More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2051 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_2051  periplasmic solute binding protein  100 
 
 		 303 aa  619  1e-176  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0478383  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1142  periplasmic solute binding protein  65.91 
 
 		 307 aa  407  1.0000000000000001e-112  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.987303  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3704  periplasmic solute binding protein  47.93 
 
 		 316 aa  280  3e-74  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.474771  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2784  periplasmic solute binding protein  44.11 
 
 		 301 aa  269  5e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.199172  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4557  periplasmic solute binding protein  43.81 
 
 		 304 aa  265  8e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.667309  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1972  periplasmic solute binding protein  42.11 
 
 		 303 aa  264  1e-69  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3101  periplasmic solute binding protein  43.75 
 
 		 309 aa  263  2e-69  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624143  normal  0.191751 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5737  periplasmic solute binding protein  44.69 
 
 		 302 aa  262  4.999999999999999e-69  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2875  periplasmic solute binding protein  43.75 
 
 		 309 aa  261  8e-69  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.279263  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2635  cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein  44.77 
 
 		 298 aa  260  2e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0828517  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2656  periplasmic solute binding protein  43.84 
 
 		 301 aa  259  3e-68  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.149358 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2227  periplasmic solute binding protein  42.06 
 
 		 327 aa  259  4e-68  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.82387 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0928  periplasmic solute binding protein  42.47 
 
 		 305 aa  259  5.0000000000000005e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.664518  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2368  periplasmic solute binding protein  43.68 
 
 		 298 aa  258  8e-68  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000358992  normal  0.572392 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1341  ABC transporter substrate-binding protein  45.96 
 
 		 291 aa  258  9e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.328207 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4709  periplasmic solute binding protein  45.08 
 
 		 321 aa  257  2e-67  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.150845 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4830  periplasmic solute binding protein  42.76 
 
 		 294 aa  257  2e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2898  periplasmic solute binding protein  44.2 
 
 		 301 aa  256  3e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.910422  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5661  periplasmic solute binding protein  44.14 
 
 		 291 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.203291 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3681  periplasmic solute binding protein  42.86 
 
 		 292 aa  253  3e-66  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2998  periplasmic solute binding protein  43.33 
 
 		 311 aa  252  5.000000000000001e-66  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0528665  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3532  periplasmic solute binding protein  43.19 
 
 		 292 aa  252  7e-66  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0653  periplasmic solute binding protein  42.91 
 
 		 292 aa  248  8e-65  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0703  periplasmic solute binding protein  43.27 
 
 		 292 aa  248  1e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.326839  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0916  periplasmic solute binding protein  43.12 
 
 		 307 aa  246  3e-64  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.357489  normal  0.451592 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1062  ABC transporter substrate binding protein  42.31 
 
 		 298 aa  245  6.999999999999999e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.861783  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0845  periplasmic solute binding protein  45.08 
 
 		 289 aa  245  6.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0688938 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3426  periplasmic solute binding protein  39.54 
 
 		 313 aa  244  9.999999999999999e-64  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.525736  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1123  periplasmic solute binding protein  43.24 
 
 		 292 aa  241  7e-63  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000244311  unclonable  0.0000000116493 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0350  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  41.03 
 
 		 315 aa  241  9e-63  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3392  periplasmic solute binding protein  44.96 
 
 		 320 aa  239  5e-62  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00563427  normal  0.0658085 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3500  periplasmic solute binding protein  45.71 
 
 		 312 aa  236  2e-61  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.639001  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0220  periplasmic solute binding protein  39.74 
 
 		 333 aa  236  3e-61  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.732372  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0678  periplasmic solute binding protein  42.96 
 
 		 299 aa  232  7.000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0630556 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3176  periplasmic solute binding protein  40.65 
 
 		 292 aa  229  5e-59  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5591  periplasmic solute binding protein  40.45 
 
 		 339 aa  228  7e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.462365  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0623  periplasmic solute binding protein  41.55 
 
 		 299 aa  227  2e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.917925 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2472  periplasmic solute binding protein  39.02 
 
 		 311 aa  227  2e-58  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0180  periplasmic solute binding protein  38.64 
 
 		 301 aa  225  7e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.946938  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3560  periplasmic solute binding protein  36.27 
 
 		 307 aa  224  1e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.24573 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1597  periplasmic solute binding protein  37.87 
 
 		 309 aa  221  9.999999999999999e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0467055 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1312  periplasmic solute binding protein  41.03 
 
 		 306 aa  215  8e-55  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0534  periplasmic solute binding protein  37.67 
 
 		 293 aa  211  2e-53  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2043  periplasmic solute binding protein  35.67 
 
 		 353 aa  192  7e-48  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000010108  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1215  periplasmic solute binding protein  35.81 
 
 		 309 aa  183  4.0000000000000006e-45  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2998  periplasmic solute binding protein  32.3 
 
 		 328 aa  169  7e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000688581  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3728  periplasmic solute binding protein  33.44 
 
 		 303 aa  168  9e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3624  periplasmic solute binding protein  34.46 
 
 		 303 aa  167  2e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2064  periplasmic solute binding protein  31.5 
 
 		 325 aa  165  8e-40  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2176  periplasmic solute binding protein  32.86 
 
 		 320 aa  165  1.0000000000000001e-39  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2575  Mn transporter MntC  33.45 
 
 		 313 aa  164  2.0000000000000002e-39  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1258  periplasmic solute binding protein  37.98 
 
 		 494 aa  162  8.000000000000001e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00438687  decreased coverage  0.000164305 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1919  periplasmic solute binding protein  31.18 
 
 		 304 aa  162  8.000000000000001e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00461225  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2211  periplasmic solute binding protein  31.18 
 
 		 304 aa  161  1e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00443052  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3218  periplasmic solute binding protein  31.8 
 
 		 371 aa  161  1e-38  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0863891  normal  0.580114 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3262  periplasmic solute binding protein  32.1 
 
 		 341 aa  160  2e-38  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000710757  normal  0.410992 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0953  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  31.67 
 
 		 313 aa  160  3e-38  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1815  periplasmic solute binding protein  30.9 
 
 		 322 aa  160  3e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.566125  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0843  periplasmic solute-binding protein  32.57 
 
 		 344 aa  159  6e-38  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.620273  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2483  periplasmic solute binding protein  30.19 
 
 		 317 aa  159  6e-38  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1705  chelated iron ABC transporter, periplasmic iron binding protein YfeA  30.9 
 
 		 311 aa  159  6e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2630  periplasmic-binding protein  30.9 
 
 		 322 aa  159  7e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00574815  normal  1 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0084  iron/manganese transport system periplasmic binding protein SitA  30.51 
 
 		 304 aa  159  8e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.224306  hitchhiker  0.0000000789185 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1488  ABC transporter substrate-binding protein  32.01 
 
 		 337 aa  158  9e-38  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.520647  normal  0.191838 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06571  ABC transporter substrate-binding protein  29.9 
 
 		 321 aa  157  2e-37  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.140221  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0037  ABC transporter substrate-binding protein  29.33 
 
 		 321 aa  156  4e-37  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1612  iron/manganese transport system periplasmic binding protein SitA  31.29 
 
 		 294 aa  155  6e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0432091  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3170  iron/manganese transport system periplasmic binding protein SitA  31.29 
 
 		 304 aa  155  6e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.857236  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1601  periplasmic solute binding protein  32.49 
 
 		 325 aa  155  8e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.298891  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7253  periplasmic solute binding protein  28.87 
 
 		 346 aa  155  8e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0518447  normal  0.0520295 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1591  periplasmic solute binding protein  37.98 
 
 		 497 aa  155  1e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3634  periplasmic solute binding protein  28.99 
 
 		 311 aa  154  2e-36  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2553  periplasmic solute binding protein  31.56 
 
 		 319 aa  154  2e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1532  periplasmic solute binding protein  29.55 
 
 		 346 aa  153  2.9999999999999998e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.217537 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1111  periplasmic solute binding protein  31.08 
 
 		 303 aa  152  5.9999999999999996e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0282  periplasmic solute binding protein  30.77 
 
 		 346 aa  152  5.9999999999999996e-36  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000440667  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3625  periplasmic solute binding protein  29.87 
 
 		 326 aa  152  8.999999999999999e-36  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2964  adhesion lipoprotein  30 
 
 		 311 aa  151  1e-35  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00274739  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_18691  ABC transporter substrate-binding protein  31.44 
 
 		 287 aa  151  1e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.349553 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3189  adhesion lipoprotein  30 
 
 		 311 aa  151  1e-35  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007105  pE33L54_0036  adhesion lipoprotein  29.93 
 
 		 311 aa  150  2e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0129637  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1010  ABC transporter substrate-binding protein  30.26 
 
 		 310 aa  150  2e-35  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.172647  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3402  periplasmic solute binding protein  30.74 
 
 		 305 aa  150  2e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.832439 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2141  periplasmic solute binding protein  29.84 
 
 		 315 aa  150  3e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2600  periplasmic solute binding protein  30.96 
 
 		 316 aa  150  3e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0800  periplasmic solute binding protein  28.7 
 
 		 335 aa  149  5e-35  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.043708  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0370  periplasmic solute binding protein  30.23 
 
 		 309 aa  149  8e-35  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3553  periplasmic solute binding protein  30.36 
 
 		 306 aa  149  8e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.00157548  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2067  manganese ABC transporter substrate-binding lipoprotein  28.67 
 
 		 311 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2914  periplasmic solute binding protein  30.1 
 
 		 301 aa  148  1.0000000000000001e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0625  periplasmic solute binding protein  33.21 
 
 		 321 aa  148  1.0000000000000001e-34  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0313744  normal  0.289666 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0773  periplasmic solute binding protein  28.7 
 
 		 335 aa  148  1.0000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3070  periplasmic solute binding protein  32.75 
 
 		 315 aa  148  1.0000000000000001e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.000000101463  hitchhiker  0.00347584 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3534  periplasmic solute binding protein  31.79 
 
 		 304 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1259  periplasmic solute binding protein  30.69 
 
 		 301 aa  147  2.0000000000000003e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2133  periplasmic solute binding protein  32.49 
 
 		 314 aa  147  2.0000000000000003e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.501771 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3280  periplasmic solute binding protein  29.5 
 
 		 326 aa  147  3e-34  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.956978  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1102  periplasmic solute binding protein  33.21 
 
 		 282 aa  146  4.0000000000000006e-34  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1533  manganese ABC transporter, manganese-binding adhesion liprotein  27.4 
 
 		 308 aa  146  5e-34  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000021133  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1316  Mn transporter MntC  26.6 
 
 		 345 aa  146  5e-34  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.832277  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>