More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2765 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_2765  pseudouridine synthase  100 
 
 
215 aa  435  1e-121  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.416224  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0658  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  68.6 
 
 
211 aa  277  1e-73  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1276  pseudouridine synthase  65.57 
 
 
233 aa  274  6e-73  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.220673  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3457  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  64.32 
 
 
223 aa  268  5e-71  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1933  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  59.45 
 
 
222 aa  253  2.0000000000000002e-66  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.640885  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1736  pseudouridine synthase  58.99 
 
 
222 aa  251  7e-66  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.175202  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3654  pseudouridine synthase  60.65 
 
 
225 aa  250  9.000000000000001e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.599678  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4330  pseudouridine synthase  61.68 
 
 
245 aa  246  2e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0697869 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1592  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  60.56 
 
 
212 aa  245  3e-64  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2195  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  58.17 
 
 
213 aa  241  9e-63  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.372254 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3067  pseudouridine synthase  58.8 
 
 
256 aa  237  1e-61  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0791  pseudouridine synthase  55.83 
 
 
204 aa  231  6e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00896147  normal  0.0723816 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4154  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  56.73 
 
 
218 aa  227  1e-58  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229307  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3831  pseudouridylate synthase  51.43 
 
 
218 aa  215  5e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3541  pseudouridine synthase  51.43 
 
 
219 aa  214  5.9999999999999996e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000465216  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00060  pseudouridine synthase for 23S rRNA (position 746) and tRNAphe(position 32)  50.95 
 
 
219 aa  214  9.999999999999999e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00103207  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0062  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  50.95 
 
 
219 aa  214  9.999999999999999e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000519589  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3599  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  50.95 
 
 
219 aa  214  9.999999999999999e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0199705  unclonable  0.0000000150238 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0060  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  50.95 
 
 
219 aa  214  9.999999999999999e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000000246696  normal  0.920561 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0060  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  50.95 
 
 
219 aa  214  9.999999999999999e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000157754  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00059  hypothetical protein  50.95 
 
 
219 aa  214  9.999999999999999e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00251996  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0050  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  50.95 
 
 
219 aa  213  1.9999999999999998e-54  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000437271  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0063  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  50.48 
 
 
219 aa  211  4.9999999999999996e-54  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0156615  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4520  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  50.7 
 
 
227 aa  208  4e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0568  pseudouridine synthase  50.48 
 
 
217 aa  206  2e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.494043  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0105  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  49.52 
 
 
219 aa  205  3e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000472444  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0607  pseudouridine synthase  51.43 
 
 
217 aa  205  3e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.189271  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0107  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  49.52 
 
 
219 aa  205  3e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000191196  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0102  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  49.52 
 
 
219 aa  205  3e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.108549  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0101  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  49.52 
 
 
219 aa  205  5e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00188355  normal  0.0335495 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3988  pseudouridine synthase  48.15 
 
 
211 aa  205  5e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.716973 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2804  pseudouridylate synthase  50.7 
 
 
215 aa  204  7e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.257511  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1323  pseudouridine synthase  47.69 
 
 
211 aa  204  1e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3106  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  52.36 
 
 
219 aa  203  1e-51  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.774477  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0100  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  49.05 
 
 
219 aa  204  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0729931  normal  0.810633 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0827  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  47.62 
 
 
225 aa  204  1e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000100067  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3139  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  47.62 
 
 
225 aa  203  2e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3568  pseudouridine synthase  49.04 
 
 
206 aa  202  3e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0161869  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0767  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  49.04 
 
 
206 aa  202  3e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000401131  normal  0.046253 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3439  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  49.04 
 
 
206 aa  202  3e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000744972  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0917  pseudouridine synthase  47.14 
 
 
225 aa  202  4e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1281  pseudouridine synthase  47.69 
 
 
211 aa  201  5e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.147193  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3150  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  52.75 
 
 
239 aa  201  5e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0942685  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0799  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  46.67 
 
 
225 aa  201  9e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.603428  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3827  pseudouridine synthase  50.48 
 
 
217 aa  200  9.999999999999999e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0834  pseudouridylate synthase  46.19 
 
 
226 aa  200  9.999999999999999e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0605  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  48.57 
 
 
217 aa  199  1.9999999999999998e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000834833  normal  0.555438 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0066  pseudouridine synthase  51.89 
 
 
217 aa  199  3e-50  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.22289  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3630  pseudouridine synthase  50 
 
 
217 aa  199  3e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.146108  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4024  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  50.7 
 
 
217 aa  198  5e-50  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3706  pseudouridine synthase  46.19 
 
 
225 aa  198  6e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.143352  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1610  pseudouridine synthase  47.69 
 
 
211 aa  198  6e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00911925  normal  0.237577 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3515  pseudouridine synthase  46.19 
 
 
225 aa  198  6e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.18243 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1879  pseudouridine synthase RluA  49.07 
 
 
211 aa  197  7e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3583  pseudouridine synthase  46.19 
 
 
225 aa  197  9e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0733  pseudouridine synthase  46.19 
 
 
225 aa  197  9e-50  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3875  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  47.22 
 
 
211 aa  196  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0462638  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2909  pseudouridine synthase  49.52 
 
 
215 aa  196  3e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.290818 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0821  pseudouridylate synthase  46.19 
 
 
225 aa  195  4.0000000000000005e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0454843 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0793  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  48.36 
 
 
223 aa  195  5.000000000000001e-49  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0072267 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22000  pseudouridine synthase RluA  48.15 
 
 
211 aa  195  5.000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.921344  hitchhiker  0.0000000000442265 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0515  pseudouridylate synthase  46.67 
 
 
225 aa  194  1e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0606  pseudouridylate synthase  46.19 
 
 
225 aa  194  1e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.134681 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0729  pseudouridine synthase  47.62 
 
 
216 aa  192  2e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000455311  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1692  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  47.22 
 
 
211 aa  192  4e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.251616  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1506  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  49.05 
 
 
215 aa  192  4e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0155  pseudouridine synthase  49.05 
 
 
215 aa  192  4e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.62363 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0072  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  48.36 
 
 
217 aa  192  4e-48  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35140  Pseudouridylate synthase RluA  47.69 
 
 
211 aa  192  5e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.484686  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1232  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  46.3 
 
 
211 aa  190  1e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.3197  normal  0.341718 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0783  pseudouridylate synthase  46.67 
 
 
225 aa  189  2e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.202814  hitchhiker  0.00996609 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0738  pseudouridine synthase  45.24 
 
 
225 aa  188  5.999999999999999e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0390511  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03700  pseudouridylate synthase for 23S rRNA (position 746) and tRNAphe(position 32), dual specificity  46.01 
 
 
238 aa  187  9e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3048  pseudouridylate synthase  45.24 
 
 
225 aa  186  2e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2192  pseudouridine synthase  47.55 
 
 
226 aa  184  1.0000000000000001e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0655  pseudouridine synthase  46.31 
 
 
241 aa  183  2.0000000000000003e-45  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.10472  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0567  pseudouridine synthase  45.97 
 
 
222 aa  180  1e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1467  pseudouridine synthase  45.71 
 
 
217 aa  180  2e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  44.55 
 
 
214 aa  180  2e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002394  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  45.77 
 
 
250 aa  180  2e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03674  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  47 
 
 
250 aa  179  4e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2896  pseudouridine synthase  44.76 
 
 
218 aa  177  1e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.76004  hitchhiker  0.00773647 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1515  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  42.86 
 
 
221 aa  176  3e-43  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00972645  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2886  pseudouridine synthase  45.54 
 
 
223 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.315212  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2197  pseudouridylate synthase  44.91 
 
 
224 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.111417 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1675  pseudouridine synthase  45.71 
 
 
234 aa  173  1.9999999999999998e-42  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2811  pseudouridine synthase  45.54 
 
 
223 aa  172  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0225697  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1751  pseudouridine synthase  44.76 
 
 
219 aa  173  1.9999999999999998e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0485075  normal  0.0112767 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1442  pseudouridylate synthase  47.2 
 
 
223 aa  172  2.9999999999999996e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.81175  normal  0.0720615 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1430  pseudouridine synthase  46.73 
 
 
223 aa  172  2.9999999999999996e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0041219 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1566  pseudouridine synthase  45.07 
 
 
223 aa  172  3.9999999999999995e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.232461  hitchhiker  0.00000912019 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2893  pseudouridine synthase  45.37 
 
 
212 aa  171  5e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1377  pseudouridylate synthase  47.62 
 
 
223 aa  171  6.999999999999999e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000802724 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2791  pseudouridine synthase  44.6 
 
 
223 aa  169  2e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0353  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  44.44 
 
 
244 aa  168  6e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06934  ribosomal large chain pseudouridine synthase A  41.01 
 
 
523 aa  167  1e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2488  pseudouridylate synthase  43.66 
 
 
223 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.177305  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1630  pseudouridylate synthase  39.62 
 
 
223 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.427552  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2524  pseudouridylate synthase  43.87 
 
 
230 aa  165  4e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.349394  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1460  pseudouridine synthase  42.38 
 
 
217 aa  165  4e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>