicase  32.88 
 
 		 1173 aa  439  1e-121  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.443367 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1034  UvrD/REP helicase  32.52 
 
 		 1173 aa  433  1e-119  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0891257  normal  0.693052 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2114  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  32.83 
 
 		 1197 aa  395  1e-108  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1305  UvrD/REP helicase  29.93 
 
 		 1185 aa  395  1e-108  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.737945  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2131  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V subunit A  32.11 
 
 		 1187 aa  392  1e-107  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.564437  normal  0.516906 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2124  UvrD/REP helicase  31 
 
 		 1147 aa  336  2e-90  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0641  UvrD/REP helicase  29.92 
 
 		 1173 aa  295  3e-78  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0566745  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0033  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  34 
 
 		 1089 aa  279  2e-73  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.115384 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0077  double-strand break repair helicase AddA  27.83 
 
 		 1161 aa  209  2e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.458203  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1357  double-strand break repair helicase AddA  26.06 
 
 		 1155 aa  201  9e-50  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2846  UvrD/REP helicase  27.06 
 
 		 1121 aa  196  2e-48  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.347056 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4066  UvrD/REP helicase  26.67 
 
 		 1120 aa  191  8e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.160711 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0817  double-strand break repair helicase AddA  26.82 
 
 		 1180 aa  190  1e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2020  double-strand break repair helicase AddA  26.04 
 
 		 1180 aa  187  8e-46  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.411715  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0090  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  26.56 
 
 		 1156 aa  182  2.9999999999999997e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.195606  normal  0.386807 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3438  double-strand break repair helicase AddA  26.53 
 
 		 1125 aa  182  4e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2103  UvrD/Rep family helicase  26 
 
 		 1180 aa  181  9e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.664576  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4954  double-strand break repair helicase AddA  28.15 
 
 		 1147 aa  176  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.218744 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0387  UvrD/REP helicase  26.17 
 
 		 1164 aa  174  1e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.625573  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1527  UvrD/Rep family helicase  28.4 
 
 		 1106 aa  172  3e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.529663  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0058  UvrD/REP helicase  26.53 
 
 		 1162 aa  171  5e-41  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.106754  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4440  double-strand break repair helicase AddA  27.77 
 
 		 1147 aa  166  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.548671  normal  0.292809 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2794  UvrD-like DNA helicase domain-containing protein  29.12 
 
 		 1124 aa  165  5.0000000000000005e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.370193 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4286  double-strand break repair helicase AddA  27.7 
 
 		 1183 aa  165  5.0000000000000005e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.564831 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4904  double-strand break repair helicase AddA  27.67 
 
 		 1147 aa  165  6e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.921527 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0050  UvrD/REP helicase  26.67 
 
 		 1202 aa  164  1e-38  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.253682 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0178  UvrD-like DNA helicase, C terminal  28.22 
 
 		 1106 aa  163  2e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.124424  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3434  UvrD/REP helicase  28.23 
 
 		 1187 aa  157  1e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0086  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  24.65 
 
 		 1183 aa  154  7e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0202  UvrD/REP helicase  27.86 
 
 		 1159 aa  149  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2175  double-strand break repair helicase AddA  28.95 
 
 		 1164 aa  149  3e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.997727 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3581  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  27.76 
 
 		 1177 aa  148  6e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1610  double-strand break repair helicase AddA  26.05 
 
 		 1157 aa  148  7.0000000000000006e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0489  double-strand break repair helicase AddA  27.89 
 
 		 1157 aa  147  9e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.127792  hitchhiker  0.00205602 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1276  UvrD-like DNA helicase, C terminal  27.9 
 
 		 1230 aa  144  8e-33  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0138  double-strand break repair helicase AddA  26.9 
 
 		 1156 aa  143  9.999999999999999e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.727377 
 
 
-
 
NC_002978  WD0359  UvrD/Rep/AddA family helicase  25.4 
 
 		 1089 aa  143  1.9999999999999998e-32  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1481  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  27.61 
 
 		 1230 aa  142  3e-32  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0309  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  25.9 
 
 		 1186 aa  141  7.999999999999999e-32  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0629  UvrD/REP helicase  28.16 
 
 		 1161 aa  134  7.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.590503 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2681  double-strand break repair helicase AddA  28.23 
 
 		 1142 aa  129  2.0000000000000002e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5412  UvrD/REP helicase  28.48 
 
 		 1117 aa  129  3e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0629  UvrD/REP helicase  23.19 
 
 		 854 aa  128  6e-28  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1774  recombination helicase AddA  24.5 
 
 		 1248 aa  128  8.000000000000001e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0671  recombination helicase AddA  26.39 
 
 		 1244 aa  128  8.000000000000001e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1855  recombination helicase AddA  25.13 
 
 		 1282 aa  127  1e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0546193 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2951  UvrD-like DNA helicase, C terminal  28.1 
 
 		 1119 aa  127  1e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0785704  normal  0.12863 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0387  ATP-dependent DNA helicase UvrD  22.92 
 
 		 860 aa  125  3e-27  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0551  UvrD/REP helicase  23.75 
 
 		 1149 aa  124  8e-27  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0345301  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3300  double-strand break repair helicase AddA  28.04 
 
 		 1167 aa  120  9.999999999999999e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.107239  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0056  ATP-dependant DNA helicase  26.47 
 
 		 1182 aa  120  9.999999999999999e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0860  recombination helicase AddA  24.51 
 
 		 1242 aa  119  3e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1498  UvrD/REP helicase  24.53 
 
 		 1080 aa  119  3.9999999999999997e-25  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1041  recombination helicase AddA  24.5 
 
 		 1241 aa  118  6.9999999999999995e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.552246  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1193  ATP-dependent nuclease, subunit A  25 
 
 		 1241 aa  118  6.9999999999999995e-25  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1245  ATP-dependent nuclease, subunit A  25 
 
 		 1241 aa  118  7.999999999999999e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1297  ATP-dependent nuclease, subunit A  25 
 
 		 1241 aa  118  7.999999999999999e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1220  ATP-dependent nuclease, subunit A  25 
 
 		 1240 aa  117  8.999999999999998e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1041  ATP-dependent nuclease, subunit A  25 
 
 		 1241 aa  117  1.0000000000000001e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0841  UvrD/REP helicase  25.85 
 
 		 1161 aa  117  1.0000000000000001e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.94071  normal  0.0247795 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1157  hypothetical protein  26.92 
 
 		 1061 aa  117  1.0000000000000001e-24  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4148  ATP-dependent nuclease, subunit A  25 
 
 		 1241 aa  117  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1061  ATP-dependent nuclease subunit A  24.83 
 
 		 1241 aa  116  3e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1039  ATP-dependent nuclease, subunit A  25 
 
 		 1241 aa  116  3e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1142  ATP-dependent nuclease subunit A  24.83 
 
 		 1241 aa  116  3e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1031  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) beta subunit  23.14 
 
 		 1204 aa  116  3e-24  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.655323  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0050  recombination helicase AddA  25.08 
 
 		 1392 aa  115  4.0000000000000004e-24  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.110759  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1295  double-strand break repair helicase AddA  28.4 
 
 		 1185 aa  115  4.0000000000000004e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1697  UvrD/REP helicase  25.23 
 
 		 1182 aa  115  4.0000000000000004e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1997  UvrD/REP helicase  26.29 
 
 		 1161 aa  115  4.0000000000000004e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.283179  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3105  UvrD/REP helicase  26.84 
 
 		 1047 aa  115  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.224612  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2985  UvrD/REP helicase  28.1 
 
 		 1131 aa  115  6e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.105436  normal  0.309308 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3377  double-strand break repair helicase AddA  28.67 
 
 		 1165 aa  114  7.000000000000001e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.291395  normal  0.767589 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2039  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  24.77 
 
 		 1251 aa  113  2.0000000000000002e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0203  UvrD-like DNA helicase, C terminal  23.81 
 
 		 1233 aa  112  3e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0157  UvrD/REP helicase  26.47 
 
 		 1166 aa  113  3e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.271961  normal  0.551574 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0986  recombination helicase AddA  22.54 
 
 		 1217 aa  111  9.000000000000001e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0857621  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0967  recombination helicase AddA  22.54 
 
 		 1217 aa  111  9.000000000000001e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1412  double-strand break repair helicase AddA  29.62 
 
 		 1151 aa  111  9.000000000000001e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0555  exonuclease RexA  21.66 
 
 		 1218 aa  109  4e-22  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3959  double-strand break repair helicase AddA  26.78 
 
 		 1183 aa  108  4e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0025  recombination helicase AddA  22.55 
 
 		 1270 aa  105  5e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1322  hypothetical protein  24.25 
 
 		 1057 aa  104  9e-21  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0025  ATP-dependent nuclease, subunit A  23.3 
 
 		 1271 aa  102  5e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1248  Exodeoxyribonuclease V  27.54 
 
 		 833 aa  100  2e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.637879  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1997  UvrD/REP helicase  26.47 
 
 		 1110 aa  100  2e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.469294  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3423  recombination helicase AddA  22.71 
 
 		 1377 aa  99  4e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1146  ATP-dependent exoDNAse beta subunit  22.69 
 
 		 1236 aa  99.4  4e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0037  UvrD/REP helicase  25.74 
 
 		 1115 aa  98.2  9e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2832  recombination helicase AddA  24.04 
 
 		 1392 aa  96.7  3e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>