More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2588 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_2588  inner-membrane translocator  100 
 
 		 290 aa  555  1e-157  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0313  inner-membrane translocator  34.86 
 
 		 291 aa  170  2e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.477934 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1533  inner-membrane translocator  36.07 
 
 		 288 aa  164  1.0000000000000001e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.575934  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2425  ABC branched-chain amino acid transporter, inner membrane subunit  36.07 
 
 		 288 aa  164  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.674149  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1438  inner-membrane translocator  36.07 
 
 		 288 aa  164  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3646  inner-membrane translocator  36.01 
 
 		 287 aa  161  1e-38  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.362219  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1905  inner-membrane translocator  35.66 
 
 		 290 aa  159  4e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.419507 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1454  inner-membrane translocator  35.71 
 
 		 288 aa  159  7e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.566264  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0896  inner-membrane translocator  34.4 
 
 		 295 aa  157  1e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0793  inner-membrane translocator  34.97 
 
 		 290 aa  157  2e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.806317  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3749  inner-membrane translocator  35.71 
 
 		 295 aa  157  2e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1619  inner-membrane translocator  30.74 
 
 		 290 aa  153  4e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.755467  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1707  inner-membrane translocator  34.58 
 
 		 294 aa  147  2.0000000000000003e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.666506  normal  0.0117709 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2006  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.74 
 
 		 288 aa  146  3e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.766894  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4925  inner-membrane translocator  33.91 
 
 		 293 aa  146  3e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0402653  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0393  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.7 
 
 		 294 aa  147  3e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.844252  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0336  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.7 
 
 		 294 aa  147  3e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1194  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.22 
 
 		 287 aa  144  2e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.633758  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1096  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.22 
 
 		 287 aa  144  2e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1928  inner-membrane translocator  32.28 
 
 		 290 aa  144  2e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.45272  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5994  branched chain amino acid ABC transporter permease  32.87 
 
 		 290 aa  142  6e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0717664 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1581  inner-membrane translocator  33.08 
 
 		 308 aa  141  9.999999999999999e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1091  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 325 aa  140  3e-32  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1676  inner-membrane translocator  36.82 
 
 		 285 aa  140  3e-32  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0527356 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2239  inner-membrane translocator  31.72 
 
 		 293 aa  139  7e-32  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3535  inner-membrane translocator  34.97 
 
 		 291 aa  137  2e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.152281  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2555  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.98 
 
 		 293 aa  137  2e-31  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.1036  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2141  inner-membrane translocator  30.53 
 
 		 292 aa  137  2e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.694846 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2112  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.51 
 
 		 291 aa  137  3.0000000000000003e-31  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2607  inner-membrane translocator  35.41 
 
 		 308 aa  136  4e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00528539  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3254  inner-membrane translocator  35.41 
 
 		 308 aa  136  4e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.25929 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1563  inner-membrane translocator  34.05 
 
 		 283 aa  136  5e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2366  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.79 
 
 		 299 aa  135  8e-31  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00045769  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0481  branched chain amino acid ABC transporter permease  32.77 
 
 		 292 aa  134  9.999999999999999e-31  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1829  inner-membrane translocator  34.95 
 
 		 289 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000486818  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0802  inner-membrane translocator  36.47 
 
 		 286 aa  133  3e-30  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0245  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  33.67 
 
 		 308 aa  131  1.0000000000000001e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3667  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  33.67 
 
 		 308 aa  131  1.0000000000000001e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.344938  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3336  inner-membrane translocator  35.25 
 
 		 307 aa  131  1.0000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3973  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  33.67 
 
 		 308 aa  131  1.0000000000000001e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.883814  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5641  inner-membrane translocator  32.88 
 
 		 289 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1099  inner-membrane translocator  30.45 
 
 		 292 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.110891  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2429  inner-membrane translocator  31.46 
 
 		 300 aa  130  3e-29  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.614779  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0513  inner-membrane translocator  32.34 
 
 		 309 aa  130  3e-29  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0503611  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2127  inner-membrane translocator  29.86 
 
 		 292 aa  130  3e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.172623  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4332  inner-membrane translocator  34.11 
 
 		 308 aa  129  4.0000000000000003e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.797929  normal  0.146471 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2204  inner-membrane translocator  33.68 
 
 		 293 aa  129  4.0000000000000003e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4277  inner-membrane translocator  34.69 
 
 		 307 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.9657  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1140  inner-membrane translocator  34.35 
 
 		 307 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.125696  normal  0.20337 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1174  inner-membrane translocator  34.35 
 
 		 307 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.258715  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0105  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  35.76 
 
 		 308 aa  129  7.000000000000001e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1157  inner-membrane translocator  34.35 
 
 		 307 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.197851  normal  0.0247648 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2331  inner-membrane translocator  36.86 
 
 		 300 aa  129  8.000000000000001e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.729625  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2987  ABC transporter inner-membrane translocator  32.54 
 
 		 547 aa  129  8.000000000000001e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.334441 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1892  branched-chain amino acid AbC-type transport system permease  32.46 
 
 		 308 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.339228  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3980  ABC transporter permease  31.01 
 
 		 287 aa  128  1.0000000000000001e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0118656 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00882  Branched-chain amino acid ABC-type transport system, permease component  33.94 
 
 		 538 aa  128  1.0000000000000001e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3660  inner-membrane translocator  30.99 
 
 		 287 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.741665  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0099  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  35.81 
 
 		 308 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1838  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  31.77 
 
 		 308 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3000  inner-membrane translocator  32.76 
 
 		 534 aa  127  2.0000000000000002e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.825647  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5269  inner-membrane translocator  33.9 
 
 		 308 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.867489  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3349  inner-membrane translocator  33.9 
 
 		 319 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5018  inner-membrane translocator  33.9 
 
 		 319 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.52703 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3552  inner-membrane translocator  32.99 
 
 		 289 aa  127  3e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0652  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  33.56 
 
 		 319 aa  127  3e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.276019  normal  0.481307 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2608  inner-membrane translocator  31.65 
 
 		 302 aa  126  4.0000000000000003e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2396  inner-membrane translocator  30.74 
 
 		 302 aa  126  4.0000000000000003e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.228148  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0362  inner-membrane translocator  30.07 
 
 		 296 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0260  inner-membrane translocator  28.92 
 
 		 287 aa  126  4.0000000000000003e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1258  inner-membrane translocator  34.48 
 
 		 291 aa  126  5e-28  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.241594  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1130  inner-membrane translocator  31.14 
 
 		 293 aa  126  5e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5354  inner-membrane translocator  28.62 
 
 		 309 aa  126  5e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.764467 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2166  inner-membrane translocator  34.11 
 
 		 286 aa  126  5e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4431  inner-membrane translocator  33.56 
 
 		 308 aa  126  5e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.964764  hitchhiker  0.00013091 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0005  inner-membrane translocator  31.65 
 
 		 294 aa  125  6e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.901395  hitchhiker  0.00000431174 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0728  inner-membrane translocator  32.32 
 
 		 303 aa  125  6e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4946  inner-membrane translocator  33.56 
 
 		 308 aa  125  6e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0327  inner-membrane translocator  29.93 
 
 		 293 aa  125  7e-28  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0975712  normal  0.166918 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4058  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  33.22 
 
 		 308 aa  125  7e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1386  inner-membrane translocator  35.37 
 
 		 307 aa  125  7e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.738637  normal  0.190253 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3001  inner-membrane translocator  29.37 
 
 		 338 aa  125  8.000000000000001e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.893544 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2312  inner-membrane translocator  32.41 
 
 		 551 aa  125  9e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.280528  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0644  inner-membrane translocator  31.83 
 
 		 290 aa  125  1e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0229  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  32.32 
 
 		 308 aa  125  1e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.689889 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1247  inner-membrane translocator  33.67 
 
 		 307 aa  124  1e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3394  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.1 
 
 		 291 aa  124  2e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3207  inner-membrane translocator  30.54 
 
 		 301 aa  124  2e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2139  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  31.44 
 
 		 308 aa  124  2e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.270395  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0686  inner-membrane translocator  31.62 
 
 		 294 aa  124  2e-27  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.215766  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0773  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.44 
 
 		 308 aa  124  2e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0863  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.44 
 
 		 308 aa  124  2e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.21729  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3837  inner-membrane translocator  28.27 
 
 		 287 aa  124  2e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.622329  normal  0.114435 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1020  inner-membrane translocator  31.97 
 
 		 548 aa  124  2e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.205797 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19640  high affinity branched chain amino acid ABC transporter, permease component  36.61 
 
 		 307 aa  124  2e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0105896  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0996  inner-membrane translocator  32.76 
 
 		 293 aa  123  3e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1581  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.28 
 
 		 289 aa  123  4e-27  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.000593948  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3239  urea ABC transporter, permease protein UrtB  30.56 
 
 		 292 aa  123  4e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00145341  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1875  inner-membrane translocator  28.29 
 
 		 309 aa  123  4e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.152214  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3624  inner-membrane translocator  33.22 
 
 		 308 aa  123  4e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>