More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2312 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_2312  pseudouridine synthase, Rsu  100 
 
 
466 aa  949  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.49516  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1165  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  67.24 
 
 
447 aa  523  1e-147  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1085  pseudouridine synthase  66.99 
 
 
435 aa  521  1e-146  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.126004  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1867  pseudouridine synthase  66.19 
 
 
527 aa  518  1e-145  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.919575  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5024  pseudouridine synthase  66.33 
 
 
467 aa  505  1e-142  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.114157  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0085  pseudouridine synthase  68.15 
 
 
520 aa  502  1e-141  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.300201  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2613  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  73.49 
 
 
544 aa  495  1e-139  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0609714  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1419  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  77.85 
 
 
483 aa  488  1e-136  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.829241  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2182  pseudouridine synthase  79.15 
 
 
604 aa  471  1e-131  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2001  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  58.58 
 
 
686 aa  396  1e-109  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.850732  normal  0.19762 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2873  pseudouridine synthase  63.93 
 
 
736 aa  366  1e-100  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1759  RNA pseudouridine synthase family protein  58.3 
 
 
554 aa  345  7e-94  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.282053  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0178  RNA pseudouridine synthase family protein  55.41 
 
 
554 aa  345  1e-93  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00491144  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0988  RNA pseudouridine synthase family protein  55.41 
 
 
554 aa  345  1e-93  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1758  pseudouridine synthase  55.26 
 
 
554 aa  345  1e-93  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.324653  normal  0.0138956 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1510  RNA pseudouridine synthase family protein  55.41 
 
 
554 aa  345  1e-93  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1737  RNA pseudouridine synthase family protein  57.95 
 
 
554 aa  344  2e-93  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0207122  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2567  RNA pseudouridylate synthase family protein  56.85 
 
 
502 aa  344  2e-93  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00446007  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1912  RNA pseudouridylate synthase family protein  57.95 
 
 
513 aa  343  4e-93  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.402665  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4638  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  56.7 
 
 
588 aa  342  6e-93  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.386925  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1016  pseudouridine synthase, Rsu  54.9 
 
 
586 aa  342  7e-93  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.718536  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1497  pseudouridine synthase, Rsu  54.9 
 
 
586 aa  342  7e-93  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1473  RNA-binding S4 domain-containing protein  54.9 
 
 
586 aa  342  8e-93  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.780813  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1732  pseudouridine synthase  57.19 
 
 
597 aa  341  2e-92  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1379  pseudouridine synthase, Rsu  54.43 
 
 
572 aa  340  2e-92  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1419  RNA-binding S4 domain-containing protein  54.43 
 
 
572 aa  340  4e-92  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0617825 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  46.94 
 
 
615 aa  339  5e-92  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2034  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  48.66 
 
 
631 aa  338  8e-92  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.209025 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2823  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  56.38 
 
 
633 aa  336  5e-91  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1114  pseudouridine synthase  48.69 
 
 
594 aa  336  6e-91  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.692137  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1207  pseudouridine synthase  48.69 
 
 
594 aa  335  1e-90  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.948896  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1286  hypothetical protein  47.38 
 
 
598 aa  335  1e-90  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0722025  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1064  RNA pseudouridylate synthase family protein  58.89 
 
 
380 aa  334  2e-90  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1629  pseudouridine synthase  55.67 
 
 
626 aa  328  2e-88  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00621954 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1230  pseudouridine synthase  52.34 
 
 
587 aa  324  2e-87  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0560095  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1096  pseudouridine synthase  61.45 
 
 
417 aa  321  2e-86  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1689  pseudouridine synthase  58.89 
 
 
379 aa  301  2e-80  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0924391  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2455  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  60.57 
 
 
340 aa  290  3e-77  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.155456  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1855  pseudouridine synthase, Rsu  55.28 
 
 
315 aa  282  1e-74  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1258  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  54.9 
 
 
296 aa  273  4e-72  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.919604  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1872  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  52.94 
 
 
383 aa  270  5e-71  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1041  pseudouridine synthase, Rsu  53.75 
 
 
268 aa  261  2e-68  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0593866  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1957  RNA-binding S4 domain-containing protein  49.8 
 
 
345 aa  261  3e-68  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1470  RNA-binding S4 domain protein  54.81 
 
 
292 aa  259  6e-68  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.177762  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1793  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  54.81 
 
 
292 aa  259  6e-68  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0608  pseudouridine synthase, Rsu  50.81 
 
 
310 aa  257  3e-67  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.543804  normal  0.283386 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0646  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  50.81 
 
 
315 aa  256  6e-67  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.945317  normal  0.276422 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2907  pseudouridine synthase  52.48 
 
 
287 aa  255  1e-66  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.191084  normal  0.0790045 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1648  pseudouridine synthase  52.89 
 
 
290 aa  255  1e-66  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000180778  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1467  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  52.89 
 
 
291 aa  254  2e-66  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.807732  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1533  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  52.89 
 
 
291 aa  254  2e-66  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000439021  normal  0.0168974 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1691  pseudouridine synthase  52.48 
 
 
288 aa  254  3e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.58425  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1525  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  52.48 
 
 
291 aa  253  4e-66  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00489615 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2246  pseudouridine synthase  52.02 
 
 
293 aa  253  5e-66  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0041999 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2124  pseudouridine synthase, Rsu  51.18 
 
 
295 aa  253  6e-66  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.380507  normal  0.682206 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2398  pseudouridine synthase  53.33 
 
 
291 aa  252  9e-66  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0731299  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2169  23S rRNA pseudouridylate synthase B  53.59 
 
 
301 aa  251  1e-65  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.310222  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2436  pseudouridine synthase, Rsu  52.08 
 
 
290 aa  252  1e-65  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2717  pseudouridine synthase  52.92 
 
 
291 aa  251  3e-65  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.374808  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2696  pseudouridine synthase  52.92 
 
 
291 aa  251  3e-65  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.764496  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2796  RNA-binding S4 domain-containing protein  52.92 
 
 
291 aa  251  3e-65  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.479983  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1669  RNA-binding S4 domain protein  52.92 
 
 
291 aa  251  3e-65  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00289659  hitchhiker  0.000456402 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2309  23S rRNA pseudouridylate synthase B  53.91 
 
 
344 aa  250  4e-65  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1901  23S rRNA pseudouridylate synthase B  49.13 
 
 
290 aa  250  4e-65  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  3.16134e-07 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1467  23S rRNA pseudouridylate synthase B  49.13 
 
 
290 aa  250  4e-65  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2039  23S rRNA pseudouridylate synthase B  53.91 
 
 
344 aa  250  4e-65  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1928  23S rRNA pseudouridylate synthase B  53.91 
 
 
318 aa  250  5e-65  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.521525  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1437  pseudouridine synthase, Rsu  51.65 
 
 
290 aa  249  5e-65  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.204063  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01245  23S rRNA pseudouridylate synthase  52.59 
 
 
291 aa  249  1e-64  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2359  23S rRNA pseudouridylate synthase B  52.59 
 
 
291 aa  249  1e-64  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.666226  hitchhiker  4.02657e-07 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1493  23S rRNA pseudouridylate synthase B  49.13 
 
 
290 aa  248  1e-64  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01255  hypothetical protein  52.59 
 
 
291 aa  249  1e-64  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1378  23S rRNA pseudouridylate synthase B  52.59 
 
 
291 aa  249  1e-64  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2201  23S rRNA pseudouridylate synthase B  47.92 
 
 
291 aa  248  1e-64  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  3.12166e-05 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2380  pseudouridine synthase  52.59 
 
 
291 aa  249  1e-64  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.227728  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1864  23S rRNA pseudouridylate synthase B  52.59 
 
 
291 aa  249  1e-64  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  6.61811e-13 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1846  23S rRNA pseudouridylate synthase B  52.19 
 
 
291 aa  248  1e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.539759  hitchhiker  3.24002e-05 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1909  23S rRNA pseudouridylate synthase B  52.19 
 
 
291 aa  248  1e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  5.21291e-13 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1609  23S rRNA pseudouridylate synthase B  52.19 
 
 
291 aa  248  1e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  3.05854e-06 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1427  23S rRNA pseudouridylate synthase B  52.19 
 
 
291 aa  248  1e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.535105  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1851  23S rRNA pseudouridylate synthase B  52.19 
 
 
291 aa  248  1e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.269412 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2662  23S rRNA pseudouridylate synthase B  53.59 
 
 
299 aa  248  2e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.783064  hitchhiker  5.12691e-07 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1594  hypothetical protein  52.94 
 
 
248 aa  248  2e-64  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2824  pseudouridine synthase, Rsu  50.41 
 
 
289 aa  248  2e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.564406  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1089  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  51.72 
 
 
290 aa  247  3e-64  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.164298  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1402  hypothetical protein  52.52 
 
 
248 aa  247  3e-64  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1929  23S rRNA pseudouridylate synthase B  51.88 
 
 
289 aa  247  3e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1722  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  49.79 
 
 
398 aa  245  1e-63  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.950771  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0877  RNA pseudouridine synthase family protein  53.19 
 
 
244 aa  245  2e-63  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0851  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  51.45 
 
 
286 aa  244  2e-63  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  6.82568e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3519  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.9 
 
 
355 aa  243  4e-63  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0581  pseudouridine synthase  50.82 
 
 
278 aa  243  5e-63  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.826332  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3394  RNA-binding S4 domain-containing protein  52.56 
 
 
300 aa  243  6e-63  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  4.68714e-08  normal  0.359184 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1951  hypothetical protein  51.87 
 
 
386 aa  243  7e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0106658  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2010  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  51.87 
 
 
268 aa  243  7e-63  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.154184  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0984  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  52.77 
 
 
244 aa  242  9e-63  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2010  23S rRNA pseudouridylate synthase B  51.05 
 
 
294 aa  242  1e-62  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.606088  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23110  hypothetical protein  51.45 
 
 
386 aa  241  2e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000760883 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2311  23S rRNA pseudouridylate synthase B  50.63 
 
 
294 aa  241  3e-62  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.909741  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3581  pseudouridine synthase, Rsu  50.62 
 
 
409 aa  240  5e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>