142 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2423 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_2423  tRNA 2-selenouridine synthase  100 
 
 		 353 aa  724    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3032  tRNA 2-selenouridine synthase  65.04 
 
 		 352 aa  486  1e-136  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000366048  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1887  tRNA 2-selenouridine synthase  62.5 
 
 		 352 aa  467  9.999999999999999e-131  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.227051  normal  0.457474 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2084  tRNA 2-selenouridine synthase  52.86 
 
 		 359 aa  371  1e-101  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.441545 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1022  tRNA 2-selenouridine synthase  46.82 
 
 		 358 aa  341  1e-92  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.239082  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1757  tRNA 2-selenouridine synthase  49.57 
 
 		 346 aa  338  8e-92  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.518394 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0816  rhodanese domain-containing protein  47.11 
 
 		 365 aa  335  9e-91  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.400282  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2244  tRNA 2-selenouridine synthase  46.49 
 
 		 350 aa  330  3e-89  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.590434  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3666  tRNA 2-selenouridine synthase  45.27 
 
 		 356 aa  321  9.999999999999999e-87  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.383889  normal  0.0378977 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3480  tRNA 2-selenouridine synthase  45.21 
 
 		 373 aa  317  2e-85  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.54526 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2803  tRNA 2-selenouridine synthase  45.21 
 
 		 349 aa  316  4e-85  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2715  tRNA 2-selenouridine synthase  43.6 
 
 		 353 aa  311  1e-83  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00370816 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0620  tRNA 2-selenouridine synthase  44.04 
 
 		 359 aa  306  2.0000000000000002e-82  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2556  tRNA 2-selenouridine synthase  46.47 
 
 		 355 aa  302  5.000000000000001e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0932  tRNA 2-selenouridine synthase  43.33 
 
 		 359 aa  301  8.000000000000001e-81  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0765  tRNA 2-selenouridine synthase  43.33 
 
 		 359 aa  301  8.000000000000001e-81  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6564  tRNA 2-selenouridine synthase  45.19 
 
 		 355 aa  301  1e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0745888  hitchhiker  0.00486619 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0754  tRNA 2-selenouridine synthase  43.03 
 
 		 359 aa  301  1e-80  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1349  tRNA 2-selenouridine synthase  42.6 
 
 		 356 aa  297  2e-79  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.462447  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3699  tRNA 2-selenouridine synthase  42.51 
 
 		 366 aa  296  4e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.919346 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3859  tRNA 2-selenouridine synthase  41.49 
 
 		 353 aa  295  6e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1569  tRNA 2-selenouridine synthase  43.91 
 
 		 375 aa  283  5.000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.866156  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1508  tRNA 2-selenouridine synthase  43.91 
 
 		 375 aa  281  2e-74  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.154037  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4730  tRNA 2-selenouridine synthase  43.59 
 
 		 375 aa  280  3e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.913097  normal  0.697863 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1112  tRNA 2-selenouridine synthase  43.59 
 
 		 375 aa  279  6e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1592  tRNA 2-selenouridine synthase  43.59 
 
 		 375 aa  279  6e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0414382  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1488  tRNA 2-selenouridine synthase  42.95 
 
 		 375 aa  276  3e-73  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.489913  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1645  tRNA 2-selenouridine synthase  43.59 
 
 		 377 aa  276  4e-73  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1926  tRNA 2-selenouridine synthase  42.69 
 
 		 353 aa  275  7e-73  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1545  tRNA 2-selenouridine synthase  42.09 
 
 		 347 aa  274  2.0000000000000002e-72  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.256667  normal  0.0827797 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3656  tRNA 2-selenouridine synthase  43.93 
 
 		 371 aa  263  4e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.167107 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3290  tRNA 2-selenouridine synthase  44.44 
 
 		 350 aa  259  6e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.241247  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3604  tRNA 2-selenouridine synthase  44.44 
 
 		 350 aa  258  1e-67  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3478  tRNA 2-selenouridine synthase  44.48 
 
 		 348 aa  254  1.0000000000000001e-66  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.527623 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3349  tRNA 2-selenouridine synthase  42.81 
 
 		 353 aa  249  4e-65  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.382984  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0523  tRNA 2-selenouridine synthase  41.9 
 
 		 365 aa  241  2e-62  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_10242  predicted protein  41.89 
 
 		 295 aa  240  2e-62  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.85356  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2199  2-selenouridine synthase  43.01 
 
 		 281 aa  239  5.999999999999999e-62  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.569831 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5476  tRNA 2-selenouridine synthase  36.56 
 
 		 353 aa  230  3e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.361534 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2384  tRNA 2-selenouridine synthase  35.69 
 
 		 345 aa  197  2.0000000000000003e-49  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  5.55321e-16  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0948  tRNA 2-selenouridine synthase  38.94 
 
 		 338 aa  196  4.0000000000000005e-49  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0113987  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4991  tRNA 2-selenouridine synthase  36.3 
 
 		 358 aa  193  3e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0663375  normal  0.0359024 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0278  tRNA 2-selenouridine synthase  36.86 
 
 		 344 aa  192  9e-48  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1190  tRNA 2-selenouridine synthase  36.81 
 
 		 344 aa  191  1e-47  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000287258  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2386  tRNA 2-selenouridine synthase  37.33 
 
 		 335 aa  185  1.0000000000000001e-45  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.534473 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4284  rhodanese-like protein  35.97 
 
 		 339 aa  184  3e-45  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00812807 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1525  tRNA 2-selenouridine synthase  33.96 
 
 		 346 aa  181  2e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0672649  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2691  tRNA 2-selenouridine synthase  35.33 
 
 		 346 aa  181  2e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  1.7307300000000001e-18 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3301  tRNA 2-selenouridine synthase  36.39 
 
 		 353 aa  180  4e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0230491  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2327  tRNA 2-selenouridine synthase  34.94 
 
 		 356 aa  179  5.999999999999999e-44  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1955  tRNA 2-selenouridine synthase  36.76 
 
 		 336 aa  177  2e-43  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.190021  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2041  tRNA 2-selenouridine synthase  34.62 
 
 		 356 aa  177  3e-43  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1887  tRNA 2-selenouridine synthase  33.96 
 
 		 344 aa  176  4e-43  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.739187 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2383  tRNA 2-selenouridine synthase  35.37 
 
 		 346 aa  175  9.999999999999999e-43  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117429  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3113  tRNA 2-selenouridine synthase  33.9 
 
 		 354 aa  173  3.9999999999999995e-42  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.227771  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1304  tRNA 2-selenouridine synthase  36.6 
 
 		 342 aa  173  3.9999999999999995e-42  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0142  tRNA 2-selenouridine synthase  33.54 
 
 		 335 aa  172  6.999999999999999e-42  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3130  tRNA 2-selenouridine synthase  34.11 
 
 		 358 aa  166  6.9999999999999995e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000658834  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3539  tRNA 2-selenouridine synthase  33.67 
 
 		 349 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0521  tRNA 2-selenouridine synthase  40.81 
 
 		 334 aa  163  3e-39  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1933  tRNA 2-selenouridine synthase  34.92 
 
 		 375 aa  163  4.0000000000000004e-39  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.806249  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0928  tRNA 2-selenouridine synthase  33.77 
 
 		 327 aa  163  5.0000000000000005e-39  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0608  tRNA 2-selenouridine synthase  40.36 
 
 		 332 aa  159  5e-38  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1434  tRNA 2-selenouridine synthase  40.36 
 
 		 332 aa  159  5e-38  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.719494  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0985  tRNA 2-selenouridine synthase  30.85 
 
 		 342 aa  157  3e-37  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_07681  tRNA 2-selenouridine synthase  33.2 
 
 		 350 aa  156  4e-37  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.104212  normal  0.0677332 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1272  tRNA 2-selenouridine synthase  33.63 
 
 		 347 aa  156  5.0000000000000005e-37  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0136  tRNA 2-selenouridine synthase  33.2 
 
 		 350 aa  153  4e-36  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.303131  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0043  tRNA 2-selenouridine synthase  31.35 
 
 		 346 aa  153  4e-36  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09351  tRNA 2-selenouridine synthase  29.8 
 
 		 346 aa  150  3e-35  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09341  tRNA 2-selenouridine synthase  30.59 
 
 		 346 aa  149  6e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07211  tRNA 2-selenouridine synthase  34.55 
 
 		 347 aa  149  1.0000000000000001e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.989493  normal  0.414024 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1198  tRNA 2-selenouridine synthase  34.98 
 
 		 347 aa  144  2e-33  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0875  tRNA 2-selenouridine synthase  30.04 
 
 		 347 aa  143  5e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.303459  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16371  tRNA 2-selenouridine synthase  33.47 
 
 		 366 aa  140  1.9999999999999998e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.218284 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_14782  predicted protein  34.19 
 
 		 342 aa  138  1e-31  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.597893 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0189  tRNA 2-selenouridine synthase  29.89 
 
 		 367 aa  137  4e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0697371 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0227  tRNA 2-selenouridine synthase  31.79 
 
 		 367 aa  129  6e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.254912  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0160  tRNA 2-selenouridine synthase  33.08 
 
 		 365 aa  129  9.000000000000001e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.334237  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4714  tRNA 2-selenouridine synthase  29.34 
 
 		 368 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.728347  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3619  tRNA 2-selenouridine synthase  31.1 
 
 		 367 aa  127  3e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.611384  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10081  tRNA 2-selenouridine synthase  29.53 
 
 		 350 aa  124  2e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.741819  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4342  tRNA 2-selenouridine synthase  28 
 
 		 369 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.266604  hitchhiker  0.00245617 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1023  tRNA 2-selenouridine synthase  29.97 
 
 		 374 aa  119  7e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00249135  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0437  tRNA 2-selenouridine synthase  30.15 
 
 		 364 aa  119  7.999999999999999e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.102484  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0134  tRNA 2-selenouridine synthase  32.2 
 
 		 372 aa  119  9e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.404354 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0604  tRNA 2-selenouridine synthase  35.25 
 
 		 364 aa  118  9.999999999999999e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3119  tRNA 2-selenouridine synthase  30.84 
 
 		 364 aa  119  9.999999999999999e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00160373 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0577  tRNA 2-selenouridine synthase  30.84 
 
 		 364 aa  119  9.999999999999999e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00453  tRNA 2-selenouridine synthase, selenophosphate-dependent  35.25 
 
 		 364 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3109  tRNA 2-selenouridine synthase  35.25 
 
 		 364 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1161  tRNA 2-selenouridine synthase  32.38 
 
 		 364 aa  118  1.9999999999999998e-25  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.965775  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00458  hypothetical protein  35.25 
 
 		 364 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0546  tRNA 2-selenouridine synthase  35.25 
 
 		 364 aa  118  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0540  tRNA 2-selenouridine synthase  34.89 
 
 		 364 aa  116  5e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0863  tRNA 2-selenouridine synthase  29.27 
 
 		 370 aa  116  6e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0119  tRNA 2-selenouridine synthase  29.49 
 
 		 366 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3629  tRNA 2-selenouridine synthase  30.17 
 
 		 369 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.562243  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0697  tRNA 2-selenouridine synthase  30.77 
 
 		 366 aa  114  3e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.710906 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0285  tRNA 2-selenouridine synthase  31.98 
 
 		 365 aa  113  5e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>