More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2319 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008786  Veis_3977  dihydrolipoamide dehydrogenase  79.05 
 
 
481 aa  765    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0378897 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1904  dihydrolipoamide dehydrogenase  86.74 
 
 
475 aa  837    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2010  dihydrolipoamide dehydrogenase  82.32 
 
 
475 aa  792    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.316164 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2881  dihydrolipoamide dehydrogenase  81.68 
 
 
475 aa  777    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.384259 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2319  dihydrolipoamide dehydrogenase  100 
 
 
475 aa  962    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3246  dihydrolipoamide dehydrogenase  84.84 
 
 
475 aa  822    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0895727  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2622  dihydrolipoamide dehydrogenase  85.05 
 
 
475 aa  822    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.340371  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3495  dihydrolipoamide dehydrogenase  82.32 
 
 
484 aa  789    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.11068  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2173  dihydrolipoamide dehydrogenase  83.97 
 
 
476 aa  810    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.305369  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1140  dihydrolipoamide dehydrogenase  70.53 
 
 
475 aa  702    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.159732  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1824  dihydrolipoamide dehydrogenase  86.53 
 
 
475 aa  835    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.540843 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1858  dihydrolipoamide dehydrogenase  84.42 
 
 
489 aa  824    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2542  dihydrolipoamide dehydrogenase  65.41 
 
 
474 aa  622  1e-177  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.167426  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2857  dihydrolipoamide dehydrogenase  66.46 
 
 
474 aa  620  1e-176  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2048  dihydrolipoamide dehydrogenase  63.73 
 
 
474 aa  619  1e-176  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.47477  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4651  dihydrolipoamide dehydrogenase  63.16 
 
 
476 aa  616  1e-175  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.183592  normal  0.254899 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2554  dihydrolipoamide dehydrogenase  62.95 
 
 
476 aa  617  1e-175  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.40022  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1432  dihydrolipoamide dehydrogenase  62.74 
 
 
476 aa  614  1e-175  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.21637  normal  0.141964 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1392  dihydrolipoamide dehydrogenase  63.16 
 
 
476 aa  617  1e-175  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1271  dihydrolipoamide dehydrogenase  62.76 
 
 
478 aa  611  9.999999999999999e-175  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.547338 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1774  dihydrolipoamide dehydrogenase  62.95 
 
 
476 aa  613  9.999999999999999e-175  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1752  dihydrolipoamide dehydrogenase  62.95 
 
 
476 aa  613  9.999999999999999e-175  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1192  dihydrolipoamide dehydrogenase  62.97 
 
 
478 aa  611  9.999999999999999e-175  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.523433  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1926  dihydrolipoamide dehydrogenase  62.95 
 
 
476 aa  614  9.999999999999999e-175  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1745  dihydrolipoamide dehydrogenase  62.74 
 
 
476 aa  613  9.999999999999999e-175  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00176702 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1099  dihydrolipoamide dehydrogenase  62.97 
 
 
478 aa  612  9.999999999999999e-175  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1486  dihydrolipoamide dehydrogenase  62.74 
 
 
476 aa  613  9.999999999999999e-175  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.975022  hitchhiker  0.00623097 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1002  dihydrolipoamide dehydrogenase  62.74 
 
 
476 aa  610  1e-173  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.219613  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0164  dihydrolipoamide dehydrogenase  62.74 
 
 
476 aa  610  1e-173  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1050  dihydrolipoamide dehydrogenase  62.74 
 
 
476 aa  610  1e-173  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.164535  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2045  dihydrolipoamide dehydrogenase  63.73 
 
 
474 aa  610  1e-173  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0329202  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1496  dihydrolipoamide dehydrogenase  62.74 
 
 
476 aa  610  1e-173  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2810  dihydrolipoamide dehydrogenase  62.18 
 
 
476 aa  608  1e-173  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0361111  normal  0.13581 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1030  dihydrolipoamide dehydrogenase  62.32 
 
 
476 aa  610  1e-173  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.784148  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1719  dihydrolipoamide dehydrogenase  61.97 
 
 
476 aa  609  1e-173  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1510  dihydrolipoamide dehydrogenase  62.32 
 
 
476 aa  610  1e-173  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.647996  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1642  dihydrolipoamide dehydrogenase  61.76 
 
 
476 aa  604  1.0000000000000001e-171  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.370947  normal  0.099089 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2012  dihydrolipoamide dehydrogenase  60.67 
 
 
478 aa  593  1e-168  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.723909  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1379  dihydrolipoamide dehydrogenase  59 
 
 
496 aa  587  1e-166  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0996  dihydrolipoamide dehydrogenase  61.72 
 
 
478 aa  578  1e-164  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000137288  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0855  dihydrolipoamide dehydrogenase  61.9 
 
 
483 aa  578  1e-164  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.301794  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4216  dihydrolipoamide dehydrogenase  60.25 
 
 
598 aa  578  1e-164  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0842  dihydrolipoamide dehydrogenase  61.72 
 
 
478 aa  573  1.0000000000000001e-162  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1276  dihydrolipoamide dehydrogenase  56.18 
 
 
478 aa  541  1e-153  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0924333  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2607  dihydrolipoamide dehydrogenase  59.16 
 
 
474 aa  540  9.999999999999999e-153  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00261038 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1084  dihydrolipoamide dehydrogenase  57.59 
 
 
473 aa  533  1e-150  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.737232  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0353  dihydrolipoamide dehydrogenase  58.81 
 
 
468 aa  531  1e-150  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.22335 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0886  dihydrolipoamide dehydrogenase  56.46 
 
 
478 aa  519  1e-146  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01196  dihydrolipoamide dehydrogenase  55.83 
 
 
478 aa  515  1.0000000000000001e-145  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.738792  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0800  dihydrolipoamide dehydrogenase  56.25 
 
 
478 aa  517  1.0000000000000001e-145  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.82591  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2632  dihydrolipoamide dehydrogenase  55.83 
 
 
478 aa  510  1e-143  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.274788  normal  0.586503 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1156  dihydrolipoamide dehydrogenase  56.29 
 
 
480 aa  507  9.999999999999999e-143  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.354559  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2501  dihydrolipoamide dehydrogenase  54.78 
 
 
478 aa  501  1e-141  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0977203 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43970  dihydrolipoamide dehydrogenase  54.93 
 
 
478 aa  500  1e-140  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0508378  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3687  dihydrolipoamide dehydrogenase  54.93 
 
 
478 aa  500  1e-140  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.338346  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1621  dihydrolipoamide dehydrogenase  53.36 
 
 
463 aa  492  9.999999999999999e-139  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.785994  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2120  dihydrolipoamide dehydrogenase  53.7 
 
 
581 aa  489  1e-137  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2397  dihydrolipoamide dehydrogenase  52.63 
 
 
468 aa  487  1e-136  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00706968 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4187  dihydrolipoamide dehydrogenase  52.67 
 
 
478 aa  483  1e-135  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.265886  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1667  dihydrolipoamide dehydrogenase  52.67 
 
 
478 aa  483  1e-135  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.164593  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3510  dihydrolipoamide dehydrogenase  52.67 
 
 
478 aa  484  1e-135  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0716172  normal  0.572392 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2104  dihydrolipoamide dehydrogenase  54.45 
 
 
484 aa  482  1e-135  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.108932  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3609  dihydrolipoamide dehydrogenase  52.95 
 
 
469 aa  483  1e-135  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.40318  normal  0.0347499 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3758  dihydrolipoamide dehydrogenase  52.45 
 
 
478 aa  481  1e-134  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1930  dihydrolipoamide dehydrogenase  53.18 
 
 
467 aa  478  1e-134  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29750  dihydrolipoamide dehydrogenase  52.32 
 
 
477 aa  476  1e-133  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.913625  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2201  2-oxoglutarate dehydrogenase, E3 component, lipoamide dehydrogenase  52.03 
 
 
478 aa  476  1e-133  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00788973  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1648  dihydrolipoamide dehydrogenase  52.85 
 
 
467 aa  477  1e-133  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1219  dihydrolipoamide dehydrogenase  51.36 
 
 
479 aa  475  1e-133  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2506  dihydrolipoamide dehydrogenase  52.54 
 
 
470 aa  475  1e-133  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0926  dihydrolipoamide dehydrogenase  52.64 
 
 
467 aa  474  1e-132  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.566278  normal  0.378334 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2011  dihydrolipoamide dehydrogenase  51.81 
 
 
478 aa  474  1e-132  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.156976  normal  0.369181 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3710  dihydrolipoamide dehydrogenase  52.18 
 
 
467 aa  474  1e-132  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1616  dihydrolipoamide dehydrogenase  51.81 
 
 
478 aa  470  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.3772  normal  0.120385 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1582  dihydrolipoamide dehydrogenase  51.8 
 
 
467 aa  466  9.999999999999999e-131  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2179  dihydrolipoamide dehydrogenase  50.21 
 
 
468 aa  460  9.999999999999999e-129  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4996  dihydrolipoamide dehydrogenase  52.08 
 
 
462 aa  461  9.999999999999999e-129  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1215  dihydrolipoamide dehydrogenase  52.62 
 
 
466 aa  459  9.999999999999999e-129  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00663567  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2798  dihydrolipoamide dehydrogenase  52.63 
 
 
479 aa  458  9.999999999999999e-129  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.5793  normal  0.535486 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0113  dihydrolipoamide dehydrogenase  51.05 
 
 
480 aa  458  1e-127  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.335173  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4116  dihydrolipoamide dehydrogenase  49.58 
 
 
468 aa  456  1e-127  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.608117  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3360  dihydrolipoyl dehydrogenanse  50.53 
 
 
466 aa  456  1e-127  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0306833 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1130  dihydrolipoamide dehydrogenase  50.95 
 
 
466 aa  451  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.392309  n/a   
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_26432  dihydrolipoyl dehydrogenase  48.12 
 
 
500 aa  454  1.0000000000000001e-126  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3674  dihydrolipoamide dehydrogenase  49.46 
 
 
468 aa  455  1.0000000000000001e-126  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.974564 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3964  dihydrolipoamide dehydrogenase  49.25 
 
 
468 aa  451  1e-125  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.321391  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2936  dihydrolipoamide dehydrogenase  50.43 
 
 
468 aa  451  1e-125  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2168  dihydrolipoamide dehydrogenase  50.53 
 
 
466 aa  445  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.20068 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3400  dihydrolipoamide dehydrogenase  50.21 
 
 
470 aa  445  1.0000000000000001e-124  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.131603  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6035  dihydrolipoamide dehydrogenase  47.37 
 
 
466 aa  444  1e-123  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0274  dihydrolipoamide dehydrogenase  49.47 
 
 
467 aa  442  1e-123  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.499041  normal  0.530597 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0159  dihydrolipoamide dehydrogenase  48.73 
 
 
467 aa  442  1e-123  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.659898  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3309  dihydrolipoamide dehydrogenase  48.84 
 
 
462 aa  441  9.999999999999999e-123  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.900179  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1456  dihydrolipoamide dehydrogenase  50.11 
 
 
463 aa  441  9.999999999999999e-123  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06220  Dihydrolipoyl dehydrogenase  48.5 
 
 
468 aa  440  9.999999999999999e-123  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1847  dihydrolipoamide dehydrogenase  48.21 
 
 
467 aa  439  9.999999999999999e-123  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0173545  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0550  dihydrolipoamide dehydrogenase  49.58 
 
 
467 aa  441  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00865571  normal  0.262982 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0027  dihydrolipoamide dehydrogenase  48.31 
 
 
468 aa  440  9.999999999999999e-123  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1945  dihydrolipoamide dehydrogenase  52.12 
 
 
459 aa  441  9.999999999999999e-123  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.341599  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0183  dihydrolipoamide dehydrogenase  48.84 
 
 
467 aa  437  1e-121  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>